View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15228_low_13 (Length: 408)

Name: NF15228_low_13
Description: NF15228
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15228_low_13
NF15228_low_13
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-394)||(29943753-29944147)
chr5 (132-388)||(29952006-29952262)
chr5 (1-385)||(30005726-30006111)
chr5 (4-385)||(29990587-29990969)
chr5 (1-385)||(30045043-30045428)
chr5 (1-385)||(29962979-29963364)
chr5 (1-385)||(30011434-30011819)
chr5 (1-385)||(29999288-29999673)
chr5 (1-385)||(30070873-30071258)
chr5 (1-86)||(29949421-29949506)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 29943753 - 29944147
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29943753 atcatgtccttacaactaggtcaagtcccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccatgacatcgttttcgcaaacc 29943852  T
Q  101 gaccg-aacttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtac 199  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29943853 gaccggaacttgtaggagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgactcttattggcgtagtgtgagaaaactttgtac 29943952  T
Q  200 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtg 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||| |    
T  29943953 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttaaatctttggagaaagctgctctggag 29944052  T
Q  300 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatgatcatattga 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29944053 ggtgaggttgtgaatgttagtgaggctgtagagaatgttatagaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatgatcatattga 29944147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 132 - 388
Target Start/End: Original strand, 29952006 - 29952262
Alignment:
Q  132 tatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtacttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgaga 231  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29952006 tatggttccaaagggttggctttttctaagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaactttgcactttaaaacttcttagtgcttcaaaagttgaga 29952105  T
Q  232 tgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtaga 331  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29952106 tgtttggttctattaggaaggaaaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgagtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtaga 29952205  T
Q  332 gaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatgatca 388  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  29952206 gaatcttattgaggatattgtgtataagatgatattgggtcggagcaagtatgatca 29952262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 30005726 - 30006111
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||  |    
T  30005726 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcgtttttgcaagtc 30005825  T
Q  101 gaccgaac-ttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtac 199  Q
    |||| ||  ||  || | || |  ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  30005826 gaccaaaggttcaaggatcagatctcatgtcttatggttccaaagggatggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcac 30005925  T
Q  200 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtg 299  Q
    ||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||| |||| |    
T  30005926 tttgaaactttttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaaggagaagttggatgttttggttatatctttggagaaagctgccttggag 30006025  T
Q  300 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30006026 ggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaatcttattgaggatattgtgtataagatgatgtttggtcggagtaagtatga 30006111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 385
Target Start/End: Original strand, 29990587 - 29990969
Alignment:
Q  4 atgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaaccgac 103  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  29990587 atgtctttacaacttggacaagttccaacaattgtcatttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgttttcgcaaaccgac 29990686  T
Q  104 cgaa-cttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtacttc 202  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||| || ||||     
T  29990687 cgaaacttataggagcagagatcatatcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtacgacccttattggcgtagtgtaaagaaactctgcacttt 29990786  T
Q  203 aaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtgggt 302  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||| |||| ||||  ||| |||||| | ||||| ||||  | ||| | |||||| ||||||| |||    
T  29990787 gaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtcctattagaacagaggagttgggtattttggttaacactttgaaaaaagcttctttggtaggt 29990886  T
Q  303 gaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | |||||| |  ||||||||||    
T  29990887 gaggttgtgaatgtcagtgagattgtagagaatgttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatga 29990969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30045428 - 30045043
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  30045428 atcatgtccttacaacttggtcaagtcccagctattgtcatttcatcttcaaaagcagcagaatcattcctcaaaacccacgacatcgttttcgcaagcc 30045329  T
Q  101 gaccgaac-ttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtac 199  Q
    |||| ||  ||  || | |  || ||||||||||||||| ||||||| |||| |||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  30045328 gaccaaagattcaaggatctgagctcatgtcttatggttccaaagggatggctttttgtgagtatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcac 30045229  T
Q  200 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtg 299  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||| ||| |||||  | ||||| ||||  | ||| ||||||||||||||||     
T  30045228 tttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctgctttggtt 30045129  T
Q  300 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  30045128 ggtgaggttgtgaatgttagtgaggttgtagagaatctaatagaagatattgtgtataagttgatgtttggtcggagtaagtatga 30045043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 29962979 - 29963364
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||||   ||| ||||  |    
T  29962979 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattttgcaagtc 29963078  T
Q  101 gaccgaa--cttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgta 198  Q
    | || ||  || | || | | ||| |||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  29963079 ggccaaagactca-agcatctcagctcattttttatggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgca 29963177  T
Q  199 cttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggt 298  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||    
T  29963178 ctttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggt 29963277  T
Q  299 gggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||    
T  29963278 aggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatga 29963364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30011819 - 30011434
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||||   ||| ||||  |    
T  30011819 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcatgacatcaattttgcaagtc 30011720  T
Q  101 gaccgaa--cttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgta 198  Q
    | || ||  || | || | | ||| |||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  30011719 ggccaaagactca-agcatctcagctcattttttatggttccaaagggttggctttttctgagtatggtccttattggcgtagtgtaaagaaactttgca 30011621  T
Q  199 cttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggt 298  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||    
T  30011620 ctttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtttggtcctattaggaagaaggagttggatgttttggttaagtcattagagaaagttgttttggt 30011521  T
Q  299 gggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||    
T  30011520 aggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattgaagatattgtgtataagatgatattgggtaggggtaagtatga 30011434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Original strand, 29999288 - 29999673
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||    
T  29999288 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattgttatttcatcttcaaaaggagcagaatcattcctcaaaacccatgacatcgttttcgcaagcc 29999387  T
Q  101 gaccgaac-ttatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtac 199  Q
    |||||||  ||  || | || || ||||||| |||||||  ||||||||| | |||||| ||||||   |||||||||| ||| |||||||| |||| ||    
T  29999388 gaccgaagattcaaggatcagagctcatgtcctatggttctaaagggttgcctttttctgagtatggtccttattggcgcagtatgaggaaattttgcac 29999487  T
Q  200 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtg 299  Q
    ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||| |||| ||||| ||| |||||| ||||||| ||||  | ||| |||||||| |||||||     
T  29999488 tttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagaagtcgggtcctattagaaaagaggagttgggtgttttggttaacactttgaagaaagcttctttggta 29999587  T
Q  300 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |  ||||||||||    
T  29999588 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtcgagaatcttattgaggatattgtgtataagatgatattgggtagaggtaagtatga 29999673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30071258 - 30070873
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacattgttttcgcaaacc 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||| |||| ||    
T  30071258 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaactattatcatttcatcttcaaaagctgcagaatcatttctcaaaacccatgacatcgtttttgcaagcc 30071159  T
Q  101 gaccgaact-tatagaagcacagatcatgtcttatggttgcaaagggttggcgttttctaagtatgactcttattggcgtagtgtgaggaaactttgtac 199  Q
    |||| ||   |  || | |  || ||||||  ||||||| ||||||| | |  |||||| | ||||   ||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  30071158 gaccaaagagtcaaggatctgagctcatgttatatggttccaaagggatagttttttctgactatggtccttattggcgtagtgtgaggaaattttgcac 30071059  T
Q  200 ttcaaaacttcttagtgcttcgaaagttgagatgtttggttctatgagaaaggagaagttggatgttttgattaagtcattggagaaagctgctttggtg 299  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||| ||| |||||  | ||||| ||||  | ||| ||||||||||||||||     
T  30071058 tttgaaacttcttagtgcttcaaaagttgagatgtctggtcctattagaaaagaggagttgagtattttggttaacactttgaagaaagctgctttggtt 30070959  T
Q  300 ggtgaggttgtgaatgttagtgagattgtagagaatcttattcaggatattgtgtataagatggtgttgggtcggagtaagtatga 385  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  | ||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||    
T  30070958 ggtgaggttgtgaatgttagtgaggtagtagagaatctaatagaagatattgtgtataagttgatgtttggacggagtaagtatga 30070873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 86
Target Start/End: Original strand, 29949421 - 29949506
Alignment:
Q  1 atcatgtccttacagctaggtcaagttccagctattgtcatttcatcttcaaaagccgcagagtcattcgtcaaaacccacgacat 86  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| | ||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  29949421 atcatgtccttacaacttggtcaagttccaacaattataatttcttcttcaaaagctgcagaatcattcctcaaaactcacgacat 29949506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University