View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15237_low_4 (Length: 620)
Name: NF15237_low_4
Description: NF15237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15237_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 5390394 - 5389790
Alignment:
| Q |
1 |
cagtaaaaagcttaagaactattgaatgaaatttgtacattatatgctagacaaacaactttggaagaaatatacaaatcaaactacaaatgacatatta |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5390394 |
cagtaaaaagcttaagaactattgaa----atttgtacattatatgctagacaaacaactttggaagaaatatacaaatcaaactacaaatgacatatta |
5390299 |
T |
|
| Q |
101 |
gtaatttctgagttacattatatgcttcaagaaaagaaaaataaaagatgctacgtattgtgatagtctgagacacaaaaaacacatgtgaattttattt |
200 |
Q |
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| T |
5390298 |
gtaatttctgaggtacattatatgcttcaagaaaagaaaaataaaagatgctacgtattgtgatagtctgagacacaaaaaacacatgtgaattttattt |
5390199 |
T |
|
| Q |
201 |
caatctgtataaccatataacatggggcaatacaaaatacatata--gcaaacaaataatatatattttcatcactggacataaccagtaaagcctgata |
298 |
Q |
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| T |
5390198 |
caatctgtataaccttataacatgggacaatacaaaatacatatatagcaaacaaataatatacattttcatcactggacataaccagtaaagcctgata |
5390099 |
T |
|
| Q |
299 |
aaggttatttaaatatataattttgataccatcacaccttcccactcacaacaaactgatacatatagatagatagattacagatatcaataacacgtaa |
398 |
Q |
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| T |
5390098 |
aaggttatttaaatatataattttgataccataacactttcacactcacaacaaactgatacatatagatagatagattacagatatcaataacacataa |
5389999 |
T |
|
| Q |
399 |
accacggccacaatctctcatcacggaaggctttcaatattaggattaccacttttagctgtggtggattggagatccttattaggttgaggagg----a |
494 |
Q |
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| T |
5389998 |
accacggccacaatctctcatcacggaaggctttcaatattaggattaccacttttagctgtggtggattggagatccttattaggttgaggaggacaga |
5389899 |
T |
|
| Q |
495 |
cagtgctgatggtagcctggaggacaacgtcaggatgaaataaacagaggttatgccacaacgaacaaccaggtgtcggcggcgagaacaccttttggga |
594 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5389898 |
cagtgctgatggtagcctggaggacaacgtcaggatgaaataaacagaggttatgccacaacgaacaacctggtgtcggcggcgagaacaccttttggga |
5389799 |
T |
|
| Q |
595 |
ttcataaac |
603 |
Q |
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||||||||| |
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| T |
5389798 |
ttcataaac |
5389790 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 93 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5394054 - 5393870
Alignment:
| Q |
93 |
acatattagtaatttctgagttacattatatgcttcaagaaaagaaaaataaaagatgctacgtattgtgatagtctgagacacaaaaaacacatgtgaa |
192 |
Q |
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| T |
5394054 |
acatattaataatttctaagttacattatatggttcaagaatagaaaaataaaagatgctacgtattgtgatggactcagacacaagaaacacatgtgaa |
5393955 |
T |
|
| Q |
193 |
ttttatttcaat----------ctgtataaccatataacatggggc---aatacaaaatacatatagcaaacaaataatatatat |
264 |
Q |
| |
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|
| T |
5393954 |
ttttatttcaatctgcatacacctgtataagcatataacatgggacaataatacaaaatacatatagcacacaaataatatatat |
5393870 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 296 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 5393815 - 5393630
Alignment:
| Q |
296 |
ataaaggttatttaaatatataattttgataccatcacaccttcccactc--acaacaaactgatacatatagatagatagattacagatatcaataaca |
393 |
Q |
| |
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|
| T |
5393815 |
ataaaggttatttaaacatataattttgataccatagtactttcacactcgtacaacaaactgatacatatagatagatagataaca-------ataaca |
5393723 |
T |
|
| Q |
394 |
cgtaaaccacggccacaatctctcatcacggaaggctttcaatattaggattaccacttttagctgtggtggattggagatccttattaggtt |
486 |
Q |
| |
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| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| | || || |||||||||||||||| |
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|
| T |
5393722 |
cataaaccatgaccacaacctctcatcacggaaggctgtcaattttagaattaccacttttagatgtgatagaatgaagatccttattaggtt |
5393630 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 387 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 5398892 - 5398804
Alignment:
| Q |
387 |
aataacacgtaaaccacggccacaatctctcatcacggaaggctttcaatattaggattaccacttttagctgtggtggattggagatc |
475 |
Q |
| |
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|||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5398892 |
aataacacacaaaccatggccacaatctctcatcatggaaggatttcaattgtaggattaccatttttagctgcagtggattggagatc |
5398804 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 5399156 - 5399100
Alignment:
| Q |
153 |
acgtattgtgatagtctgagacacaaaaaacaca--tgtgaattttatttcaatctg |
207 |
Q |
| |
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|||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5399156 |
acgtattgtgatgctccgagacacaagaaacacacatgtgaattttatttcaatctg |
5399100 |
T |
|
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