View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15237_low_5 (Length: 569)

Name: NF15237_low_5
Description: NF15237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15237_low_5
NF15237_low_5
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-557)||(17029867-17030423)
chr2 (1-557)||(17048205-17048761)
chr2 (1-561)||(16977995-16978555)
chr2 (29-544)||(17109355-17109870)
chr2 (104-341)||(17024305-17024547)
chr2 (104-341)||(17089577-17089819)
chr2 (109-341)||(17035072-17035309)
chr2 (333-420)||(17035340-17035426)
chr2 (333-420)||(17089851-17089937)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (498-546)||(14313962-14314010)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 17029867 - 17030423
Alignment:
Q  1 caactatgcatattcccctatgcggatgctacagtttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17029867 caactatgcatattcccctatgcggatgctacaatttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 17029966  T
Q  101 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17029967 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagag 17030066  T
Q  201 tgtcctaaatttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030067 tgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 17030166  T
Q  301 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030167 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 17030266  T
Q  401 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030267 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagat 17030366  T
Q  501 gtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttagctaaatatc 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17030367 gtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatc 17030423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Original strand, 17048205 - 17048761
Alignment:
Q  1 caactatgcatattcccctatgcggatgctacagtttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048205 caactatgcatattcccctatgcggatgctacaatttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 17048304  T
Q  101 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17048305 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagag 17048404  T
Q  201 tgtcctaaatttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048405 tgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 17048504  T
Q  301 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048505 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 17048604  T
Q  401 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048605 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagat 17048704  T
Q  501 gtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttagctaaatatc 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17048705 gtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatc 17048761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 16977995 - 16978555
Alignment:
Q  1 caactatgcatattcccctatgcggatgctacagtttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16977995 caactatgcatattcccctatgcggatgctacagtttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgtt 16978094  T
Q  101 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16978095 cccaaatcttgattttctcgacctttataagtgtagtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacatctctctcaattggagag 16978194  T
Q  201 tgtcctaaatttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978195 tgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaat 16978294  T
Q  301 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16978295 gcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaa 16978394  T
Q  401 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||    
T  16978395 cctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatctctctctaacatgtatattcaagaattagat 16978494  T
Q  501 gtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttagctaaatatctgtg 561  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  16978495 gtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatttgtg 16978555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 29 - 544
Target Start/End: Original strand, 17109355 - 17109870
Alignment:
Q  29 ctacagtttccttgtaaaattggacatcaccagtagctgcgactctctaacaacattcccgctgaatctgttcccaaatcttgattttctcgacctttat 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||   || |||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||||||||   ||| ||  |||||    
T  17109355 ctacaatttccttgtaaaattggtcatcagtggtggctgtgactctctaacgaccttccctctcaaactgttcccgaatcttgacactcttgatgtttat 17109454  T
Q  129 aagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagagtgtcctaaatttgaatcatttccaaaag 228  Q
    ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  17109455 aagtgtattaatttcgaaatgatttcacaggaaaatgaacatcttaaactcacatctctcttaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatg 17109554  T
Q  229 gaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctcttta 328  Q
    ||||||||||| |||| ||||| || || ||| || |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  17109555 gaggattgtctgcacccaggcttcagcagttttatctttcaaaattagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctcta 17109654  T
Q  329 taagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaactt 428  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || |||    
T  17109655 taagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctccgctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaacctt 17109754  T
Q  429 cttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgctctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgc 528  Q
    || ||||||||  ||||||| || ||  || | |||||||| |||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  17109755 ctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctctctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttga 17109854  T
Q  529 ttcccctctctcttac 544  Q
    |||| |||||||||||    
T  17109855 ttccactctctcttac 17109870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 341
Target Start/End: Original strand, 17024305 - 17024547
Alignment:
Q  104 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagagtgt 203  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| |  || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | |  |||||||||| |  |||||    
T  17024305 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17024404  T
Q  204 cctaaatttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaa 298  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     ||||||||||||||||    
T  17024405 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17024504  T
Q  299 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 341  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17024505 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17024547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 104 - 341
Target Start/End: Original strand, 17089577 - 17089819
Alignment:
Q  104 aaatcttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagagtgt 203  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||||| |  || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | |  |||||||||| |  |||||    
T  17089577 aaatcttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgt 17089676  T
Q  204 cctaaatttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaa 298  Q
    ||| | |||| | |||| || || | ||||| |||| | ||||   | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     ||||||||||||||||    
T  17089677 ccttattttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaaatttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaa 17089776  T
Q  299 atgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 341  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17089777 atgcatgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17089819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 109 - 341
Target Start/End: Original strand, 17035072 - 17035309
Alignment:
Q  109 ttgattttctcgacctttataagtgtggtagttttgaaatgatttcacaggaaaatgagcatcttaaactcacaactctctcaattggagagtgtcctaa 208  Q
    |||||| ||||| | ||||||||| |  || ||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| ||| | |  |||||||||| |  |||||||| |    
T  17035072 ttgattatctcggcgtttataagtttaataattttgaaatgaattcctaggaaaatgaacatcttatacttaaatatctctcaattaggaagtgtcctta 17035171  T
Q  209 atttgaatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaaattggagaatt-----taaaatcacttcctaaatgca 303  Q
     |||| | |||| || || | ||||| |||| | |||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  17035172 ttttggaacattacccaaggaaggatcgtctgctccaagtttacaacactttaatattttcaaataggagaattcaatttaaaatcacttcctaaatgca 17035271  T
Q  304 tgcatgtcctccttccatctctttataagctatctata 341  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  17035272 tgcatatcttctttccatctcttcataacctatctata 17035309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 333 - 420
Target Start/End: Original strand, 17035340 - 17035426
Alignment:
Q  333 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgct 420  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17035340 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct 17035426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 333 - 420
Target Start/End: Original strand, 17089851 - 17089937
Alignment:
Q  333 ctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctccgatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgct 420  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17089851 ctatctatatttgattatccacaactggagtcgttctcggatggaggtttgccaac-agcctaagaaacctttttctcgtgaaatgct 17089937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 498 - 546
Target Start/End: Original strand, 14313962 - 14314010
Alignment:
Q  498 gatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttactt 546  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  14313962 gatgtggagtcttttcccgatcaagggttgcttccacgctctcttactt 14314010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University