View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1524-Insertion-3 (Length: 1021)

Name: NF1524-Insertion-3
Description: NF1524
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1524-Insertion-3
NF1524-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-992)||(22440874-22441859)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Original strand, 22440874 - 22441859
Alignment:
Q  8 caaacttgaagcaatggctgcaagtacaattgcacagcgtgggattcagcttgttgccactgctcatggaatcacaattgagaatctaatcagcaatcct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22440874 caaacttgaagcaatggctgcaagtacaattgcacagcgtgggattcagctcgttgccactgctcatggaatcacaattgagaatctaatcagcaatcct 22440973  T
Q  108 tcattagagatgcttgtcggaggaatacaggtgacgtatacatacctatacattcttattaagaaagatgtcgtgnnnnnnnnnnnnn-ggtatgtcgca 206  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |              |||||||||||    
T  22440974 tccttagagatgcttgtcggaggaatacaggtgacggatacatacctatacattcttattaagaaagat-tcgagttttttttttttttggtatgtcgca 22441072  T
Q  207 tcacatatgattacgattttatatttcatctcatgtgttgaaatcctttattgagtactgagtattccatattatagtccctacatgtgcatcttgttgc 306  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22441073 tcacacatgattaagattttatatttcgtctgatgtgttgaaatcctttattgagtactgagtattccatattgtagtccctacatgtgcatcttgttgc 22441172  T
Q  307 gaatataatcaatgaaattattggatttgagagttatgtcctctatggtgtttgtgactttgtgtatatgccctctgatcaaactgaatatactagcagt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441173 gaatataatcaatgaaattattggatttgagagttatgtcctctattgtgtttgtgactttgtgtatatgccctctgatcaaactgaatatactagcagt 22441272  T
Q  407 tgtgtgccttattgtgttgatgcacttcattatcagtgcgcgtgcggaaaggaatagcaataaaatgtgctagcaagctttattttttggttgttattgg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441273 tgtgtgccttattgtgttgatgcacttcattatcagtgcgcgtgcggaaaggaatagcaataaaatgtgctagcaagctttattttttggttgttattgg 22441372  T
Q  507 cttgaatataggaaaataagtgaacagtagcaataatatccacaattgcttacaagaggaggcaccattacaaattagatactaatgttatttggctaaa 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441373 cttgaatataggaaaataagtgaacagtggcaataatatccacaattgcttacaagaggaggcaccattacaaattagatactaatgttatttggctaaa 22441472  T
Q  607 catttttcatatgtattttgaattgttaatcttgaatcctccttttcagtaaatgttatttccttgattgagttcagagttacattgtgaatttggtata 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441473 catttttcatatgtattttgaattgttaatcttgaatcctccttttcagtaaatgttatttccttgattgagttcagagttacattgtgaatttggtata 22441572  T
Q  707 aagactggagttttattctccatatgtattaatctaactattattgaatttattcactgttaagtgtttgtagcattagactattagtggtctgttactt 806  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441573 aagaatggagttttattctccatatgtattaatctaactattattgaatttattcactgttaagtgtctgtagcattagactattagtggtctgttactt 22441672  T
Q  807 aataatagtgaatgagttaggggtgacttattgcctaaaaatattagggcgagtttagaggggtaggcatctagtcttctacgataaacttagggcattt 906  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441673 actaatagtgaatgagttaggggtgacttattgcctaaaaataacaaggcgagtttagaggggtaggcatctagtcttctacgataaacttagggcattt 22441772  T
Q  907 tgggatatggaagttttgtattttgactttgagctggatcttacaccaaggttggggaaattttctg-tgcaggaaattggaggaag 992  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22441773 tgggatatggaagttttgtattttgactttgagctggatcttacaccaaggttggggaaattttctgttgcaggaaattggaggaag 22441859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University