View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15248_low_4 (Length: 434)

Name: NF15248_low_4
Description: NF15248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15248_low_4
NF15248_low_4
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (18-423)||(5454585-5454997)
chr3 (29-423)||(5446014-5446438)
chr3 (271-423)||(5490022-5490174)
chr3 (18-140)||(5828444-5828566)
chr3 (18-222)||(5502605-5502815)
chr3 (18-140)||(5489780-5489902)
chr3 (18-139)||(5854433-5854554)
chr3 (23-139)||(5849238-5849354)
chr3 (18-139)||(20343238-20343359)
chr3 (26-140)||(5802842-5802956)
chr3 (222-423)||(20343415-20343617)
chr3 (320-423)||(5502886-5502987)
chr3 (23-140)||(5484371-5484488)
chr3 (73-140)||(5525466-5525533)
chr3 (175-236)||(5489928-5489989)
chr3 (274-350)||(5849058-5849132)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-423)||(25809374-25809798)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 423
Target Start/End: Original strand, 5454585 - 5454997
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5454585 ctttttatatgctgatgtgaccaatacaagaactattagtcctatagtgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 5454684  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaagctta-------ctaaaaagaaggtatagaagcttactaaaaagaagagaaatgcatctatagagaacacaacttcca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |       | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5454685 tttttatgatctgagggttgaagttaatgtcagtcaaacaagaaggtatagaagcttactaaaaagaagagaaatgcatctatagagaacacaacttcca 5454784  T
Q  211 tctggaagttgattcatgatcatttgttcttagaaatagcccaggtacatacttacttgcgaaaagagaatttactagtgtgacgtaatttcaagttttc 310  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5454785 tctggaagttgatttatgatcatttgttcttagaaatagcccaggtacatacttacttgtgaaaagagaatttactagtgtgacgtaatttcaagttttc 5454884  T
Q  311 agcaatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtctatgctatatatctaaccgaaaagacaaaatatgcaataagaaaagaaaatacca 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5454885 agcaatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtttatgctatatatctaactgaaaagacaaaatatgtaataagaaaagaaaatacca 5454984  T
Q  411 agttctgatgatg 423  Q
    |||||||| ||||    
T  5454985 agttctgaagatg 5454997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Original strand, 5446014 - 5446438
Alignment:
Q  29 ctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattctttttatgatc 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5446014 ctgatgtgaccaatacaagaacgtttagtcctataatgaatgcaacaactcctgcaagagtcccagcaagcttcaatttctgcttattctttttatgatc 5446113  T
Q  129 tgagggttgaagcttact-------aaaaagaaggtatagaagcttactaaaaagaagagaaatgcatctatagagaacacaacttccatctggaagttg 221  Q
    |||||||||||| ||| |       || |||  ||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  5446114 tgagggttgaag-ttaatgtcagtcaacaagctggtatagaagcttactaaagagaagaaaaaaacatctatggagaacacagcttccatttgggagttg 5446212  T
Q  222 attcatgatcatttg---------------------ttcttagaaatagcccaggtacatacttactt----gcgaaaagagaatttactagtgtgacgt 296  Q
    |||||||||||||||                     |||||||||| ||| |||||| |||||||| |    | |||||||||||||| |||||| ||||    
T  5446213 attcatgatcatttggaagttgaacacaacttcttcttcttagaaa-agctcaggtatatacttacataaaagtgaaaagagaatttaatagtgtcacgt 5446311  T
Q  297 aatttcaagttttcagcaatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtctatgctatatatctaaccgaaaagacaaaatatgcaataag 396  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||     
T  5446312 aatttcaagttttcaaggatgcttaataatatcaacacaaatggtgaaatatgtaaatttatgctatatatctaactgaaaggacaaaatatgtaataac 5446411  T
Q  397 aaaagaaaataccaagttctgatgatg 423  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5446412 aaatgaaaataccaagttctgaagatg 5446438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 271 - 423
Target Start/End: Original strand, 5490022 - 5490174
Alignment:
Q  271 gaaaagagaatttactagtgtgacgtaatttcaagttttcag-caatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtctatgctatatatct 369  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  5490022 gaaaagagaatttactagtgtcacgtaatttcaagttttcaaacagtgcttaataatatcaacacaaatggtgaaatat-taaatttatgctatatatct 5490120  T
Q  370 aaccgaaaagacaaaatatgcaataagaaaagaaaataccaagttctgatgatg 423  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5490121 aactgaaaagacaaaatatgtaataagaaatgaaaataccaagttctgaagatg 5490174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 5828566 - 5828444
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  5828566 ctttctatatgctgatgtggccaataccagaacgattagtccaataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccaacaagcttcaacttctcgttattc 5828467  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5828466 tttttatgatctgagggttgaag 5828444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Original strand, 5502605 - 5502815
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  5502605 ctttctatatactgatgtgatcaatacgagaacggttagtcctataatgaatgcaacaactcctgcaagagtcccagcaagcttcaatttccgcttattc 5502704  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaagcttact-------aaaaagaaggtatagaagcttactaaaaagaagagaaatgcatctatagagaacacaacttcca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |       || |||||||||||| ||  ||||||| |||||| |||  |||| |||||||||| ||||||||    
T  5502705 tttttatgatctgagggttgaa-attaatgtcagtcaacaagaaggtataggagtatactaaagagaagaaaaaaacatcgatagagaacaaaacttcca 5502803  T
Q  211 tctggaagttga 222  Q
    | ||||||||||    
T  5502804 tttggaagttga 5502815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 140
Target Start/End: Original strand, 5489780 - 5489902
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  5489780 ctttctatatgttgatgtgatcaaaacgagaacgcttagtactataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaatttccgcttattc 5489879  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaag 140  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  5489880 tctttatgatctgagggttgaag 5489902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 5854554 - 5854433
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||  |||||||    
T  5854554 ctttttatatgctgatgtgaccaatacaagaacgattagtcctataataaatgtaataactcctgcaacagtcccagcatgcttcaagttcctcttattc 5854455  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaa 139  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  5854454 tttttatgatctgaggattgaa 5854433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 5849354 - 5849238
Alignment:
Q  23 tatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattcttttt 122  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||| ||  |||||||||||||    
T  5849354 tatatgctgatgtaaccaatacaagaacggttagtcctattatgaacgcaatgactcctgcaacagtccaagcacgcttcaagtttcgcttattcttttt 5849255  T
Q  123 atgatctgagggttgaa 139  Q
    |||||||||||||||||    
T  5849254 atgatctgagggttgaa 5849238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Original strand, 20343238 - 20343359
Alignment:
Q  18 ctttttatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattc 117  Q
    |||| |||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||||| ||||||||||| || |||| | |||||| ||||||||| |||  |||||||    
T  20343238 ctttctatatgctgacgtgaccaatacgagaacggctagtcctataataaatgcaataaccccggcaaaaatcccagaaagcttcaagttcctcttattc 20343337  T
Q  118 tttttatgatctgagggttgaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20343338 tttttatgatctgagggttgaa 20343359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 5802956 - 5802842
Alignment:
Q  26 atgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattctttttatg 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |   |||| ||||||   ||||||||||||||||||  || ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  5802956 atgctgatgtgaccaaaacaagaacggttaatagcataacgaatgccgaaactcctgcaagagtcccgacacgcttcaaattcctcttattctttttatg 5802857  T
Q  126 atctgagggttgaag 140  Q
    |||||| ||||||||    
T  5802856 atctgaaggttgaag 5802842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 222 - 423
Target Start/End: Original strand, 20343415 - 20343617
Alignment:
Q  222 attcatgatcatttgttcttagaaatagcccaggtacatacttacttgcgaaaagagaatttactagtgtgacgtaatttcaagttttcagcaatgctta 321  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||   |||||||||||||    | |||||||||||||| |||||| || | ||||||| | |||| ||   ||||    
T  20343415 attcatgaccaactgttcttagaaatatttcaggtacatactttaaagtgaaaagagaatttattagtgtcacatgatttcaactattcaacaggactta 20343514  T
Q  322 ataatatcaagacaaatggtgaaatatat-aagtctatgctatatatctaaccgaaaagacaaaatatgcaataagaaaagaaaataccaagttctgatg 420  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||||| || | | ||| ||||||||||| | ||||  |||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||| |    
T  20343515 atactatcaagataaatgctgaaatatatgaaatttgtgcaatatatctaactggaaaggaaaaagatgtaataggaaatgaaaataccaagttctgaag 20343614  T
Q  421 atg 423  Q
    |||    
T  20343615 atg 20343617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 320 - 423
Target Start/End: Original strand, 5502886 - 5502987
Alignment:
Q  320 taataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtctatgctatatatctaaccgaaaagacaaaatatgcaataagaaaagaaaataccaagttctgat 419  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||  |||||||||| |||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||||||| |||||     
T  5502886 taataatatcaacacaaatggtgaaatatgtaaatttatgc--tatatctaactgaaaggacaaaatatgtaatagcaaatgaaaataccaagctctgaa 5502983  T
Q  420 gatg 423  Q
    ||||    
T  5502984 gatg 5502987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 140
Target Start/End: Original strand, 5484371 - 5484488
Alignment:
Q  23 tatatgctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattcttttt 122  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||| ||   | |||||||| |    
T  5484371 tatatgctgatatgaccattacaagaacggatagtcctattatgaatgcaataactcctgcaacagtccgaacacgcttcaagtttctcgtattctttat 5484470  T
Q  123 atgatctgagggttgaag 140  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  5484471 atgatctgtaggttgaag 5484488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 140
Target Start/End: Original strand, 5525466 - 5525533
Alignment:
Q  73 ataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattctttttatgatctgagggttgaag 140  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5525466 ataattcctgcgacagtcccagcaagcttcgagttcctcttattctttttatgatctgatggttgaag 5525533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 236
Target Start/End: Original strand, 5489928 - 5489989
Alignment:
Q  175 agaagagaaatgcatctatagagaacacaacttccatctggaagttgattcatgatcatttg 236  Q
    |||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  5489928 agaagaaaaaagcatctttagagagcacaacttccatttgggagtttattcatgatcatttg 5489989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 274 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5849132 - 5849058
Alignment:
Q  274 aagagaatttactagtgtgacgtaatttcaagttttcagcaatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatat 350  Q
    |||||||||||  ||||| || ||||||||||||| || || ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  5849132 aagagaattta--agtgtcacctaatttcaagtttacaacagtgcttaataatatgaagaaaaatgctgaaatatat 5849058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 25809798 - 25809374
Alignment:
Q  29 ctgatgtgaccaaaacaagaactattagtcctataatgaatgcaataactcctgcaagagtcccagcaagcttcaacttctgcttattctttttatgatc 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25809798 ctgatgtgaccaatacaagaacgtttagtcctataatgaatgcaacaactcctgcaagagtcccagcaagcttcaatttctgcttattctttttatgatc 25809699  T
Q  129 tgagggttgaagcttact-------aaaaagaaggtatagaagcttactaaaaagaagagaaatgcatctatagagaacacaacttccatctggaagttg 221  Q
    |||||||||||| ||| |       || |||  ||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  25809698 tgagggttgaag-ttaatgtcagtcaacaagctggtatagaagcttactaaagagaagaaaaaaacatctatggagaacacagcttccatttgggagttg 25809600  T
Q  222 attcatgatcatttg---------------------ttcttagaaatagcccaggtacatacttactt----gcgaaaagagaatttactagtgtgacgt 296  Q
    |||||||||||||||                     |||||||||| ||| |||||| |||||||| |    | |||||||||||||| |||||| ||||    
T  25809599 attcatgatcatttggaagttgaacacaacttcttcttcttagaaa-agctcaggtatatacttacataaaagtgaaaagagaatttaatagtgtcacgt 25809501  T
Q  297 aatttcaagttttcagcaatgcttaataatatcaagacaaatggtgaaatatataagtctatgctatatatctaaccgaaaagacaaaatatgcaataag 396  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||     
T  25809500 aatttcaagttttcaaggatgcttaataatatcaacacaaatggtgaaatatgtaaatttatgctatatatctaactgaaaggacaaaatatgtaataac 25809401  T
Q  397 aaaagaaaataccaagttctgatgatg 423  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25809400 aaatgaaaataccaagttctgaagatg 25809374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University