View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15251_low_1 (Length: 810)

Name: NF15251_low_1
Description: NF15251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15251_low_1
NF15251_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-795)||(4355042-4355823)
chr1 (18-795)||(4675089-4675870)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-721)||(38248707-38249407)
chr3 (227-392)||(38254153-38254318)
chr3 (635-705)||(38237383-38237453)
chr3 (639-705)||(38253852-38253918)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (227-327)||(20656262-20656362)
chr6 (227-327)||(12036193-12036293)
chr6 (239-293)||(12036463-12036517)
chr6 (234-448)||(20656623-20656837)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (227-327)||(22177165-22177265)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 4355823 - 4355042
Alignment:
Q  18 attatgtatggcttgtaaaaagggctaggttttgcaaaataatgagaacaatctgagataacatgaatggctttgttgtgaaacacgttcatgtcgaagt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355823 attatgtatggcttgtaaaaagggctaggttttgcaaaataatgagaacaatctgagataacattaatggctttgttgtgaaacacgttcatgtcgaagt 4355724  T
Q  118 tcatgtttcttccaccagcaaggaaaccattatccattgttttccacacaccttccttttcatgataaacacgacatgtatagcaattttttgatgacca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4355723 tcatgtttcttccaccagcaaggaaaccattatccattgttttccacacaccttccttttcatgataaacacgacatgtatagcaatttattgatgacca 4355624  T
Q  218 ttccattgggttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355623 ttccattgggttttcaaaaagaaacaccttgtaatcatctgaagagaaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactct 4355524  T
Q  318 ggggtaggaatgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagcaaaccattac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4355523 ggggtaggaatgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagtaaaccattac 4355424  T
Q  418 ctgaagctaagacactagttgaatttgatagtaatctaagaaccttctcaggaacaccagaagattgtctgtcttccggtagaggatgtaactcgactct 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4355423 ctgaagctaagacactagttgaatttgatagtaatctaagaaccttctcaggaacaccagaagattgtctgtcttcaggtagaggatgtaactcgactct 4355324  T
Q  518 ctttacgtacttttggattatccgttcgggttggatgaagaggcatgtgtcatccctccccagtaaattgcgagactgctttcttttgaaaaccgtttct 617  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355323 ttttacgtacttttggattatccgttcgggttggatgaagaggcatgtgtcatccctccccagtaaattgcgagactgctttcttttgaaaaccgtttct 4355224  T
Q  618 tttggaaatccagagactgagttgcaacttgagtcgagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaagatctcaaaagcaatatctcgagggactt 717  Q
    | || |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355223 tctgaaaatccagtgactgagttgcaagttgagttaagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaatatctcaaaagcaatatctcgagggactt 4355124  T
Q  718 ccatgatgttgttgagagggatgaagaaaaggaggaaaatag----gaataacagaaagtgggttgatgggtgaaaaaagag 795  Q
    ||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||     ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  4355123 ccatggtgttgttgtgaaagatgaagaaaaggaggaatatatataagaagaacagaaagtgggttgacgggtaaaaaaagag 4355042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 795
Target Start/End: Original strand, 4675089 - 4675870
Alignment:
Q  18 attatgtatggcttgtaaaaagggctaggttttgcaaaataatgagaacaatctgagataacatgaatggctttgttgtgaaacacgttcatgtcgaagt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4675089 attatgtatggcttgtaaaaagggctaggttttgcaaaataatgagaacaatctgagataacataaatggctttgttgtgaaacaagttcatgtcgaagt 4675188  T
Q  118 tcatgtttcttccaccagcaaggaaaccattatccattgttttccacacaccttccttttcatgataaacacgacatgtatagcaattttttgatgacca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4675189 tcatgtttcttccaccagcaaggaaaccattatccattgttttccacacaccttccttttcatgataaacacgacatgtatagcaatttattgatgacca 4675288  T
Q  218 ttccattgggttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactct 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675289 ttccattgggttttcaaaaagaaacaccttgtaatcatctgaagagaaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactct 4675388  T
Q  318 ggggtaggaatgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagcaaaccattac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4675389 ggggtaggaatgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagtaaaccattac 4675488  T
Q  418 ctgaagctaagacactagttgaatttgatagtaatctaagaaccttctcaggaacaccagaagattgtctgtcttccggtagaggatgtaactcgactct 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4675489 ctgaagctaagacactagttgaatttgatagtaatctaagaaccttctcaggaacaccagaagattgtctgtcttcaggtagaggatgtaactcgactct 4675588  T
Q  518 ctttacgtacttttggattatccgttcgggttggatgaagaggcatgtgtcatccctccccagtaaattgcgagactgctttcttttgaaaaccgtttct 617  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675589 ttttacgtacttttggattatccgttcgggttggatgaagaggcatgtgtcatccctccccagtaaattgcgagactgctttcttttgaaaaccgtttct 4675688  T
Q  618 tttggaaatccagagactgagttgcaacttgagtcgagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaagatctcaaaagcaatatctcgagggactt 717  Q
    | || |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675689 tctgaaaatccagtgactgagttgcaagttgagttaagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaatatctcaaaagcaatatctcgagggactt 4675788  T
Q  718 ccatgatgttgttgagagggatgaagaaaaggaggaaaatag----gaataacagaaagtgggttgatgggtgaaaaaagag 795  Q
    ||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||     ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  4675789 ccatggtgttgttgtgaaagatgaagaaaaggaggaatatatataagaagaacagaaagtgggttgacgggtaaaaaaagag 4675870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 38249407 - 38248707
Alignment:
Q  18 attatgtatggcttgtaaaaagggctaggttttgcaaaataatgagaacaatctgagataacatgaatggctttgttgtgaaacacgttcatgtcgaagt 117  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||| ||| ||   | ||||||||||| ||||| | ||   |||||||||||   |||||| || |    
T  38249407 attatatatggcttataaaatggactagattttgcaaagtaaggatcgctatctgagataaaatgaaggcctcctttgtgaaacacaggcatgtcaaatt 38249308  T
Q  118 tcatgtttcttccaccagcaaggaaa-ccattatccattgttttccacacaccttccttttcatgataaacacgacatgtatagcaattttttgatgacc 216  Q
    |||||||||  |||||| || | ||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||| ||| ||   | |||||    
T  38249307 tcatgtttcgaccacca-catgaaaaaccactttccattgttgtccacacaccttccttgctatggtaaacactacatgtataacaagtt---ggtgacc 38249212  T
Q  217 attccattgggttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactc 316  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||  ||||| | |||| ||||||||||||||| || ||||||| || || ||  ||| |||||||||||||||||    
T  38249211 attcacttgtgttttcaaaaagaaacaacttgtagtcatctaaagagcaatctaacacgaggtttatactaccagaactatggtttctttgaagtgactc 38249112  T
Q  317 tggggtaggaatgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagcaaaccatta 416  Q
     |||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||||  | |||||||||||||||||  |||||||||||||||| || | || ||  | |||||||    
T  38249111 gggggtaggaatggaagaccaagactttgtgactggattgcagatgaaaaactcaattgggtcatgatcattaatggtgtgaccaacaactagaccatta 38249012  T
Q  417 cctgaagctaagacactagttgaatttgatagtaatctaagaaccttctcaggaacaccagaagattgtctgtcttccggtagaggatgtaactcgactc 516  Q
    |  ||||||||||||| | ||||||||||||| || || | | | || | |||  |||| |||||||||| || ||| |||| || ||| ||||  ||||    
T  38249011 ctagaagctaagacacaaattgaatttgatagaaaactcaaagctttgttaggggcacccgaagattgtcggttttcaggtaaagaatgcaactgtactc 38248912  T
Q  517 tctttacgtacttttggattatccgttcgggttggatgaagaggcatgtgtcatccctccccagtaaattgcgagactgctttcttttgaaaaccgtttc 616  Q
    | |||  |||| ||||| ||||  | |||||||| |||||||  ||||| |||||| |||| |  | ||| |||| ||||||| |||| ||||| | |||    
T  38248911 tttttgtgtacctttggcttatttgatcgggttgaatgaagaaacatgtatcatccttcccgaacagattacgagcctgctttgttttaaaaacagcttc 38248812  T
Q  617 ttttggaaatccagagactgagttgcaacttgagtcgagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaagatctcaaaagcaatatctcgagggact 716  Q
    ||  | |||| || ||  |||||||||| |||| | ||||||||||| ||| ||| | |||| ||| ||||| ||||||| |||||| ||| |||  |||    
T  38248811 ttccgaaaattcaaagcatgagttgcaagttgatttgagcttgcaaatgctttttccgggtagccaagaaaatatctcaacagcaatgtcttgagacact 38248712  T
Q  717 tccat 721  Q
    |||||    
T  38248711 tccat 38248707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 227 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 38254318 - 38254153
Alignment:
Q  227 gttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactctggggtagga 326  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| |||| |||||||  | |||||  ||| |||||||||| |||||| || ||||||    
T  38254318 gttttccaaaagaaacaccttgtagtcatctaaagagcaa-ctaatatgaggtttataccaacaaaactatggtttctttgaaatgactcaggagtagga 38254220  T
Q  327 a-tgaaagacctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatg 392  Q
    | |||||||||   |||| || | ||||||| |||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  38254219 agtgaaagaccaggacttagtaactggattacatattacaaactcaatcggatcatgatcattaatg 38254153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 635 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 38237453 - 38237383
Alignment:
Q  635 tgagttgcaacttgagtcgagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaagatctcaaaagcaatat 705  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  38237453 tgagttgcaagttgatttgagcttgcaaatgctttttgtcggtagccaagaaaatatctcaaaagcaatat 38237383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 639 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 38253918 - 38253852
Alignment:
Q  639 ttgcaacttgagtcgagcttgcaaacgctctttgccggtaaccatgaaaagatctcaaaagcaatat 705  Q
    |||||| |||| | ||||||||||| ||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  38253918 ttgcaagttgatttgagcttgcaaatgccttttgccggtagccaagaaaatatctcaaaagcaatat 38253852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 327
Target Start/End: Original strand, 20656262 - 20656362
Alignment:
Q  227 gttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactctggggtagga 326  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| | |||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  20656262 gttttccaaaagaaacaccttgtagtcatctaaatagcaatctaacatgaggtttatatcagcaaaactatgatttctttgaaatgactcaggggtagga 20656361  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  20656362 a 20656362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 227 - 327
Target Start/End: Original strand, 12036193 - 12036293
Alignment:
Q  227 gttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactctggggtagga 326  Q
    |||||| || |||||||| ||| | | ||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  12036193 gttttccaacagaaacaccttgcagtcatctatagagcaatctaacatgaggtttatatcagcaaaactatggtttctttgaaatgactccggggtagga 12036292  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  12036293 a 12036293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 12036517 - 12036463
Alignment:
Q  239 aaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaa 293  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  12036517 aaacaccttgtaatcatctaaagagcaatctaacatgaggtttatataagcaaaa 12036463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 20656837 - 20656623
Alignment:
Q  234 aaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactctggggtaggaatgaaag 333  Q
    ||||||||||  ||||| | |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||  ||| |||||||||| |||||   |||| ||||   |||    
T  20656837 aaaagaaacatcttgtagtcatctaaagagcaatctaaaatgaggtttatatcagcaaaactatggtttctttgaaatgactaacgggtgggaagtgaag 20656738  T
Q  334 acctacacttggtgattggattaaatatgaaaaactcaattggaccatgatcattaatggtttggcaaagaagcaaaccattacctgaagctaagacact 433  Q
    ||| | |||| || | ||||||| || |   |||||||||   | |||||||||||||||| || | || ||  | ||||||||  |||||||||||||     
T  20656737 accaagactttgtaactggattacattttccaaactcaatcaaatcatgatcattaatggtgtgaccaacaactagaccattactagaagctaagacaca 20656638  T
Q  434 agttgaatttgatag 448  Q
    |  ||||||||||||    
T  20656637 aactgaatttgatag 20656623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 227 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 22177265 - 22177165
Alignment:
Q  227 gttttcaaaaagaaacactttgtaatgatctgaagagcaatctaacatgatgtttatattagcaaaatcatgatttctttgaagtgactctggggtagga 326  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | | |||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  22177265 gttttccaaaagaaacacgttgaagtcatctaaagagcaatctaacatgaggtttataccagcaaaactatgatttctttgaaatgactcaggagtagga 22177166  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  22177165 a 22177165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University