View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1526-2-Insertion-8 (Length: 830)

Name: NF1526-2-Insertion-8
Description: NF1526-2
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1526-2-Insertion-8
NF1526-2-Insertion-8
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-830)||(26733231-26734060)
chr4 (7-695)||(26725058-26725746)
chr4 (754-823)||(26724744-26724814)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 26734060 - 26733231
Alignment:
Q  7 agtttcatcaggctaacgatttcctctggaagaggaccttcgaaattattgtcataagcatctagagcctcaagtttcttcattccgaaagtgatgttgc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26734060 agtttcatcaggctaacgatttcctctggaagaggaccttcgaaattattgtcataagcatctagagcctcaagtttcttcattccaaaagtgatgttgc 26733961  T
Q  107 cggggaagttaccggagaagaggttgtgagagatgttgaggattctaagagaagtaagtttggatagctcagttggaagctcgccggtgagattgtccat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733960 cggggaagttaccggagaagaggttgtgagagatgttgaggattctaagagaagtaagtttggatagctcagttggaagctcgccggtgagattgtccat 26733861  T
Q  207 agtgattgtaaggctctcgagcatgttcaactctccgatctccttggaaaggtgtccgaagagtggaacttgcgtcacgttcaaagcaatcacacgttga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733860 agtgattgtaaggctctcgagcatgttcaactctccgatctccttggaaaggtgtccgaagagtggaacttgcgtcacgttcaaagcaatcacacgttga 26733761  T
Q  307 tcttcgtcgcattttacaccggaaaatgaacagtgagctgaagcagaagttgaaaatttccagtctttgagtgcatcatctttggcyttctttcctttca 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26733760 tcttcgtcgcattttacaccggaaaatgaacagtgagctgaagcagaagttgaaaatttccagtctttgagtgcatcatctttggctttctctcctttca 26733661  T
Q  407 ttgannnnnnnagctttagcaacgcatcaagatcattatttaatgaataacacgttgtaaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgctttt 506  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26733660 ttgatttttttagctttagcaacgcatcaagatcattatttaatgaataacacgttgtaaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgttttt 26733561  T
Q  507 catctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattgggtgtatttaatttctctttttggtaccaca-----ctcacac 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||    
T  26733560 catctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattgggtgtatttaatttctctttttggtaccacaccactctcacac 26733461  T
Q  602 tacatgcagtgattgcattctgtatttataataagtacaatcatagttaatttaattgatgttatcttattggttaacatatggtagagtggagtatagt 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26733460 tacatgcagtgattgcattctgtatttataataagtacaattatagttaatttaattgatgttatcttattggttaacatatggtagagtggagtataat 26733361  T
Q  702 ctttgtgtaatatcctatttcccactaattaagtccgcgagtagacgtaatttacttttgtaaccaagatgcaattctttgtaaaagagacac-ttagaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |||    
T  26733360 ctttgtgtaatatcctatttcccactagttaagtccacgagtagacttaatttacttttgtaacaaagatgcaattctttgtaaaagacacactttggaa 26733261  T
Q  801 tgaaaccaaggttgatttatgtatttttcc 830  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26733260 tgaaaccaaagttgatttatgtatttttcc 26733231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 26725746 - 26725058
Alignment:
Q  7 agtttcatcaggctaacgatttcctctggaagaggaccttcgaaattattgtcataagcatctagagcctcaagtttcttcattccgaaagtgatgttgc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26725746 agtttcatcaggctaacgatttcctctggaagaggcccttcgaaattattgtcataagcatctagagcctcaagtttcttcattccgaaagtgatgttgc 26725647  T
Q  107 cggggaagttaccggagaagaggttgtgagagatgttgaggattctaagagaagtaagtttggatagctcagttggaagctcgccggtgagattgtccat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26725646 cggggaagttaccggagaagaggttgtgagagatgttgaggattctaagagaagtaagtttggatagctcagttggaagctcgccggtgagattgtccat 26725547  T
Q  207 agtgattgtaaggctctcgagcatgttcaactctccgatctccttggaaaggtgtccgaagagtggaacttgcgtcacgttcaaagcaatcacacgttga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||     
T  26725546 agtgattgtaaggctctcgagcatgttcaactctccgatctccttggaaaggtgtccgaagagtggaacttgcgtcacgtttagagcaatcactcgttgt 26725447  T
Q  307 tcttcgtcgcattttacaccggaaaatgaacagtgagctgaagcagaagttgaaaatttccagtctttgagtgcatcatctttggcyttctttcctttca 406  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  26725446 tctccgtcgcatttgacaccggaaaatgaacagtgacctgaagcagaagttgaaaatttccagtctttgagtgcatcatctttggctttctctcctttca 26725347  T
Q  407 ttgannnnnnnagctttagcaacgcatcaagatcattatttaatgaataacacgttgtaaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgctttt 506  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26725346 ttgatttttttagctttagcaacgcatcaagatcattatttaatgaataacacgttgtaaataacatgcacaatagtagcaaataacatgtgatgctttt 26725247  T
Q  507 catctttctcttttgctcagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattgggtgtatttaatttctctttttggtaccacactcacactacat 606  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26725246 catctttctcttttgctaagttttgtacctatgaattggtttgcaatgtttgcattgggtgtatttaatttctctttttggtaccacactcacactacat 26725147  T
Q  607 gcagtgattgcattctgtatttataataagtacaatcatagttaatttaattgatgttatcttattggttaacatatggtagagtggag 695  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  26725146 gcagtgattgcattctatatttataataagtacaattatagttaatttaattgatattatcttatttgttcacatatggtggagtggag 26725058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 754 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 26724814 - 26724744
Alignment:
Q  754 tacttttgtaaccaagatgcaattctttgtaaaagagacac-ttagaatgaaaccaaggttgatttatgta 823  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||  ||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  26724814 tacttttgtgacaaagatgcaattctttgttaaagacgcactttggaatgaaaccaaagttgatttatgta 26724744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University