View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15264_low_1 (Length: 755)

Name: NF15264_low_1
Description: NF15264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15264_low_1
NF15264_low_1
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (12-561)||(1948482-1949032)
chr8 (203-561)||(2029315-2029673)
chr8 (221-561)||(2050624-2050964)
chr8 (230-561)||(2037465-2037796)
chr8 (218-561)||(2057854-2058197)
chr8 (248-561)||(2055060-2055373)
chr8 (220-561)||(2033891-2034232)
chr8 (221-561)||(2046709-2047035)
chr8 (230-561)||(10768366-10768697)
chr8 (625-741)||(1948302-1948418)
chr8 (362-482)||(2022898-2023018)
chr8 (447-497)||(1094256-1094306)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (285-561)||(48906778-48907054)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (369-561)||(28735273-28735465)
chr2 (369-561)||(28700269-28700464)
chr2 (364-482)||(28742434-28742552)
chr2 (369-479)||(28783421-28783534)
chr2 (453-555)||(28690519-28690621)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (482-561)||(17183305-17183384)
chr1 (439-503)||(16439240-16439304)
chr1 (439-482)||(16425974-16426017)
chr1 (439-482)||(16442252-16442295)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (447-497)||(29463893-29463943)
chr7 (21-73)||(4160653-4160705)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (33-71)||(7570360-7570398)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 1949032 - 1948482
Alignment:
Q  12 caaaggacgaattgtttaaaagaacctcagttcgatttctagatcgaacaattttttgtcgggcttc-cttacctttcgatcgaagatattattagtaaa 110  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1949032 caaaggacgaattgtttagaagaacctcagttcgatttctagatcgaacaattttttgtcgggcttttcttacctttcgatcgaagatattattagtaaa 1948933  T
Q  111 aagaaatcatatcatatctttatcatgctttatattatatcatatctcttgcaatatcatgtgcttcgaactggccgaaacattttaaaattaatttaac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  1948932 aagaaatcatatcatatctttatcatgctttatattatatcatatctcttgtagtatcatgtgcttcgaactgaccgaaacattttaaaattaatttaat 1948833  T
Q  211 tctcatttacttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattagg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1948832 tctcatttacttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattagg 1948733  T
Q  311 tttgaaaccaaaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatggga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1948732 tttgaaaccaaaccatctaaaagatatgggttgtactgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatggga 1948633  T
Q  411 acaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacac 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1948632 acaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacac 1948533  T
Q  511 ctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1948532 ctgcaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 1948482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 203 - 561
Target Start/End: Original strand, 2029315 - 2029673
Alignment:
Q  203 aatttaactctcatttacttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaa 302  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| ||    
T  2029315 aatttagctctcatttactaattcttgcagagatatactactagaatatgggaaacaggtgatgaatctaggaactttgctgtttgaattgttgtcacaa 2029414  T
Q  303 gcattaggtttgaaaccaaaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactga 402  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  2029415 gctttaggtttgaatccaaaccatctaaaagatatgggttgtgccgaagggctaattgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattga 2029514  T
Q  403 ctatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattga 502  Q
    || |||||||||| |||||||  ||| ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2029515 ctgtgggaacaacaaagcattgtgacaatgatttcctcacagtgcttctccaagaccatattggtggcctccaagttctttatgaagataaatggattga 2029614  T
Q  503 tataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2029615 tataacacctgtacctggagctctcgtagttaatgttggtgatcttttgcaggcaagtt 2029673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 221 - 561
Target Start/End: Original strand, 2050624 - 2050964
Alignment:
Q  221 ttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaacca 320  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  | ||||||||  |||||||||| |||||  |||| |||    
T  2050624 ttattcttacagagatgtaatactagaatatgggaaacaggtgatgaatctaggaactttactatttgaattgatgtcagaagctttaggactgaatcca 2050723  T
Q  321 aaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||    
T  2050724 aaccatctaaaagatatgggttgtgctgaagggctaattgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtcggaacaacaaagc 2050823  T
Q  421 attcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactgg 520  Q
    |||| ||  ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2050824 attctgataatgatttcctcacagtgcttcttcaagaccatattggtggcctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtatctgg 2050923  T
Q  521 agctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2050924 agctctcatagttaatgttggtgatcttttgcaggcaagtt 2050964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 230 - 561
Target Start/End: Original strand, 2037465 - 2037796
Alignment:
Q  230 cagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaaccaaaccatcta 329  Q
    ||||||||||   ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||  |  ||||| |||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  2037465 cagagatatacttctagaatatggaaaacacatgacaaatctagggaccttactgttttaattgttatcagaagctttaggtctgaatccaaaccatcta 2037564  T
Q  330 aaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagacc 429  Q
    |||||||||| |||| |  |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  2037565 aaagatatggattgtgctaaaggactatttgctctttgccattattatccttcttgtccggaaccagaattgactgtgggaacagccaagcattcagacc 2037664  T
Q  430 atagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcat 529  Q
    || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2037665 atggttttctcacagtgcttatccaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtatctggagctctcat 2037764  T
Q  530 agttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2037765 agttaatattggtgatcttctgcaggcaagtt 2037796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 218 - 561
Target Start/End: Original strand, 2057854 - 2058197
Alignment:
Q  218 tacttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaa 317  Q
    ||||| ||||| ||||||| | |  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  2057854 tacttgttcttgcagagatgtgatactataatatgggaaacaagtgatgaatctaggaactttactgtttgaattgttgtcagaagctttaggtttgaat 2057953  T
Q  318 ccaaaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaacta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||| |    
T  2057954 ccaaaccatctaaaagatatgggttgtgctgaagggctaattgctctttgtcattattatccttcttatcccgaaccagaattgactgtgggaacaacca 2058053  T
Q  418 agcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaac 517  Q
    ||||||| ||  ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2058054 agcattctgataatgatttcctgacaatgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtacc 2058153  T
Q  518 tggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  2058154 tggagctctcctagttaatgttggtgatcttcttcaggcaagtt 2058197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 248 - 561
Target Start/End: Original strand, 2055060 - 2055373
Alignment:
Q  248 atatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaaccaaaccatctaaaagatatgggttgtacc 347  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| |     
T  2055060 atatgggaaacacatgatgaatctagggactttattatttgaattgttgtcagaagcattaggtttgaatccaaaccatttgaaagatatggattgtgct 2055159  T
Q  348 gaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgc 447  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| ||  ||  ||| ||||||||||    
T  2055160 gaagggctgattgctctttgccattactaccctccttgtcctgaaccagaattgactgtcggaacaacaaagcattctgataatgatttcctcacagtgc 2055259  T
Q  448 ttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatct 547  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2055260 ttcttcaagaccatattggtggcctccaagttctttatgacgataaatggattgatataacacctgtatctggagctctaatagttaatgttggtgatct 2055359  T
Q  548 tttgcaggcaagtt 561  Q
    ||||||||||||||    
T  2055360 tttgcaggcaagtt 2055373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 220 - 561
Target Start/End: Original strand, 2033891 - 2034232
Alignment:
Q  220 cttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaacc 319  Q
    ||||||||| ||||||||||    || ||||||||||| || ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  2033891 cttattcttgcagagatatactgttacaatatgggaaatacatgatgaatctagggactttattatttgaattgttgtcagaagcattaggtttgaatcc 2033990  T
Q  320 aaaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaag 419  Q
    ||||||| | |||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||    
T  2033991 aaaccatttgaaagatatggattgtgctgaagggctgattgctctttgccattactaccctccttgtcctgaaccagaattgactgtaggaacaacaaag 2034090  T
Q  420 cattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactg 519  Q
    ||||| ||  ||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
T  2034091 cattctgataatgatttcctcacagtgcttctacaagaccatgttggtggtcttcaagttctgtatgacgacaaatggattgatataacacctgtacctg 2034190  T
Q  520 gagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    |||||||||| ||| || | ||||||||| ||||||||||||    
T  2034191 gagctctcattgttgatgtcggtgatcttctgcaggcaagtt 2034232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 221 - 561
Target Start/End: Original strand, 2046709 - 2047035
Alignment:
Q  221 ttattcttacagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaacca 320  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||||  ||||||||| | |||    
T  2046709 ttattcttgcagagatataatactagaatatggaaaacacatgatgaatctagggactttattgtttgaattgttatctgaagatttaggtttgcatcca 2046808  T
Q  321 aaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagc 420  Q
    || |||||||||||||||| ||||||  ||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |       
T  2046809 aatcatctaaaagatatggattgtactcaagggttatttgctctttgccattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtgggaacaacca--- 2046905  T
Q  421 attcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactgg 520  Q
               ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2046906 -----------agtattctgacagtgcttctacaagaccatataggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatatagcacctgtacctgg 2046994  T
Q  521 agctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  2046995 atctctcatagttaatgttggtgatcttctgcaggtaagtt 2047035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 230 - 561
Target Start/End: Original strand, 10768366 - 10768697
Alignment:
Q  230 cagagatataaccctagaatatgggaaacacgtgatgaatctagggactatgttgtttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaaccaaaccatcta 329  Q
    ||||||||||   ||||||||||| |||||| |||  || ||||||||| | ||||||||| | |  |||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  10768366 cagagatatattgctagaatatggaaaacacatgagaaacctagggactttattgtttgaactatgctcagaagctttaggtctgaatccaaaccatcta 10768465  T
Q  330 aaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagacc 429  Q
    |||||||| | |||| | |||||  |  ||||| |  | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||      
T  10768466 aaagatattgattgtgctgaaggattacttgctctcggtcattattatcctccttgtcctgaaccagaattgactgtgggaacaaccaagcattctgata 10768565  T
Q  430 atagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcat 529  Q
    ||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||    
T  10768566 atgatttcctcactgtgcttctccaagaccatattggtggcctccaagttctttatcaggataaatggattgatattacacctgttcctggggctctcat 10768665  T
Q  530 agttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  10768666 agttaatgttggagatcttttgcaggcaagtt 10768697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 625 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 1948418 - 1948302
Alignment:
Q  625 ttacatacaaaatgccttgtttatgtgattagctaaatgagataagtactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaggatcaatatagtagatgcaaacat 724  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1948418 ttacatacaaaatgccttgtttatgtgattagctaaatgagataagtactgttttttaatttgtttttgtttgaaggatcaatatagtagatgcaaacat 1948319  T
Q  725 atagctaattattttct 741  Q
    |||||||||||||||||    
T  1948318 atagctaattattttct 1948302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 362 - 482
Target Start/End: Original strand, 2022898 - 2023018
Alignment:
Q  362 tgtttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccat 461  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| |||||| | ||  |    ||| |||| |||||||||||||| |||    
T  2022898 tgtttgccattactatccttcctgtccagaaccagaattgactttgggaataaccaagcatacggataacgactttatcaccgtgcttctacaagatcat 2022997  T
Q  462 attggtggtctccaagttctt 482  Q
    ||||| || ||||||||||||    
T  2022998 attggcggcctccaagttctt 2023018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 497
Target Start/End: Original strand, 1094256 - 1094306
Alignment:
Q  447 cttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatgg 497  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1094256 cttctacaagaccaacttggtggtctacaagttcttcatgaagataaatgg 1094306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 285 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 48907054 - 48906778
Alignment:
Q  285 tttgaatttttgtcagaagcattaggtttgaaaccaaaccatctaaaagatatgggttgtaccgaagggctgattgctgtttgccattattatccttctt 384  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |    
T  48907054 tttgaattgctgtcagaagctttaggtctgaatccaaaccatctaaaagatatgggttgtgttgaagggctaattgctgcttgccattattatcctccat 48906955  T
Q  385 gtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttcttta 484  Q
    | |||||||||||  ||||| |||||  ||  |||||||| |||  | |||| ||  | ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48906954 gccctgaaccagatttgactgtgggactaaaaaagcattctgacactggtttccttgcggtggttctccaagaccatattggtggcctccaagttcttta 48906855  T
Q  485 tgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    | ||||||||||| ||||| | | |||| ||  |||  ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  48906854 tcaagataaatgggttgatgtgaaacctatacatgggtctctcgtagttaatgttggtgaccttttgcaggcaagtt 48906778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 369 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 28735465 - 28735273
Alignment:
Q  369 cattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatattggtg 468  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||  | || |||||||| || || ||||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28735465 cattactatcctgcttgtcctgaaccagatttaacaatgggaaccaccaaacattctgatggtagttttctcacagtgcttctccaagaccatattggtg 28735366  T
Q  469 gtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    |||| |||||||||||  |||| || ||||| ||| || |||| ||| | |  |||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28735365 gtcttcaagttctttaccaagaaaagtggatcgatgtaccaccggtacccgaggctcttgttgttaatattggtgatcttctgcaggcaagtt 28735273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 28700464 - 28700269
Alignment:
Q  369 cattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagacc---atattg 465  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||  | || |||||||| || || ||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||||||    |||||    
T  28700464 cattactatcctgcttgtcctgaaccagatttaacaatgggaaccaccaaacattctgatgttagttttctcacagtgcttctccaagaccgtattattg 28700365  T
Q  466 gtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    |||| || ||||||||| |  |||| || ||||| ||| || |||| ||| | || |||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28700364 gtggccttcaagttcttcaccaagacaagtggatcgatgtaccaccggtacccggggctcttgttgttaatatcggtgatcttctgcaggcaagtt 28700269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 364 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 28742552 - 28742434
Alignment:
Q  364 tttgccattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaagaccatat 463  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| |  | || ||||||||  | || ||||| ||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  28742552 tttgccattactatcctgcttgtcctgaaccacatttaacgatgggaaccgccaaacattctgatagtagtttcctcacagtgcttcttcaagaccatat 28742453  T
Q  464 tggtggtctccaagttctt 482  Q
    |||||| || |||||||||    
T  28742452 tggtggccttcaagttctt 28742434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 369 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28783534 - 28783421
Alignment:
Q  369 cattattatccttcttgtcctgaaccagaactgactatgggaacaactaagcattcagaccatagttttctcacagtgcttctacaa---gaccatattg 465  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||||| ||   | ||||||||||| ||||||| |||   || |||||||    
T  28783534 cattactatcctgcttgtcctgaaccagaattaactatgggaaccacaaaacattctgatagttgttttctcacattgcttcttcaagatgatcatattg 28783435  T
Q  466 gtggtctccaagtt 479  Q
    |||| |||||||||    
T  28783434 gtggcctccaagtt 28783421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 453 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 28690621 - 28690519
Alignment:
Q  453 caagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgc 552  Q
    ||||| |||||||| ||  | ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||| | | |||||||||  | || || ||||||||||||||||    
T  28690621 caagatcatattggcggcttacaagttcttcatgacgatcaatggattgatgtaactcctatcaatggagctcttgtcgtaaacattggtgatcttttgc 28690522  T
Q  553 agg 555  Q
    |||    
T  28690521 agg 28690519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 482 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 17183384 - 17183305
Alignment:
Q  482 ttatgaagataaatggattgatataacacctgtaactggagctctcatagttaatattggtgatcttttgcaggcaagtt 561  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  17183384 ttatgaaaataaatggattaatataacacctgtaactggagctctcatagttaatgttggcgatcttttgcaggcaagtt 17183305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 439 - 503
Target Start/End: Original strand, 16439240 - 16439304
Alignment:
Q  439 tcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatggattgat 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||    
T  16439240 tcacggtgcttctacaagatcatacaggtggtctccaagttcttcataaagatatgtggattgat 16439304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 16426017 - 16425974
Alignment:
Q  439 tcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctt 482  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  16426017 tcacagtgcttctacaagatcatataggtggcctccaagttctt 16425974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 16442295 - 16442252
Alignment:
Q  439 tcacagtgcttctacaagaccatattggtggtctccaagttctt 482  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  16442295 tcacagtgcttctacaagatcatataggtggcctccaagttctt 16442252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 497
Target Start/End: Original strand, 29463893 - 29463943
Alignment:
Q  447 cttctacaagaccatattggtggtctccaagttctttatgaagataaatgg 497  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  29463893 cttctacaagaccaacttggtggtcttcaagttcttcatgaagataaatgg 29463943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 4160705 - 4160653
Alignment:
Q  21 aattgtttaaaagaacctcagttcgatttctagatcgaacaattttttgtcgg 73  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4160705 aattgtttaagagaacctgagttcaatttctagatgtaacaattttttgtcgg 4160653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 7570398 - 7570360
Alignment:
Q  33 gaacctcagttcgatttctagatcgaacaattttttgtc 71  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7570398 gaacctgagttcgatttctagattgaacaattttttgtc 7570360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University