View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1526R-Insertion-3 (Length: 949)

Name: NF1526R-Insertion-3
Description: NF1526R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1526R-Insertion-3
NF1526R-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-918)||(2466479-2467390)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 918
Target Start/End: Original strand, 2466479 - 2467390
Alignment:
Q  9 caaaaaatcctttccagcaacataaacctcaacagcaggaaacttcaaccaaacactctcactcacatcatctttctcaaaattacaaccnnnnnnnttg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |    
T  2466479 caaaaaatcctttccagcaacataaacctcaacagcaggaaacttcaaccaaacactctcactcacatcatctttctcaaaattacaaccaaaaaaatcg 2466578  T
Q  109 cggtccgaatcttcaggcaaactcaatctccaaaacatatcattcattttcacatcctcaacacctccttctttctccatctctttctcagtccttttct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2466579 cggtccgaatcttcaggcaaactcaatctccaaaacatatcattcattttcacatcctcaacacctccttcttcctccatctctttctcagtccttttct 2466678  T
Q  209 cactcccaaaataaggatgtataagtataacccctttaatcttcacaggacaaaacccatcattttgaatagctttaacagcaacataatgagaaatgtt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2466679 cactcccaaaataaggatgtataagcataacccctttaatcttcacaggacaaaacccatcattttgaatagctttaacagcaacataatgagaaatgtt 2466778  T
Q  309 accaccagcactatcaccagagagaaaaacatttgataaatcagcatgtcgtagaaacggttcggttttcacattttcaccaagccattcaagtgatgag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2466779 accaccagcactatcaccagagagaaaaacatttgataaatcagcatgtcgtagaaacggttcggttttcacattttcaccaagccattcaagtgatgag 2466878  T
Q  409 taacaatcttcataagctattggaagacgatgctccggtgctaaccggtaatcaacagagagaataatggactgtgacgcgacggagaaatctccgagga 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2466879 taacaatcttcataagctattggaagacgattctccggtgctaaccggtaatcaacagagagaataatggactgtgacgcgacggagaaatctccgagga 2466978  T
Q  509 agttgttgtaaccaagccatgttgtggaaccaatgcaaaagccaccaccatggaaataaactaagagaggtaggagttttttggttggattgtttggaat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2466979 agttgttgtaaccaagccatgttgtggaaccaatgcaaaagccaccaccatggaaataaactaagagaggtaggagttttttggttggattgtttggaat 2467078  T
Q  609 gaagattcttcctgtgatgggttttgtagggtcaatgattacgtctttggatttgtatttgttggatgaatctaatgagggtggtgctatttctgggttg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2467079 gaagattcttcctgtgatgggttttgtagggtcaatgattatgtctttggatttgtatttgttggatgaatctaatgagggtggtgctatttctgggttg 2467178  T
Q  709 aaacgtctcaccgttccatctgagaaaacttgaagaaattctggtgcttctgc-attaaggacattttatttttgttgcttgcacaaaactgaagtggta 807  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2467179 aaacgtttcaccgttccatctgagaaaacttgaagaaattctggtgcttctgcaattaaggacattttatttttgttgcttgcacaaaactgaagtggta 2467278  T
Q  808 c-aggt-gtgagtttctgtatctgaattatgacttagagttatttttatacataagctg-aaaaattgtttgtgnnnnnnnnatgatatggttgattgat 904  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| ||||||||||||||        ||||||  ||||||||||    
T  2467279 ctaggtggtgagtttctgtatctgaattatgacttagaggttattttatacat-agctgaaaaaattgtttgtg-tttttttatgataatgttgattgat 2467376  T
Q  905 acattcttggtggt 918  Q
    ||||||||||||||    
T  2467377 acattcttggtggt 2467390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University