View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15274_low_5 (Length: 330)

Name: NF15274_low_5
Description: NF15274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15274_low_5
NF15274_low_5
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-327)||(35423631-35423957)
chr5 (1-327)||(35376372-35376698)
chr5 (5-317)||(35410649-35410955)
chr5 (1-315)||(35754792-35755100)
chr5 (132-327)||(35370210-35370408)
chr5 (5-327)||(35385978-35386294)
chr5 (8-290)||(35366863-35367139)
chr5 (8-257)||(35437049-35437292)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-317)||(10409894-10410210)
chr1 (5-327)||(10415595-10415911)
chr1 (8-327)||(10420485-10420798)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-327)||(29623032-29623352)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-303)||(30663012-30663308)
chr2 (1-303)||(30671692-30671988)
chr2 (1-303)||(30626061-30626357)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-252)||(1153787-1154032)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (161-303)||(13564620-13564762)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 35423957 - 35423631
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35423957 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 35423858  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35423857 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 35423758  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35423757 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacagcaagttaggattttcacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 35423658  T
Q  301 ttccaccatgaaactctctgctcctcc 327  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35423657 ttccaccatgaaactctttgctgctcc 35423631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 35376698 - 35376372
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376698 atcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 35376599  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35376598 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttccagattcccactaggcatgaactcaa 35376499  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376498 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 35376399  T
Q  301 ttccaccatgaaactctctgctcctcc 327  Q
    |||| | |||||||||| |||| ||||    
T  35376398 ttccgcaatgaaactctttgctgctcc 35376372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 35410955 - 35410649
Alignment:
Q  5 tcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgt 104  Q
    ||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||    
T  35410955 tcaagaagaacgttgctcggcttaagatcacagtgaactacagcttgctctgtctcattgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgt 35410856  T
Q  105 ctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaac 204  Q
    |||||||||||||||  ||||||||  |||||  |||| |      ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  35410855 ctaacctttgtgtgaggttgagattatgattttcagaccc------ttcgttatcatgcaaaaacttttctagattcccattaggcattaactcaaaaac 35410762  T
Q  205 aatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcc 304  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  35410761 aatagccttgaactcttcaccattataatcaacacttgaacaacacgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcttaaagcattgcattcc 35410662  T
Q  305 accatgaaactct 317  Q
     ||||||||||||    
T  35410661 gccatgaaactct 35410649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 35755100 - 35754792
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  35755100 atcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactacgacttgttctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagca 35755001  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| | |||||  |||       |||| ||| | |||||||  ||||| ||| ||||| | | |||||||||||    
T  35755000 atgtctaacctttgtgtgaggttgagattaaaatttcctgac------ccttcattatcgtgcaacaacttttcaagactcccatttgacatgaactcaa 35754907  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  35754906 aaacaatagctttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaagattccggtgcttcatctttcccaatgcattgca 35754807  T
Q  301 ttccaccatgaaact 315  Q
    |||| | ||||||||    
T  35754806 ttccgctatgaaact 35754792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 132 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 35370408 - 35370210
Alignment:
Q  132 gatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaa-tcttcaccattat 230  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||    
T  35370408 gatttctagactcatgttcttcgttaccatgcaacatgttttctaaactcccattgggcatgaactcaaaaacaatagccttggaactcttcaccattat 35370309  T
Q  231 aatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgc--attccaccatgaaactctctgctcctcc 327  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| |||| ||||    
T  35370308 aatcaacacttgagcaacacgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcctaaagcattgcatattccgcaatgaaactctttgctgctcc 35370210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 35386294 - 35385978
Alignment:
Q  5 tcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgt 104  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||    
T  35386294 tcaagaagaacgttgcttggcttaagatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgt 35386195  T
Q  105 ctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaac 204  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||  |||||  |||| |      ||| |||   ||||| |  ||||| ||| || || | | |||||||||||||||    
T  35386194 ctaacctttatgtgaggttgagattatgattttcagaccc------ttcattattgtgcaaaaacttttcaagactctcatttgacatgaactcaaaaac 35386101  T
Q  205 aatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcc 304  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  35386100 aatagccttgaaatcttcacccttataatcaacacttgaacaacaggttaggaccttgacaagattctggtgcttcatctttcccagagcattgcattct 35386001  T
Q  305 accatgaaactctctgctcctcc 327  Q
     |||||||||||| |||| ||||    
T  35386000 gccatgaaactctttgctgctcc 35385978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 35367139 - 35366863
Alignment:
Q  8 agaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtcta 107  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||    ||  |||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||| |    
T  35367139 agaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggatttctctgtaccattgtgaagataatcgagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaa 35367040  T
Q  108 acctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaat 207  Q
      || ||| |||   |||||||  |||||| |||| |      ||||||| ||||||  || ||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||    
T  35367039 ctctgtgtctgaggctgagattatgatttccagaccc------ttcgttatcatgcagaagcttttctagacttcccttaggcatgaactcaaaaacaat 35366946  T
Q  208 ggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttccta 290  Q
     ||||| || |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35366945 agccttgaactcttcacccttataatcaatgcttgaacaacaagttaggatcttgacaagatttcggtgcttcatctttccta 35366863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 35437292 - 35437049
Alignment:
Q  8 agaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtcta 107  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||  | || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    ||    
T  35437292 agaagaacattacttggcttaatatcacagtgaactacagcttcatgggaattatggtgaagataatccaatgcatgggctacatcgagagcaacactta 35437193  T
Q  108 acctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaat 207  Q
    |||||||| |||      |||| ||||||||||||||| ||| ||| |||   ||||||| |  ||||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||    
T  35437192 acctttgtctga------gatttagatttctagactcaagatgttcattattgtgcaacaagccttctagactccccataggcatgaattcaaaaactat 35437099  T
Q  208 ggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttagga 257  Q
     ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  35437098 agccttgaaaacttcaccattataatcaatacttgaacagaaagttagga 35437049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 10409894 - 10410210
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  |||  ||||| || ||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  10409894 atcatcgagaagaacattgcttggtttaacgccactatgaaccaccacttgctctgcatcaatgtgaagataatccaatgcatgagctacgttgagaaca 10409993  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||| | | ||||| |||||||||||||||    
T  10409994 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcgtgttctttattaccatgcaaaaggttttccaaactcccattaggcatgaactcaa 10410093  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| | ||| |||||    
T  10410094 aaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttaacaagattccggtgcttcatgtttcccagagctttgca 10410193  T
Q  301 ttccaccatgaaactct 317  Q
    |||||||| ||||||||    
T  10410194 ttccaccacgaaactct 10410210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 327
Target Start/End: Original strand, 10415595 - 10415911
Alignment:
Q  5 tcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgt 104  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||    
T  10415595 tcaagaagaacgttgcttgacttaacatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagataatcaagtgcatgagctagatcaagagcgatgt 10415694  T
Q  105 ctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaac 204  Q
    ||||||||||||  |   |||||||  || ||| |||| |      ||||||| | ||||  |  ||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  10415695 ctaacctttgtgccaggctgagattatgaattccagaccc------ttcgttatcgtgcagaatcttttccagactccccttaggcatgaactcaaaaac 10415788  T
Q  205 aatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcc 304  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415789 aatagccttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcc 10415888  T
Q  305 accatgaaactctctgctcctcc 327  Q
     |||||||||||| |||| ||||    
T  10415889 tccatgaaactctttgctgctcc 10415911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 327
Target Start/End: Original strand, 10420485 - 10420798
Alignment:
Q  8 agaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtcta 107  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||   |||| |||||| ||| |||||||||||  | |||||||||||| || ||||||||||| |    
T  10420485 agaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataattaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaa 10420584  T
Q  108 acctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaat 207  Q
     ||||||| |||   |||||||  || ||| |||| |      ||| ||| | ||||  || ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  10420585 ccctttgtctgaggctgagattatgaattccagaccc------ttctttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactcaaaaacaat 10420678  T
Q  208 ggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccacc 307  Q
     ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||| | || |||  |     
T  10420679 agccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcggtgtttcatctttcctagagcttcgcgttctgct 10420778  T
Q  308 atgaaactctctgctcctcc 327  Q
     ||||||||| |||||||||    
T  10420779 ttgaaactctttgctcctcc 10420798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Original strand, 29623032 - 29623352
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  29623032 atcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagca 29623131  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||  |  ||| ||| ||     |||| ||| | |||||||  ||||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  29623132 atgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccaga-tc-----cttcattatcgtgcaacatcttttctagactcatattaggcatgaactcaa 29623225  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||  || ||    
T  29623226 aaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagatttaca 29623325  T
Q  301 ttccaccatgaaactctctgctcctcc 327  Q
    |||  | |||||||||| |||| ||||    
T  29623326 ttctgcaatgaaactctttgctgctcc 29623352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30663308 - 30663012
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  30663308 atcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagca 30663209  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    ||||| | |||||||||||   |||||||  || ||| ||||      ||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  30663208 atgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagac------tcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactcaa 30663115  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30663114 aaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgca 30663015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30671988 - 30671692
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |  || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  30671988 atcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagca 30671889  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    ||||| | |||||||||||   |||||||  || ||| ||||      ||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  30671888 atgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagac------tcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactcaa 30671795  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30671794 aaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgca 30671695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30626357 - 30626061
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |  || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  30626357 atcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacattgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagca 30626258  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    ||||| | |||||||||||   |||||||  || ||| ||||      ||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  30626257 atgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagac------tcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactcaa 30626164  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgca 300  Q
    ||||||| ||||| || || ||||| |||||||| |  ||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30626163 aaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctattcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgca 30626064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 1154032 - 1153787
Alignment:
Q  1 atcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacagtgaactacaacttgatctgtatcatggtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||| | |||||||| ||||||| |||| | |||||||||||  || ||||||    
T  1154032 atcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactgtaacttgctttgtatcattgtgaagaaaatcaagtgcatgagctatatcaagagca 1153933  T
Q  101 atgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaa 200  Q
    |  |||| ||||| |||||  ||||||||  |||||  ||||       ||||  || |||||||||  ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  1153932 aaatctaccctttttgtgagcttgagattgtgattttcagac------ccttcaatatcatgcaacatcttttctagactcccgttaggcatgaactcaa 1153839  T
Q  201 aaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagt 252  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||  |||||| |||||| ||||||||    
T  1153838 aaacaatagccttgaaatcttcacctttgcaatcaatacttgagcaacaagt 1153787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 161 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 13564762 - 13564620
Alignment:
Q  161 tgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattt 260  Q
    |||||||  ||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||||||||  |||  || || |    
T  13564762 tgcaacatcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacattaaggaagaatct 13564663  T
Q  261 tgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattc 303  Q
    | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13564662 taacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattc 13564620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University