View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15276_low_18 (Length: 300)

Name: NF15276_low_18
Description: NF15276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15276_low_18
NF15276_low_18
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-282)||(32203756-32204025)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-282)||(40453622-40453891)
chr2 (135-282)||(40092444-40092591)
chr2 (13-54)||(40458177-40458218)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (39-274)||(39745541-39745776)
chr8 (135-282)||(12462801-12462948)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (39-274)||(56389683-56389918)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (39-274)||(9717361-9717596)
chr1 (39-274)||(27513926-27514161)
chr1 (135-282)||(8189570-8189717)
chr1 (45-98)||(2700975-2701028)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (135-282)||(4246004-4246151)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (135-282)||(8018430-8018577)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 32204025 - 32203756
Alignment:
Q  13 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32204025 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgtt 32203926  T
Q  113 aaacaccttgctcgatactcctttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203925 aaacaccttgctcgatactcctttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttg 32203826  T
Q  213 atgaaatgtctatcaatttcaacatgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32203825 atgaaatgtctatcaatttcaacatgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 32203756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 13 - 282
Target Start/End: Original strand, 40453622 - 40453891
Alignment:
Q  13 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40453622 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgtt 40453721  T
Q  113 aaacaccttgctcgatactcctttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttg 212  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40453722 aaacaccttgcttgatactcctttagtgagcatatcagttaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttg 40453821  T
Q  213 atgaaatgtctatcaatttcaacatgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40453822 atgaaatgtctatcaatttcaacatgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 40453891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 135 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 40092591 - 40092444
Alignment:
Q  135 ttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaa 234  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||  ||||  | ||||| ||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |    
T  40092591 ttagtaagcatatcagcaagttgttgttctgattttacaaacggaaatgcaataataccagcttcaatcttttctttgatgaaatgcctatcaatttcca 40092492  T
Q  235 catgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  40092491 cgtgttttgtgcgatcatgttggacagggttatgagcaatctctatgg 40092444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 54
Target Start/End: Original strand, 40458177 - 40458218
Alignment:
Q  13 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaaca 54  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40458177 aatatctcttcctagaataacaacagttgacttattttaaca 40458218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 39745776 - 39745541
Alignment:
Q  39 ttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgttaaacaccttgctcgatactcctttag 138  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||  |||| |  |||||||| |    
T  39745776 ttgacttatcttaacacccccactcaaattggtgcatggatatcacacattcccaacttgaataatgactcgttaaacactctgcttgtcactcctttgg 39745677  T
Q  139 tgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaacatg 238  Q
    |||| | ||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||   ||||   ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  39745676 tgagaacatcggctaactgcagttccgatcttacaaagggaaaggaaattactccagcttcaagcttttctttgatgaaatgtctatcaatctctacatg 39745577  T
Q  239 ttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaat 274  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  39745576 ttttgttctatcatgttggacaggattatgagcaat 39745541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 135 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 12462948 - 12462801
Alignment:
Q  135 ttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaa 234  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||  ||||  | ||||| ||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |    
T  12462948 ttagtaagcatatcagcaagttgttgttctgattttacaaacggaaatgcaataataccagcttcaatcttttctttgatgaaatgcctatcaatttcca 12462849  T
Q  235 catgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12462848 cgtgttttgtgcgatcatgttggacagggttatgagcaatctctatgg 12462801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Original strand, 56389683 - 56389918
Alignment:
Q  39 ttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgttaaacaccttgctcgatactcctttag 138  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||  |||| |  |||||||| |    
T  56389683 ttgacttatcttaacacccccactcaaattggtgcatggatatcacacattcccaacttgaataatgactcgttaaacactctgcttgtcactcctttgg 56389782  T
Q  139 tgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaacatg 238  Q
    |||| | ||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||   ||||   ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  56389783 tgagaacatcggctaactgcagttccgatcttacaaagggaaaggaaattactccagcttcaagcttttctttgatgaaatgtctatcaatctctacatg 56389882  T
Q  239 ttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaat 274  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  56389883 ttttgttctatcatgttggacaggattatgagcaat 56389918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Original strand, 9717361 - 9717596
Alignment:
Q  39 ttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgttaaacaccttgctcgatactcctttag 138  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||  |||| |  |||||||| |    
T  9717361 ttgacttatcttaacacccccactcaatttggtgcatggatatcacacattcccaacttgaataatgactcattaaacactctgcttgtcactcctttgg 9717460  T
Q  139 tgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaacatg 238  Q
    |||| | ||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||   ||||   ||||| ||| | || || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  9717461 tgagaacatcggctaactgcagttccgatcttacaaagggaaaggaaattactccagcttcacgcttttctttgatgaaatgtctatcaatctctacatg 9717560  T
Q  239 ttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaat 274  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  9717561 ttttgttctatcatgttggacaggattatgagcaat 9717596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Original strand, 27513926 - 27514161
Alignment:
Q  39 ttgacttattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttgagtagagattcgttaaacaccttgctcgatactcctttag 138  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||  | || |  |||||||| |    
T  27513926 ttgacttatcttaacacccccactcaagttggtgcatggatatcacacattcccaacttgaataatgactcattaaacactcttcttgtcactcctttgg 27514025  T
Q  139 tgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaacatg 238  Q
    |||| | ||| ||||| ||  | || ||||||||||| |||||   ||||   ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  27514026 tgagaacatcggctaactgcagttccgatcttacaaagggaaaggaaattactccagcttcaagcttttctttgatgaaatgtctatcaatctctacatg 27514125  T
Q  239 ttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaat 274  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  27514126 ttttgttctatcatgttggacaagattatgagcaat 27514161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 135 - 282
Target Start/End: Original strand, 8189570 - 8189717
Alignment:
Q  135 ttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaa 234  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||  ||||  | ||||| ||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |    
T  8189570 ttagtaagcatatcagcaagttgttgttctgattttacaaacggaaatgcaataataccagcttcaatcttttctttgatgaaatgcctatcaatttcca 8189669  T
Q  235 catgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  8189670 cgtgttttgtgcgatcatgttggagagggttatgagcaatctctatgg 8189717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 98
Target Start/End: Original strand, 2700975 - 2701028
Alignment:
Q  45 tattttaacaccccccttcaagttggtgcatggatgtcacacattcccaacttg 98  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  2700975 tatttcaacaccccccctcaagttggtgcatagatgtcaatcattcccaacttg 2701028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 135 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 4246151 - 4246004
Alignment:
Q  135 ttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaa 234  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||  ||||  | ||||| ||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |    
T  4246151 ttagtaagcatatcagcaagttgttgttctgattttacaaacggaaatgcaataataccagcttcaatcttttctttgatgaaatgcctatcaatttcca 4246052  T
Q  235 catgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  4246051 cgtgttttgtgcgatcatgttggacagggttatgagcaatctctatgg 4246004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 135 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 8018577 - 8018430
Alignment:
Q  135 ttagtgagcatatcagctaattgttgctcagatcttacaaacggaaaaacaattgtcccagcgtcaagtttctccttgatgaaatgtctatcaatttcaa 234  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||  ||||  | ||||| ||||  || ||  |||||||||| ||||||||||| |    
T  8018577 ttagtaagcatatcagcaagttgttgttctgattttacaaacggaaattcaataataccagcttcaatcttttctctgatgaaatgcctatcaatttcca 8018478  T
Q  235 catgttttgtccgatcatgttggacaggattatgtgcaatctctatgg 282  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  8018477 cgtgttttgtgcgatcatgttggacagggttatgagcaatctctatgg 8018430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University