View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15287_low_1 (Length: 443)

Name: NF15287_low_1
Description: NF15287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15287_low_1
NF15287_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (11-392)||(26357565-26357956)
chr5 (331-394)||(26356821-26356884)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (57-385)||(51759446-51759767)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (54-385)||(6684843-6685167)
chr6 (64-312)||(30821828-30822069)
chr6 (54-301)||(30812556-30812796)
chr6 (54-267)||(12592521-12592727)
chr6 (396-424)||(34753720-34753748)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (54-333)||(27810568-27810826)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (54-105)||(2942525-2942576)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 392
Target Start/End: Original strand, 26357565 - 26357956
Alignment:
Q  11 cagagagcaacagttatgcatagcgagtgatatagtacaattaagttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaacta 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357565 cagagagcaacagttatgcatagcgagtgatatagtacaattaagttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaacta 26357664  T
Q  111 agaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaacactccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagtt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357665 agaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattactaacactccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagtt 26357764  T
Q  211 ggttgtac----------aacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatccaaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgcc 300  Q
    ||||||||          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357765 ggttgtacaacactgataaacactgatatcaaacatgtaagctagtaatatccaaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgcc 26357864  T
Q  301 agaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataac 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26357865 agaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataac 26357956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 394
Target Start/End: Original strand, 26356821 - 26356884
Alignment:
Q  331 acaatgttatcataaagattctagagataaagatcaagcagcaaaataggttctaacataacac 394  Q
    ||||||||||||||||| || |  |||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  26356821 acaatgttatcataaagcttttccagattaagatcaaacaggaaaataggttctagcataacac 26356884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 5e-94; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 57 - 385
Target Start/End: Original strand, 51759446 - 51759767
Alignment:
Q  57 tgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaacact 156  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51759446 tgagctgggaacataaattaagcaacaattatacataaccaagagtaag-------aactgatgcagtatctaaagattcaacaagctattactaacact 51759538  T
Q  157 ccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatccaaa 256  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  51759539 ctaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatctaaa 51759638  T
Q  257 tcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattctagag 356  Q
    | ||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |  || ||| || |||||    
T  51759639 taactatgttgaatggattgagaagacaattttgaatatataccagaaacaactccgaagttaatccatacttcacaatgtcacgatgaagcttttagag 51759738  T
Q  357 ataaagatcaagcagcaaaataggttcta 385  Q
    || || |||||||||||||||||||||||    
T  51759739 atcaaaatcaagcagcaaaataggttcta 51759767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 54 - 385
Target Start/End: Original strand, 6684843 - 6685167
Alignment:
Q  54 agttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 153  Q
    |||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||    
T  6684843 agttgagctgggaacataaattatgcaacaattatacataaccaagagtaag-------aactgatgcagtacctaaagattcaacaagctatacctaac 6684935  T
Q  154 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatcc 253  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  6684936 actctaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaatattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatcc 6685035  T
Q  254 aaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcacaatgttatcataaagattcta 353  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |  ||    
T  6685036 aaataactatgttgaatggactgagaagacaattttgaatatatgccaaaaacaactcccaagttaatccatacttcacaatgtcatcatgaagctctta 6685135  T
Q  354 gagataaagatcaagcagcaaaataggttcta 385  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| |||||||    
T  6685136 gagatcaaaatcaaccagcaaaattggttcta 6685167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 64 - 312
Target Start/End: Original strand, 30821828 - 30822069
Alignment:
Q  64 ggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaacactccaaatc 163  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  30821828 ggaacagaaattaagcaacaattataaataaccaagagtaag-------aactgattcagtacctaaatattcaacaagctattactaacactcttaatc 30821920  T
Q  164 aaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatccaaatcactgt 263  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  30821921 aaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctagtaatatccaaataactat 30822020  T
Q  264 gttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcc 312  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  30822021 gttgaatggattgagaagacaattttgaatatatgccagaaaaaactcc 30822069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 54 - 301
Target Start/End: Original strand, 30812556 - 30812796
Alignment:
Q  54 agttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 153  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30812556 agttgagctgggaacataaattaagcaacaattataaataaccaagagtaag-------aactgattcagtacctaaagattcaacaagctattactaac 30812648  T
Q  154 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatcc 253  Q
    ||||  |||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  30812649 actcttaatcaacagggcaacatccaactgttatactaacatttcaaatcaaaaattggttgtacaaaactaatatcatacatgtaagctagtaatatcc 30812748  T
Q  254 aaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgcca 301  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  30812749 aaataactatgttgaatggactgagaagacaattttgaataaatgcca 30812796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 267
Target Start/End: Original strand, 12592521 - 12592727
Alignment:
Q  54 agttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |       |||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12592521 agttgagctgggaacagaaattaagcaataattatacataaccaagagaaagaatt-------gatgtagtacctaaagattcaataagctattactaac 12592613  T
Q  154 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgctagtaatatcc 253  Q
    |  | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  12592614 aaactaaatcaaaagggcagcatccaactgttatactaacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgataacatacatgtaagctagtaatatcc 12592713  T
Q  254 aaatcactgtgttg 267  Q
    |||| ||| |||||    
T  12592714 aaataactatgttg 12592727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 396 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 34753748 - 34753720
Alignment:
Q  396 aaacacaacacaacgctgaaccaacccaa 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34753748 aaacacaacacaacgctgaaccaacccaa 34753720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 333
Target Start/End: Original strand, 27810568 - 27810826
Alignment:
Q  54 agttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaagaactaagaactgatgcaatacctaaagattcaacaagctattaccaac 153  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27810568 agttgagatgggaacagaaattaagcaacaattataaataaccaagagtaagaact-------gatgcagtacctaaagattcaacaagctattactaac 27810660  T
Q  154 actccaaatcaaaagggtagcatccaattgttatactaacataccaaatcaaaagttggttgtacaacactgatatcaaacatgtatgcta--gtaatat 251  Q
    |||| |||||||||||| ||                |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  |||||||    
T  27810661 actctaaatcaaaagggcag----------------taacattccaaatcaaaagttggttgtacaaaactgatatcatacatgtaagctatagtaatat 27810744  T
Q  252 ccaaatcactgtgttggatggactgagaagacaatttcaaatatatgccagaaacaactcccaggttaatccatccttcaca 333  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  27810745 ccaaataactatgttgaatggactgagaatacaattttgaatataagccagaaaaaactcccaagttaatccatacttcaca 27810826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 2942576 - 2942525
Alignment:
Q  54 agttgagcagggaacagaaattgagcaacaattatacataaccaagagtaag 105  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2942576 agttgagctgggaacagaaattaagcaacaatcatacataaccaagagtaag 2942525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University