View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15296_high_13 (Length: 476)

Name: NF15296_high_13
Description: NF15296
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15296_high_13
NF15296_high_13
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-450)||(19785745-19786185)
chr5 (10-459)||(19795393-19795842)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-459)||(15834700-15835149)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-449)||(47712302-47712741)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Original strand, 19785745 - 19786185
Alignment:
Q  10 attattcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785745 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 19785844  T
Q  110 gggtttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19785845 gggtttgattccttacaatagagttgcttctgtggcgatgaagttttataaggaaaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttgaag 19785944  T
Q  210 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785945 gatgtgaaggcaggaaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcaccagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 19786044  T
Q  310 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactcctat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19786045 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtgtgatgtttctgggagcatgtctgggactcctat 19786144  T
Q  410 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattga 450  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19786145 ggaggtgtctttggcattggggttgttggtgtctgaattga 19786185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 19795842 - 19795393
Alignment:
Q  10 attattcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795842 attatgcttatagggttcgtgatcggttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 19795743  T
Q  110 gggtttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 209  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795742 gggtttgattccatacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 19795643  T
Q  210 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  19795642 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttggatgatgaagatggtggagaagtggctgagt 19795543  T
Q  310 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactcctat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||    
T  19795542 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaagggaaaaatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagtatgcatgggacccctat 19795443  T
Q  410 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattgaacgaggaac 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795442 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattgaacgaggaac 19795393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 15835149 - 15834700
Alignment:
Q  10 attattcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15835149 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggcgttgcaattgcctgaggtgtttattggggctaatcaatg 15835050  T
Q  110 gggtttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  15835049 gggtttgattccttataatagggttgcttctgtggccatggagttttataaggagaagtttttgaagcatgatgaggagaggtttgagaagtacttgcag 15834950  T
Q  210 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||   | ||||| ||||||||||||| | |||||    
T  15834949 gatgtgaaggcagggaagactactatggctgctggtgctttgcttcctcataagattataaagtcttttttgaatggatatggtggagaagtggatgagt 15834850  T
Q  310 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactcctat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| |||||| |||||    
T  15834849 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgcagtgtctgatgtgtctgcgagtatgtatgggacccctat 15834750  T
Q  410 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattgaacgaggaac 459  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15834749 ggaggtgtctgtggcattggggttgttggtgtctgaattgagcgaggaac 15834700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 10 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 47712741 - 47712302
Alignment:
Q  10 attattcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaagatgtgttggtgccgttgaggaaggtgttggagttgcctgaggtgtttattggtgctaatcaatg 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  47712741 attatgcttatagggttcgtgatcgtttgaggaaggatgtgttggtgccattgaggaaggttttggagttgcctgaggtgtttattggggctaatcgatg 47712642  T
Q  110 gggtttgattccttacaatagggttgcttctgtggcgatgaagttttataaggagaagtttttgaagcatgataaggagaggtttgagaagtacttggag 209  Q
    |   |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  47712641 gaaattgattccttacaacagggttgcgtctgtggcgatggagttttataaagagaagtttttgaagcatgataaaaagaggtttgagaagtatttggag 47712542  T
Q  210 gatgtgaaggcagggaagactactattgctgctggtgctttgcttcctcacgagattatagagtctttgggggatggagatggtggagaagttgctgagt 309  Q
    |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  47712541 gatgtgaaagtggggaagactacgatcgctgctggtgctttgcttcctcatgatattattcggtcgttgggggatggagatggtggagaggtggcggagt 47712442  T
Q  310 tgcagtggaagagaattgttgatgatttgctcaagaaaggaaagatgaaaaattgtcttgctgtgtgtgatgtgtctgggagcatgtctgggactcctat 409  Q
    | ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||    
T  47712441 tacagtggacgagaatggtggatgatttgctcaagaaagggaagatgaggaattgtcttgctgtgtgtgatgtttctgggagtatgactgggatccctat 47712342  T
Q  410 ggaggtgtgtgtggcattggggttgttggtgtctgaattg 449  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47712341 ggatgtgtgtgtggcattgggattgttggtgtctgaattg 47712302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University