View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15296_low_1 (Length: 1081)

Name: NF15296_low_1
Description: NF15296
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15296_low_1
NF15296_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (47-1066)||(40832946-40833959)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (920-1023)||(10054860-10054963)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 1066
Target Start/End: Complemental strand, 40833959 - 40832946
Alignment:
Q  47 tttcttagaaatgagatgagtctaactcaacaccacaaa-ccatttcgtcgccacttataaatatatttaattgatagttttatttgatgtgagacttgg 145  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833959 tttcttagaaatgagacgagtctaactcaacaccacaaaaccatttcgtcgccacttataaatatatttaagtgatagttttatttgatgtgagacttgg 40833860  T
Q  146 aacacaattcaaatgcatgaaatcaacatttattttttattatgtggagtactaattgaagttttgattgaaaattgtgactaattgagttttgtatagg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833859 aacacaattcaaatgcatgaaatcaacatttattttttattatgtggagtactaattgaagttttgattgaaaattgtgactaattgagttttgtatagg 40833760  T
Q  246 attacattcaagaggattatagtcaacaaatccacagagaaattttcaggcataccatatgttatgactctgctcaattgtctcctttctgcttggtgag 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833759 attacattcaagaggattatagtcaacaaatccacagagaaattttcaggcttaccatatgttatgactctgctcaattgtctcctttctgcttggtgag 40833660  T
Q  346 ctagcttttgcttaaactgtctttttactttatgtccacttccccgtaagtcttgtgtcaagtcacgtgacttgcttccttccaattttgtatggtaaat 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |    
T  40833659 ctagcttttgcttaaactgtctttttactttatgtccacttcaccctaagtcttgtgtcaagtcacgtgacttgcttccttccaatt------------t 40833572  T
Q  446 tgttgctatttggtccaactgtctctctttttgcttccaccatgctgtaattaatttccctttttatacattaattgtgaaaagttttcttatatgcata 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40833571 tgttgctatttggtccaactgtctctctttttgcttccaccatgctgtaattaatttccctttttatacattaattgtgaaaagttttcttacatgcata 40833472  T
Q  546 gcatcttttatggttaaaccttagaggcatgcaatgtagtgaatttaggttggatctggaagtgtatgtcacatttagagcatgatgactttatgaacat 645  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833471 gcatcttttatggttaaaccttagaggcatgcaatgtagtgaatttaggttggatctggaagtgtatgtcacatttagagcatgatgactttatgaacat 40833372  T
Q  646 gattgtctttaataggaacaaaactatgggatcataatgataaaaatcaaatagcaattgaatttttgctttcaattggtaaatctt--cagagtaattt 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  40833371 gattgtctttaataggaacaaaactatgggatcataatgataaaaatcaaatagcaattgaatttttgctttcaattggtaaatcttcacagagcaattt 40833272  T
Q  744 atatcctaaaccttacttggtannnnnnnnngcttttaattagtgtattccgttttaaaaggaatattttggaagatttccttcactagtcgaagaagag 843  Q
    ||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40833271 atatcctaaaccttacttggta-ttttttttgcttttaattagtgtattccattttaaaaggaatatttcggaaggtttccttcactagtcgaagaagag 40833173  T
Q  844 --gtgtgtgtctgtacgcgtgcgcatgta--nnnnnnngagtagcttctgatttccaacatctacaggtacggtctgccttttgtgtctcccaacaacat 939  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833172 gtgtgtgtgtgtgtacgcgtgcgcatgtattttttttttagtagcttctgatttccaacatctacaggtacggtctgccttttgtgtctcccaacaacat 40833073  T
Q  940 accggtaacaacagtaaatggcaccggagcagggattgaaatcatatatgttttgatattcatcatatttgcacctaagaaggaaaaaatcaaaatcttt 1039  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40833072 accggtaacaacagtaaatggcaccggagcagggattgaaatcatatatgttttgatattcatcatatttgcacctaagaaggaaaaaatcaaaatcttt 40832973  T
Q  1040 gccctattcaccttggtactgtctgtg 1066  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  40832972 gccctattcaccttggtactgtctgtg 40832946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 920 - 1023
Target Start/End: Original strand, 10054860 - 10054963
Alignment:
Q  920 tttgtgtctcccaacaacataccggtaacaacagtaaatggcaccggagcagggattgaaatcatatatgttttgatattcatcatatttgcacctaaga 1019  Q
    |||||||| ||  |||||||||  |||||||   ||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||  | |||||||||||||    
T  10054860 tttgtgtcaccagacaacatacttgtaacaatcataaatggaacaggagcagttattgaaatcatatatgttttcattttcatagtgtttgcacctaaga 10054959  T
Q  1020 agga 1023  Q
    ||||    
T  10054960 agga 10054963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University