View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15299_high_2 (Length: 710)

Name: NF15299_high_2
Description: NF15299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15299_high_2
NF15299_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-710)||(47834719-47835403)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 47835403 - 47834719
Alignment:
Q  20 gatggcattagtttaaggcttggcagaggagagaaaattaaaattggcactataaatgggtgggaccggaaccactaatgcatgtatatccgaggttgta 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47835403 gatggcattagtttaaggcttggcagaggagagaaaattaaaattggcactataaatgggtgggaccggaaccactaatgcatgtatatccgaggttgta 47835304  T
Q  120 ctcagttgcagagaataagtatgctactgtatcagagatgggacagtggagcggagaattgtggttgtggcagtggaatggaatttaaggcggcgattat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||    
T  47835303 ctcagttgcagagaataagtatgctactgtatcagagatgggacagtggagcggagaattgtggttgtggcagtggaat-----ttaaggcggcgattat 47835209  T
Q  220 tcgattgggagaaattgctaagcagagaattataaattttgttgcaggagatttcacggaactgaagggagcatgacaggtgggtgtggaagctagatgt 319  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47835208 tcgattgggaggaattgctaagcagagaattataaattttgttgcaggagatttcacggaactgaagggagcatgacaggtgggtgtggaagctagatgt 47835109  T
Q  320 ggcaggaggttaatctgtcaggtccgggtacacaatttagctgcagagtaacaattatttaacagtaaaaaatgagatgggactagtgttnnnnnnnnnt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |    
T  47835108 ggcaggaggttaatctgtcaggtccgggtacacaatttagctgcagagtaacaattatttaacagtaaaaaatgagatgggactagtgtt-aaaaaaaat 47835010  T
Q  420 ctggtgcagctcagttccttcaaaattaaaggttgtttgcatggagactatttcacaataggctcgcaacgagagacgcattagtacaccgcggactgct 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||    
T  47835009 ctggtgcagctcagttccttcaaaattaaaggttgtttgcatggagactctttcacaataggctcgcaacgagagaagcattagtacaccaaggacggct 47834910  T
Q  520 tgctgtggcgcgtgaaagcaactgtgcatttagtgccagggaggaagaagcgtttaggcatttgtactttgaatgctctttttcatataattgattggta 619  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47834909 tgctgtggagcgtgaaagcaactgtgcatttagttccagggaggaagaagcgtgtaggcatttgtactttgaatgcactttttcatataattgattggta 47834810  T
Q  620 tgacaatcctgtagattgtctttgaatgtaattccttatttgtacaagagtaggagtatctcttatactccatatcaatttgaagtcttgc 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47834809 tgacaatcctgtagattgtctttgaatgtaatgccttatttgtacaagagtaggagtatctcttatactccatatcaatttgaattcttgc 47834719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University