View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1529_high_29 (Length: 294)

Name: NF1529_high_29
Description: NF1529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1529_high_29
NF1529_high_29
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (10-279)||(6177829-6178097)
chr2 (24-279)||(41643926-41644182)
chr2 (13-279)||(15650902-15651168)
chr2 (10-279)||(18059087-18059356)
chr2 (10-279)||(18779132-18779395)
chr2 (12-279)||(27138747-27139014)
chr2 (10-186)||(18947335-18947511)
chr2 (10-205)||(39788335-39788530)
chr2 (28-279)||(41713218-41713466)
chr2 (28-275)||(42005447-42005691)
chr2 (10-279)||(19073412-19073675)
chr2 (90-279)||(34441729-34441915)
chr2 (10-147)||(19093640-19093777)
chr2 (10-150)||(18514457-18514597)
chr2 (51-150)||(17244836-17244935)
chr2 (10-134)||(34441605-34441728)
chr2 (49-203)||(38249902-38250052)
chr2 (147-279)||(30844902-30845033)
chr2 (154-262)||(58097-58204)
chr2 (78-111)||(59395-59428)
chr2 (147-207)||(7553480-7553540)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (10-282)||(49002277-49002547)
chr7 (10-279)||(23402097-23402365)
chr7 (10-267)||(22955038-22955294)
chr7 (10-279)||(5781572-5781838)
chr7 (26-279)||(37854036-37854288)
chr7 (13-278)||(4618483-4618748)
chr7 (25-279)||(8133299-8133553)
chr7 (10-279)||(7742973-7743253)
chr7 (14-205)||(40382016-40382205)
chr7 (10-188)||(4902465-4902643)
chr7 (147-274)||(19786343-19786470)
chr7 (51-150)||(10675025-10675124)
chr7 (29-111)||(25470643-25470725)
chr7 (147-227)||(8758396-8758476)
[»] scaffold0200 (1 HSPs)
scaffold0200 (10-279)||(24543-24811)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (13-279)||(13876647-13876913)
chr1 (25-278)||(27118385-27118638)
chr1 (10-279)||(10758025-10758294)
chr1 (10-279)||(15964154-15964423)
chr1 (10-238)||(25943293-25943521)
chr1 (10-279)||(16127574-16127840)
chr1 (55-264)||(31804854-31805063)
chr1 (10-128)||(16135528-16135646)
chr1 (10-150)||(47554938-47555078)
chr1 (133-274)||(16132534-16132675)
chr1 (38-150)||(3120615-3120727)
chr1 (29-139)||(3120218-3120328)
chr1 (147-279)||(421447-421579)
chr1 (28-111)||(422205-422288)
chr1 (183-276)||(28012123-28012216)
chr1 (96-151)||(43579463-43579518)
chr1 (10-91)||(5500596-5500676)
chr1 (29-74)||(17695206-17695251)
chr1 (147-190)||(21263907-21263950)
chr1 (148-208)||(17695870-17695930)
[»] chr5 (26 HSPs)
chr5 (10-278)||(41417304-41417572)
chr5 (27-279)||(22616548-22616799)
chr5 (10-279)||(10237468-10237735)
chr5 (10-279)||(36055600-36055868)
chr5 (10-267)||(33163579-33163837)
chr5 (10-279)||(31878437-31878707)
chr5 (10-279)||(21320805-21321073)
chr5 (14-238)||(27579123-27579345)
chr5 (147-279)||(25653638-25653770)
chr5 (24-109)||(12080473-12080558)
chr5 (10-150)||(29766527-29766667)
chr5 (153-238)||(10053318-10053403)
chr5 (10-111)||(13381123-13381224)
chr5 (30-114)||(25654568-25654652)
chr5 (147-238)||(12081129-12081220)
chr5 (29-111)||(33752452-33752534)
chr5 (147-272)||(13380560-13380685)
chr5 (147-226)||(21266126-21266205)
chr5 (147-226)||(13887348-13887427)
chr5 (29-111)||(33848091-33848173)
chr5 (24-111)||(12164049-12164136)
chr5 (29-111)||(8762940-8763022)
chr5 (153-279)||(26411351-26411477)
chr5 (147-267)||(8777275-8777395)
chr5 (147-187)||(25521705-25521745)
chr5 (147-267)||(33752910-33753030)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (10-278)||(32180476-32180740)
chr3 (11-279)||(49359355-49359622)
chr3 (10-279)||(19606639-19606908)
chr3 (14-276)||(38392357-38392619)
chr3 (10-279)||(47930392-47930660)
chr3 (10-278)||(7568451-7568712)
chr3 (10-279)||(40640356-40640628)
chr3 (10-238)||(26000627-26000855)
chr3 (26-279)||(44880845-44881097)
chr3 (14-279)||(45879219-45879492)
chr3 (51-234)||(7758190-7758372)
chr3 (10-206)||(51878241-51878433)
chr3 (147-274)||(42204405-42204530)
chr3 (24-111)||(36689674-36689761)
chr3 (176-279)||(4556595-4556702)
chr3 (174-267)||(53811865-53811958)
chr3 (154-210)||(47870314-47870370)
chr3 (25-111)||(11019700-11019786)
chr3 (147-279)||(54606760-54606892)
chr3 (216-279)||(18272155-18272218)
chr3 (29-111)||(48154431-48154513)
chr3 (24-105)||(42664061-42664142)
chr3 (147-260)||(43485384-43485497)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (10-279)||(2266582-2266850)
chr4 (10-210)||(17612457-17612657)
chr4 (10-208)||(2707998-2708195)
chr4 (14-206)||(2570605-2570797)
chr4 (24-278)||(1012351-1012596)
chr4 (49-267)||(9743654-9743874)
chr4 (24-150)||(49878858-49878983)
chr4 (99-267)||(54995613-54995781)
chr4 (147-278)||(22756794-22756924)
chr4 (147-269)||(22729775-22729896)
chr4 (176-279)||(28293124-28293227)
chr4 (192-279)||(51204637-51204724)
chr4 (147-238)||(33036064-33036155)
chr4 (55-111)||(28292430-28292486)
chr4 (46-107)||(54995007-54995068)
chr4 (192-260)||(51959922-51959990)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (14-279)||(4108644-4108906)
chr8 (10-210)||(3038529-3038728)
chr8 (10-238)||(7290814-7291042)
chr8 (65-210)||(6267285-6267430)
chr8 (10-189)||(23176512-23176690)
chr8 (14-238)||(18756396-18756620)
chr8 (10-151)||(28220758-28220898)
chr8 (49-150)||(30651007-30651108)
chr8 (10-139)||(34685969-34686098)
chr8 (174-277)||(34463472-34463575)
chr8 (148-238)||(35735844-35735933)
chr8 (173-238)||(30381002-30381067)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (10-279)||(11083883-11084146)
chr6 (10-166)||(4104183-4104339)
chr6 (24-243)||(34993921-34994140)
chr6 (13-279)||(26301649-26301917)
chr6 (10-279)||(19631803-19632072)
chr6 (80-233)||(30341124-30341277)
chr6 (49-151)||(6613757-6613859)
chr6 (11-88)||(30341461-30341538)
chr6 (223-278)||(4102864-4102919)
chr6 (147-190)||(4488444-4488487)
chr6 (29-111)||(4487800-4487882)
chr6 (25-111)||(25441709-25441795)
chr6 (174-210)||(4103034-4103070)
[»] scaffold0050 (1 HSPs)
scaffold0050 (10-278)||(5645-5911)
[»] scaffold0312 (2 HSPs)
scaffold0312 (147-279)||(8993-9125)
scaffold0312 (28-111)||(8284-8367)
[»] scaffold0262 (2 HSPs)
scaffold0262 (34-107)||(11422-11495)
scaffold0262 (153-210)||(12034-12091)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (51-111)||(65992-66052)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 6178097 - 6177829
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6178097 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaactttaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 6177998  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||    
T  6177997 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtt-tattttgatttaatcagggacacaattggaataagtaaatatataatgacatacctt 6177899  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | | | ||||| |||||| |||||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6177898 atgggcaaatgcgcaatacaccatataatctgacgtgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 6177829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 24 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 41644182 - 41643926
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaa-tattaagggaaatttca 122  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||    
T  41644182 gatgtcatgtcagctagtgtcatgctggtggaccactctaaaactaaactctaccttattacaaatcagtcctcatacaaaaatattaaggggaatttca 41644083  T
Q  123 atcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtg 222  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||  | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||    
T  41644082 atcttagtgcacaaatgagaaactatgtttaattttgatttaatcagggatacaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgatcaaatgtg 41643983  T
Q  223 caatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    ||||| |||||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  41643982 caatacaccatataatctgacgtgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 41643926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 15651168 - 15650902
Alignment:
Q  13 gtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  15651168 gtataactgccgatgtcatgtcatctaatgtcctaccggtggaccactctaaaattaaactttactttattacaaatcagtcctcatacaaaatatttag 15651069  T
Q  113 ggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaag 212  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  15651068 gagaatttcaattttagtgcacaaatgagattctatgtttaattttgatttaatcaggaacacaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatg 15650969  T
Q  213 agaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     | ||||||| |||| |||||||||| | |  || ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  15650968 ggcaaatgtgaaatacaccatataatcttacgtgatatggattaaatacacaaatatttaatgattg 15650902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 18059087 - 18059356
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||||||||  || |  | |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  18059087 atagtataattgtcgatgtcatgttagctagtgtgctgctaatagaccactctaaaactaaactttaccttgttacaaatcagtcatcatacaaaatatt 18059186  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  18059187 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaacgagaatctatatttaattttaatctaatcaaggacacaattgcaataagtaaagatataataacacacatt 18059286  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   |||| ||||||| |||||||||| ||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18059287 atggataaatatgcaatacaccatataatctgacatgacatgaattaaatacacaaatattcaataattg 18059356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 18779132 - 18779395
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |  |||  || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||         
T  18779132 atagtataactaccgatgtcatgtaagctagtgtcctactggatgatcactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcgtcatataaa----- 18779226  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
       |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||    
T  18779227 ---ggaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaactttgatttaatcaggaacacaattgcaataagtaaagataaaataacacacttt 18779323  T
Q  210 a--agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |  |  | |||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18779324 attatggcaaatgtgcaataaaccatataatctgatgtgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 18779395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 279
Target Start/End: Original strand, 27138747 - 27139014
Alignment:
Q  12 agtataactgccgatgtc-atgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatta 110  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||||| | || ||||| |||||| || |||| || |||||||||||||| |||| || | ||||||||||    
T  27138747 agtataactgccgatgtttatgtcaactagtgtcacgctgatggactactctaaaattaaattttaccttattacaaataagtcctcatgcaaaatatta 27138846  T
Q  111 agggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||   |||| ||||||||||||||| |||    
T  27138847 aggtgaatttcaatcttagtgcacaaatgggaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaacccgtaaagatataatgacacacttta 27138946  T
Q  211 agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     | | |||| ||||||| ||| |||||| |||  ||  ||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  27138947 tgggcaaatatgcaatacaccgtataatctgacgtgacatggatt-aatacacaaatgatcaatgattg 27139014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 186
Target Start/End: Original strand, 18947335 - 18947511
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||| ||| || |||||  |||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  18947335 atagtataacggccaatatcatgctagctagtgtcctgctggtgtaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 18947434  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataa 186  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||  | |||||||||| ||||    
T  18947435 aaggggaatttcaatcttaatgcacaaatgagaatctatgtttacttttgatttaatcagggacacaattgctataa 18947511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 205
Target Start/End: Original strand, 39788335 - 39788530
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||    
T  39788335 atagtataactgtcgatgtcatgtcaattggtgtcctgctggtggaccactctaaaaataaactttaccttattacaaatcagttctcatacgaaatatt 39788434  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacaca 205  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  39788435 aaggggaatttcaattttagtgcacaaatcagaatctatgtttaattttgatttaa-ccagagacataattgcagtaagtaacaatataatgacaca 39788530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 41713466 - 41713218
Alignment:
Q  28 tcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatctt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || | ||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||| ||||||| | ||    
T  41713466 tcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctaaaactaagttttatcttattacaaatcagtcctcacacaaaata-taaggggaatttcattttt 41713368  T
Q  128 agtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaata 227  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||   | | ||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||| | | ||||||| || |    
T  41713367 agtgcacaagtgagaatctatgtttaattttgatttaattagggaaacaattgtaataagtatacatataatgacacatcttatgggcaaatgtgtaaca 41713268  T
Q  228 taccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     ||||||||  ||||  ||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  41713267 caccatata--atgacgtgacatgaattaaatacataaatattcaatgattg 41713218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 42005691 - 42005447
Alignment:
Q  28 tcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatctt 127  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| || || |||  || |  ||||||||||||||   || |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42005691 tcatgtcagctagtgtgatgttgatggaccactttaaaattaagttttattttattacaaatcagctctcatacaaaatat-aaggaaaatttcaatctt 42005593  T
Q  128 agtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaat 226  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| | | || ||||||||    
T  42005592 agtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaggggacacaattacaataagtaaagatgtaatgacacaccttatgggcaa-tgtgcaat 42005494  T
Q  227 ataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatg 275  Q
    | ||||||||||  ||  ||  |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  42005493 acaccatataat--gacgtgacatggattaaataaacaaatattcaatg 42005447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 19073675 - 19073412
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||  |||||| || ||||| |||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19073675 atagtataattgttgatgtcatgtcagtcagtgtcctgctggtgaaccactttaaaactaaattttaccttattacaaatcagtcctcgtataaaatatt 19073576  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgga-aatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    || |||| |||||      ||||| |||  || |||||||||| || ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19073575 aaaggaa-tttca------gtgcaaaaaatgagaatctatgtttaactttgatttaatcagggacacaatttcaataagtaaatatataatgacacacct 19073483  T
Q  209 ta-agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    || |||  ||||||| |||| |||||||||| |||  ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19073482 tataga-caaatgtggaatacaccatataatctgacgtgacatggattaaatacacaaattctcaatgattg 19073412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 279
Target Start/End: Original strand, 34441729 - 34441915
Alignment:
Q  90 cagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagta 189  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  34441729 cagtcctcatacaaaatat-aaggggaatttcaattttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagta 34441827  T
Q  190 aggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | ||||||| |||||| |||| | | |||||||||||| ||||||||||  ||  ||  ||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34441828 aagatataacgacacatcttatgggcaaatgtgcaatacaccatataat--gacgtgacatgaattaaatacacaaatattcaataattg 34441915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 19093777 - 19093640
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| ||  ||||| || ||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  19093777 atagtataattgttgatgttatctcaactagtgtcttgttggaggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcctcttacaaaatatt 19093678  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatcta 147  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  19093677 aaggagaatttcaatcttactgcacaaatgggaatcta 19093640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 18514457 - 18514597
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||   ||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||  ||| ||||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  18514457 atagtataactgttaatgtcatgtcaactagtgtcgtgctggtggaccactataagactgaactttactttattataaatcaatcatcatacaaaatatt 18514556  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  18514557 aatggaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgt 18514597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 51 - 150
Target Start/End: Original strand, 17244836 - 17244935
Alignment:
Q  51 gtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17244836 gtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcactcctcatacaaaatattaaggaaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgt 17244935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Original strand, 34441605 - 34441728
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  34441605 atagtataattgccgttatcatgtcagctagtgtcatgttggtggatcactttaaaactaagctttatcttattacaaatcagtcctcatacaaaata-t 34441703  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcac 134  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||    
T  34441704 aaggggaatttcaattttagtgcac 34441728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 203
Target Start/End: Original strand, 38249902 - 38250052
Alignment:
Q  49 tggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctat 148  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||      
T  38249902 tggtggaccactctaaaactaaattttaccttgttacaaatcagtcctcatacaa--tattaaggggaatttcaatcttagagcgcaaattggaatct-- 38249997  T
Q  149 gttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgaca 203  Q
    | | |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38249998 gattaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgaca 38250052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 30845033 - 30844902
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatat 245  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||| |   |||||||||||||| |||||||| |||  |    
T  30845033 atgtttaattttgatttaat-tagagactcaaatgcaataagtaaagatttaatgacacatcttatggacaaatgtgcaatatatcatataatctgacgt 30844935  T
Q  246 ggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |  ||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  30844934 gacatggattaaataca-gaatgctcaatgattg 30844902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 58204 - 58097
Alignment:
Q  154 attttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatgga 253  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||  || |||||| || ||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||| |    
T  58204 attttaatttaatc-aggacacaattgcaataagtaaaaatattgtggcacaccgtatgaacaaatgtgcaatacaccatataatttgatctgacatgaa 58106  T
Q  254 ttaaataca 262  Q
    |||||||||    
T  58105 ttaaataca 58097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 59428 - 59395
Alignment:
Q  78 cttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  59428 cttattataaatcagtcatcgtacaaaatattaa 59395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 7553540 - 7553480
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacc 207  Q
    ||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  7553540 atgtttaattttgatttaatcaatgacacaattgcaataagtaaaaatatagtgatacacc 7553480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 49002547 - 49002277
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || |||||||||  |||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  49002547 atagtataattgtcgatgtcatagcagctaatgtcctgctggtggaccactctaaaactaaactttacctcattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 49002448  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  49002447 aaggggaattttaatcttagtgcacaaatgggaatctatgtttaattttgatttaatc-agacacacaattgcaataagtaaagatataatg--acacct 49002351  T
Q  209 taagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattgttc 282  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49002350 taagggaaaatgtgcaatacaccatataatctgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattgttc 49002277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 23402097 - 23402365
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23402097 atagtataactgccgatgttatgtcagctagtgtcatgttgggggaccactctaaaactaaactttatcctattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 23402196  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||  ||||||||||| | |||    
T  23402197 aagggaaatttcagtcttagtgcacaaatgagaatcaatgtt-tattttgatttaatcagggacacaattgaaataagtaaatatataatgacatatctt 23402295  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   ||||| |||||| ||||||||||||||  ||  ||| |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  23402296 atggacaaatgcgcaatacaccatataatatgacgtgacatgaattaaatacacagatgttcaatgattg 23402365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Original strand, 22955038 - 22955294
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||| | | ||||||||  |||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  22955038 atagtataactactgctgtcatgtt-gctattgtcctgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagttctcatacaaaatatt 22955136  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  22955137 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaatgttgatttaataagggacacaattgcaataagtaaagatacaatgacatacctt 22955236  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaat 267  Q
    | ||| |||||||||||| |||||||||| |||  ||  |||||||||||||||||||    
T  22955237 atgagcaaatgtgcaatacaccatataatttgacgtgacatggattaaatacacaaat 22955294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 5781838 - 5781572
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  || || ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  5781838 atagtataattgccgatatcatgtcagctagtgtcatgttggtgcaccactttaaaactaagttttactttattacaaatcagtcatcatacaaaatata 5781739  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||    
T  5781738 aaggg-aatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaataaataaagatataatgacacatttt 5781640  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   |||| ||||||| ||||||||  ||||  ||  |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  5781639 atggtcaaatatgcaatacaccatata--atgacgtgacatggattaaatacacaaatatttaatgattg 5781572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 26 - 279
Target Start/End: Original strand, 37854036 - 37854288
Alignment:
Q  26 tgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaat-cagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaat 124  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  37854036 tgtcacgtcagctagtgtcttgttggtggaccactctaaaattaaactttactttattccaaattcagtcctcatacaaaatattaaggggaatttcaat 37854135  T
Q  125 cttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgca 224  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||||  ||| |||||| ||| |||||||||    
T  37854136 cttagtgtacaaatgaaaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaatcagtaaagatataa--acataccttatgagcaaatgtgca 37854233  T
Q  225 atataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    ||| |||||||||| |||  ||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  37854234 atacaccatataatgtgacgtgacatggattaaatacacaaatgctcaataattg 37854288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 278
Target Start/End: Original strand, 4618483 - 4618748
Alignment:
Q  13 gtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaag 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4618483 gtataactgtcgatgtcatgtgagctaatgttctgctggtggaccactctaaaactaaactttatcttactacaaatcagtcatcatacaaaatattaag 4618582  T
Q  113 ggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaag 212  Q
    || |||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||   | | ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||| |    
T  4618583 gggaatttcaatcttggtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatgaggtatacaattgcaataaataaatatataatgacacattttatg 4618682  T
Q  213 agaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    |  |||||||||||| |||||||||| |||   |  ||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  4618683 aacaaatgtgcaatacaccatataatttgaagcgacatgaattaaatacacaaatgttcaatgatt 4618748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 25 - 279
Target Start/End: Original strand, 8133299 - 8133553
Alignment:
Q  25 atgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaat 124  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||| |||||||||    
T  8133299 atgtcatgtcagctggtgtcttgctggtgaaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcttcatgtaaaatattaaggggaatttcaat 8133398  T
Q  125 cttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgca 224  Q
    |||| |||||||||   |||||| ||| ||||||||||||||   | || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  || ||| |||||    
T  8133399 cttactgcacaaataagaatctacgtttaattttgatttaattagggacgcaattgcaataagtaatgatataatgacagaccttataagcaaacgtgca 8133498  T
Q  225 atataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    ||| |||||||||| |||  ||   || ||||||||||||||| || ||||||||    
T  8133499 atacaccatataatctgacgtgtcttgaattaaatacacaaatgcttaatgattg 8133553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 7743253 - 7742973
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| | || || ||||||||    
T  7743253 atagtataactgtcgatgtcatgtcggctaatgtaatgttgatggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaagcagccctcatataaaatatt 7743154  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgga-----------aatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataa 198  Q
    || |   ||||||||||||||| | |||||||           |||||||||| |||||| ||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||    
T  7743153 aaagagcatttcaatcttagtgtataaatggaaaacaaatgagaatctatgtttaattttaatttaatcaggggcacaattgcaataagtaaagatataa 7743054  T
Q  199 tgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |||||| ||||| |   |||||| ||||| |||||||||| | |  ||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7743053 tgacacgccttatggacaaatgtacaatacaccatataatctaacgtgacatagattaaatacacaaatactcaatgattg 7742973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 40382205 - 40382016
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    |||||||||  ||||||||||   ||||||| || | ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  40382205 tataactgcaaatgtcatgtc---tagtgtcctgctagtgcaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtccgcatacaaaatattaagg 40382109  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacac-aattgcaataagtaaggatataatgacaca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||   | |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  40382108 gaaatttcaatcttagtgcacaaatgataatctatgtttaatttttatttaattagggacacaaattgtaataagtaaagatataatgacaca 40382016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 4902643 - 4902465
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || || |||| ||   ||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||  || |||||||||||    
T  4902643 atagtataactgccgatatcatgttagttattgtcctgccagtaaaccactctaaaactaaactttaccttattacaaattagtactcatacaaaatatt 4902544  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagt 188  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| || | | |||||||||| |||||||||||||||  | |||| ||||||||||||    
T  4902543 aaggggaatttctatcttagtgcataatttggaatctatgtttaattttgatttaatcagggacactattgcaataagt 4902465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 147 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 19786470 - 19786343
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta-agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatat 245  Q
    ||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||  | ||||||||||||  |    
T  19786470 atgtttaattttgatttaatcaaggactcaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttacaga-caaatgtgcaatgcatcatataatatgacgt 19786372  T
Q  246 ggtatggattaaatacacaaatactcaat 274  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  19786371 ggcatgaattaaatacacaaatgctcaat 19786343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 150
Target Start/End: Original strand, 10675025 - 10675124
Alignment:
Q  51 gtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||    
T  10675025 gtggatcactctaagactaaactttactttattacaaattagtcctcatacaaaatattaaggggaatttaaatcttaatacacaaatgggaatccatgt 10675124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 25470725 - 25470643
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||||| |||||| |  || ||||||||  ||  |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25470725 catgtcagcgagtgtctttgtgatggaccaccgtaacactaaattttactttattacaaatcagtcctcgtacaaaatattaa 25470643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 8758476 - 8758396
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaata 227  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| |  |||||| || ||  ||||||||||||    
T  8758476 atgtttaattttaatttaatcaagagcacaattgcaataagtaaaaatatagtagcacaccgtatgaataaatgtgcaata 8758396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0200 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0200
Description:

Target: scaffold0200; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 24543 - 24811
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24543 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggatcactctagaactaaactttaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 24642  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  24643 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtt-tattttgatttaatcagggacacaattggaataagtaaatatataataacatacctt 24741  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | | | ||||| |||||| |||||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24742 atgggcaaatgcgcaatacaccatataatctgacgtgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 24811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 6e-80; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 13876647 - 13876913
Alignment:
Q  13 gtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaag 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||    
T  13876647 gtataactgtcgatgtcatgtcagctagtgtcatgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcggtactcatacaaaatattaag 13876746  T
Q  113 ggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaag 212  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||| |    
T  13876747 gggaatttcaatattagtgcacaaatgggaatctatgtttaattttgatttaatcaaggatacaattgcaataactaaaaatataatgacacactttatg 13876846  T
Q  213 agaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     | ||||||| |||| ||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13876847 ggcaaatgtgtaatacaccatatgatatgacgtggcattgattaaatacacaaatactcaatgattg 13876913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 27118638 - 27118385
Alignment:
Q  25 atgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaat 124  Q
    |||||| |||||||||  || || ||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  27118638 atgtcacgtcagctaggatcctgctggtggatcactctaaaactatactttaccttattacaaatcagtcatcatacaaaatattaaggggaatttcaat 27118539  T
Q  125 cttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgca 224  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  27118538 cttagtgcacgaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgaacaaatgtgca 27118439  T
Q  225 atataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    ||| | ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  27118438 atacatcatataatatgacgtggcatggattaaatacataaatgctccatgatt 27118385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 10758025 - 10758294
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||  | ||||||||  ||||||||| || ||||||||    
T  10758025 atagtataactgccgatgttatgtgagttagtgtcctgctggtggatcactctaaaactaaattttgctttattacacttcagtcatcatataaaatatt 10758124  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |    
T  10758125 aagagaaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatatatgtttaattttgatttaattagggacacaattgcaataagtaaaaatataatgacacacact 10758224  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |   | |||||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10758225 ataggcaaatgttcaatacaccatataatctgatgtggcatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 10758294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 15964423 - 15964154
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |  || ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  15964423 atagtataactgtcgatgtcatgtcagctagtgtcctactaatgtaccactctaaaactaaattttaccttattacaaatcagtcctcatataaaatatt 15964324  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  || |||||| ||||||||||||| |||    
T  15964323 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgtgaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgatatcagtaagtatataatgacacatctt 15964224  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   |||||||||||| || ||||||| |||  ||  || |||||||||||||||| || ||||||||    
T  15964223 atggacaaatgtgcaatacactatataatttgacgtgacatagattaaatacacaaatgcttaatgattg 15964154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25943521 - 25943293
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || |||| |||||||| ||||  |  ||||||||||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25943521 atagtataattgtcgatctcatgtcaactagcattctgttggtggaccactctactactaaattttatcttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 25943422  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| |||||| ||| ||||||||| ||| | ||    
T  25943421 aagagaaatttcaatcttattgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaaaaacaaaattacaataaataaagatataatggcacgcatt 25943322  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    |  || ||| |||||||| ||||||||||    
T  25943321 atcagcaaacgtgcaatacaccatataat 25943293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 16127840 - 16127574
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||| || |  ||||||||    
T  16127840 atagtattactgtcgatgttatgtcagttagtgtcctgcaggtggactactttaaaactaaactttaccttattacaaaccagtcctcatttaaaatatt 16127741  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||| ||  |   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  16127740 aaggggaatctcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaa-tttgatttattcagg--gacaattgcaataagtaaacatataatgacacacctt 16127644  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | ||| |||||||||||| | |||||||| |||  ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  16127643 atgagtaaatgtgcaatacatcatataatctgacgtgtcatggattaaatacacaaatgatcaatgattg 16127574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 264
Target Start/End: Original strand, 31804854 - 31805063
Alignment:
Q  55 accactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaa 154  Q
    |||||| || || ||||||| ||||||||||||| || |  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||    
T  31804854 accactataaaattaaactttaccttattacaaaccaattctcatataaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcataaatgagaatctatgtttaa 31804953  T
Q  155 ttttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggat 254  Q
    |||||||||||||    |||||||| ||| |||||| |||||||||||| |  |||   | |||||||||||| |||||||||| | |  ||| || |||    
T  31804954 ttttgatttaatcagtgacacaatttcaagaagtaaagatataatgacatatgttatcggcaaatgtgcaatacaccatataatctaacgtggcatagat 31805053  T
Q  255 taaatacaca 264  Q
    ||||||||||    
T  31805054 taaatacaca 31805063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 16135646 - 16135528
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  || |||||||||||    
T  16135646 atagtataactgtcgatgtcatgtcaactagtgtcatactggtggaccactctaaaactaaactttaccctattacaaatcagttctcatacaaaatatt 16135547  T
Q  110 aagggaaatttcaatctta 128  Q
    || |  |||||||||||||    
T  16135546 aatgagaatttcaatctta 16135528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 47555078 - 47554938
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||  || | ||||||| |||||||| || | || ||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47555078 atagtataactgttgaggccatgtcaactagtgtcctgctagtagaccactctaagagtaaactttaccttattacaaatcagtcatcatacaaaatatt 47554979  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  47554978 aagaggaatttaaatcttagtgcacaaatgagaatctatgt 47554938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 16132675 - 16132534
Alignment:
Q  133 acaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatatacc 231  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||| |||    
T  16132675 acaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatc-agagacacaattgcaataagtaaagatataatgacacacattatgtgcaaatgtgcaatacacc 16132577  T
Q  232 atataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaat 274  Q
     |||||| | |  | | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  16132576 gtataatctcacgttgcatggattaaatacacaaatgctcaat 16132534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 150
Target Start/End: Original strand, 3120615 - 3120727
Alignment:
Q  38 tagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaa 137  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||| ||| ||||||||    
T  3120615 tagtgtcctcttggtggaccactctaagattaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaatatattaaggggtatttcaattttaatgcacaaa 3120714  T
Q  138 tggaaatctatgt 150  Q
    ||  |||||||||    
T  3120715 tgtgaatctatgt 3120727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 139
Target Start/End: Original strand, 3120218 - 3120328
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatctta 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||| || ||||||||||||||||  | |||||  ||||||| |  |||| |||||||    
T  3120218 catgtcaactagtgtcatgttggtggaccattctaagacttaactttactttattacaaatcagtccacatacaatttattaagaggtattttaatctta 3120317  T
Q  129 gtgcacaaatg 139  Q
    |||||||||||    
T  3120318 gtgcacaaatg 3120328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 421579 - 421447
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| | ||  || |||||||||||| ||  |||||| ||| |||    
T  421579 atgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaattagtaaagatataatggaacatcgtataagtaaatgtgcaataaactgtataatttgacatg 421480  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
      ||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  421479 acatacattaaatacacaaatgttcaatgattg 421447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 422288 - 422205
Alignment:
Q  28 tcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| | |||| || |||||||||||||    
T  422288 tcatgtcagctaatgtcttgttgatggaccactctacgactaaactttactttattacaacttagtcctcatacaaaatattaa 422205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 28012216 - 28012123
Alignment:
Q  183 ataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatga 276  Q
    |||||||| |||||| |  |||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||| | || ||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28012216 ataagtaaagatatagtagcacatcttaggagcaaatgtgcaatacaccatataatttaatgtgacatgcattaaatacacaaatactcaatga 28012123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 96 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 43579518 - 43579463
Alignment:
Q  96 tcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgtt 151  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  43579518 tcgtacaaaatattaaggagaatttcaatcttagtgcacaaataagaatctatgtt 43579463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 5500676 - 5500596
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatca 91  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||  || | ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||    
T  5500676 atagtataactatcgatgtcatgtcagctagtgttctg-tcgtggatcactctaaaactaaattttaccttattataaatca 5500596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 74
Target Start/End: Original strand, 17695206 - 17695251
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaactt 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  17695206 catgtcagctagtgtcatgttggtggatcactctaagactaaactt 17695251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 147 - 190
Target Start/End: Original strand, 21263907 - 21263950
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaa 190  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21263907 atgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaataagtaa 21263950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 208
Target Start/End: Original strand, 17695870 - 17695930
Alignment:
Q  148 tgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    |||| ||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  17695870 tgtttaattttgatttaatcaaagactcaattacaataagtaaagttataatgacacacct 17695930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 26)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 278
Target Start/End: Original strand, 41417304 - 41417572
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | || ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  41417304 atagtataactgtcgatgtcatgtcagctggtgtcatgctggtggatcattttaaaactaaattttaccttattacaaatcagtcatcatacaaaataat 41417403  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  41417404 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatctgggacacaattgcaataagtaaagataaaatgacacacctt 41417503  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    | ||| |||| ||||||| |||||||||| ||| ||| |||  |||||||||||||||  |||||||||    
T  41417504 atgagcaaatttgcaatacaccatataatctgacatgatataaattaaatacacaaatgttcaatgatt 41417572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 27 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 22616799 - 22616548
Alignment:
Q  27 gtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatct 126  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  22616799 gtcatgtcagctagtgtcctgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatattaaggggaatttcaattt 22616700  T
Q  127 tagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaat 226  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||| ||||    
T  22616699 tagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgggcaaatgtccaat 22616600  T
Q  227 ataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | ||||||||||||||  ||  ||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  22616599 acaccatataatatgacgtgacatggattaaataca-taatgctcaatgattg 22616548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10237735 - 10237468
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10237735 atagtataac-gtcgatgtcatgtcagctaatgtcatgttggtagaccactctagaactaaactttaccttattacaaattagtcatcgtacaaaatatt 10237637  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||  ||||||||| | |||||    
T  10237636 aagggaaatttcaatcttagtgtacaaatgagaatctatgtt-tattttgatttaatctgggacacaattggaataagtaaatatataatgaaatacctt 10237538  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   ||||| |||||| |||||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  10237537 atggacaaatgcgcaatacaccatataatctgacgtgaaatgaattaaatacacaaatgctcaatgattg 10237468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 36055600 - 36055868
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| |||||||| || |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||| |||||    
T  36055600 atagtataactggcgatgtcaagtcaactagtgtcgtgctggtggcccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcaattctcatacaagatatt 36055699  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36055700 aagggaa-tttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcggggacacaattgtaataagtaaagatataatgacacacctt 36055798  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||  |  ||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  36055799 atgagcaaatgtgcaatacaccatgtaatctgatgcgacatgaattaaattcacaaatgctcaatgattg 36055868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 33163837 - 33163579
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  33163837 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgctg-tggaccactttaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcttcatacaaaatatt 33163739  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||  ||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  33163738 aaggaaaatttcaatcttaatgcacacatgagaatttatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatggcacacctt 33163639  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatatacc--atataatatgatatggtatggattaaatacacaaat 267  Q
    | |   |||||||||||| |||  ||||||| |||| ||| || ||||||| ||||||||    
T  33163638 atggataaatgtgcaatacaccatatataatctgatgtggcatagattaaacacacaaat 33163579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 31878707 - 31878437
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaa-tat 108  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||   | ||||||| |||    
T  31878707 atagtataactgtcgatgtcgtgccagctagtgtcctgttggtggaccactctaaaattaaactttaccttattacagatcagttcccatacaaaaatat 31878608  T
Q  109 taagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  31878607 taagaagaatttcaatcttagtgcacaaataggaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgtcataagtaaagatataatgacacacct 31878508  T
Q  209 ta-agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    || |||  |||||||||||| |||||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  31878507 tataga-caaatgtgcaatacaccatataatctgacgtgacatgaattaaatacacaaatgcttaatgattg 31878437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 21321073 - 21320805
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  || ||||||| || |||| |||||||||| |||||  ||||||||| || || |||||||||||    
T  21321073 atagtataactgacgatttcatgccagctagtgttctgctggtggatca-tctaaaactaaactttaccttcctacaaatcaatcctcatacaaaatatt 21320975  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||    
T  21320974 aagcgaaatttcaattttagtgctcaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatc-agagacacaattgtaataagtaaagatataatgatacatct 21320876  T
Q  209 taagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    ||   | |||| ||||||| |||||||||| |||| ||| ||   |||||||||| ||| |||||||||||    
T  21320875 tatatgcaaatatgcaatacaccatataatctgatgtggcattagttaaatacacgaatgctcaatgattg 21320805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27579345 - 27579123
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||  |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |   ||||||||||||||    
T  27579345 tataactgtcgatgtcatgttagctagtgttctactggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcattccttaaacaaaatattaagg 27579246  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaag 212  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||      
T  27579245 agaatttcaatcttagtgcacaaatggaaa--tatgtttacttttgatttaat-tagagacacaattgcaataaataaagatataatgacgcactttata 27579149  T
Q  213 agaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
     | |||| ||||||| ||||||||||    
T  27579148 ggcaaatatgcaatacaccatataat 27579123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 25653770 - 25653638
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||||||||||||  | | | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||| |||  ||    
T  25653770 atgtttaattttgatttaatcagggaaatagttgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgagcaaatgtgcaatacaccatacaatctgacgtg 25653671  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25653670 atatgaattaaatacacaaatactcaatgattg 25653638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 109
Target Start/End: Original strand, 12080473 - 12080558
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  12080473 gatgtcatgtcagctagtgtcctgctggtggaccactttaagactaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 12080558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 29766527 - 29766667
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||| |||||||  |  || ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  || |||||||||||    
T  29766527 atagtataactgttaatgccatgtcaactagtgttctactgatggaccactctaagactaaactttaccttattacaaattagttctcatacaaaatatt 29766626  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  29766627 aaggggaatttaaatcttaatgcacaaatgggaatccatgt 29766667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10053403 - 10053318
Alignment:
Q  153 aattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    |||||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||    
T  10053403 aattttgatttaatcagggactcaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgagcaaatgtgcaatacacgatataat 10053318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 13381224 - 13381123
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||   |||||||| ||||||||| |||||| || || |||||||||||    
T  13381224 atagtataactgttgatgtcatgtcagctagtgttctgctggtggacctctctaaggctaaactttaccttattataaatcaatcctcatacaaaatatt 13381125  T
Q  110 aa 111  Q
    ||    
T  13381124 aa 13381123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 25654652 - 25654568
Alignment:
Q  30 atgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaaggg 114  Q
    |||||| |||||||  | ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  25654652 atgtcaactagtgtattattgatggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtctttgtacaaactattaaggg 25654568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 238
Target Start/End: Original strand, 12081129 - 12081220
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    ||||| |||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  || ||||||| |||| ||||||||||    
T  12081129 atgtttaattttgatttaatcagggacttaattgcaataagtaaagatataaggacacaccttataagcaaatgtgtaatacaccatataat 12081220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Original strand, 33752452 - 33752534
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| || || |||||||||||||    
T  33752452 catgtgagctactgtcatgttggtagactactctaagactaaactttaccttattaaaaatcaatcctcatacaaaatattaa 33752534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 13380685 - 13380560
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||||||||||||  | | ||||||||||||| ||| |||||||||||| |  ||| | | |||||||||||| ||||| || |||||  |     
T  13380685 atgtttaattttgatttaatcagggatacaattgcaataaataaagatataatgacatattttatgggtaaatgtgcaatacaccatgtagtatgacgtt 13380586  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactca 272  Q
     ||  |||||||||||||||||||||    
T  13380585 ataaagattaaatacacaaatactca 13380560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 147 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21266205 - 21266126
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaat 226  Q
    ||||| || |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  21266205 atgtttaaatttgatttaatc-agagactcaattgcaataagtaaagatataatgatacaccttatgagcaaatgtgcaat 21266126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13887427 - 13887348
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaat 226  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| || ||| |||||| ||||    
T  13887427 atgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaataagtaaaaatataatggtacaccatatgagcaaatgtacaat 13887348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Original strand, 33848091 - 33848173
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||| || | ||| ||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| || || |||||||||||||    
T  33848091 catgtaagctagtgtcatgctgatagactactctaagactaaactttaccttattaaaaatcaatcctcatacaaaatattaa 33848173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 111
Target Start/End: Original strand, 12164049 - 12164136
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | || | ||||||||    |||||||||||||||| || || |||| |||||    
T  12164049 gatgtcatgtcagctagtgtattgttggtggaccattgtaaatctaaacttttttttattacaaatcagtcctcataaaaaacattaa 12164136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Original strand, 8762940 - 8763022
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||||| |||||| |  || ||||||||  ||  |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8762940 catgtcagcgagtgtctttgtgatggaccaccgtaacactaaattttactttattacaaatcagtcctcgtacaaaatattaa 8763022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 26411477 - 26411351
Alignment:
Q  153 aattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatgg 252  Q
    ||||||||||||||   | | |||||||||||||||||  ||||| || || ||  || ||| |||||| ||||| |||||||||| |||  ||  |||     
T  26411477 aattttgatttaattagggatacaattgcaataagtaaatatatagtggcatactgtatgagcaaatgtacaatacaccatataatttgacgtgacatgt 26411378  T
Q  253 attaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26411377 attaaatacataaatattcaatgattg 26411351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 267
Target Start/End: Original strand, 8777275 - 8777395
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||||  ||||| ||  ||||| || ||| |||||| ||||  ||  || ||| |||| ||    
T  8777275 atgtttaattttgatttaacgaaggacacaattgcaataagtaaaaatatagtggtacaccatatgagcaaatgtacaatgcacactaaaatttgatgtg 8777374  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaat 267  Q
    | ||| |||||||||||||||    
T  8777375 gcatgcattaaatacacaaat 8777395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 187
Target Start/End: Original strand, 25521705 - 25521745
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataag 187  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25521705 atgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaataag 25521745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 267
Target Start/End: Original strand, 33752910 - 33753030
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| || ||| ||||||||  | ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||  |   |||||||||||| ||| |||||| |||  ||    
T  33752910 atgtttaaattttatttaatcagggacacaatggcaataagtaaagatacaataacacaccttgtggacaaatgtgcaataaaccctataatctgaagtg 33753009  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaat 267  Q
      || ||||||||||||||||    
T  33753010 acattgattaaatacacaaat 33753030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 278
Target Start/End: Original strand, 32180476 - 32180740
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  32180476 atagtataactgctgatgtcatgtcggctagtgtcctgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 32180575  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32180576 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacacctt 32180675  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
     |||  |||||||||  ||||| |||||| |||  ||  ||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  32180676 -aga-caaatgtgca--ataccgtataatctgacgtgacataaattaaatacacaaatgctcaatgatt 32180740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 11 - 279
Target Start/End: Original strand, 49359355 - 49359622
Alignment:
Q  11 tagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatta 110  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  49359355 tagtataacaaccgatgtcatgtcagctagtgtcctagtggtagaccaatcta-aactaaactttaccttattataaatcagtcctcatacaaaatatta 49359453  T
Q  111 agggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  49359454 aagggaatttcaatcttagtgcacaaatagaaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcattaagtaaagatataatgacacacctta 49359553  T
Q  211 agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
     ||| |||||||||||| | ||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  49359554 tgagcaaatgtgcaatacatcatataatatgacgtgtcatggattaaatacacaaatgttcaatgattg 49359622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 19606639 - 19606908
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  19606639 atagtattaccgccgatgtcatgtcagctagtgtcctgctcgtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 19606738  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   | |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  19606739 aaggggaatttcaatcttggtgcacaaatggaaatctatgtttaattttgatttaataagggacacgattgcaacaagtaaagatataatgacacacctt 19606838  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |  ||||||| ||||| |||||||||| |||  ||   || ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  19606839 atggaaaaatgttcaatacaccatataatctgacgtgacctgaattaaatacacaaatgctcaatcattg 19606908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 276
Target Start/End: Original strand, 38392357 - 38392619
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38392357 tataactgctgatatcatatcagctagtgtcatgttggtgaaccgttctaaaactaaattttacattattacaaatcagtcatcttacaaaatattaagg 38392456  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaaga 213  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |     
T  38392457 gaaatttcaatcttagtgcataaatgaaaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaatatataatgacacacattatgg 38392556  T
Q  214 gaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatga 276  Q
    | |||||||||||| | |||||||| ||  |||  |||||||||||||||||||  |||||||    
T  38392557 gcaaatgtgcaatacatcatataatctgtcatgacatggattaaatacacaaatgttcaatga 38392619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 47930392 - 47930660
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  47930392 atagtataactgccgatgtcatatcagttagtgtcctgttagtggaccactctaaaactaagctttactttattacaaatcagtcattatacaaaatatt 47930491  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||    
T  47930492 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatgagggacacaattgcaataagtaaaggaataatgacacgtctt 47930591  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |   ||| |||||||| ||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  47930592 agggacaaaggtgcaatacaccatataat-cgatataacatggattaaatacacaaatgttcaatgattg 47930660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 278
Target Start/End: Original strand, 7568451 - 7568712
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||| || |||||||||||    
T  7568451 atagtataactgtcgattttatgtcagctagtgttctgctggtggaccactctaaaactaaactt-------ttacaaatcagtcctcatacaaaatatt 7568543  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7568544 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatc-agagacacaattgtaataagtaaagatataatgacacactt 7568642  T
Q  209 taagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    || | | ||||||||||||   |||||||| |||  ||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7568643 tatgtgcaaatgtgcaatactgcatataatctgacgtgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgatt 7568712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 40640356 - 40640628
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| || ||| | || |||| || ||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  40640356 atagtataagtgcctatgtcatgtcaactggtgccctgctggtagatcactctaaaactaaactttattttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 40640455  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaatt---gcaataagtaaggatataatgacacac 206  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||| || ||||||||   |||||||||||  |||||||||||||     
T  40640456 aaggagaatttcaattttagtgcacaaatgagaatatatctttaattttgatttaatcaaggacacaattgcagcaataagtaaaaatataatgacacat 40640555  T
Q  207 cttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |||| | | |||||||||||| ||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40640556 cttatgggcaaatgtgcaatacaccatataatatgacgtgacatggattaaatacacaaatgctcaatgattg 40640628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 26000855 - 26000627
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| | || |  || | |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  || |||||||||||    
T  26000855 atagtataactgtcgatatcatgtcagctactatcctactgatagaccactctaaaactaaactttactttattacaaatcagtactcatacaaaatatt 26000756  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||    
T  26000755 aagggaaatttcaattttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaatgacacaattgcaataagtaaagcgataatgacacacttt 26000656  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    | |||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  26000655 acgagaaaatatgcaatacaccgtataat 26000627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 44881097 - 44880845
Alignment:
Q  26 tgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatc 125  Q
    ||||||||||| ||||||  || ||  |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| || || || ||||||||||||| ||||||||||    
T  44881097 tgtcatgtcagttagtgttctgctgacggaccaatctaaaactaaactttaccttattacaaatcaatcctcatataaaatattaaggggaatttcaatc 44880998  T
Q  126 ttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaa 225  Q
     |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  44880997 ctagtgcacaaatgtgaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgtaataagtaaagatataatgacac-ccttatgagcaaatgtgcaa 44880899  T
Q  226 tataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    || ||||||| || |||  ||  |||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  44880898 tacaccatattatctgacgtgacatggattaaatacataaatgttcaatgattg 44880845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 45879219 - 45879492
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  45879219 tataattgctgatgtcatgtcagctagtgtcctg---gtggaccactttaaagctaaactttaccttattacaaatcagtcctcatacaaaatataaagg 45879315  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaag- 212  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |     
T  45879316 ggaatttcaatgttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaggaaaacaatttcaataagtaaagatataacgacacaccttatgg 45879415  T
Q  213 ----------agaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
              |  |||||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45879416 gcaaatgtgcaacaaatgtgcaatacaccatataatctgacgtggcatggattaaatacacaaatgctcaatgattg 45879492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 234
Target Start/End: Original strand, 7758190 - 7758372
Alignment:
Q  51 gtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||| | ||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  7758190 gtggagcactctaaaactaagctttatctttttacaaatcagtcttcatacaaaatat-aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgt 7758288  T
Q  151 tgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccata 234  Q
    | ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||| ||||| ||||||    
T  7758289 ttaattttgatttaattagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacgcaccttatgggcaaatgtacaatacaccata 7758372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 51878433 - 51878241
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| |||  ||   ||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||  || |||||||||||    
T  51878433 atagtatgattgccgatgtcatgtcagctactgtactg---gtgggtcactctaaaattaaactttaccttattacaattcagtactcatacaaaatatt 51878337  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacac 206  Q
    ||| ||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||| ||||||||    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  51878336 aagagaa-tttcaatcttagtgcataaatgagaatctatgtttaatttttatttaatcggagacacaattgcaataagtaacaatataataacacac 51878241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 147 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 42204530 - 42204405
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||  ||| ||    
T  42204530 atgtttaattttgatttaatc-aggactcaattgcaataagtaaagatata-tgacacaccttatgagtaaatatgcaatacaccatataatccgatgtg 42204433  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaat 274  Q
      || |||||||||||||||| ||||||    
T  42204432 acatagattaaatacacaaatgctcaat 42204405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 36689761 - 36689674
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  36689761 gatgtcatgtcagctagtgtcttgttgatggaccaccgtaaaactaaactttactttattacaaataagtcctcatacaaaatattaa 36689674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 4556702 - 4556595
Alignment:
Q  176 aattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg----gtatggattaaatacacaaatactc 271  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||||| |||  ||    | ||  |||||||||||||||||||    
T  4556702 aattgtaataagtaaagatataatgacacacattatgagcaaatgtgcaatacgccatataatctgacgtgacatgaattaattaaatacacaaatactc 4556603  T
Q  272 aatgattg 279  Q
    ||||||||    
T  4556602 aatgattg 4556595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 267
Target Start/End: Original strand, 53811865 - 53811958
Alignment:
Q  174 acaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaat 267  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |   ||||||| |||| |||||||||| |||  ||  |||||||||||||| ||||    
T  53811865 acaattgcattaagtaaagatataatgacacaccttatgtacaaatgtggaatacaccatataatctgacgtgacatggattaaatacataaat 53811958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 154 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 47870370 - 47870314
Alignment:
Q  154 attttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  47870370 attttgatttaatcaaggactcaattgcaatacgtaaagatataatgacacacctta 47870314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 11019786 - 11019700
Alignment:
Q  25 atgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||| |||| |||||||||| |  || ||||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11019786 atgtaatgttagctagtgtctttgtgatggaccactctaagactaaattttatcttattacaaatcagtcctcgtataaaatattaa 11019700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 54606892 - 54606760
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||  |||||    |||||| || ||| |||||||||||| ||| ||| || ||| |||    
T  54606892 atgtttaattttaatttaatcaagggcacaattgcaataagtaaaaatatagcagcacaccgtatgagtaaatgtgcaatacaccgtatgatttgacatg 54606793  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
      ||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  54606792 acatacattaaatacacaaatgttcaatgattg 54606760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 279
Target Start/End: Original strand, 18272155 - 18272218
Alignment:
Q  216 aaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||  || |||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  18272155 aaatgtgcaatacaccatataatctgacttgatatgaattaaatacacaaatgttcaatgattg 18272218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Original strand, 48154431 - 48154513
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||| ||  |||||| || || |||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  48154431 catgtcagctagtgtctttgtgatggaccactgtaacactaaattttactttattacaaatcagtcctcatacaaaacattaa 48154513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 105
Target Start/End: Original strand, 42664061 - 42664142
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||| |  || |  |||||| ||  |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42664061 gatgtcatgtcagctagtgtctttgtgataaaccactgtaagactaaattttactttattacaaatcagtcctcgtacaaaa 42664142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 43485497 - 43485384
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||| ||||||||  | || ||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||| | | |||| ||||||  |||||||||| |||  ||    
T  43485497 atgtttaattttaatttaatcagggactcaattacaataagtaaaaatataatgacacatcttaggggcaaatatgcaatgcaccatataatctgaagtg 43485398  T
Q  247 gtatggattaaata 260  Q
    | ||| ||||||||    
T  43485397 gcatgaattaaata 43485384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 2266582 - 2266850
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  2266582 atagtataactgtcgatgccatgtcagctagtgtcctgctggtggacccctctaaaa-taaactttacattattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 2266680  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |   || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2266681 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatgggaatctatgtttaattttgatttaatcaaagtcatagttgcaataagtaaagatataatgacacacctt 2266780  T
Q  210 a-agagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |||  ||||||| |||| ||||| |||| | |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2266781 ataga-caaatgtgtaatacaccatgtaatctaacgtggcatggattaaatacacaaatgctcaatgattg 2266850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17612657 - 17612457
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||| || || |||||||     
T  17612657 atagtataactgtcgatgtcatgtcagctagtgtcctgttggtggaccactctaaaactaaattttaccttattacaaattagtcctcatagaaaatata 17612558  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  17612557 aaggggaatttcaatcttagcacacaaatggcaatctatgtttaattttgatttaatctaggacataattgcaataagtaaagatgcaatgacacacctt 17612458  T
Q  210 a 210  Q
    |    
T  17612457 a 17612457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2708195 - 2707998
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||| | || |||||||||      
T  2708195 atagtataattgccgatatcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctaaaactaagctttatcttattacaaatcagccctcatacaaaata-g 2708097  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||  | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2708096 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatccatgtttaattttgatttaatcagggactcaattgcaataagtaaagatataatgacacacct 2707998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 2570797 - 2570605
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||    
T  2570797 tataattgtcgatgtcatgttagctagtgttctgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcattcctcaaacaaaatattaagg 2570698  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacac 206  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  2570697 tgaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgtttacttttgatttaattagggacacaattgcaataaataaagatataatgacacac 2570605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 1012596 - 1012351
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaa 123  Q
    ||||||||||||||||||||  || | |||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||| || || ||          |||| ||||||||    
T  1012596 gatgtcatgtcagctagtgtactgctagtggaccattctaaaactaaattttaccttattacaaatcaatcttcata----------aggggaatttcaa 1012507  T
Q  124 tcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaa-ttgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtg 222  Q
    | ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  1012506 ttttagtgcacaaataggaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaaattgcaataagtaaagatataatgacacaccttatgggcaaatgtg 1012407  T
Q  223 caatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    ||||| |||||||||| |||  ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1012406 caatacaccatataatctgacgtgacatggattaaatacacaaatactcgatgatt 1012351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9743874 - 9743654
Alignment:
Q  49 tggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatg-gaa-atct 146  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||| || |    
T  9743874 tggtggatcactctaaaactaaattttacattattacaaaccagtcctcatacaaaatattaaggggaacataaatcttagtgcacaaatgagaatatat 9743775  T
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||  |     
T  9743774 atgtttaattttgatttaatcaagaacataattgcaataagtaaagatttaatgaaacactttatggaaaaatgtgcaatacaccatataatatgacgtt 9743675  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaat 267  Q
      |||||||||||||||||||    
T  9743674 acatggattaaatacacaaat 9743654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 49878983 - 49878858
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaa 123  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49878983 gatgtcatgtcaactagtgtc-tgctggtggaccattctaagactaaactttaccttattataaatcagtcatcatacaaaatattaagggaaatttcaa 49878885  T
Q  124 tcttagtgcacaaatggaaatctatgt 150  Q
    ||||| |||||||||| |||| |||||    
T  49878884 tcttaatgcacaaatgaaaatttatgt 49878858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 99 - 267
Target Start/End: Original strand, 54995613 - 54995781
Alignment:
Q  99 tacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataa 198  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||| || |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  54995613 tacaaaatattagggggaatttcaatcttagtacacaaataagaatctatatttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataa 54995712  T
Q  199 tgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaat 267  Q
     ||||||| ||| |   |||||||||||| | |||||||  ||| |||  ||||||||||||| |||||    
T  54995713 agacacacattatggacaaatgtgcaatacatcatataacctgacatgacatggattaaatacgcaaat 54995781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 278
Target Start/End: Original strand, 22756794 - 22756924
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||||||| |||| || || |||||| ||||||||| |||||| || ||| |  || ||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||    
T  22756794 atgtttaattttgattcaatc-aggacgcaattggaataagtaaagatatagtggcacgctgtatgagcaaatgtgcaatacaccgtataatttgatgtg 22756892  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22756893 gcatgcattaaatacacaaatactcaatgatt 22756924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22729896 - 22729775
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||| | |||||| || |||||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||    
T  22729896 atgtttaattttgattcaatc-aggacacagttgcaataagttaagatatagtggcacaccatatgagcaaatgtgcaatacaccgtataatttgatgtg 22729798  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatac 269  Q
    | ||| |||||||||||||||||    
T  22729797 gcatgcattaaatacacaaatac 22729775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 279
Target Start/End: Original strand, 28293124 - 28293227
Alignment:
Q  176 aattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatg 275  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||   | |||||||||||| | |||||||| |||| | | ||||||||||||||   ||||||||||    
T  28293124 aattgcaataagtaaagatataataacacatcttataggtaaatgtgcaatacatcatataatttgatgtagcatggattaaatacattgatactcaatg 28293223  T
Q  276 attg 279  Q
    ||||    
T  28293224 attg 28293227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 51204724 - 51204637
Alignment:
Q  192 gatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||||||  |||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  51204724 gatataatgacacaccttattagcaaatgtgcaatgcaccatataatctgatgtgacatggattaaatacacaaaagctcaataattg 51204637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 147 - 238
Target Start/End: Original strand, 33036064 - 33036155
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   | |||||||||||| || |||||||    
T  33036064 atgtttaattttgatttaatc-agagactcaattgcaataagtaaagatataatgacaaaccttataggcaaatgtgcaatacacaatataat 33036155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 111
Target Start/End: Original strand, 28292430 - 28292486
Alignment:
Q  55 accactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  28292430 accactctaagactaaactttaccttattacaaatcaataatcatacaaaatattaa 28292486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 107
Target Start/End: Original strand, 54995007 - 54995068
Alignment:
Q  46 tgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaata 107  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||  || || |||||||||||||||| || |||||||||    
T  54995007 tgttggtcgaccactctaaaactaacttttactttattacaaatcagtcctcatacaaaata 54995068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 51959990 - 51959922
Alignment:
Q  192 gatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaata 260  Q
    ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||| |||||||||| |||  || ||| |||||||||    
T  51959990 gatataatgacacactttatgggcaaatgtgcaatacaccatataatctgacgtgatatagattaaata 51959922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 14 - 279
Target Start/End: Original strand, 4108644 - 4108906
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||    
T  4108644 tataattgccgttatcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactttaaaactaagctttatcttattacaaaacagtcttcatacaaaatat-aagg 4108742  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaaga 213  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |     
T  4108743 ggaatttcaattttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataacgacacaccttatgg 4108842  T
Q  214 gaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    | |||||||||||| ||||||||||  ||  ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4108843 gcaaatgtgcaatacaccatataat--gacgtggcattaattaaatacacaaatattcaatgattg 4108906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3038728 - 3038529
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||| || ||| |||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3038728 atagtagaattgctgatgtcatgtcaacaagtgtcttgctggtggaccactctaaaactaaactttaccttattacaaatcaatcatcatacaaaatatt 3038629  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3038628 aagggaa-tttcaatcttagtgcataaatgggaatctaagtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacacctt 3038530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7291042 - 7290814
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  7291042 atagtataactgtcgatgtcatatcaactagtgtcctgtttgtgaaccactctaaaactaaactttatcttattacaaatcaatcctcatacaaaatatt 7290943  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||    
T  7290942 aagaggaatttcaatcttagtgcacaaatgaaaatctatgtctaattttgatttaatcaggaatacaattgcaataagtaaagatataataatacatctt 7290843  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    | | ||||||||  ||||  |||||||||    
T  7290842 atgggaaaatgtctaatacgccatataat 7290814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 210
Target Start/End: Original strand, 6267285 - 6267430
Alignment:
Q  65 aactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgattta 164  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  6267285 aactaaactttatcttattacaaatcagtcatcatacaaaatattaaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgcaaatctatgtttaattttgattta 6267384  T
Q  165 atctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  6267385 atcaaggacataattgcaataagtaaagatataataacacacctta 6267430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 189
Target Start/End: Original strand, 23176512 - 23176690
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||| |||| || ||||||||| |    
T  23176512 atagtataatttccgatatcatgtcagctagtgtcatgttgatggaccactctaaaactaagctttatcttattacaaattagtcctcatacaaaata-t 23176610  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagta 189  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  23176611 aaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagta 23176690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Original strand, 18756396 - 18756620
Alignment:
Q  14 tataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagg 113  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||||| |||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  18756396 tataattgccgatgttatgttagctaatgtcctactggtggaccactctaaaactaatctttaccttattacaaatctgtcctcatacaaaatattaagg 18756495  T
Q  114 gaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta-ag 212  Q
    | ||||  |||||||||||||||| || ||| |||| | | |||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||    
T  18756496 ggaattaaaatcttagtgcacaaaggggaatatatgcttacttttaattgaatcatggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacatcttatag 18756595  T
Q  213 agaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||    
T  18756596 a-caaatgtgcaatagaccatataat 18756620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 151
Target Start/End: Original strand, 28220758 - 28220898
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || |||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  28220758 atagtataattgtcgatatcatgtttgctaatgtcatgttggtggaccactctaaaactaagctttatcttattacaaatcagtcctcatacaaaata-t 28220856  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgtt 151  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||    
T  28220857 aaggggaatttcaatcttagtgtacaaaagagaatctatgtt 28220898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 150
Target Start/End: Original strand, 30651007 - 30651108
Alignment:
Q  49 tggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctat 148  Q
    |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30651007 tggtggaccactctaagattaaactttaccttattacaaatcagtcatcatactaaatattaagaggaattttaatcttagtgcacaaatgaaaatctat 30651106  T
Q  149 gt 150  Q
    ||    
T  30651107 gt 30651108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 34686098 - 34685969
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||   |||||||||||   |||||| ||  ||| ||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  34686098 atagtataactgttaatgtcatgtcaagcagtgtcctgccggtagaccactctaagactaaactttactttattacaaatcagtcctcatacaaaatatt 34685999  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatg 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34685998 aagggaaatttcagtcttagtgcacaaatg 34685969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 34463575 - 34463472
Alignment:
Q  174 acaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaa 273  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |   ||| |||||||| || ||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  34463575 acaattacaataagtaaagatataatgacacaccatatgttcaaacgtgcaatacacaatataatgtgaagtggtatggattaaatacataaattttcaa 34463476  T
Q  274 tgat 277  Q
    ||||    
T  34463475 tgat 34463472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 238
Target Start/End: Original strand, 35735844 - 35735933
Alignment:
Q  148 tgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    |||| |||||| |||||||| || ||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  35735844 tgtttaatttttatttaatc-aggacacaattgtaataggtaaagatatagtggcacaccttatgagcaaatgtgcaatacaccatataat 35735933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 238
Target Start/End: Original strand, 30381002 - 30381067
Alignment:
Q  173 cacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataat 238  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||| |||||||||| |||||||    
T  30381002 cacaattataataagtaaagatataatgacacatcttataagtaaatatgcaatatacgatataat 30381067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Original strand, 11083883 - 11084146
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || | || ||||||||||||||||| || | |   ||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||| |  ||||||||||     
T  11083883 atagtataattgtcaatatcatgtcagctagtgtcgtgatag---accactctaaaactaagctttatcttattacaaatcagtccttatacaaaatat- 11083978  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||||| ||||||||||||| || |||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11083979 aaggggaatttcaatcttaatgaacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatc-agagacacaattgcaataagtaaagatataatgacacacct 11084077  T
Q  209 taagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    || | | ||||||| |||| ||||||||||  ||  ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11084078 tatgggcaaatgtgtaatacaccatataat--gacgtgacatggattaaatacataaatattcaatgattg 11084146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 4104339 - 4104183
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  4104339 atagtataattgtcgatgtcatgtcagttagtgtcgtgctggtggaccactctaaaactaaactttgccttattacaaatcaatcttcatacaaaatatt 4104240  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaat 166  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  4104239 aaggagaatttcaatcttagtgcacaaatgggaatttatgtttaattttgatttaat 4104183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 34994140 - 34993921
Alignment:
Q  24 gatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaa 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||| ||||||| |  | ||||||||||||||||  |  || ||||||||||||| ||||||||    
T  34994140 gatgtcatgtcggctagtgtcatgctggtggactattctaaaactaaattgtatcttattacaaatcagttcttatataaaatattaaggggaatttcaa 34994041  T
Q  124 tcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgc 223  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| || ||| |   ||||||||    
T  34994040 tcttagtgcataaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgtaataagtaaagatataataacatacattatggacaaatgtgc 34993941  T
Q  224 aatataccatataatatgat 243  Q
    |||| |||||||||| ||||    
T  34993940 aatacaccatataatctgat 34993921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 279
Target Start/End: Original strand, 26301649 - 26301917
Alignment:
Q  13 gtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttatt-acaaatcagtcatcgtacaaaatat--- 108  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||  || | |||||| ||||||||||  || ||||||||||       
T  26301649 gtataattgccgatatcatgtcggctagtgtcatgttggtgggccactctaaaattaagttttatcttatttacaaatcagttctcatacaaaatatata 26301748  T
Q  109 taagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacct 208  Q
    ||| || ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  26301749 taaagggaatttcaatcttagtacacaaatgagaatctatgtttaattttgatttaatcagggacacaattgcaataagtaaagatataatgacacatct 26301848  T
Q  209 taagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    || |   |||| ||||||| | ||||||  ||||  ||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26301849 tatggataaatatgcaatacatcatata--atgacgtgacatgaattaaatacataaatattcaatgattg 26301917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 19632072 - 19631803
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagct--agtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaata 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |   |||||| || ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||  |||   || ||  ||||||||    
T  19632072 atagtataactgtcgatgtcatgtcaccaggagtgtcctgctggtggaccactctaaaactaagttttaccttattattaattgatcctc--acaaaata 19631975  T
Q  108 ttaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctaga-acacaattgcaataagtaaggatataatgacacac 206  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  19631974 ttgaggggaatttcaatcttagtgcacaaatgagaatttatttttaattttgatttaatc-agagacacgattgcaataagtaaagatataatgaaacac 19631876  T
Q  207 cttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
    ||||   | |||||||||||| |||||||||| | |  ||  |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19631875 cttataggcaaatgtgcaatacaccatataatctaacgtgacatggattaaatacacaaatgttcaatgattg 19631803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 80 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 30341277 - 30341124
Alignment:
Q  80 tattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaatt 179  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||    
T  30341277 tattacaaattagtcctcatacaaaatattaaggggaatttcaatcttagtgcactaatgggaatctatatttaattttgatttaatcatgaacacaatt 30341178  T
Q  180 gcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccat 233  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||| | | |||||| ||||| |||||    
T  30341177 gcaataagtgaagatataatgacacaacttatgggcaaatgtacaatacaccat 30341124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 151
Target Start/End: Original strand, 6613757 - 6613859
Alignment:
Q  49 tggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctat 148  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  6613757 tggtggaccactctaagactaaacttcaccttattacaaatgaatcctcatacaaaatattaaggagaatttcaatcttagtgcacaaataagaatctat 6613856  T
Q  149 gtt 151  Q
    |||    
T  6613857 gtt 6613859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 30341538 - 30341461
Alignment:
Q  11 tagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaa 88  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||||| || ||||| | ||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  30341538 tagtataattgctgatgtcatgttagctagtgtcctgatggtgaatcactctaaaactgaactttaccttattacaaa 30341461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 223 - 278
Target Start/End: Original strand, 4102864 - 4102919
Alignment:
Q  223 caatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||    
T  4102864 caatacaccatataatatgatgtggcatagattaaatacacaaatgttcaatgatt 4102919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 147 - 190
Target Start/End: Original strand, 4488444 - 4488487
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaa 190  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4488444 atgtttaattttgatttaatcaagaacacaattgcaacaagtaa 4488487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 111
Target Start/End: Original strand, 4487800 - 4487882
Alignment:
Q  29 catgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||| ||  |||||| || || |||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  4487800 catgtcagctagtgtctttgtgatggaccactgtaacactaaattttactttattacaaatcagtcctcatacaaaacattaa 4487882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 25441795 - 25441709
Alignment:
Q  25 atgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    ||||||||| |||||||||| |  || ||||||||| ||  |||||| || || |||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  25441795 atgtcatgttagctagtgtctttgtgatggaccactgtaacactaaattttactttatcacaaatcagtcctcatacaaaatattaa 25441709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 174 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4103070 - 4103034
Alignment:
Q  174 acaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4103070 acaattgcaataagtaaaaatataatgacacacctta 4103034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0050 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0050
Description:

Target: scaffold0050; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 10 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 5911 - 5645
Alignment:
Q  10 atagtataactgccgatgtcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatatt 109  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| ||||||| || | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||  || |||||||||||    
T  5911 atagtataactgtggaagtcatgtcagttagtgtc-tgctagtggaccactctaaaactaaactttaccttattataaatcagttctcatacaaaatatt 5813  T
Q  110 aagggaaatttcaatcttagtgcacaaatggaaatctatgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctt 209  Q
    || | ||||||| |||||| || |||||||  |||| ||||| ||||||||||||||   | ||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  5812 aaag-aaatttcgatcttaatgaacaaatgcgaatccatgtttaattttgatttaatgagggacataattgcaataaggaaatatataatgacacacctt 5714  T
Q  210 aagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatggtatggattaaatacacaaatactcaatgatt 278  Q
    |   | |||||||||||| |||||||||| | | |||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5713 ataggcaaatgtgcaatacaccatataatctaacatgacatgaattaaatacacaaatgctcaatgatt 5645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 279
Target Start/End: Original strand, 8993 - 9125
Alignment:
Q  147 atgttgaattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacaccttaagagaaaatgtgcaatataccatataatatgatatg 246  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| | ||  || |||||||||||| ||  |||||| ||| |||    
T  8993 atgtttaattttgatttaatcaaggacacaattgcaattagtaaagatataatggaacatcgtataagtaaatgtgcaataaactgtataatttgacatg 9092  T
Q  247 gtatggattaaatacacaaatactcaatgattg 279  Q
      ||  |||||||||||||||  ||||||||||    
T  9093 acatacattaaatacacaaatgttcaatgattg 9125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 111
Target Start/End: Original strand, 8284 - 8367
Alignment:
Q  28 tcatgtcagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| | |||| || |||||||||||||    
T  8284 tcatgtcagctaatgtcttgttgatggaccactctacgactaaactttactttattacaacttagtcctcatacaaaatattaa 8367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 107
Target Start/End: Original strand, 11422 - 11495
Alignment:
Q  34 cagctagtgtcatgttggtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaata 107  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  11422 cagctagtgtcatgttagtgtaccactctaagactaaattttatcttattacaaatcagtcctcatacaaaata 11495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 210
Target Start/End: Original strand, 12034 - 12091
Alignment:
Q  153 aattttgatttaatctagaacacaattgcaataagtaaggatataatgacacacctta 210  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  12034 aattttgatttaatcaggaacacaattgcaataagtaaatatataatgacacatctta 12091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 66052 - 65992
Alignment:
Q  51 gtggaccactctagaactaaacttgaccttattacaaatcagtcatcgtacaaaatattaa 111  Q
    |||||||||| ||  ||||||||| ||||||||| |||| |||| || |||||||||||||    
T  66052 gtggaccactttaacactaaactttaccttattataaattagtcctcatacaaaatattaa 65992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University