View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15302_high_45 (Length: 363)

Name: NF15302_high_45
Description: NF15302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15302_high_45
NF15302_high_45
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (138-356)||(32932256-32932474)
chr6 (138-349)||(23848518-23848729)
chr6 (138-349)||(18338092-18338305)
chr6 (138-354)||(9972753-9972972)
chr6 (187-355)||(27101530-27101698)
chr6 (187-355)||(27143352-27143520)
chr6 (138-349)||(7553362-7553575)
chr6 (155-297)||(22958084-22958226)
chr6 (155-297)||(23830166-23830308)
chr6 (173-342)||(19543475-19543650)
chr6 (138-296)||(15121532-15121683)
chr6 (23-71)||(32932541-32932589)
chr6 (295-349)||(22958008-22958062)
chr6 (295-349)||(23830330-23830384)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (138-349)||(3469831-3470042)
chr3 (138-349)||(19240464-19240675)
chr3 (138-347)||(31112359-31112564)
chr3 (138-349)||(39032685-39032904)
chr3 (138-355)||(32285658-32285877)
chr3 (138-349)||(39039698-39039916)
chr3 (138-344)||(29960875-29961082)
chr3 (138-344)||(30010080-30010287)
chr3 (138-355)||(32280714-32280933)
chr3 (160-349)||(45677835-45678026)
chr3 (138-300)||(38445625-38445787)
chr3 (140-298)||(46611799-46611957)
chr3 (138-298)||(41272944-41273104)
chr3 (138-277)||(10626311-10626450)
chr3 (157-296)||(11458130-11458269)
chr3 (138-300)||(50158154-50158316)
chr3 (138-225)||(11172085-11172172)
chr3 (235-297)||(39350935-39350997)
chr3 (318-355)||(39351022-39351059)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (140-356)||(3949982-3950199)
chr2 (142-354)||(15144208-15144420)
chr2 (138-355)||(41826543-41826752)
chr2 (138-349)||(40113388-40113605)
chr2 (138-341)||(662760-662959)
chr2 (138-349)||(669992-670199)
chr2 (138-355)||(24138364-24138582)
chr2 (138-355)||(23888338-23888556)
chr2 (138-355)||(23892414-23892632)
chr2 (141-296)||(18341573-18341728)
chr2 (138-287)||(39190088-39190237)
chr2 (138-349)||(25336159-25336373)
chr2 (156-298)||(17527310-17527452)
chr2 (173-355)||(14661277-14661460)
chr2 (156-296)||(17530028-17530171)
chr2 (143-296)||(33425907-33426064)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (138-355)||(39574474-39574690)
chr1 (138-354)||(47858087-47858304)
chr1 (138-298)||(24515354-24515514)
chr1 (176-349)||(39581061-39581233)
chr1 (138-342)||(9758314-9758521)
chr1 (138-342)||(9764930-9765136)
chr1 (141-296)||(12017733-12017887)
chr1 (138-295)||(41140853-41141010)
chr1 (138-229)||(24523173-24523264)
chr1 (261-298)||(24523142-24523179)
chr1 (143-184)||(38278914-38278956)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (141-349)||(22729815-22730023)
chr5 (143-354)||(35941063-35941273)
chr5 (138-283)||(36950147-36950292)
chr5 (138-355)||(11339804-11340020)
chr5 (138-298)||(43097425-43097585)
chr5 (138-229)||(10491175-10491266)
chr5 (259-333)||(10491258-10491331)
chr5 (304-355)||(36950070-36950121)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (138-348)||(42567597-42567806)
chr4 (138-341)||(35904946-35905149)
chr4 (138-296)||(36048869-36049027)
chr4 (138-349)||(24423153-24423364)
chr4 (138-297)||(6262184-6262343)
chr4 (138-296)||(2228836-2228994)
chr4 (138-298)||(13393676-13393836)
chr4 (138-298)||(13396815-13396975)
chr4 (138-293)||(44160724-44160878)
chr4 (138-308)||(18891096-18891265)
chr4 (160-355)||(33366759-33366954)
chr4 (141-243)||(54256226-54256326)
chr4 (142-264)||(33361622-33361744)
chr4 (249-297)||(54256348-54256396)
chr4 (138-196)||(43444884-43444942)
chr4 (312-355)||(33361760-33361803)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (138-355)||(44626102-44626319)
chr8 (138-355)||(32038048-32038266)
chr8 (150-349)||(26005484-26005686)
chr8 (166-355)||(17497454-17497643)
chr8 (141-282)||(1262302-1262443)
chr8 (143-296)||(39517326-39517480)
chr8 (179-355)||(38143898-38144076)
chr8 (175-354)||(34548032-34548216)
chr8 (143-311)||(45266119-45266274)
chr8 (138-229)||(18324773-18324864)
chr8 (248-311)||(38151017-38151080)
chr8 (248-298)||(18324938-18324988)
chr8 (138-201)||(45272805-45272868)
chr8 (316-356)||(27146-27186)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (138-345)||(267696-267903)
chr7 (138-355)||(48853579-48853797)
chr7 (138-355)||(32517097-32517317)
chr7 (138-346)||(26450872-26451075)
chr7 (140-299)||(29148714-29148872)
chr7 (138-290)||(40771648-40771800)
chr7 (138-229)||(278879-278970)
chr7 (138-201)||(40771217-40771280)
chr7 (141-291)||(5172852-5173002)
chr7 (260-296)||(40771313-40771349)
[»] scaffold0502 (2 HSPs)
scaffold0502 (138-349)||(8916-9129)
scaffold0502 (138-349)||(4216-4429)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (138-355)||(67754-67974)
scaffold0040 (138-355)||(60278-60498)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (141-296)||(30065-30220)
[»] scaffold1634 (1 HSPs)
scaffold1634 (138-300)||(26-188)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (138-296)||(40145-40303)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (138-296)||(134550-134708)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 138 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 32932474 - 32932256
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32932474 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatgggctgtgatgtgttggaccatttagttgagcccaa 32932375  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932374 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 32932275  T
Q  338 catccctctcattcttctc 356  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32932274 catccctctcattcttctc 32932256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 23848729 - 23848518
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  23848729 tggtctattgtgtaaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 23848630  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||| | |||    
T  23848629 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagcgcagt 23848530  T
Q  338 catccctctcat 349  Q
    ||||||||||||    
T  23848529 catccctctcat 23848518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 18338092 - 18338305
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  18338092 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 18338191  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 335  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  18338192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 18338291  T
Q  336 gtcatccctctcat 349  Q
    ||||||||||||||    
T  18338292 gtcatccctctcat 18338305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 354
Target Start/End: Original strand, 9972753 - 9972972
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  9972753 tggtctattgtattaaacattcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctaactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9972852  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  9972853 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 9972952  T
Q  335 agtcatccctctcattcttc 354  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  9972953 agtcatccctctcatccttc 9972972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 187 - 355
Target Start/End: Original strand, 27101530 - 27101698
Alignment:
Q  187 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 286  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27101530 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27101629  T
Q  287 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27101630 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27101698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 187 - 355
Target Start/End: Original strand, 27143352 - 27143520
Alignment:
Q  187 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 286  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27143352 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27143451  T
Q  287 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27143452 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27143520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7553575 - 7553362
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||||| | ||||     
T  7553575 tggtctatggtgttaagcattaattaat-gatgaatatgtgcgattgggctattctttttaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaaacccag 7553477  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatttt---ggtgctaaatggaatgagggt 334  Q
    |||||  || |||||||| | ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  7553476 tgagaagtccctgccctcggccgtttagttatttaaacatcatcccatcagacggttaaactattctgaacatttttcaggtgctaaacggaatgagggt 7553377  T
Q  335 agtcatccctctcat 349  Q
    |||||||||||||||    
T  7553376 agtcatccctctcat 7553362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 22958226 - 22958084
Alignment:
Q  155 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  22958226 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 22958127  T
Q  255 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 297  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22958126 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 22958084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 297
Target Start/End: Original strand, 23830166 - 23830308
Alignment:
Q  155 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  23830166 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 23830265  T
Q  255 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 297  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23830266 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 23830308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 173 - 342
Target Start/End: Original strand, 19543475 - 19543650
Alignment:
Q  173 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 272  Q
    |||||||||||  | |||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||| || |||| |||||||| || ||||||| || |||||| |||||||    
T  19543475 tatgtgtgattaggttattctttttaaatgggccgtgatgggttggaccatttaactaagccgaatgagaggtccctgcccttagccgtttagctattta 19543574  T
Q  273 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatg--------aacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 342  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||||        |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19543575 aacgtcatcctatcagacggttaaa--actatgctgaacttaacattctggtgctaaagggaatgagggtagtcatcc 19543650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 15121683 - 15121532
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||  ||||||| ||||| || || |       
T  15121683 tggtatattgtgttaataactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattgtttataaatggactgtgatcggttggacgatttaactaagtc--- 15121587  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
        || |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  15121586 ----aggtctctgccctcagcagtttaactatttaaatgtcatctcatcatacggttaa 15121532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 32932589 - 32932541
Alignment:
Q  23 ctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 71  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932589 ctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 32932541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 22958062 - 22958008
Alignment:
Q  295 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 349  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  22958062 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 22958008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 349
Target Start/End: Original strand, 23830330 - 23830384
Alignment:
Q  295 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 349  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23830330 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 23830384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 3469831 - 3470042
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  3469831 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatggtttggaccatttagcgaagcccaa 3469930  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  3469931 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaat 3470030  T
Q  338 catccctctcat 349  Q
    ||||||||||||    
T  3470031 catccctctcat 3470042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 19240675 - 19240464
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  19240675 tggtatattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagatattctttctaaatggaccgtgatggattggaccatttagctaagcctaa 19240576  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19240575 tgagaggtccctgccctcatccgtttaactatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattatgaatattctggtgctaaatggaatgagggtagt 19240476  T
Q  338 catccctctcat 349  Q
    |||| |||||||    
T  19240475 catctctctcat 19240464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 138 - 347
Target Start/End: Original strand, 31112359 - 31112564
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  31112359 tggtctattgtgttaagtactaattagttgatgaataagtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 31112458  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| ||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    |||||||||| ||||||||||||||    
T  31112459 tgagaggtccatgcccttagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaac----tggtgctaaacggaatgagggtagt 31112554  T
Q  338 catccctctc 347  Q
    ||||||||||    
T  31112555 catccctctc 31112564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 39032904 - 39032685
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39032904 tggtctattctgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39032805  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 329  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||       | | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  39032804 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattctggtgctaaagggaatg 39032705  T
Q  330 agggtagtcatccctctcat 349  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39032704 agggtagtcatccctctcat 39032685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 32285877 - 32285658
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  32285877 tggtttattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgaattatttttcttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctaa 32285778  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 335  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |  |||||||| ||||||||||||    
T  32285777 tgagaggtctctgccctcagccgtttaacaatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaacattccggtgtgctaaacggaatgagggta 32285678  T
Q  336 gtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  32285677 gtcatctctctcatccttct 32285658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 39039916 - 39039698
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39039916 tggtctattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39039817  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 329  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||       | | ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39039816 tgagaggtc-ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcgcatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattcaggtgctaaagggaatg 39039718  T
Q  330 agggtagtcatccctctcat 349  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  39039717 agggtagttatccctctcat 39039698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 138 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 29961082 - 29960875
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  29961082 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 29960983  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  29960982 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 29960883  T
Q  337 tcatccct 344  Q
    ||||||||    
T  29960882 tcatccct 29960875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 138 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 30010287 - 30010080
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  30010287 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 30010188  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  30010187 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 30010088  T
Q  337 tcatccct 344  Q
    ||||||||    
T  30010087 tcatccct 30010080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 32280933 - 32280714
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32280933 tggtctattctattaagcactaattagttgatgaacatgtgtgatttgactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32280834  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 335  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||  ||| |||||||    
T  32280833 tgagaggtccctaccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattctgaacattctggtgtgctaaacagaacgagggta 32280734  T
Q  336 gtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  32280733 gtcatccctctcatccttct 32280714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 160 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 45678026 - 45677835
Alignment:
Q  160 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 259  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  45678026 attagttgatgaaaatgtatgattgaactattctttttaaatagaccgtgatgggttggaccatttacctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 45677927  T
Q  260 gtttaactatttaaacgtc-atcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 349  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  45677926 gtttagctatttaaacgtcaatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcat 45677835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 138 - 300
Target Start/End: Original strand, 38445625 - 38445787
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  || |||||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  38445625 tggtctattcagttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattttttctaaatgaaccgtgatgggttgaaccatttagctaagtccaa 38445724  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 300  Q
    | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38445725 ttagaggtctctgccctcggtcgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaacta 38445787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 140 - 298
Target Start/End: Original strand, 46611799 - 46611957
Alignment:
Q  140 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 239  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  46611799 gtctattgtgttaagcactaattagatgataaatatgtgtgattgaactattctttctagatggatcgtgatgagttggaccatttagctaagcccaata 46611898  T
Q  240 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||| || |||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46611899 agaggtcactgccctcagccgtttagttatttaaacgtcatgccatcagacggttaaac 46611957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Original strand, 41272944 - 41273104
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  ||||  |||| ||||||||||| ||   ||    
T  41272944 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtatgattgtgctattctttctaaatggaccatgataggttgaaccatttagctaagtttaa 41273043  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41273044 tgagaggtccctgccctcagccgtttatctatttaaacgtcatcccattagacggttaaac 41273104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 138 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10626450 - 10626311
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10626450 tggtctattgtgttaagcactaattagtagatggatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 10626351  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgt 277  Q
    |||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10626350 tgagtggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgt 10626311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 157 - 296
Target Start/End: Original strand, 11458130 - 11458269
Alignment:
Q  157 ctaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctca 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||| |    
T  11458130 ctaatcaattgatgaatatgtgtaactggactattgtttctaaatggaccgtgatggatttgaccatttaactaagcccaatgagaggtccatgccctta 11458229  T
Q  257 gtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11458230 gccgtttagctatttaaacgtcataccatcagacggttaa 11458269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 300
Target Start/End: Original strand, 50158154 - 50158316
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || ||  |||    
T  50158154 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgtgctattatttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttaactaagttcaa 50158253  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 300  Q
    ||| || |   ||||||||| |||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  50158254 tgaaaggttcatgccctcagccgtttggctatttaaatgtgatcacatcagacggttaaacta 50158316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11172172 - 11172085
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccattt 225  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||    
T  11172172 tggtctattctgataagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacattt 11172085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 297
Target Start/End: Original strand, 39350935 - 39350997
Alignment:
Q  235 caatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 297  Q
    ||||||||| || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350935 caatgagaggtccctgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 39350997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 355
Target Start/End: Original strand, 39351022 - 39351059
Alignment:
Q  318 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39351022 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 39351059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 140 - 356
Target Start/End: Original strand, 3949982 - 3950199
Alignment:
Q  140 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 239  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  3949982 gtctattgtgtcaagcactaattaattgataaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaatg 3950081  T
Q  240 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggtagtc 338  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3950082 agaggtccttgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatgagacggataaactactataaacatttatggtgctaaacggaatgagggtagtc 3950181  T
Q  339 atccctctcattcttctc 356  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3950182 atccctctcattcttctc 3950199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 142 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 15144420 - 15144208
Alignment:
Q  142 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 241  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  15144420 ctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgtgctattctttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttaactaagcccaatgag 15144321  T
Q  242 agatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatc 341  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15144320 agatccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagatggttaaactattctaaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatc 15144221  T
Q  342 cctctcattcttc 354  Q
    | |||||| ||||    
T  15144220 cgtctcatccttc 15144208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 41826543 - 41826752
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41826543 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtttgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 41826642  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || |||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  41826643 tgagaggtccctgcc------cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaaca--ttcgtgctaaacggaatgagggtagt 41826734  T
Q  338 catccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||| |||||    
T  41826735 catccctctcatccttct 41826752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 40113388 - 40113605
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacacta--attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagccc 235  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  40113388 tggtctattgtgttaagcactataattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagccc 40113487  T
Q  236 aatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc----catcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgag 331  Q
    |||||||| || ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40113488 aatgagaggtccctgccctcagctgtttagctatttaaacgtcatcccatgcatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgag 40113587  T
Q  332 ggtagtcatccctctcat 349  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40113588 ggtagtcatccctctcat 40113605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 341
Target Start/End: Original strand, 662760 - 662959
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  662760 tggtttattgtgttaaacactaattacttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 662859  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    |||||||||||| | |||| | | |||||||||| |||||||||||| |    
T  662860 tgagaggtcactgccctcagtcgttcagctatttaaacgtcatccca----acggttaaactattctgaatagtctggtgctaaacggaatgagggtaat 662955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 669992 - 670199
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  669992 tggtctattgtgttaagcactaattacttgatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaa 670091  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| |   ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    |||||| || | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  670092 tgagaggttcatgccctcagccgttcagctatttaaacgtcatcccatca----gttaaattattctgaatattctggtgctaaacggaatgagggtagt 670187  T
Q  338 catccctctcat 349  Q
    ||||||||||||    
T  670188 catccctctcat 670199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 24138364 - 24138582
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||| | || ||||    
T  24138364 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgagttattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagttaagtccaa 24138463  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  || |||||||| | |||||||||||||    
T  24138464 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtag 24138563  T
Q  337 tcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  24138564 tcatctctctcatccttct 24138582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 23888556 - 23888338
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23888556 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23888457  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23888456 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23888357  T
Q  337 tcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23888356 tcatctctctcatccttct 23888338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 23892632 - 23892414
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23892632 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23892533  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23892532 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23892433  T
Q  337 tcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23892432 tcatctctctcatccttct 23892414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 141 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 18341728 - 18341573
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18341728 tctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatgtgtgattgagctattctttctatatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatga 18341629  T
Q  241 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    ||| || ||||| |||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18341628 gaggtccctgccttcaactgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 18341573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 138 - 287
Target Start/End: Original strand, 39190088 - 39190237
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  39190088 tggtctattgtgttaaacattaattagttgatgaatatgagtgattgggctattgttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 39190187  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatca 287  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  39190188 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatgtaaacgtcatcccatca 39190237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 25336159 - 25336373
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | || | ||    
T  25336159 tggtctgttgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagtctaa 25336258  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcag-acggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| | |||||| ||||   |||| |||||||||||||||  |||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||| |  ||||||||||    
T  25336259 tgagaggt-tctgccatcagctatttagctatttaaacgtcatttcatcagaacggttattctattatgaacatactggtgctaaacgatatgagggtag 25336357  T
Q  337 t---catccctctcat 349  Q
    |   ||||||||||||    
T  25336358 tagccatccctctcat 25336373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 156 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 17527452 - 17527310
Alignment:
Q  156 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctc 255  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||| |||    
T  17527452 actaattagttgatgaatatgtgtgattgggccattctttctaaatggaccgtgatgggttggactatttagctaagcccaatgagaggtccctgctctc 17527353  T
Q  256 agtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |   ||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  17527352 aacagtttagctatttaaacgttatcgcgtcagacggttaaac 17527310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 355
Target Start/End: Original strand, 14661277 - 14661460
Alignment:
Q  173 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 272  Q
    ||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||| ||||| |||||| |||||||    
T  14661277 tatgtatgattggactattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatgggaggtccctgctctcagccgtttagctattta 14661376  T
Q  273 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||   || | || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14661377 aacgtcatcccatcagacggttaaattattgtgaattcttctagtactacacggaatgagggtagttatccctctcatccttct 14661460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 156 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17530171 - 17530028
Alignment:
Q  156 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagact---gtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgcc 252  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||| |||    |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||     
T  17530171 actaattagttgatgaatatgtgtgattgtgtcattctttttaaatggaccaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtcactgcg 17530072  T
Q  253 ctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17530071 ctcagccgtttagctatttcaacgtcatcccatcagacggttaa 17530028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 143 - 296
Target Start/End: Original strand, 33425907 - 33426064
Alignment:
Q  143 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 242  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||| | |||  ||||||||| ||   ||||  ||| ||| |||||||| ||| ||||||||    
T  33425907 tattgtgttaaacacgaattagatgatgaatatgtgtaattgtgttatagtttctaaatggatcatgataggtttgactatttagctaagctcaatgaga 33426006  T
Q  243 gatctctgccctcagt----cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    | || || ||||||||    |||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33426007 ggtccctaccctcagtcggccgtttagctttctaaacgttatcccgtcagacggttaa 33426064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 39574474 - 39574690
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39574474 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39574573  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| ||||||||| || |    
T  39574574 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactact-cgaacaatatggtgctaaacggaatgaggataat 39574672  T
Q  338 catccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||| |||||    
T  39574673 catccctctcatccttct 39574690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 138 - 354
Target Start/End: Original strand, 47858087 - 47858304
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  47858087 tggtctattgtattaaacactcattagttgatgaatatgtatgattgagctattctttctaaattgatcgtaatgggttggaccatttagctaagcccaa 47858186  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||   || | |||||| |  |||||||||| |    
T  47858187 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattgtgaattcttctagtgctataccgaatgagggtgg 47858286  T
Q  337 tcatccctctcattcttc 354  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  47858287 tcatccctctcatccttc 47858304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 24515514 - 24515354
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  24515514 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 24515415  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24515414 tgagaggtctctgccctcagccatttagctatttaaacgtcatcccataatacggttaaac 24515354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 176 - 349
Target Start/End: Original strand, 39581061 - 39581233
Alignment:
Q  176 gtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaac 275  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39581061 gtgtgattgaaatattctttctaaatggaccgtgatgagttgaacaatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttagctatttaaac 39581160  T
Q  276 gtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 349  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  39581161 gtcatccaatcaaacggttaaactact-cgaacattatggtgctaaacagaatgagggaagtcatccctctcat 39581233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 138 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9758521 - 9758314
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  9758521 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacatttagctaagcccaa 9758422  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| || ||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||  || |||||||| | |||||||||||    
T  9758421 tgagaggtcactgccttcagccatttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaaattattatgaactcttctggtgctacacggaatgagggt 9758322  T
Q  335 agtcatcc 342  Q
    ||||||||    
T  9758321 agtcatcc 9758314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 138 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9765136 - 9764930
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  9765136 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 9765037  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |||||||  || ||||| || | |||||||||||    
T  9765036 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatc-gacggttaaaaattattatgaactcttctggtgttacacggaatgagggt 9764938  T
Q  335 agtcatcc 342  Q
    ||||||||    
T  9764937 agtcatcc 9764930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 141 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 12017887 - 12017733
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattcttt-ctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || |||||     
T  12017887 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtctgattgaattattcttttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagtccaata 12017788  T
Q  240 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    ||   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12017787 agg--tccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacagttaa 12017733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 138 - 295
Target Start/End: Original strand, 41140853 - 41141010
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |    
T  41140853 tggtctattatgttaagcattaattagttgatgaatatgtatgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctga 41140952  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtta 295  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41140953 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggtta 41141010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24523264 - 24523173
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 229  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24523264 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 24523173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 24523179 - 24523142
Alignment:
Q  261 tttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24523179 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 24523142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 184
Target Start/End: Original strand, 38278914 - 38278956
Alignment:
Q  143 tattgtgttaa-acactaattaattgatgaatatgtgtgattg 184  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38278914 tattgtgttaatacactaattagttgatgaatatgtgtgattg 38278956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 141 - 349
Target Start/End: Original strand, 22729815 - 22730023
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  22729815 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatga 22729914  T
Q  241 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcat 340  Q
    ||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22729915 gaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcggaaggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaatcat 22730014  T
Q  341 ccctctcat 349  Q
    |||||||||    
T  22730015 ccctctcat 22730023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 143 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 35941273 - 35941063
Alignment:
Q  143 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 242  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  35941273 tattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttcgctaagcccaatgaga 35941174  T
Q  243 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 342  Q
    | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  35941173 ggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcat-tcatcagacggttaaactattctgaacattctgatgctaaacggaatgagggtagtcatcc 35941075  T
Q  343 ctctcattcttc 354  Q
    || |||| ||||    
T  35941074 ctatcatccttc 35941063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 138 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 36950292 - 36950147
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36950292 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36950193  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatccc 283  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36950192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatccc 36950147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 11339804 - 11340020
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  11339804 tggtctattgtattaagcactgattagttaatgaatatatgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 11339903  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |   |||| | || ||||||| ||||||| ||||||    
T  11339904 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacatcatcgcatcagaaggttaaactattgcaaacactctgctgctaaacggaatga-ggtagt 11340002  T
Q  338 catccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||| |||||    
T  11340003 catccctctcatccttct 11340020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Original strand, 43097425 - 43097585
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  || |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  43097425 tggtctattgagttaagcactagttagttgatgaatatgtgtgattggactattctttttaaatgaaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 43097524  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    ||| || || |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43097525 tgaaaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagacggttaaac 43097585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Original strand, 10491175 - 10491266
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 229  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| |||||||    
T  10491175 tggtctattgtgttaggcactaattagttaatgaatatgagtgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccgtttagct 10491266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 333
Target Start/End: Original strand, 10491258 - 10491331
Alignment:
Q  259 cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgaggg 333  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10491258 cgtttagctatttaaacatcatcccatcagacggttaatc-attctgaacattttgctgctaaacggaatgaggg 10491331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 304 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 36950121 - 36950070
Alignment:
Q  304 tgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    |||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36950121 tgaacattctggtgctagacgaaatgagggtagtcatccctctcatccttct 36950070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 138 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 42567806 - 42567597
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  42567806 tggtctattgcgttaagcattaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 42567707  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  42567706 tgagaggtccctgccctcagctgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattatgaacattctggtgctaaa-cgaatgagggtagt 42567608  T
Q  338 catccctctca 348  Q
    |||||||||||    
T  42567607 catccctctca 42567597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 138 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 35905149 - 35904946
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  35905149 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgggtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 35905050  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||| || |||||| |    
T  35905049 tgagaggtctctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacagttaaactattctgaacattatggtgctaaatggtatcagggtaat 35904950  T
Q  338 catc 341  Q
    ||||    
T  35904949 catc 35904946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Original strand, 36048869 - 36049027
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36048869 tggtcttttgtgttaaacactaattagatgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36048968  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  36048969 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacgattaa 36049027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 24423364 - 24423153
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  24423364 tggtatattgtgttaagcactaattaat-gatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtaatgggttggaccatttaactaagcccaa 24423266  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24423265 tgagaggtcccttccctcagtcgtttagctatttaaatgtcatctcatcagacggttaaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtag 24423166  T
Q  337 tcatccctctcat 349  Q
    | || ||||||||    
T  24423165 ttattcctctcat 24423153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 138 - 297
Target Start/End: Original strand, 6262184 - 6262343
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  6262184 tggtctattgtgttaagcactaattaattgacgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 6262283  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 297  Q
    |||||| | |||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6262284 tgagaggtgtctgcccttagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaa 6262343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Original strand, 2228836 - 2228994
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| || |||||||    
T  2228836 tggtctattgagttgagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttaactaagcccaa 2228935  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    | |||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2228936 ttagaggtctcagccctcaaccgtttaactatttaaacgtcatctcatcagacggttaa 2228994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 13393836 - 13393676
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13393836 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13393737  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13393736 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13393676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 13396975 - 13396815
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13396975 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13396876  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13396875 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13396815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 138 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 44160878 - 44160724
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||    
T  44160878 tggtctattgtgttaagtacaaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggac-gtggtgggttgaaccatttagctaagcccaa 44160780  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggt 293  Q
     ||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44160779 cgagagatccttgccctcggccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggt 44160724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 138 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 18891265 - 18891096
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||| | |||||||    
T  18891265 tggtatattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttttgaatggactgtgatgggttagaccatttagttaagcccaa 18891166  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac 308  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  18891165 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatca-acagttaaactattatgaac 18891096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 160 - 355
Target Start/End: Original strand, 33366759 - 33366954
Alignment:
Q  160 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 259  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  33366759 attagttgatgaatatgtatgattgggttattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 33366858  T
Q  260 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactacta---tgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| || ||   ||||   || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  33366859 gtttagctatttaaacgtcatcccat----cggttaaattattattgtgaattcttctggtgctacatggaatgaaggtagtcatccctctcatccttct 33366954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 141 - 243
Target Start/End: Original strand, 54256226 - 54256326
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  54256226 tctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtg--attgaactattctttctaaatggaccgtgatcggttgaaccatttagctaagctcaatga 54256323  T
Q  241 gag 243  Q
    |||    
T  54256324 gag 54256326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 142 - 264
Target Start/End: Original strand, 33361622 - 33361744
Alignment:
Q  142 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 241  Q
    ||||||| |||| |||| |||| ||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || | ||||||    
T  33361622 ctattgtattaagcactcattagttgataaatatgtatgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtctaatgag 33361721  T
Q  242 agatctctgccctcagtcgttta 264  Q
    || || ||  |||||| ||||||    
T  33361722 aggtccctaacctcagccgttta 33361744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 249 - 297
Target Start/End: Original strand, 54256348 - 54256396
Alignment:
Q  249 tgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 297  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54256348 tgccctcagcagtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 54256396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 196
Target Start/End: Original strand, 43444884 - 43444942
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttc 196  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  43444884 tggtctattgtgttaaacactcattagttgatgaatatgtgcgattagactattctttc 43444942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 312 - 355
Target Start/End: Original strand, 33361760 - 33361803
Alignment:
Q  312 ttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33361760 ttggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 33361803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 44626102 - 44626319
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  44626102 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtctaattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 44626201  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||   |||||||| ||||||||||||||    
T  44626202 tgagaggtctctgccttcagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaactattctgaatattccagtgctaaacggaatgagggtagt 44626301  T
Q  338 catccctctcattcttct 355  Q
    |||||||||||| |||||    
T  44626302 catccctctcatccttct 44626319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 32038266 - 32038048
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32038266 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32038167  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||||| || | |||||||||||||    
T  32038166 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgttacacggaatgagggtag 32038067  T
Q  337 tcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  32038066 tcatccctctcatccttct 32038048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 150 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 26005686 - 26005484
Alignment:
Q  150 ttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctct 249  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  26005686 ttaagcactcattaattgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccct 26005587  T
Q  250 gccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctct 346  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26005586 accctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattcttatgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatctctct 26005487  T
Q  347 cat 349  Q
    |||    
T  26005486 cat 26005484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 166 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 17497643 - 17497454
Alignment:
Q  166 tgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaa 265  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  17497643 tgatgaatatgtgtgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagccaaacccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttag 17497544  T
Q  266 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  17497543 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttattctattttgaacattatggtgctaaacggaatgagggtagtcattcttctcatccttct 17497454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 141 - 282
Target Start/End: Original strand, 1262302 - 1262443
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||| |||||    
T  1262302 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgagtttgaccatttagctaagcctaatga 1262401  T
Q  241 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc 282  Q
    ||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  1262402 gagatccatgccctcagccgtttagccatttaaacgtcatcc 1262443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 143 - 296
Target Start/End: Original strand, 39517326 - 39517480
Alignment:
Q  143 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 242  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||||  ||||||||    
T  39517326 tattgtgttaagcactaattagtcgatgaatatgtgtgattgaactattgttattaaatggactgtaatgggtttgacaatttagctgagttcaatgaga 39517425  T
Q  243 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtca-tcccatcagacggttaa 296  Q
    | |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39517426 ggtctctgctttcagtcgtttagctatttaaacatcattcccatcagacggttaa 39517480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 179 - 355
Target Start/End: Original strand, 38143898 - 38144076
Alignment:
Q  179 tgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccc--tcagtcgtttaactatttaaacg 276  Q
    |||||| | |||||||| |||||  ||  ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||||||  |||| |||||| ||||||||||     
T  38143898 tgattgggatattctttttaaatgaaccatgatgggttggaccatttatccaagcccaatgagaggtccctgccccctcagccgtttagctatttaaacc 38143997  T
Q  277 tcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38143998 tcatcccatcatacggttaaactattctgaacattccggtgctagacggaatgacggtagtcatccctctcatccttct 38144076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 175 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 34548216 - 34548032
Alignment:
Q  175 tgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaa 274  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||| ||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  34548216 tgtgtaattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattagaccatttagctaagctcaatgagaggtccttgccctcagccgtttagcta-ttaaa 34548118  T
Q  275 cgtc--atcccatcagacggttaaactactatgaa----cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttc 354  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| | | ||||    |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  34548117 cgtcatatcgcatcagacggttaaacaattctgaacattcattctggtgctaaacggaatgaaggtagacatccctctcatccttc 34548032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 143 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 45266274 - 45266119
Alignment:
Q  143 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 242  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||             | ||||||||||||    
T  45266274 tattgtattaagcactaattagttgataaatatgggtgattgggctattctttctaaatggatcgtgatgggt-------------taagcccaatgaga 45266188  T
Q  243 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 311  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  45266187 gatcactgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaaactattttgaacatt 45266119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Original strand, 18324773 - 18324864
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 229  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||    
T  18324773 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaataagtgcgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaatcatttagct 18324864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 248 - 311
Target Start/End: Original strand, 38151017 - 38151080
Alignment:
Q  248 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38151017 ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcaccccatcagacggttaaactattatgaacatt 38151080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 248 - 298
Target Start/End: Original strand, 18324938 - 18324988
Alignment:
Q  248 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18324938 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 18324988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 138 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 45272868 - 45272805
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 201  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  45272868 tggtctatcgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtaattggactattctttctaaat 45272805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 356
Target Start/End: Original strand, 27146 - 27186
Alignment:
Q  316 tgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttctc 356  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27146 tgctaaacgaaatgagggtagtcatccctctcattcttctc 27186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 138 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 267903 - 267696
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  267903 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggtttgaccatttagctaagcccaa 267804  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  267803 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagt 267704  T
Q  338 catccctc 345  Q
    ||| ||||    
T  267703 cattcctc 267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 48853579 - 48853797
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  48853579 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 48853678  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 336  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||   || |||||||| | |||||||||||||    
T  48853679 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattgtgaattcttctggtgctacacggaatgagggtag 48853778  T
Q  337 tcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  48853779 tcatccctctcatccttct 48853797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 32517097 - 32517317
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32517097 tggtctattgtattaagcacttattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaattgaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32517196  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  32517197 tgagaggtccatgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggttaaagtattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 32517296  T
Q  335 agtcatccctctcattcttct 355  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  32517297 agtcatccctctcatccttct 32517317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 138 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26451075 - 26450872
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26451075 tggtctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatttgtgattgggctattct----aaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 26450980  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 337  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||    
T  26450979 tgagaggtcccttccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaagc-attctgaacactctactgctaaacggaatgagggtagt 26450881  T
Q  338 catccctct 346  Q
    |||||||||    
T  26450880 catccctct 26450872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 140 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 29148872 - 29148714
Alignment:
Q  140 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 239  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| || ||    |||||||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||| || ||||||    
T  29148872 gtctatggtattaaacactaattagttgatgaatatgtatgtttcgattattctttctaaatggacggtgattggttggaacatttagctaagtccaatg 29148773  T
Q  240 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaact 299  Q
    |||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29148772 agaggtc-ctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacgtttaaact 29148714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40771800 - 40771648
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||   ||||||||| ||| |||    
T  40771800 tggtctattgtgttgagcactaattagctagtgaatatgtgtgattgagctattgtttctaaatggaccgtgatgaattgactcatttagctaagctcaa 40771701  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagac 290  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  40771700 tgagaggtccttgccctcagccgtttagctatttaaacatcattccatcagac 40771648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 138 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 278970 - 278879
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 229  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  278970 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 278879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 201
Target Start/End: Original strand, 40771217 - 40771280
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40771217 tggtctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattgtttctaaat 40771280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 141 - 291
Target Start/End: Original strand, 5172852 - 5173002
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||| |||  ||||| |||| || ||||| || ||| ||||||    
T  5172852 tctattgtattaagcactaattagttgatgaatatatgtgattggattattgtttctaaattgaccatgatgggttgaactatttacctaagcacaatga 5172951  T
Q  241 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacg 291  Q
    ||| |   ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5172952 gaggttcttgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacg 5173002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 296
Target Start/End: Original strand, 40771313 - 40771349
Alignment:
Q  260 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40771313 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 40771349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 8916 - 9129
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  8916 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9015  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 335  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  9016 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 9115  T
Q  336 gtcatccctctcat 349  Q
    ||||||||||||||    
T  9116 gtcatccctctcat 9129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 349
Target Start/End: Original strand, 4216 - 4429
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  4216 tggtctattgtgttaaacactaattagtttatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 4315  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 335  Q
    |||||| || |||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  4316 tgagaggtccctgccctcaaccgttcagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 4415  T
Q  336 gtcatccctctcat 349  Q
    ||||||||||||||    
T  4416 gtcatccctctcat 4429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 67754 - 67974
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  67754 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 67853  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  67854 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 67953  T
Q  335 agtcatccctctcattcttct 355  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  67954 actcatccctctcatccttct 67974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 138 - 355
Target Start/End: Original strand, 60278 - 60498
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  60278 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 60377  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 334  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  60378 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 60477  T
Q  335 agtcatccctctcattcttct 355  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  60478 actcatccctctcatccttct 60498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 141 - 296
Target Start/End: Original strand, 30065 - 30220
Alignment:
Q  141 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 240  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||| || |||||||    
T  30065 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattgaaccatttagctaagtccaatga 30164  T
Q  241 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    ||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30165 gaggtctctaccttcagccgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 30220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1634 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1634
Description:

Target: scaffold1634; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 138 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 188 - 26
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  188 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagccaaa 89  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 300  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  88 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacgattaaacta 26  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 40303 - 40145
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| || |||||||||||||||| ||||| |    
T  40303 tggtctactgtgctaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattctttttaaatggaccgtgctgagttggaccatttagctaagcccga 40204  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40203 tgagaggtcattgccctcagccgttaagctatttaaccgtcatcccatcagacggttaa 40145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 138 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 134708 - 134550
Alignment:
Q  138 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 237  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||  ||||| || |||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | |||||||    
T  134708 tggtatattctgttaaacactgattagttgatgaatacgagtgattggactattgttactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagataagcccaa 134609  T
Q  238 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 296  Q
    |||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  134608 tgagaggtccctagcctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 134550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University