View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15302_low_17 (Length: 554)

Name: NF15302_low_17
Description: NF15302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15302_low_17
NF15302_low_17
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (19-392)||(13244450-13244823)
chr1 (19-399)||(12963797-12964177)
chr1 (19-398)||(13080788-13081167)
chr1 (19-392)||(13271476-13271849)
chr1 (19-400)||(19279089-19279470)
chr1 (19-393)||(13094289-13094663)
chr1 (19-395)||(13085997-13086373)
chr1 (19-314)||(30368115-30368410)
chr1 (19-393)||(13129718-13130092)
chr1 (19-393)||(13070104-13070478)
chr1 (19-393)||(13100891-13101264)
chr1 (19-393)||(13204349-13204723)
chr1 (19-393)||(13007090-13007464)
chr1 (19-393)||(13161411-13161785)
chr1 (397-541)||(13244107-13244251)
chr1 (32-395)||(13065139-13065502)
chr1 (397-466)||(12963575-12963644)
chr1 (404-471)||(19278827-19278894)
chr1 (19-76)||(13010663-13010720)
chr1 (178-239)||(13895938-13895999)
chr1 (462-541)||(19278730-19278809)
chr1 (178-239)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (133-250)||(341825-341942)
chr6 (133-250)||(377541-377658)
chr6 (48-139)||(31380253-31380344)
chr6 (134-219)||(346845-346930)
chr6 (134-219)||(355504-355589)
chr6 (155-250)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (62-221)||(12164206-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (191-239)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (191-231)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 13244823 - 13244450
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
13244823 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacct 13244724  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
13244723 gcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctccccata 13244624  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
13244623 tttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgcactt 13244524  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaa 392  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13244523 gtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaa 13244450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12964177 - 12963797
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    |||||||||||| | |||| |||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12964177 accttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 12964078  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| |||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12964077 gcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 12963978  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||    
12963977 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtaatatatctgatttaattgcacactt 12963878  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaagctcttt 399  Q
    ||| | |||||  | ||||||| | |||||||| | |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
12963877 gtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaacaagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 13081167 - 13080788
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||  |||| |  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
13081167 accttccaccacctgaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacct 13081068  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| || |||| |||   ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
13081067 gcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctccccata 13080968  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
13080967 tttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcacactt 13080868  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaagctctt 398  Q
    |||||||||||| | || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
13080867 gtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctt 13080788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 392
Target Start/End: Original strand, 13271476 - 13271849
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
13271476 accttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggacct 13271575  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||   |||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||||    
13271576 gcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcaccaccccata 13271675  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||    
13271676 catgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagaattaactgcacactt 13271775  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaa 392  Q
    ||| | |||||  | ||||||| | || || |||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||    
13271776 gtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaa 13271849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 19279470 - 19279089
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| || | ||| ||||| ||||||    
19279470 accttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacct 19279371  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    ||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| | |||||| || |||||||    
19279370 gcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccata 19279271  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| || || |  ||||||||    
19279270 tttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacactt 19279171  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaagctctttc 400  Q
    ||| | |||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
19279170 gtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttc 19279089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13094289 - 13094663
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||| || |||||| |||| || |||    
13094289 accttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaattctgggtcct 13094388  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    |  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13094389 gtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13094488  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| || || ||  |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |    
13094489 tttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgcacagat 13094588  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
13094589 atgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag 13094663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 395
Target Start/End: Original strand, 13085997 - 13086373
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
13085997 accttccacaacttgtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacct 13086096  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| || ||||| | |||   |||| || | ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||| |  |||||||    
13086097 gcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttaccccata 13086196  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||   |||||  | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
13086197 tttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacactt 13086296  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaagct 395  Q
    |||||||||||  | ||||||| | ||||| || | ||||||||| |||||||||||||| || || |||| |||||    
13086297 gtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagct 13086373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 30368410 - 30368115
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||| || |||||||||||||| |||    
30368410 accttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcct 30368311  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
30368310 gtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctccccata 30368211  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcac 314  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
30368210 ttttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcac 30368115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13129718 - 13130092
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || |||||| |||| || |||    
13129718 accttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcct 13129817  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13129818 gtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13129917  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||  |    
13129918 tttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtatccactaggtagtatatcagatttgattgaacagat 13130017  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
13130018 atgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag 13130092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 13070478 - 13070104
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | ||||||||| ||||||    
13070478 accttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctcggacct 13070379  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13070378 gtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13070279  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |    
13070278 tttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatat 13070179  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | || || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
13070178 atgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13100891 - 13101264
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||| |||    
13100891 accttccaccacctgtatgtgaaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcct 13100990  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13100991 g-attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13101089  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| || | | | ||||||||| |||||||| |||||||| | |||  |    
13101090 tttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaacatat 13101189  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
13101190 atgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13204349 - 13204723
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||| | || |||| |||| |||  |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || | ||||||||||||||||    
13204349 accttccactatctttatgtgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacct 13204448  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  |||| |  | |||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13204449 gtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13204548  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |    
13204549 tttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcacatat 13204648  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | || || |||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
13204649 atgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13007090 - 13007464
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||||   ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
13007090 acctgccaccacctttatgtgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacct 13007189  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||||  | || | |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
13007190 gtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccata 13007289  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||| || ||||| |||||  |    
13007290 tttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcacagat 13007389  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||||||| | ||||| | || ||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||    
13007390 atgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaag 13007464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Original strand, 13161411 - 13161785
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacct 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||  || |||| |||||| || |||||| |||| || |||    
13161411 accttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaattctgggtcct 13161510  T
119 gcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccata 218  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||  |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
13161511 gtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccata 13161610  T
219 tttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacactt 318  Q
     |||||||||||| ||||| | ||||| ||| || || ||  |||||||||||| || | | | |||||||||||||||||| |||||||| |||||  |    
13161611 gttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttctccactaggtagtatatcggatttgattgcacagat 13161710  T
319 gtgctgaaatgccagaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaag 393  Q
     |||| ||| |  | ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
13161711 atgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag 13161785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 397 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13244251 - 13244107
Alignment:
397 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtc 496  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
13244251 tttccccctttcccaatctttccttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttcctttgtaatcagttatacatttctc 13244152  T
497 caagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 541  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
13244151 caagaattggtgaagattttctctagctgccttgcccttcttctc 13244107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 32 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 13065502 - 13065139
Alignment:
32 tgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagcta 131  Q
    ||||||| |||||||||||  | ||  || ||| |||| ||||||| ||| ||| | |||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||    
13065502 tgtatgcaaaacttccatagtatagccgcggcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagcta 13065403  T
132 tgaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcct 231  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||   ||| ||    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||    
13065402 tgaacttgtaagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatcct 13065303  T
232 tcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatggtgtccactaggtagtatatcagatttgatagcacacttgtgctgaaatgcc 331  Q
    |||||||| ||||||| | ||||  | | ||||||||||||  ||||||  ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||| ||||  |  |      
13065302 tcccattgaatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggt 13065203  T
332 agaggaggaaatagccttaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaagct 395  Q
    | ||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||  || ||||||||||    
13065202 acaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaagct 13065139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 397 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 12963644 - 12963575
Alignment:
397 tttccctctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttc 466  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| || |||||    
12963644 tttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatccacgtcttc 12963575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 19278894 - 19278827
Alignment:
404 ctttcccaatccttctttcattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcatttc 471  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  | ||||||||||    
19278894 ctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttcatttc 19278827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 76
Target Start/End: Original strand, 13010663 - 13010720
Alignment:
19 accttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatt 76  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||    
13010663 accttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcatt 13010720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 178 - 239
Target Start/End: Original strand, 13895938 - 13895999
Alignment:
178 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 239  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
13895938 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgttttccattcttcccattg 13895999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 462 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 19278809 - 19278730
Alignment:
462 tcttcatttcctttgtactcagttatacatttgtccaagaagtggtgaagattttcttttgctgccttgcccttcatctc 541  Q
    |||||||  |||||||| | || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||    
19278809 tcttcatcacctttgtaataagatatacatttgttcaagaattcgtgaagattttctttagctaccgtgcccttcttctc 19278730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13888766 - 13888705
Alignment:
178 ccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 239  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||||    
13888766 ccatctttctggcttgaactccaagcaatcttttccccatatgctttccattcttcccattg 13888705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 341942 - 341825
Alignment:
133 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 232  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||   ||||    
341942 gaacttgtaagacggcgcataaacaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttaaactccaagcaatcttttccccaaatattttcatccctt 341843  T
233 cccattgcatacaaagaa 250  Q
    ||||||||||||||||||    
341842 cccattgcatacaaagaa 341825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 377658 - 377541
Alignment:
133 gaacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcctt 232  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||  |||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||     
377658 gaacttataagacggttcatgaacaatgctacctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccatatctcttcaaatctc 377559  T
233 cccattgcatacaaagaa 250  Q
    ||||||| ||||||||||    
377558 cccattgaatacaaagaa 377541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 31380344 - 31380253
Alignment:
48 ataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttg 139  Q
    ||||||||||||| |||  ||| || |||||||  || |||| |||||| |||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||||||    
31380344 ataacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Original strand, 346845 - 346930
Alignment:
134 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 219  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
346845 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 346930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Original strand, 355504 - 355589
Alignment:
134 aacttgtaagacgggacatgtacaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatat 219  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| |||||||||    
355504 aacttgtaagatggtgtatgaacaatgcctcctctctcagatatccatctctctggcttgaactccaaacaatcttttccccatat 355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 155 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 337882 - 337787
Alignment:
155 acaatgcctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccat-ccttcccattgcatacaaagaa 250  Q
    ||||||||||||||  | || ||||| || || ||||| || |||||||||||||||||||| || | || ||| ||||||||||| ||||||||||    
337882 acaatgcctcctctctcagaaatccacctctctggcttgaactccaagcaatcttctccccaaatat-ttgcatcccttcccattgaatacaaagaa 337787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 221
Target Start/End: Original strand, 12164206 - 12164365
Alignment:
62 gcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaacttgtaagacgggacatgtacaatgc 161  Q
    |||||||||||||| | ||  ||||| ||||| || || | |||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||  || || |    
12164206 gcaaccattttcatctcaatgaagcttatatccttacccaaacaactccttggtccagcattaaaagcaatgaacttgtaagaaggaacataaactatcc 12164305  T
162 ctcctctaaccgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatattt 221  Q
    ||||| |    || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
12164306 ctcctttttgagaaatccacctctctggcttaaattccaagcaatcttctccccatattt 12164365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 239
Target Start/End: Original strand, 36668187 - 36668235
Alignment:
191 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattg 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||    
36668187 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttcctccacccttccaattg 36668235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 191 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 29669336 - 29669296
Alignment:
191 ttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatcct 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
29669336 ttaaattccaagcaatcttccccccatattttctccatcct 29669296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University