View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15302_low_2 (Length: 895)

Name: NF15302_low_2
Description: NF15302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15302_low_2
NF15302_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-877)||(6133681-6134543)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-877)||(20599861-20600726)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (166-722)||(47944312-47944862)
chr1 (715-863)||(47944888-47945036)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 6134543 - 6133681
Alignment:
Q  15 caaaggttaacaaggattctttcccaacacttggaatcatcgaattattcattcaaatcctccaagatgacactaaccaccacctcttctcctttgaaag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6134543 caaaggttaacaaggattcattcccaacacttggaatcatcggattattcattcaaatcctccaagatgacactaaccaccacctcttctcctttgaaag 6134444  T
Q  115 tatctcaaaatacgagtccgaggaattcgaaaagaaaacgattgatctgaattcttctttgttgcgcggtaacgagcatacaagcttttataaaacctca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6134443 tatctcaaaatacgagtccgaggaattcgaaaagaaaacgattgatctgaattcttctttgttgcgcggtaacgagcatacaagctcttataaaacctca 6134344  T
Q  215 taccattcacactttgtccaaactcctcctcaaacttcttcttccataactcatcattagaagcaaggtattgcaattttgaacaagtacaacacacttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6134343 taccattcacactttgtccaaactcctcctcaaacttcttcttccataactcatcattagaagcaaggtattgcaattttgaacaagtacaacacacttt 6134244  T
Q  315 ggccaaatcatcaccaggaagatactcaaatattaagagcttaagttccattgggaggctcataaaacatggtggaagattcaatccagctttatcacaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6134243 ggccaaatcatcaccaggaagatactcaaatattaagagcttaagttccattgggaggctcataaaacatggtggaagattcaatccagctttatcacaa 6134144  T
Q  415 agatccattaaaagtggcaatgcaagcctatcattcactatcttccacaattcaaaaacctcattttcatcatcattaacattaaaactagcaatagatt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6134143 agatccattaaaagtggcaatgcaagcctatcattcactatcttccacaattcaaaaacctcattttcatcatcattaacattaaaactagcaatagatt 6134044  T
Q  515 caaaatttgatagcataaactttaaaggcttggaaaatctatatttatctaaataaaccctatgtacacttgacccaacatcatcatacaatgaaccata 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6134043 caaaatttgatagcataaactttaaaggcttggaaaatctatatttatctaaataaaccctatgtacatttgacccaacatcatcatacaatgaaccata 6133944  T
Q  615 aacattcacaaaatgccctaatgtctgaattttcaaattcaatgaatgaggtgaaccattagtaagaatctcaggaagagtatacctcaaacatatcact 714  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6133943 aacgttcacaaaatgccctaatgtctgaattttcaaattcaatgaatgaggtgaaccattagtaagaatctcaggaagagtatacctcaaacatatcatt 6133844  T
Q  715 gaagaagaagacatgtcatcaataagatgagaggaactaatcttcacacccgaaacgcgatccacacgaataaaccctgattcaagaataaaagcatgaa 814  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6133843 gaagaagaagacatgtcatctataagatgagaggaactaatcttcacacccgaaacgcgatccacacgaataaaccctgattcaagaataaaagcatgaa 6133744  T
Q  815 ctgcaaataccagtagtttgaaatcgctaacgtcatcaccaagcgcttctctaagcacccttt 877  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6133743 ctgcaaataccagtagtttgaaatcgctaacgtcatcaccaagcgcttctctaagcacccttt 6133681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 20600726 - 20599861
Alignment:
Q  15 caaaggttaacaaggattctttcccaacacttggaatcatcgaattattcattcaaatcctccaagatgacactaaccaccacctcttctcctttgaaag 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20600726 caaaggttaacaaggattcattcctaacacttggaatcaccggattattcttttaaatcctccaagatgacactaaccaccacctcttctcctttgaaag 20600627  T
Q  115 tatctcaaaatacgagtccgaggaattcgaaaagaaaacgattgatctgaattcttctttgttgcgcggtaacgagcatacaagcttttataaaacctca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20600626 tatctcaaaatacgagtccgaggaattcgaaaagaaaacgattgctctgaattcttctttgtttcccggtattgagcatacaagctcttataaaacctca 20600527  T
Q  215 taccattcacactttgtccaaactcctcctcaaacttcttcttccataactcatcattagaagcaaggtattgcaattttgaacaagtacaacacacttt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20600526 taccattcacactttgtccaaactcctcctcaaactttttcttccataactcatcatttgaggcaaggtattgcaactttgaacaagtacaacagacttt 20600427  T
Q  315 ggccaaatcatcaccaggaagatactcaaatattaagagcttaagttccattgggaggctcataaaacatggtggaagattcaatccagctttatcacaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20600426 ggccaaatcatcaccaggaagatactcaaatattacgagcttaagttccattgggaggctcataaaacaaggtggaagaatcaatccagctttatcacaa 20600327  T
Q  415 agatccattaaaagtggcaatgcaagcctatcattcactatcttccacaattcaaaaacctcattttcatcatcattaacattaaaactagcaatagatt 514  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||| ||| |||||||| || |||| ||||||    
T  20600326 agatcaattaaaagtggaaatgcaagcctatcgttcactatcttccacaattccaaaacttcatctttatcaccatcaacattaacacaagcattagatt 20600227  T
Q  515 caaaatttga---tagcataaactttaaaggcttggaaaatctatatttatctaaataaaccctatgtacacttgacccaacatcatcatacaatgaacc 611  Q
    || |||||||    |||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20600226 cagaatttgacatcagcagaaactctaaaggcttggcaaatctacatttatctaaataaaccatatgtacacttgacccaacatcatcatacaatgaacc 20600127  T
Q  612 ataaacattcacaaaatgccctaatgtctgaattttcaaattcaatgaatgaggtgaaccattagtaagaatctcaggaagagtatacctcaaacatatc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  20600126 ataaacattcacaaaatgccctaatgtctgaattttcaaattcaaagaatgagatgaaccattagtaagaatctcaggaagagtatacctcaaggatatc 20600027  T
Q  712 actgaagaagaagacatgtcatcaataagatgagaggaactaatcttcacacccgaaacgcgatccacacgaataaaccctgattcaagaataaaagcat 811  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||   || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20600026 attgaagaagaagacatgtcatcaataagatgagagatactgatagccatacctgaaacgtgatccacacgaacaaaccctgattcaagaataaaagcat 20599927  T
Q  812 gaactgcaaataccagtagtttgaaatcgctaacgtcatcaccaagcgcttctctaagcacccttt 877  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  20599926 gaacagcaaataccagtagtttgaaatcgctaacgtcgtcgccaagtgcttctctaagcacccttt 20599861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 166 - 722
Target Start/End: Original strand, 47944312 - 47944862
Alignment:
Q  166 ttcttctttgttgcgcggtaacgagcatacaagcttttataaaacctcataccattcacactttgtccaaactcctcctcaaacttcttcttccataact 265  Q
    |||||||||||||| || ||  ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  47944312 ttcttctttgttgcccgatactgagcaaacaagttcttaaaaaacttcataccattcaccctttgtccaaactcctcctcgaacttcttcttccacaagt 47944411  T
Q  266 catcattagaagcaaggtattgcaattttgaacaagtacaacacactttggccaaatcatcaccaggaagatactcaaatattaagagcttaagttccat 365  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||  ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  47944412 catcattcgaggcaaggtactgcaattcagaacacgtgcaacaaactttggccaaatcatcaccgggaagatactcaaatatcagcagcttaagctccat 47944511  T
Q  366 tgggaggctcataaaacatggtggaagattcaatccagctttatcacaaagatccattaaaagtggcaatgcaagcctatcattcactatcttccacaat 465  Q
     || || | ||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  47944512 cggaagacgcataaaacacggtggaagttctaatccagctttatcacaaagatcaattaatagtggcaatgcaagcccatctttcactatcttccacaat 47944611  T
Q  466 tcaaaaacctcattttcatcatcattaacattaaaactagcaatagattcaaaatttgatagcataaactttaaaggcttggaaaatctatatttatcta 565  Q
    |||||||| | || | || |||      | |||||| || || || ||||| |||||   ||||| || | ||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  47944612 tcaaaaactttatctccaacat------cgttaaaattaccattaaattcagaattttccagcatcaattctaaaggcttagcaaatctagatttatcta 47944705  T
Q  566 aataaaccctatgtacacttgacccaacatcatcatacaatgaaccataaacattcacaaaatgccctaatgtctgaattttcaaattcaatgaatgagg 665  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||  | |||||     
T  47944706 aataaaccctatgcacccttgacccagcatcatcacacaatgaaccatagacattcacaaaattccctaaagtctgaattttcaatatcacagcatgaga 47944805  T
Q  666 tgaaccattagtaagaatctcaggaagagtatacctcaaacatatcactgaagaaga 722  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  47944806 tgaaccattggtaagaatctcaggaagagtatacctcaaagatatcattgatgaaga 47944862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 715 - 863
Target Start/End: Original strand, 47944888 - 47945036
Alignment:
Q  715 gaagaagaagacatgtcatcaataagatgagaggaactaatcttcacacccgaaacgcgatccacacgaataaaccctgattcaagaataaaagcatgaa 814  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||  || |||||||||    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  47944888 gaagaagaagacatatcatcaacaagattagagcaactaatcgccatacccgaaacctcgtccacacgaacaaacccagattcaagaataacagcatgaa 47944987  T
Q  815 ctgcaaataccagtagtttgaaatcgctaacgtcatcaccaagcgcttc 863  Q
    | ||||| ||||  || || ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  47944988 ccgcaaacaccaacagcttcaaatcactaacatcatcaccaagcgcttc 47945036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University