View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15307_high_3 (Length: 296)

Name: NF15307_high_3
Description: NF15307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15307_high_3
NF15307_high_3
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (23-296)||(25074856-25075129)
chr6 (23-296)||(26636635-26636908)
chr6 (23-296)||(26742601-26742874)
chr6 (23-296)||(26960113-26960387)
chr6 (23-296)||(26950732-26951005)
chr6 (24-296)||(26849702-26849974)
chr6 (23-296)||(26812517-26812790)
chr6 (23-213)||(26975940-26976130)
chr6 (21-292)||(27664138-27664400)
chr6 (41-296)||(26938036-26938291)
chr6 (180-283)||(28097376-28097479)
chr6 (202-296)||(28140703-28140797)
chr6 (80-120)||(26862626-26862666)
chr6 (245-289)||(27530231-27530275)
chr6 (226-282)||(29842926-29842982)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-296)||(26136877-26137150)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-296)||(17992135-17992408)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 181; Significance: 8e-98; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 25074856 - 25075129
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
25074856 gatgacattgacaaactaaagcaattgcaggttttggtcggagagcctagctggctcggtcgtggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacatt 25074955  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    ||||||||||||| ||||||       ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
25074956 tgttatcatctcatgggattacaaaaatatacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaaggcttttaaaagtaaaaa 25075055  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
25075056 aaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccattagctttagaag 25075129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26636635 - 26636908
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||| |||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||| |    
26636635 gatgacgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggacaggctggttggcttggtcgtggcagcagagtaatcatcaccactcgagacaaacaat 26636734  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    ||||||||||||| ||||||       | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
26636735 tgttatcatctcatgggattaaatttttttacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaaggcttttaaaagtaagaa 26636834  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
26636835 aaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaag 26636908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26742601 - 26742874
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||| |||| |||||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||| |    
26742601 gatgacgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggacaggctggttggcttggtcgtggcagcagagtaatcatcaccactcgagacaaacaat 26742700  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    ||||||||||||| ||||||       | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
26742701 tgttatcatctcatgggattaaatttttttacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaaggcttttaaaagtaagaa 26742800  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
26742801 aaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaag 26742874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26960113 - 26960387
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| || ||| | ||| |||||||||||| |||| ||||| |    
26960113 gatgacgttgacaaaataaagcaagtgcaggttttgatcggagaggctagttggcttggtcgtgacagcagagtaatcattaccactagagacaaacaat 26960212  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnn-tatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaaca 221  Q
    ||||||||||||| ||||||        ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
26960213 tgttatcatctcatgggattaaaaaaaatatacgaagcatatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaacaaaggcttttaaaagtaaga 26960312  T
222 aaaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
26960313 aaaatgattcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaag 26960387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26950732 - 26951005
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||||| | |||||||||||||||||| || |||||||    
26950732 gatgatgttgacaaaataaagcaattgcaggttttgattggagagcctggttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattaccactcgtgacaaacatt 26950831  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    ||||||||| ||| ||||||       |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
26950832 tgttatcatgtcatgggattaaaaaaatatatgaagcagatggtttaaataaggaacaagctcttgaattgttaagaatgatggcttttaaaagtaacaa 26950931  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
26950932 aaatgattcaaggtatgatagtattttaaaccgtgcagttaaatatgctgctggccttccattagctttagaag 26951005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 24 - 296
Target Start/End: Original strand, 26849702 - 26849974
Alignment:
24 atgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacattt 123  Q
    |||| |||||| ||||||| || ||| ||  |||| ||||||||||| ||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||  |||    
26849702 atgatgttgacaaactaaatcagttggagaatttggtcggagagcctggttggcttggtcatggtagcagagtcatcattaccactcgagacaaatgttt 26849801  T
124 gttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaaa 223  Q
    |||||||||||| || |||       ||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
26849802 gttatcatctcatggaattaaaaaaatatacgaagcatatggtttaaacaaggaacaagctcttgaattggtaagaacgaagacttttaaatgtaacaaa 26849901  T
224 aatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
26849902 actgatgcaagctatgattacattttaaatcgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaag 26849974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26812517 - 26812790
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||    
26812517 gatgatgttgacaaaccaaagcaattgaaggttttggttggagagcctggttggctcggtcctggaagtagagtcatcattaccactcgagacagacatt 26812616  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    || |||||| ||| |||||        | || ||   |||||| ||||||||  |  |||| ||||||||||| | || || ||| |||||||||||||     
26812617 tgctatcatgtcatgggataactagaatttatgacttagatggattaaatgacaaagaagctcttgaattgtttataaagatggcatttaaaagtaacat 26812716  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||||| || ||| | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
26812717 aattgattcaagttatgattacattttaaatcgcgcagtaaaatatacttctggccttccattagctatagaag 26812790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 23 - 213
Target Start/End: Original strand, 26975940 - 26976130
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |    
26975940 gatgacattgacaaaataaagcaattgcaggttttgatcggagagcctggttggcttggtcatggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacaat 26976039  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaa 213  Q
    || |||||  |||  |||||       |||||||||||| |||||||||| | ||  |||| |||||||||||||||| |  |||||||||    
26976040 tgctatcaggtcatcggattgaaaagatatacgaagcaggtggtttaaataaagaagaagctcttgaattgttaagaaaggtggcttttaa 26976130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 27664400 - 27664138
Alignment:
21 ttgatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaaca 120  Q
    |||||||||||||| ||| ||| || ||| ||   ||| ||||||||||| ||| | ||||||| || || | ||||||||||||||||||||| | | |    
27664400 ttgatgacgttgacaaaccaaatcagttggagaaattggtcggagagcctggttggttcggtcaaggaagcagagtcatcattaccactcgagacagata 27664301  T
121 tttgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaac 220  Q
    |||||||||||  || |||||        |||||||||||||  |||||||| ||||  || | |||||||||||||||| || | |||||||||         
27664300 tttgttatcatgccatgggataacaaaaatatacgaagcagacagtttaaataaggaagaatctcttgaattgttaagaaagatgacttttaaaa----- 27664206  T
221 aaaaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagcttta 292  Q
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||    
27664205 ----atgattccagctatgattatattttaaaccgtgcagttgaatatgcttctggccttccattagcttta 27664138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 296
Target Start/End: Original strand, 26938036 - 26938291
Alignment:
41 aagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatttgttatcatctcacggga 140  Q
    ||||| ||||||| | | || ||||| |||| || ||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||    
26938036 aagcagttgcaggctataattggagaacctaattggcttggtcatggaagcaaagtcattgttaccactcgagacaaacatttgctatcatgtcatggga 26938135  T
141 ttnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatga 240  Q
    ||       |||| | || |||||| ||||| |||||  |||| |||||| | || ||   || |||||| ||||| ||||||| |||  |||| ||  |    
26938136 ttgaaagaatatatgtagtagatggcttaaaggaggaagaagctcttgaactatttaggtggatggctttcaaaagcaacaaaattgaaccaagttagta 26938235  T
241 ttatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    | ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
26938236 tgatataataaaccgtgcaattaaatacgcttctggccttccattagctttagaag 26938291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 28097479 - 28097376
Alignment:
180 aagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggcct 279  Q
    |||||||||||||| | ||   |||||||||||||  |||  ||  ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
28097479 aagcccttgaattgcttaggtggaaggcttttaaagctaaacaagttgattcaagttatgagtgtattttaaaccgtgcaataaattatgctgctggcct 28097380  T
280 tcca 283  Q
    ||||    
28097379 tcca 28097376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 296
Target Start/End: Original strand, 28140703 - 28140797
Alignment:
202 gaaggcttttaaaagtaacaaaaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    |||||| ||||||| ||| |||  ||||||||| |||||  | ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||||||    
28140703 gaaggcatttaaaaataataaagttgattcaagttatgagcacattttaaaccgtgcagttacttatgcctctggccttccattggctttagaag 28140797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 120
Target Start/End: Original strand, 26862626 - 26862666
Alignment:
80 ggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaaca 120  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
26862626 ggtcatggaagtagagtcatcattaccactcgagataaaca 26862666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27530275 - 27530231
Alignment:
245 attttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagct 289  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||    
27530275 attttaaaccgtgcacttacttatgcttctggccttccattagct 27530231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 226 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 29842982 - 29842926
Alignment:
226 tgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttcc 282  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    |||||||||||||||||    
29842982 tgattcaagctatgatgacattttagaccgtgcaatagcttatgcttctggccttcc 29842926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Original strand, 26136877 - 26137150
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
26136877 gatgacgttgacaagctaaagcagttgcaggttttggttggagagcctagttggcttggtcctgggagtagagtcatcattaccacccgagacaaacatt 26136976  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    || |||||| ||| ||||||       |||| ||||  |||   |||||| ||||  |||| ||||||||||| ||   || |||||||||||||||| |    
26136977 tgctatcatgtcatgggattaaaagaatatatgaagtcgatttcttaaataaggatgaagctcttgaattgtttaggtggatggcttttaaaagtaacca 26137076  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
     ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
26137077 caatgactcaagttatgattatattttaaacagtgcagttaaatatgcttctggccttccgttagctttagaag 26137150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 17992408 - 17992135
Alignment:
23 gatgacgttgactaactaaagcaattgcaggttttgatcggagagcctagttcgctcggtcatggcagtaaagtcatcattaccactcgagataaacatt 122  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
17992408 gatgacatcgacaaactaaagcaattgcaggttttggttggagagcctggttggcttggtcgtggcagcagagtcatcattaccactcgagacaaacatt 17992309  T
123 tgttatcatctcacgggattnnnnnnntatacgaagcagatggtttaaatgaggagcaagcccttgaattgttaagaacgaaggcttttaaaagtaacaa 222  Q
    ||||| ||| ||| ||||||       |||| |||| |||||| |||||||||||  |||| |||||| |||||||   |||||| |||||| | ||| |    
17992308 tgttaacatgtcatgggattaaaacaatatatgaagtagatggattaaatgaggaagaagctcttgaactgttaaggtggaaggcatttaaaggcaacga 17992209  T
223 aaatgattcaagctatgattatattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccactagctttagaag 296  Q
    || |||||| || ||| | |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
17992208 aattgattctagttataactatattttaaaccgtgtagttaaatatgctgctggcctcccattagctttagaag 17992135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University