View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15315_high_18 (Length: 330)

Name: NF15315_high_18
Description: NF15315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15315_high_18
NF15315_high_18
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-284)||(2803241-2803524)
chr4 (124-255)||(42676748-42676878)
chr4 (73-201)||(33617857-33617991)
chr4 (124-246)||(34717481-34717602)
chr4 (124-194)||(22519773-22519843)
chr4 (135-245)||(42508212-42508320)
chr4 (125-207)||(48194401-48194483)
chr4 (107-244)||(20141786-20141924)
chr4 (208-265)||(33278740-33278797)
chr4 (73-245)||(31095198-31095377)
chr4 (187-244)||(22519461-22519517)
chr4 (124-172)||(42005361-42005409)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (111-242)||(8198565-8198697)
chr2 (111-242)||(8203325-8203457)
chr2 (57-245)||(4558828-4559023)
chr2 (128-204)||(13323819-13323895)
chr2 (146-256)||(42054105-42054214)
chr2 (146-193)||(17242626-17242673)
chr2 (107-144)||(8198512-8198549)
chr2 (107-144)||(8203272-8203309)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (125-244)||(16419660-16419777)
chr6 (125-263)||(196063-196199)
chr6 (127-255)||(7004263-7004390)
chr6 (125-207)||(12458342-12458424)
chr6 (162-263)||(17411177-17411277)
chr6 (146-247)||(9405221-9405321)
chr6 (107-192)||(11324048-11324135)
chr6 (185-247)||(32548136-32548197)
chr6 (124-194)||(32548218-32548288)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (125-255)||(41232930-41233059)
chr5 (130-243)||(38458624-38458738)
chr5 (124-207)||(1629763-1629846)
chr5 (124-245)||(34599527-34599648)
chr5 (111-247)||(37705009-37705145)
chr5 (125-245)||(13953440-13953557)
chr5 (124-167)||(41233166-41233209)
chr5 (57-95)||(10415471-10415509)
chr5 (163-247)||(2143241-2143322)
chr5 (124-204)||(42474922-42475002)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (73-263)||(18128416-18128613)
chr7 (125-244)||(20389705-20389822)
chr7 (125-255)||(21920956-21921085)
chr7 (124-245)||(3218073-3218193)
chr7 (124-244)||(48447375-48447493)
chr7 (124-207)||(32857931-32858014)
chr7 (125-199)||(1532197-1532271)
chr7 (125-246)||(41331240-41331360)
chr7 (57-101)||(23822481-23822525)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (107-247)||(44291034-44291174)
chr3 (126-244)||(29756171-29756286)
chr3 (125-244)||(30534487-30534603)
chr3 (125-199)||(51265909-51265984)
chr3 (125-159)||(20186310-20186344)
chr3 (70-103)||(9357894-9357927)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (107-245)||(363656-363794)
chr1 (127-263)||(620594-620724)
chr1 (124-224)||(46530222-46530321)
chr1 (125-194)||(25112531-25112600)
chr1 (125-207)||(18470189-18470272)
chr1 (182-263)||(802178-802258)
chr1 (123-242)||(11016877-11016995)
chr1 (125-204)||(16026108-16026187)
chr1 (125-207)||(12656316-12656396)
chr1 (74-102)||(23808089-23808117)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (124-244)||(15907861-15907980)
chr8 (128-246)||(2510074-2510190)
chr8 (125-193)||(2277227-2277295)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 2803524 - 2803241
Alignment:
Q  1 aataattgtgaaatcttttatgnnnnnnnnaaagatatatcct-tagaaaaagttgcattacactagagaccttttaagttatttaattgtaataagttg 99  Q
    ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2803524 aataattgtgaaatcttttatgttttttt-aaagatatatcctatagaaaaagttgcattacactagagaccttttaagttatttaattgtaataagttg 2803426  T
Q  100 gtccgtattttcgtaacacttaggttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2803425 gtccgtattttcgtaacacttaggttttaagttaattaattgaaataagttgatcttttacgttttttccgtatcaattaaatcctttaagttatctaac 2803326  T
Q  200 cgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaacttaaaaagatcttctctcaa 284  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2803325 cgtaacagatttgtggaattttagatcttaaaaatgtaagttattccgtgtttaaacgttacaacttaaaaagatcttctctcaa 2803241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 124 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 42676878 - 42676748
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||  || | ||||||  |     
T  42676878 ttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagttatctaaccgtaacaccttag-gggattgcat 42676780  T
Q  224 atctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaa 255  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  42676779 atcttaaaaatgtatgttattcggtgtttaaa 42676748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 33617991 - 33617857
Alignment:
Q  73 tttaagttatttaattgtaataagttggtccgta----ttttcgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |     |||||||| | |||||||  |||||||||||||| || |||||||  |||||||| ||||||    
T  33617991 tttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttcgtaccgcttaggtcctttaagttaattaagtgtaataagtcaatcctttaagttttt 33617892  T
Q  167 tccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccg 201  Q
    | | |||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  33617891 ttcatatcaattatgtcctttaagttatttaaccg 33617857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 124 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 34717602 - 34717481
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgtttttt-ccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggatttta 222  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  || |||| ||||||| || |||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||    
T  34717602 ttttaagttaattaattgaaacaagtttgtcttttatgttttttcccatatcaattaggt-ctttaagttatttaaccgtaac-aatttaagggatttta 34717505  T
Q  223 gatctaaaaaatgtaagttattcg 246  Q
     || | ||||| ||||||||||||    
T  34717504 aattttaaaaacgtaagttattcg 34717481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22519843 - 22519773
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttat 194  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  22519843 ttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagttat 22519773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 245
Target Start/End: Original strand, 42508212 - 42508320
Alignment:
Q  135 ttaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaat 234  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||  ||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| | |||  ||||| |||||||||||||    
T  42508212 ttaattgtaataaattggtcctttaaattttttcagtatcaattagg-cctttaagttatttaatcgtaacaa-tatgttagatttcagatctaaaaaat 42508309  T
Q  235 gtaagttattc 245  Q
    |||||||||||    
T  42508310 gtaagttattc 42508320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194401
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaa 48194401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 244
Target Start/End: Original strand, 20141786 - 20141924
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggtt--ttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    |||| ||| ||||||||||  ||| |||||||||||| || |||||| || |||| ||||| | ||||  |||||| || |||||||||| |||||||||    
T  20141786 tttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagttttattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaa 20141884  T
Q  205 caaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
     || |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20141885 taatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20141924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 208 - 265
Target Start/End: Original strand, 33278740 - 33278797
Alignment:
Q  208 atttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaact 265  Q
    ||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  33278740 atttgagggattttaaattttaaaaatgtaagttattcagtgtttaaaagttacaact 33278797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095198
Alignment:
Q  73 tttaagttatttaattgtaataagttggtccg-------tattttcgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgtt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||        |||||||||| || ||||||  ||||||||||||| ||| || ||||| ||||| || |||    
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  164 ttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    |||||| || |||| || || |||||| ||| | ||| || ||| ||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  31095277 ttttcc-taccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttt-taggatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 31095198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 22519517 - 22519461
Alignment:
Q  187 taagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22519517 taagttatttaaccgtagcaa-tttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatt 22519461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 42005409 - 42005361
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgta 172  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||    
T  42005409 ttttaagttaattaattgtaacaagtttatcctttaagtattttccgta 42005361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 8198697 - 8198565
Alignment:
Q  111 cgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaa 208  Q
    |||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  8198697 cgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaac-aa 8198599  T
Q  209 tttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagtta 242  Q
    |||  ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8198598 tttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagtta 8198565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 8203457 - 8203325
Alignment:
Q  111 cgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaa 208  Q
    |||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  8203457 cgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaataagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaac-aa 8203359  T
Q  209 tttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagtta 242  Q
    |||  ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8203358 tttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagtta 8203325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 57 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4559023 - 4558828
Alignment:
Q  57 attacactagagaccttttaagttatttaattgtaataagttggtccgta------ttttcgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataag 148  Q
    |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||      |||| |||  ||||||||  |||| |||||||||||| || |||    
T  4559023 attacactaggggccctttaagttatttaattgtaataaattgatctttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaag 4558924  T
Q  149 ttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    ||| ||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4558923 ttgttcctttaagttttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaac-tatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattc 4558828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13323895 - 13323819
Alignment:
Q  128 aagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| || | | |||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||    
T  13323895 aagttaattaattgtaataagttgatctttgatgctttttccgtatcaattaggtcatttaagttatttaatcgtaa 13323819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 42054214 - 42054105
Alignment:
Q  146 aagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    |||||| | ||||| || |||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||| || |||||  | ||||| | |||| ||||||||||||| ||     
T  42054214 aagttgtttctttaagtgtttttcgtatcaattaagtcctttaagttatttaaccgtgac-aatttaggagatttcaaatcttaaaaatgtaagtttttt 42054116  T
Q  246 ggtgtttaaac 256  Q
    |||||||||||    
T  42054115 ggtgtttaaac 42054105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 146 - 193
Target Start/End: Original strand, 17242626 - 17242673
Alignment:
Q  146 aagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagtta 193  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  17242626 aagttggtcctttacgtttttttcgtaccatttagatcctttaagtta 17242673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 144
Target Start/End: Original strand, 8198512 - 8198549
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggttttaagttaattaattgaaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8198512 ttttcttaacacttaggttttaagttatttaattgaaa 8198549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 144
Target Start/End: Original strand, 8203272 - 8203309
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggttttaagttaattaattgaaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8203272 ttttcttaacacttaggttttaagttatttaattgaaa 8203309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 125 - 244
Target Start/End: Original strand, 16419660 - 16419777
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| || |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  16419660 tttaagttaattaattgtaacaagttggtcatttaagttttttc-gtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaac-aatttgagggattttaga 16419757  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  16419758 tcttagaaatgtaagttatt 16419777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 125 - 263
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196199
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||| || |||| | |    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgata-tttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaaccgtaac-aatttgaggtatttcata 196160  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaa 263  Q
    ||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||||||    
T  196161 tcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaa 196199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004263
Alignment:
Q  127 taagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatc 226  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaac-aatttgagaaattttagatc 7004292  T
Q  227 taaaaaatgtaagttattcggtgtttaaa 255  Q
    | |||| | |||||||||| | |||||||    
T  7004291 ttaaaagtataagttattcagggtttaaa 7004263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12458424 - 12458342
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  12458424 tttaagttaataaattaaaacaagttggtccttcaagttttttccgtactaattagatcatttaagttatttaaccgtaacaa 12458342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 17411277 - 17411177
Alignment:
Q  162 ttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttac 261  Q
    ||||||||||| ||||||  | ||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  17411277 ttttttccgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataa-tttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttac 17411179  T
Q  262 aa 263  Q
    ||    
T  17411178 aa 17411177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 247
Target Start/End: Original strand, 9405221 - 9405321
Alignment:
Q  146 aagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||| |||  |||||||| |||| |||||||||| |||||| || |||| |||||| |||||| | ||||||||    
T  9405221 aagttggttctttaagttttttccgtatcacttaagtcctttaatttatttaaccgtaac-aatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattc 9405319  T
Q  246 gg 247  Q
    ||    
T  9405320 gg 9405321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 192
Target Start/End: Original strand, 11324048 - 11324135
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggtttt--aagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagtt 192  Q
    |||||||| ||||||||||||  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||  |  |||||||||||    
T  11324048 ttttcgtaccacttaggttttttaaattaattatttgtaataagttgatcctttaagttttttctgtaccaacgaagtcctttaagtt 11324135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 247
Target Start/End: Original strand, 32548136 - 32548197
Alignment:
Q  185 tttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcgg 247  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| || |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  32548136 tttaagttatttaaccgtaacaa-tttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgg 32548197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 32548288 - 32548218
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttat 194  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| || | |  |||| |||||||||||||    
T  32548288 ttttaagttaattaattataataagttaatcctttacgtatttttcgaaacttttaggtcctttaagttat 32548218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 125 - 255
Target Start/End: Original strand, 41232930 - 41233059
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||  ||||||||||    
T  41232930 tttaagtcaattaattgtaataagttggtcttttatgttttttcattatcaactagatcctttaagttatttaaccatgacaattttg-aggattttaga 41233028  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaa 255  Q
    ||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  41233029 tcttaaaaatgtaagttattcgatatttaaa 41233059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 243
Target Start/End: Original strand, 38458624 - 38458738
Alignment:
Q  130 gttaattaattgaaataagttgatcctttac----gttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagat 225  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||     ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||    
T  38458624 gttaattaatcgcaataagttgatcctttaattaagttttttccgtatcaattaaat--tttaagttatttaaccgtaacaa-tttgaggtattttagat 38458720  T
Q  226 ctaaaaaatgtaagttat 243  Q
    || |||||||||||||||    
T  38458721 cttaaaaatgtaagttat 38458738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 124 - 207
Target Start/End: Original strand, 1629763 - 1629846
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    |||||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1629763 ttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaaccgtaacaa 1629846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 124 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 34599648 - 34599527
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    ||||| |||||||||||| ||  ||||| || || |  |||||| ||||  |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||  || |||||||    
T  34599648 ttttatgttaattaattgtaacgagttggtctttaagttttttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttag 34599549  T
Q  224 atctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  34599548 atcttaaaaatgtaagttattc 34599527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37705145 - 37705009
Alignment:
Q  111 cgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaa 208  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||  || |||||| |||||||  |||||| |||| ||||||| |||| |||| ||| |||| ||||||||    
T  37705145 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta-atttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaacaaa 37705047  T
Q  209 tttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcgg 247  Q
     ||| ||||||| |||||| |||| || |||||||||||    
T  37705046 -ttgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg 37705009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 13953557 - 13953440
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||||||||||||||| || |||||  || |||| | |||||||||| ||||||  || |||||||||| ||| ||||| ||||||  ||||||| |||    
T  13953557 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaag-tttttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaa-aaatttaagggatttcaga 13953460  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
     || |||||||||||||||||    
T  13953459 cct-aaaaatgtaagttattc 13953440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 124 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 41233209 - 41233166
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgtttttt 167  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  41233209 ttttaagttaattaattgtaataaattgatcctttaggtttttt 41233166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 10415509 - 10415471
Alignment:
Q  57 attacactagagaccttttaagttatttaattgtaataa 95  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10415509 attacacgagagatcttttaagttatttaattgtaataa 10415471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 247
Target Start/End: Original strand, 2143241 - 2143322
Alignment:
Q  163 tttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcgg 247  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||  |||||| || | ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  2143241 tttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaac--taacaatttag-gggattttatatcttaaacatgtaagttattcgg 2143322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 204
Target Start/End: Original strand, 42474922 - 42475002
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||  ||||  ||||| |||||  |||||||||| ||| |||||    
T  42474922 ttttaagttaattaattgtaataagttgatcatttgagttacttccaaatcaactagatgttttaagttatttaatcgtaa 42475002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 9e-24; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 73 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18128613 - 18128416
Alignment:
Q  73 tttaagttatttaattgtaataagttggtcc------gtattttcgtaacacttaggtt--ttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttt 164  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||      || ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| | |||||  |||    
T  18128613 tttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagttttttcgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaataagttggtgctttaatttt 18128514  T
Q  165 tttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaa 263  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||  | |||| |||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||||    
T  18128513 ttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataac-aatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaaggtttaaaagttacaa 18128416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 125 - 244
Target Start/End: Original strand, 20389705 - 20389822
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| || |||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  | ||||||||    
T  20389705 tttaagttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaac-aatttggcgaattttaga 20389802  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  20389803 tcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 125 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 21921085 - 21920956
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    |||||||||||||| || || |||||| |  |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921085 tttaagttaattaactgtaacaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataa-aaatttggggaattttaga 21920987  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaa 255  Q
     || ||||||||||||||||||  |||||||    
T  21920986 ccttaaaaatgtaagttattcgaagtttaaa 21920956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 245
Target Start/End: Original strand, 3218073 - 3218193
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||| || |||| ||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||  || |||||||    
T  3218073 ttttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtttttttcgtactaattagatcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttag 3218171  T
Q  224 atctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  3218172 atcttaaaaatgtaagttattc 3218193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 48447493 - 48447375
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| || | |||||  ||||||||||| | ||||||||||| |||   |||||| ||||||| |||||||    
T  48447493 ttttatgttaattaattgtaatcagttg-tcctctaagatttttatgtatcaattagcttctttaagttatttaaagataacaa-tttgtggtattttag 48447396  T
Q  224 atctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  48447395 atcttaaaaatgtaagttatt 48447375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 32858014 - 32857931
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||  ||||||| |||  |||||| || ||||| |||| ||||||||||||    
T  32858014 ttttaagttaattaattgtaataagttggttctttaaattttttcagtactaattaggtcatttaaattatttaaccgtaacaa 32857931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 199
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532271
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaac 199  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |  |||| ||||||||||||| ||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaac 1532271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 41331360 - 41331240
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||| | ||||| ||||||   ||| |||| || || |||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  41331360 tttaagttaataaattataacaagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttg-gggattctaga 41331262  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttattcg 246  Q
    ||  ||||||  ||||||||||    
T  41331261 tcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 23822525 - 23822481
Alignment:
Q  57 attacactagagaccttttaagttatttaattgtaataagttggt 101  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  23822525 attacactagagaatttttaagttatttaattataataaattggt 23822481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 107 - 247
Target Start/End: Original strand, 44291034 - 44291174
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggt--tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    |||||||| |||||| ||  ||||||||||||| ||| || ||||||  | |||| |||||||||||| |||  || || |||||||||| |||||||||    
T  44291034 ttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggtc-tttaagttatttaaccgtaa 44291132  T
Q  205 caaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcgg 247  Q
    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44291133 caattttg-gggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgg 44291174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 244
Target Start/End: Original strand, 29756171 - 29756286
Alignment:
Q  126 ttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagat 225  Q
    |||||||||||||||| || ||||||  |||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| | ||    
T  29756171 ttaagttaattaattgtaa-aagttggccctttaagttttttccgtaccaataaggtcctttaagttatttaaccgtaac-aatatg-gggatttcatat 29756267  T
Q  226 ctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    || ||||||||||||||||    
T  29756268 cttaaaaatgtaagttatt 29756286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 244
Target Start/End: Original strand, 30534487 - 30534603
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttaga 224  Q
    |||| |||||||||||| || |||||| || |||| |||||||||||| ||| ||| || |||||||||| |||| ||||||| |||| |   |||||||    
T  30534487 tttatgttaattaattgtaaaaagttgctc-tttaagttttttccgtaccaactagctc-tttaagttatttaactgtaacaa-tttgagatgttttaga 30534583  T
Q  225 tctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  30534584 tcttaaaaatgtaagttatt 30534603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265909
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgtt-ttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaac 199  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaac 51265909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 20186344 - 20186310
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatccttta 159  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20186344 tttaagttaattaattgcaataagttgatccttta 20186310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 9357927 - 9357894
Alignment:
Q  70 ccttttaagttatttaattgtaataagttggtcc 103  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9357927 ccttttaagttatttaattataataagttggtcc 9357894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 107 - 245
Target Start/End: Original strand, 363656 - 363794
Alignment:
Q  107 ttttcgtaacacttaggtt--ttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    |||| ||| ||||||||||  ||| |||||||||||| || |||||| || |||| |||||||| |||  |||||| || |||||||||| |||||||||    
T  363656 tttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagttttttc-gtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaa 363753  T
Q  205 caaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattc 245  Q
    ||| |||  || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  363754 caatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattc 363794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Original strand, 620594 - 620724
Alignment:
Q  127 taagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatc 226  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||| || | |||||||||||||||||||| || ||||     | ||||||||| || || | ||||||| | |||    
T  620594 taagttaattaattgtaacaagttaatctttaaagttttttccgtatcaattaggtcattta-----tttaaccgtaataatttag-gggatttaaaatc 620687  T
Q  227 taaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaa 263  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  620688 ttaaaaatgtaagttattcggtgtttaaaagttacaa 620724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 224
Target Start/End: Original strand, 46530222 - 46530321
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    |||||||||||||||||| || |||||   |||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  46530222 ttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaagttttttccatactaattagattctttaagttatttaaccataacaattttg-gggattttag 46530320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 194
Target Start/End: Original strand, 25112531 - 25112600
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttat 194  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||    
T  25112531 tttaagctaattaattgtaataagttgatcctttaaattttttccgtaccaattaagtcatttaagttat 25112600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 207
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470272
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacg-ttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||| |  |||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaa 18470272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 802258 - 802178
Alignment:
Q  182 tcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatctaaaaaatgtaagttattcggtgtttaaacgttacaa 263  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || | || ||||||||| | |||||||||||||||| |  ||||||| |||||||    
T  802258 tcctttaagttatttaaccgtaacaatttagcgg-attttagatgttaaaaatgtaagttatttgaggtttaaaagttacaa 802178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 11016995 - 11016877
Alignment:
Q  123 gttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgtt-ttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggatttt 221  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||| |||| |||  ||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| | |||||     
T  11016995 gttttaagttatttaattgtaacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaac-aatttgagagattta 11016898  T
Q  222 agatctaaaaaatgtaagtta 242  Q
    | |||| ||||||||||||||    
T  11016897 aaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 125 - 204
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026187
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaa 204  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| |||| |  |||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaa 16026187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12656396 - 12656316
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaa 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||||  ||||||| || |||| |||||||    
T  12656396 tttaagttaattaattgtaataagttggt-ttttaagttttttccgtaccaattagat-ttttaagtcatttaactgtaacaa 12656316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 23808117 - 23808089
Alignment:
Q  74 ttaagttatttaattgtaataagttggtc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23808117 ttaagttatttaattgtaataagttggtc 23808089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 124 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 15907980 - 15907861
Alignment:
Q  124 ttttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttag 223  Q
    ||||| |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||||||| ||||  |||| |||| | | |||||||     
T  15907980 ttttaggttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtgtcaattagattttttaagttatttaactttaac-aattcgagagattttac 15907882  T
Q  224 atctaaaaaatgtaagttatt 244  Q
    | || ||||||||||||||||    
T  15907881 accttaaaaatgtaagttatt 15907861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 246
Target Start/End: Original strand, 2510074 - 2510190
Alignment:
Q  128 aagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagttatctaaccgtaacaaatttgtgggattttagatct 227  Q
    |||||||||||||| || || ||| ||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||  | ||| |||||| | ||||| | || |    
T  2510074 aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagttttt-ccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaac-aatttgagagatttcatattt 2510171  T
Q  228 aaaaaatgtaagttattcg 246  Q
     ||||||||||||||||||    
T  2510172 taaaaatgtaagttattcg 2510190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277227
Alignment:
Q  125 tttaagttaattaattgaaataagttgatcctttacgttttttccgtatcaattagatcctttaagtta 193  Q
    ||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||  ||| || |||| ||||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagtta 2277227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University