View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15315_low_1 (Length: 876)

Name: NF15315_low_1
Description: NF15315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15315_low_1
NF15315_low_1
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (11-861)||(2485887-2486769)
chr2 (124-565)||(2470697-2471135)
chr2 (314-729)||(2469505-2469921)
chr2 (145-592)||(2478503-2478950)
chr2 (145-605)||(2482994-2483454)
chr2 (127-723)||(2473783-2474379)
chr2 (204-270)||(3063339-3063405)
chr2 (517-580)||(2466342-2466405)
chr2 (785-844)||(2482752-2482811)
chr2 (204-270)||(2462592-2462658)
chr2 (204-270)||(2466640-2466706)
chr2 (127-263)||(2469972-2470108)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (204-270)||(18015915-18015981)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 2486769 - 2485887
Alignment:
Q  11 attatactacataagatgatctaaaatgaacattattttgaaattttaaaacattaaaaactatataattatcaggaactcatttcatacattttcccag 110  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2486769 attatactacataagatgaactcaaatgaacattattttgaaattttaaaacattaaaaactatataattatcaggaactcatttcatacattttcccag 2486670  T
Q  111 atattattaattcttgatatgaatcacttagtatggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2486669 atattattaattcttgatatgaatcacttagtatggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgagccaccattatca 2486570  T
Q  211 catttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2486569 catttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaacaacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgat 2486470  T
Q  311 taaagtatggttcttcatccacccacaacttcactgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcg------------ccataacg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||            ||||||||    
T  2486469 taaagtatggttcttcatccacccacaacttcactgcttccgcgccacttatgtagccggtgctcaccgcaatattctcgccaagatactcaccataacg 2486370  T
Q  399 gccaccactgcctgaggggatctgtttacaatccttgcgttgattagcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaatt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2486369 gccaccactgcctgaggggatctgtttacaatccttgcgttgattagcatagttctgtgcaaatgcagcaatatcgttatcccaaacaatgtttggaatt 2486270  T
Q  499 ttaatggtggtaatggctgatcttgctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacccataatgagtgtta 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2486269 ttaatggtggtaatggctgatcttgctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacccataatgagtgtta 2486170  T
Q  599 aacctaacaagcacaattgggaaaatgaatccattttgctgatttctataaatttctgaatgctaaatggttttgtgggtgtttgatgagaattcttgtt 698  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2486169 aacctaacaagcacaattgagagaatgaacccattttgctgatttctataaatttctgaatgctaaatggttttgtgggtgtttgatgagaattgttgtt 2486070  T
Q  699 ggggctctagtgatgtatttatacagatttgtaa--------------------agtatgttattattattttcaaaatggaaattgtgtctatgatcgg 778  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||                    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2486069 ggggctctagtgatgtatttatacagacttgtaaacatgaaaatgtagtaattgagtatgttattattattttcaaaaaggaaattgtgtctatgatcgg 2485970  T
Q  779 gaaaacttcattttcatcaattttaacgtaattctcatggtggattacggtaagtatctttggtttcaatttttggatgatat 861  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2485969 gaaaacttcattttcatcaattttaacgtaattctcatggtggattagggtaagtatctttggtttcaatttttggatgatat 2485887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 124 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 2471135 - 2470697
Alignment:
Q  124 ttgatatgaatcacttagtatggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatcacatttcactttgc 223  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  2471135 ttgatctgagtcacttagtacggtaattgaccagcaatgttaccaggtgggtcataattgcaagtaatgaatgtgcctccattatcacatctcactttgc 2471036  T
Q  224 cacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgattaaagtatggttc 323  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||  | |||||   |||| ||| ||||||||||  |||||||| | ||| ||| ||    
T  2471035 cacatccaacacgttgtgatttttcccatatcacctgggtataatgaagacattc---accaccaacacatgagttattatagtgatcatagtgtggctc 2470939  T
Q  324 ttcatccacccacaacttcactgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcgccataacggccaccactgcctgaggggatctgt 423  Q
     || |||||||| | ||||||||| ||   | ||||   ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2470938 ctcctccacccaaatcttcactgcatctctgacactcttgtagccggtgctcaccgcaatattctcgccataacggccaccactgcctgaagggatctgt 2470839  T
Q  424 ttacaatccttgcgttgattagcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaattttaatggtggtaatggctgatcttg 523  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  |  | |||||||||||| ||||||||||||    |||||||  |  ||||||    
T  2470838 ttacaatccttgcgtttattagcatagttctgtgcaaaagcagcaactttttcatcccaaacaatatttggaattttagcactggtaatcacaaatcttg 2470739  T
Q  524 ctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttggg 565  Q
    ||   |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2470738 ctgcattgtgggcgttcacatagtctgctggtgagtcttggg 2470697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 314 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 2469921 - 2469505
Alignment:
Q  314 agtatggttcttcatccacccacaacttcactgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcgccataacggccaccactgcctga 413  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | || ||| |||||| | || |||||||| || |||||||||||||  || ||    
T  2469921 agtagggtttttcatccacccacaacttcaccgcttctacgccactcatgttgccagtgctctccgcgatattctctccgtaacggccaccaccaccaga 2469822  T
Q  414 ggggatctgtttacaatccttgcgttgattagcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaattttaatggtggta--- 510  Q
    | ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| | | |||       
T  2469821 gtggaccagttgacaatccttgcgttgattagcatagttttttgcaaaagcagcaactttgttgtcccaaacaatatttggaattttaacgtttgtatga 2469722  T
Q  511 atggctgatcttgctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacccataatgagtgttaaacctaacaagc 610  Q
    |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  2469721 accgctgatcttgcattattgtgggcgttcacgtagtctgctggtgagtcttgggcatgtgcaacgtgactacccataatgagtgttaaacctaacagga 2469622  T
Q  611 acaattgggaaaatgaatccattttgctgatttctataaatttctgaatgctaaatgg-ttttgtgggtgtttgatgagaattcttgttggggctctagt 709  Q
    ||||| | ||||||||| |||||| ||| |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||| | | |||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  2469621 acaatagagaaaatgaacccatttagcttatttttataaaattcagaatgctaaatggtttttgtagttctttgatgaaaa---ttgttggggctctagt 2469525  T
Q  710 gatgtatttatacagatttg 729  Q
    | |||||||| ||| |||||    
T  2469524 gttgtatttaaacaaatttg 2469505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 145 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 2478950 - 2478503
Alignment:
Q  145 ggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatt 244  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  2478950 ggtaattggccaggaatgttacctgggggataataattacaagtaacaaatgttccaccattattacatttcactttgccacatccaagacgtagtgaac 2478851  T
Q  245 tttcccaaaccacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgattaaagtatggttcttcatccacccacaacttcac 344  Q
     |  |||||| ||||| ||| |||| || |||||   |||||||| ||||  ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||   ||||||    
T  2478850 ctgaccaaacaacctgggtaaaatgatgacattc---accatcaaaacatttgttaagatagttatcaaagtgtggtttttcatccgcccaacccttcac 2478754  T
Q  345 tgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcgccataacggccaccactgcctgaggggatctgtttacaatccttgcgttgatta 444  Q
    |||||  | |||||||| |||||| |||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||     ||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  2478753 tgcttgtgtgccacttatgtagccagtgctcaccgcaatattcttgccataacgaccaccaccattggagggtatcggtttacaatccttgcgttgatta 2478654  T
Q  445 gcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaattttaatg---gtggtaatggctgatcttgctttgttgtgggcgttca 541  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |    ||  || ||||||||||||||||| || ||||    
T  2478653 gcatagttctgtgcataagcagcaacttcgttgtcccaaacaatgtttggaattttaatgaatgaatcaactgcagatcttgctttgttgtgagcattca 2478554  T
Q  542 cgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacccataatga 592  Q
    |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||    
T  2478553 cgtagtctgctggtgagtcttgtgcttgtgcaacgtgactacccacaatga 2478503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 145 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 2483454 - 2482994
Alignment:
Q  145 ggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatt 244  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  2483454 ggtaattggccaggaatattacctgggggataataattacaagtaacaaatgttccaccattattacatttcactttgccacatccaagacgtagtgaac 2483355  T
Q  245 tttcccaaaccacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgattaaagtatggttcttcatccacccacaacttcac 344  Q
     |  |||||| ||||| ||| |||| || |||||   |||||||| ||||  ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  2483354 ctgaccaaacaacctgggtaaaatgatgacattc---accatcaaaacatttgttaagatagttatcaaagtgtggtttttcatccgcccacaacttcac 2483258  T
Q  345 tgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcgccataacggccaccactgcctgaggggatctgtttacaatccttgcgttgatta 444  Q
    |||||     ||||| | ||  ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2483257 tgcttttcttccactgatgtgtccggtgctcaccgcaatattctcaccgtaacggccaccactatcagaggggatcggtttacaatccttgcgttgatta 2483158  T
Q  445 gcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaattttaat---ggtggtaatggctgatcttgctttgttgtgggcgttca 541  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||    |    ||  || ||||||||||||||||| || ||||    
T  2483157 gcatagttctgtgcataagcagcaatttttttatcccaaacaatttttggaattttaataaatgaatcaactgccgatcttgctttgttgtgagccttca 2483058  T
Q  542 cgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacccataatgagtgttaaacctaa 605  Q
    | |||| ||| || ||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||| | |||| |||||    
T  2483057 catagtttgctggagagtctttggcttgtgcaacgtgactacccacaatgaatattaatcctaa 2482994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 127 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 2474379 - 2473783
Alignment:
Q  127 atatgaatcacttagtatggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatcacatttcactttgccac 226  Q
    |||||||||| ||||||||||  || ||||  |  ||| |||||||| || |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| |||    
T  2474379 atatgaatcaattagtatggtctttcgccaatatagttgccaggggggtcgtaattgcaagtaatgaatgttcctccattatcacatttcactttggcac 2474280  T
Q  227 atccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatggtggcattcatgaccatcaatacatgagttagcatagtgattaaagtatggttcttc 326  Q
    |||||| ||||  ||  |||  |||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||| ||||||||||  |   | ||   ||| ||||| |||    
T  2474279 atccaatacgttttgtgtttctccaaaccacctgagtataatggaggcattc---accaccaacacatgagttactactataatcgtagtttggtttttc 2474183  T
Q  327 atccacccacaacttcactgcttccgcgccacttacgtagccggtgctcccggcaatattctcgccataacggccaccactgcctgaggggatctgttta 426  Q
    ||||||  | ||||||||||||||    ||||| |  | |||| ||||| | || ||||| || || |||||| |||||   || ||| ||| |  || |    
T  2474182 atccacaaataacttcactgcttcgataccactcatatcgccgctgctctctgcgatattttctccgtaacggtcacca---ccggagtggaccaattga 2474086  T
Q  427 caatccttgcgttgattagcatagttctgcgcaaaagcaacaatatcgttatcccaaacaatgtttggaattttaatggtggt---aatggctgatcttg 523  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||| |||  | ||| ||||||| ||||||||||||||||||  | ||   ||  || |||||||    
T  2474085 caatccttgcgttgattagcataattttgtgcataagcagcaactttgttgtcccaaataatgtttggaattttaatatttgtatcaactgccgatcttg 2473986  T
Q  524 ctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgactacc---cataatgagtgttaaacctaacaagcacaa---ttg 617  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |   || ||||||| |||| ||||||| ||| ||   | |    
T  2473985 cttggttgtgggcattcacgtagtctgctggtgagtcttgggcatgtgcaacgtgactaacatgcacaatgagtattaagcctaacatgcagaatattag 2473886  T
Q  618 ggaaaatgaatccattttgctgatttctataaatttctgaatgctaaatggttttgtgggtgtttgatgagaattcttgttggggctctagtgatgtatt 717  Q
     ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||   |||||| || ||||||| ||||||    
T  2473885 agaaaatgaacccattttcctgatttctataaatttcagaatgttaaatcgttttgtgggtgtttgatgaaaa---ttgttgagggtctagtgttgtatt 2473789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Original strand, 3063339 - 3063405
Alignment:
Q  204 attatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatgg 270  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||    
T  3063339 attatcacatctcactttggcacatccaacacgttgtgagtttctccaaacaacctgagtataatgg 3063405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 517 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 2466405 - 2466342
Alignment:
Q  517 gatcttgctttgttgtgggcgttcacgtagtctgccggtgagtcttgggcatgagcaacgtgac 580  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  2466405 gatcttgcttcgttgtgagcgttcacatagtctgcttgtgagtcttgggcatgtgcaacatgac 2466342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 785 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 2482811 - 2482752
Alignment:
Q  785 ttcattttcatcaattttaacgtaattctcatggtggattacggtaagtatctttggttt 844  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||    
T  2482811 ttcattttcatcaattgtgacgtaattctcatggtggattagagcaagtatctttagttt 2482752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2462658 - 2462592
Alignment:
Q  204 attatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatgg 270  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||| ||||| |||||||||    
T  2462658 attatcacatctcactttggcacatccaacacgttgtgagtttctccaaacaacctgggtataatgg 2462592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2466706 - 2466640
Alignment:
Q  204 attatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatgg 270  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||| ||||| |||||||||    
T  2466706 attatcacatctcactttggcacatccaacacgttgtgagtttctccaaacaacctgggtataatgg 2466640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 2470108 - 2469972
Alignment:
Q  127 atatgaatcacttagtatggtaattggccagcaatgttaccagggggatcataattgcaagtaacaaatgtgccaccattatcacatttcactttgccac 226  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||||  |  ||| || || || || |||||||||||||  ||||| || || |||| ||||||||||||| |||    
T  2470108 atatgaatcacttagtatggtctttcgccaatatagttgcctggtgggtcgtaattgcaagtaatgaatgttcctccgttattacatttcactttggcac 2470009  T
Q  227 atccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagt 263  Q
    ||||||  ||| |||  |||  |||||||||||||||    
T  2470008 atccaatccgttgtgtgtttctccaaaccacctgagt 2469972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18015981 - 18015915
Alignment:
Q  204 attatcacatttcactttgccacatccaacacgtagtgatttttcccaaaccacctgagtataatgg 270  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||    
T  18015981 attatcacatctcactttggcacatccaacacgttgtgagtttctccaaacaacctgagtataatgg 18015915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University