View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1531_1D_low_4 (Length: 1044)

Name: NF1531_1D_low_4
Description: NF1531_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1531_1D_low_4
NF1531_1D_low_4
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (18-1023)||(37704454-37705459)
chr5 (659-1022)||(37698974-37699349)
chr5 (719-1023)||(37437520-37437823)
chr5 (63-265)||(37437914-37438116)
chr5 (775-1023)||(37698636-37698864)
chr5 (65-172)||(37700646-37700753)
chr5 (391-533)||(34599459-34599603)
chr5 (391-539)||(2143247-2143394)
chr5 (284-361)||(1629760-1629837)
chr5 (288-466)||(13953440-13953616)
chr5 (267-383)||(1629683-1629799)
chr5 (267-383)||(29532047-29532161)
chr5 (340-381)||(2143379-2143420)
chr5 (288-373)||(30384213-30384297)
chr5 (436-539)||(26325678-26325781)
chr5 (286-373)||(37704830-37704917)
chr5 (319-382)||(41232901-41232964)
chr5 (559-601)||(30384256-30384298)
chr5 (287-383)||(38458805-38458899)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (659-895)||(16840857-16841109)
chr4 (73-246)||(16840622-16840796)
chr4 (408-539)||(22519386-22519518)
chr4 (269-383)||(22519807-22519921)
chr4 (288-377)||(48194394-48194483)
chr4 (288-539)||(31095124-31095377)
chr4 (269-361)||(33617920-33618010)
chr4 (409-539)||(49291205-49291335)
chr4 (288-376)||(22889586-22889674)
chr4 (288-376)||(22941250-22941338)
chr4 (559-599)||(31095092-31095132)
chr4 (288-363)||(53769786-53769861)
chr4 (267-373)||(2323266-2323372)
chr4 (288-524)||(20141745-20141983)
chr4 (282-356)||(42676809-42676883)
chr4 (290-373)||(34013780-34013861)
chr4 (293-368)||(22519373-22519448)
chr4 (287-382)||(34717567-34717660)
chr4 (332-383)||(40070309-40070360)
chr4 (319-373)||(31095078-31095131)
chr4 (342-383)||(22519313-22519354)
chr4 (319-380)||(48194179-48194239)
chr4 (474-539)||(51580077-51580140)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (288-524)||(4558769-4559007)
chr2 (269-520)||(8198509-8198759)
chr2 (269-520)||(8203269-8203519)
chr2 (269-352)||(45385838-45385921)
chr2 (269-383)||(4923428-4923542)
chr2 (181-248)||(8265959-8266027)
chr2 (288-383)||(42053964-42054059)
chr2 (288-377)||(3289442-3289531)
chr2 (271-337)||(4558680-4558745)
chr2 (443-524)||(6739472-6739554)
chr2 (288-346)||(8198419-8198477)
chr2 (288-346)||(8203179-8203237)
chr2 (267-342)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (282-524)||(16419591-16419837)
chr6 (269-380)||(12458392-12458504)
chr6 (288-426)||(33547750-33547889)
chr6 (396-523)||(196111-196238)
chr6 (391-539)||(17411121-17411270)
chr6 (557-599)||(17411089-17411131)
chr6 (287-383)||(10544282-10544376)
chr6 (397-521)||(28477384-28477509)
chr6 (397-521)||(29789836-29789961)
chr6 (319-375)||(7202300-7202356)
chr6 (350-539)||(7004200-7004390)
chr6 (286-383)||(31314513-31314609)
chr6 (409-505)||(32548138-32548235)
chr6 (435-518)||(33547849-33547933)
chr6 (557-600)||(196244-196287)
chr6 (391-496)||(7202313-7202419)
chr6 (443-516)||(10544136-10544210)
chr6 (397-490)||(29693282-29693376)
chr6 (288-361)||(196063-196135)
chr6 (342-383)||(33547744-33547785)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (269-539)||(41331168-41331439)
chr7 (287-380)||(30551947-30552040)
chr7 (287-380)||(6589558-6589651)
chr7 (269-524)||(18128375-18128632)
chr7 (284-363)||(12422044-12422123)
chr7 (267-374)||(32804629-32804736)
chr7 (288-376)||(1532197-1532285)
chr7 (277-465)||(20389633-20389822)
chr7 (288-383)||(28003341-28003434)
chr7 (288-381)||(5755594-5755685)
chr7 (267-371)||(12422352-12422455)
chr7 (267-467)||(21920965-21921164)
chr7 (438-524)||(48447315-48447402)
chr7 (302-367)||(32918529-32918595)
chr7 (319-380)||(1532441-1532501)
chr7 (435-524)||(12264801-12264890)
chr7 (287-363)||(6586862-6586938)
chr7 (445-524)||(12422262-12422342)
chr7 (181-216)||(21595127-21595162)
chr7 (473-524)||(28002279-28002330)
chr7 (289-368)||(48447283-48447362)
chr7 (562-600)||(12422352-12422390)
chr7 (325-382)||(5762696-5762753)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (267-405)||(3866-4003)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (288-374)||(2277209-2277295)
chr8 (287-367)||(27532989-27533069)
chr8 (304-383)||(37064689-37064768)
chr8 (269-371)||(15907689-15907790)
chr8 (269-383)||(15907944-15908058)
chr8 (269-351)||(12807666-12807748)
chr8 (287-539)||(2510015-2510263)
chr8 (554-599)||(18080600-18080645)
chr8 (409-539)||(3806871-3807000)
chr8 (284-380)||(32566875-32566969)
chr8 (286-374)||(2967707-2967794)
chr8 (288-383)||(3806998-3807091)
chr8 (304-374)||(45445141-45445210)
chr8 (265-357)||(41123-41216)
chr8 (316-361)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (288-524)||(363615-363853)
chr1 (287-380)||(16554303-16554396)
chr1 (289-524)||(47726457-47726693)
chr1 (289-524)||(47747763-47747999)
chr1 (393-523)||(29954870-29955000)
chr1 (288-377)||(18470189-18470279)
chr1 (288-383)||(802251-802346)
chr1 (269-376)||(12656368-12656474)
chr1 (288-374)||(16026108-16026194)
chr1 (267-463)||(11016877-11017075)
chr1 (288-383)||(46530163-46530258)
chr1 (319-376)||(48130213-48130268)
chr1 (282-371)||(48130428-48130516)
chr1 (269-368)||(363806-363906)
chr1 (304-383)||(26706353-26706432)
chr1 (269-371)||(46530411-46530517)
chr1 (181-247)||(2125101-2125168)
chr1 (458-524)||(26706207-26706274)
chr1 (319-380)||(16026346-16026406)
chr1 (319-376)||(18470439-18470495)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (292-527)||(30534432-30534666)
chr3 (288-377)||(51265894-51265984)
chr3 (319-476)||(44291025-44291182)
chr3 (287-383)||(44291413-44291509)
chr3 (269-373)||(48200367-48200471)
chr3 (319-380)||(51265679-51265739)
chr3 (557-600)||(44291420-44291463)
chr3 (269-370)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 889; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 889; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 37705459 - 37704454
Alignment:
Q  18 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37705459 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtat 37705360  T
Q  118 cgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt 217  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37705359 cgatatccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatt 37705260  T
Q  218 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37705259 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtc 37705160  T
Q  318 atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 417  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  37705159 atttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatt 37705060  T
Q  418 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaa 517  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  37705059 taactgtaacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaa 37704960  T
Q  518 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnn 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                    
T  37704959 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaa 37704860  T
Q  618 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704859 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 37704760  T
Q  718 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704759 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 37704660  T
Q  818 actttcgtgttaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgt 917  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704659 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgt 37704560  T
Q  918 tgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctt 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704559 tgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctt 37704460  T
Q  1018 tttggt 1023  Q
    ||||||    
T  37704459 tttggt 37704454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 659 - 1022
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37698974
Alignment:
Q  659 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 752  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  753 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattccaactttcgtgttaattacgttcaaaaagtct-g 848  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtcttg 37699150  T
Q  849 gtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatga 948  Q
    || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37699149 gttttccaagatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatacggttatga 37699050  T
Q  949 aaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaa--tttgcaaacaatctaataagtcaacctttttgg 1022  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  37699049 aaagcacccccaacacaaaataagggaatacctagactcaatgtttgtaaacaatctaataactcaaactttttgg 37698974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 719 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437520
Alignment:
Q  719 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattc 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  816 caactttcgtgttaattacgttcaaaaagtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatat 914  Q
    |||||| |    ||||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  37437723 caacttgc----taattacgttcgaaaagtcttggtcttccaatatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttattgaattaatat 37437628  T
Q  915 tgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaac 1014  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| ||||| |  |||| |||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||      
T  37437627 tgttgccaattgtcatatcactatacggttatgaaaagca-ccccacattaaaacaagggaatagctagactgaatttgtaaacaatctaataagtcaga 37437529  T
Q  1015 ctttttggt 1023  Q
    |||||||||    
T  37437528 ctttttggt 37437520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 63 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  63 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 162  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  163 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 262  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  263 aaa 265  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 775 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698636
Alignment:
Q  775 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtg----ttaattacgttcaaaaagtc-tggtcttcgaagatattatttag 869  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattaattacgttaaaaaagtcttggtcttccaagatgttatttag 37698765  T
Q  870 tttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaat 969  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||||| |||||||||| |||| | |                  ||||||||    
T  37698764 tttaacgaacaccaaacttttgtatgattg--------ttaatattgttgccaattgtcatatcactatacggt-----------------caacaaaat 37698690  T
Q  970 aagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctttttggt 1023  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37698689 aagggaatacttagactcaatttgtaaacaatctaataagtcaaactttttggt 37698636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 65 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  65 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 164  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  165 attttctt 172  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 391 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  391 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 488  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  489 tagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 533  Q
     | |||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 391 - 539
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  391 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 489  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  490 agcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    | ||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 284 - 361
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  284 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 361  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953440
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 387  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  388 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 466  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattc 13953440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 383
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  367 acaagttggtcctttaa 383  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  367 acaagttggtcctttaa 383  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  340 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 381  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 373
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 373  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 436 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  436 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 535  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  536 tgtt 539  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 373
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  286 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 373  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 382
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 382  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 559 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  559 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 601  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 287 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 1e-50; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 659 - 895
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841109
Alignment:
Q  659 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 748  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  749 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat------cacaacttgaaataagattccaactttcgtgttaattacgttcaaaa 842  Q
    ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaactta-gtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  843 agtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatg 895  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  16841056 agtcttggtcttccaagattttatttagtttattaaacaccaaacttttgtatg 16841109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 73 - 246
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  73 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 171  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  172 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 246  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 408 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  408 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaag 506  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  507 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 269 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  368 caagttggtcctttaa 383  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 288 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 377  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 288 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 386  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  387 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 485  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  486 aaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 269 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 361  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 409 - 539
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  409 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtg 508  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  509 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 376
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 376  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 376
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 376  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 559 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  559 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 363  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 267 - 373
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  367 acaagtt 373  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 288 - 524
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 386  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  387 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 484  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  485 taaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||| | |||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 282 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  282 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 356  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 290 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  290 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 373  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 368
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  293 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 382  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  332 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 319 - 373
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 373  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 342 - 383
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  342 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 380
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 474 - 539
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  474 aaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 288 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 386  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  387 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 484  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  485 taaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 269 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  369 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 467  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  468 ggacct-aaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 520  Q
    |  ||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 269 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  369 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 467  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  468 ggacct-aaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 520  Q
    |  ||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 269 - 352
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 352  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 383
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  369 aagttggtcctttaa 383  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 248
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  181 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 248  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 383
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 377  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 271 - 337
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  271 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 337  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 443 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  443 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 288 - 346
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 346  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 288 - 346
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 346  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 267 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 342  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 282 - 524
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  282 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 378  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  379 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaag 477  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||| ||||    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  478 ttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    || |||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 269 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  368 caagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 288 - 426
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 386  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  387 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 426  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 396 - 523
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  396 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaatagctt 494  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | ||||||||||||||||| |||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  495 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 523  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 391 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  391 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 489  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  490 agcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    | || ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  557 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 599  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 287 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  397 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaatagctta 495  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||  |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  496 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 521  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 397 - 521
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  397 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaatagctta 495  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||  |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  496 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 521  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 375
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 375  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 350 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  350 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 448  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  449 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| |||||||||| |||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 383
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  286 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 505
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  409 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaa 505  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 435 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  435 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 518  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 600
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  557 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 600  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 391 - 496
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  391 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 489  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  490 agcttaa 496  Q
    | |||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 443 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  443 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaa 516  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 397 - 490
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693376
Alignment:
Q  397 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaata 490  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaata 29693376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 288 - 361
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 361  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 342 - 383
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  342 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 269 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  369 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 467  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  468 ggacct-aaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
      |||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 287 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 287 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 269 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  368 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 466  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  467 -gggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
      ||    ||||||||||||||| |  ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 284 - 363
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  284 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 363  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 267 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  367 acaagttg 374  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 288 - 376
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 376  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 277 - 465
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  277 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 375  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  376 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 465  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 381
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 381  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  367 acaag 371  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  367 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 465  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 438 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  438 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 367
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  302 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  435 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 287 - 363
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 363  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 445 - 524
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  445 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 216
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  181 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 473 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  473 taaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 368
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  289 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 562 - 600
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  562 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 600  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 382
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  325 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 382  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 267 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 366  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  367 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 405  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 8e-27; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 288 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 374  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 287 - 367
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 304 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  304 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 371
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  369 aag 371  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  369 aagttggtcctttaa 383  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 269 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 351  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 287 - 539
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 385  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  386 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 484  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  485 taaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 554 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  554 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 599  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 409 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  409 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaatagcttaaacgacctaagtg 508  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||  | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  509 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 539  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  284 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 286 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  286 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 374  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 304 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  304 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 374  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  265 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 357  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 316 - 361
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  316 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 361  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 5e-22; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 288 - 524
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 386  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  387 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 484  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  485 taaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||| | |||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 287 - 380
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 289 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  289 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 388  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  389 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaatta 486  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  487 aatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 289 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  289 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 388  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  389 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaatta 486  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  487 aatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 393 - 523
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  393 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaatag 491  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  |||||||||||||||||     
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  492 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 523  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 288 - 377
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 377  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 269 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  369 aagttggt 376  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 374
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 374  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  267 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 365  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  366 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 463  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 383
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 376
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 376  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  282 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 371  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 367  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  368 c 368  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 304 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  304 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 364  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  365 taacaag 371  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  181 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 247  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  458 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaatagcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 524  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 319 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 376  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 2e-18; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 292 - 527
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  292 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 390  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  391 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 489  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  490 agcttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 527  Q
    |  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 288 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265894
Alignment:
Q  288 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 377  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtc 51265894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 319 - 476
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 417  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  418 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 476  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 287 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  287 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 383  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  369 aagtt 373  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 380
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  319 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 380  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 557 - 600
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  557 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 600  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 269 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  269 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 368  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  369 aa 370  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University