View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1531_1D_low_43 (Length: 247)

Name: NF1531_1D_low_43
Description: NF1531_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1531_1D_low_43
NF1531_1D_low_43
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (33-238)||(19254-19459)
scaffold0197 (33-234)||(14403-14604)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (33-238)||(149045-149250)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (33-238)||(35745182-35745387)
chr8 (33-234)||(10684358-10684559)
chr8 (59-186)||(39784965-39785091)
chr8 (64-199)||(6311121-6311254)
chr8 (59-186)||(25328420-25328545)
chr8 (64-199)||(7290055-7290188)
chr8 (88-154)||(18853353-18853418)
chr8 (88-192)||(10689289-10689392)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (34-238)||(16838536-16838740)
chr6 (34-238)||(6005209-6005413)
chr6 (33-238)||(5343271-5343477)
chr6 (33-240)||(33330532-33330741)
chr6 (34-240)||(33336029-33336237)
chr6 (59-220)||(28155676-28155837)
chr6 (32-221)||(6438292-6438480)
chr6 (33-192)||(11856764-11856921)
chr6 (59-186)||(14737718-14737843)
chr6 (59-186)||(28184320-28184448)
chr6 (59-192)||(14742571-14742702)
chr6 (62-192)||(22010832-22010960)
chr6 (88-192)||(30125940-30126044)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (34-238)||(2785167-2785371)
chr5 (31-238)||(31401939-31402146)
chr5 (33-238)||(31397082-31397287)
chr5 (33-238)||(33791107-33791312)
chr5 (33-238)||(33767970-33768175)
chr5 (34-220)||(37561551-37561740)
chr5 (33-220)||(37556729-37556919)
chr5 (34-221)||(28807678-28807868)
chr5 (64-199)||(1457290-1457423)
chr5 (64-199)||(27444793-27444926)
chr5 (64-199)||(27449637-27449770)
chr5 (84-199)||(43592120-43592235)
chr5 (64-199)||(43598547-43598680)
chr5 (64-199)||(43604039-43604172)
chr5 (64-199)||(43609531-43609664)
chr5 (59-186)||(15044507-15044630)
chr5 (84-185)||(30631249-30631349)
chr5 (133-185)||(24135742-24135794)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (34-238)||(2340-2544)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (33-240)||(10207724-10207932)
chr3 (30-240)||(2677174-2677386)
chr3 (30-240)||(2673018-2673230)
chr3 (33-234)||(8516886-8517088)
chr3 (34-234)||(8512007-8512208)
chr3 (34-234)||(32475276-32475476)
chr3 (33-234)||(32480132-32480334)
chr3 (92-238)||(24967957-24968103)
chr3 (30-220)||(18656224-18656410)
chr3 (62-192)||(22173330-22173458)
chr3 (88-199)||(2671725-2671836)
chr3 (88-199)||(7167092-7167201)
chr3 (84-199)||(28503995-28504108)
chr3 (88-154)||(8739249-8739314)
chr3 (88-154)||(9091487-9091552)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (31-234)||(182058-182261)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (33-234)||(16879863-16880064)
chr7 (33-234)||(16884719-16884920)
chr7 (33-234)||(24261417-24261618)
chr7 (34-234)||(24266296-24266496)
chr7 (34-226)||(21812339-21812532)
chr7 (34-221)||(19992104-19992292)
chr7 (59-204)||(24024451-24024594)
chr7 (59-192)||(12396730-12396861)
chr7 (59-192)||(12406150-12406281)
chr7 (59-186)||(31109725-31109849)
chr7 (59-180)||(4866548-4866667)
chr7 (88-212)||(20357672-20357797)
chr7 (88-154)||(2057806-2057871)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (31-213)||(43988580-43988762)
chr1 (30-221)||(39445288-39445479)
chr1 (34-221)||(25445195-25445382)
chr1 (59-204)||(44023997-44024140)
chr1 (34-221)||(1055117-1055304)
chr1 (59-144)||(41386566-41386650)
chr1 (59-152)||(41398055-41398147)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (33-234)||(19349069-19349270)
chr2 (34-234)||(19344212-19344412)
chr2 (34-186)||(32246577-32246728)
chr2 (59-186)||(39812129-39812255)
chr2 (62-192)||(44312759-44312887)
chr2 (88-199)||(9296540-9296651)
chr2 (134-199)||(14291380-14291446)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (34-221)||(18855519-18855706)
chr4 (34-204)||(3813816-3813986)
chr4 (33-192)||(9224542-9224699)
chr4 (30-220)||(5732454-5732640)
chr4 (59-192)||(9229329-9229460)
chr4 (34-186)||(45347959-45348109)
chr4 (34-186)||(45357438-45357588)
chr4 (63-199)||(56146840-56146974)
chr4 (64-199)||(51520280-51520413)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (33-221)||(154-342)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (59-204)||(9764-9907)
scaffold0355 (59-204)||(13-148)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (59-192)||(35197-35328)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (59-144)||(34132-34216)
[»] scaffold0777 (1 HSPs)
scaffold0777 (33-82)||(6292-6341)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (33-122)||(13140-13228)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19459 - 19254
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19459 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 19360  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19359 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaaca 19260  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  19259 aacacc 19254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 14604 - 14403
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14604 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 14505  T
Q  133 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14504 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 14406  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  14405 aaa 14403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 149250 - 149045
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149250 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 149151  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  149150 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaaca 149051  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  149050 aacacc 149045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Original strand, 35745182 - 35745387
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745182 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 35745281  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  35745282 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 35745381  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  35745382 aacacc 35745387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 10684559 - 10684358
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10684559 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 10684460  T
Q  133 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10684459 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 10684361  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  10684360 aaa 10684358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 39785091 - 39784965
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  39785091 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaataacaacaaaacagc 39784993  T
Q  159 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39784992 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39784965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 6311121 - 6311254
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  6311121 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 6311218  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6311219 actagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaa 6311254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 25328545 - 25328420
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaac-ag 157  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| |     
T  25328545 aaccttcacaacaatga-aataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacaac 25328447  T
Q  158 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  25328446 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 25328420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 7290188 - 7290055
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||  ||    
T  7290188 tcacaccaatga-aataaac-attgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaaacaacaacaaagcagccctag 7290091  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7290090 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 7290055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 18853418 - 18853353
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 154  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  18853418 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaaaaaaa 18853353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 88 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10689392 - 10689289
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||| |||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||    
T  10689392 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-ctaatggtttccaagc-aacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaaccacac 10689295  T
Q  187 taagag 192  Q
     |||||    
T  10689294 aaagag 10689289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Original strand, 16838536 - 16838740
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838536 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 16838635  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 233  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16838636 ttcaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaacaa 16838735  T
Q  234 acacc 238  Q
    |||||    
T  16838736 acacc 16838740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Original strand, 6005209 - 6005413
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6005209 tgttgtaaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 6005308  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 233  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  6005309 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaacaa 6005408  T
Q  234 acacc 238  Q
    |||||    
T  6005409 acacc 6005413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Original strand, 5343271 - 5343477
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343271 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataagtcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 5343370  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5343371 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaaagtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaac 5343470  T
Q  232 aaacacc 238  Q
    |||||||    
T  5343471 aaacacc 5343477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 33330741 - 33330532
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330741 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaattagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33330642  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaa 230  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| |||    
T  33330641 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaa 33330542  T
Q  231 caaacaccaa 240  Q
    ||||||||||    
T  33330541 caaacaccaa 33330532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 34 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 33336237 - 33336029
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33336237 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 33336138  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatag-caaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| ||||    
T  33336137 tccaaactaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagtaaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaac 33336038  T
Q  232 aaacaccaa 240  Q
    |||||||||    
T  33336037 aaacaccaa 33336029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 59 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28155837 - 28155676
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  28155837 aaccttcacaccaatgc-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagc 28155740  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 220  Q
    ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  28155739 ctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 28155676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 32 - 221
Target Start/End: Original strand, 6438292 - 6438480
Alignment:
Q  32 tttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 131  Q
    |||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | |||||    
T  6438292 tttgttgtgattccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatgg 6438389  T
Q  132 cctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
    | ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  6438390 cttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 6438480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 33 - 192
Target Start/End: Original strand, 11856764 - 11856921
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  11856764 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 11856861  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  11856862 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 11856921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 14737843 - 14737718
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14737843 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 14737746  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  14737745 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 14737718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Original strand, 28184320 - 28184448
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa--tggcctccaagcaaacaacaacaaaaca 156  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28184320 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaca 28184418  T
Q  157 gcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  28184419 gccctagactagtgtatagcaaaaccacac 28184448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 59 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14742702 - 14742571
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  14742702 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcatacaacaacaaaacagc 14742605  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14742604 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 14742571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22010960 - 22010832
Alignment:
Q  62 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 161  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  22010960 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 22010863  T
Q  162 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  22010862 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22010832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 30126044 - 30125940
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  30126044 gatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgag-ccaaatggtctccaagctaactacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 30125946  T
Q  187 taagag 192  Q
     |||||    
T  30125945 aaagag 30125940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Original strand, 2785167 - 2785371
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2785167 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 2785266  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 233  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  2785267 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaacaa 2785366  T
Q  234 acacc 238  Q
    |||||    
T  2785367 acacc 2785371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 31 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31402146 - 31401939
Alignment:
Q  31 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31402146 ttttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 31402047  T
Q  131 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaa 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31402046 gcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaa 31401947  T
Q  231 caaacacc 238  Q
    ||||||||    
T  31401946 caaacacc 31401939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31397287 - 31397082
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31397287 ttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 31397188  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  31397187 ctccaagctaacaacaacaaaacatcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacaaaca 31397088  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  31397087 aacacc 31397082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Original strand, 33791107 - 33791312
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33791107 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33791206  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  33791207 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 33791306  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  33791307 aacacc 33791312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 33 - 238
Target Start/End: Original strand, 33767970 - 33768175
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33767970 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgac 33768069  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||    
T  33768070 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatacaggataaacgataaaaggaaaagaaca 33768169  T
Q  233 aacacc 238  Q
    ||||||    
T  33768170 aacacc 33768175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 34 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 37561740 - 37561551
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37561740 tgttgtgaatccggttcaactaatcaaaccttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggc 37561641  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  37561640 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 37561551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 33 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 37556919 - 37556729
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaac-cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  37556919 ttgttgtgaatccggttcaactaatcaaatcttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatgg 37556820  T
Q  132 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  37556819 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 37556729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28807868 - 28807678
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  28807868 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 28807770  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagc--aaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  28807769 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaaaccactcaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 28807678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 1457423 - 1457290
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  1457423 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 1457326  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1457325 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 1457290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 27444793 - 27444926
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27444793 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27444890  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27444891 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27444926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 27449637 - 27449770
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27449637 tcacaccaatga-aataaac-aatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27449734  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27449735 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27449770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 199
Target Start/End: Original strand, 43592120 - 43592235
Alignment:
Q  84 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 183  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||    
T  43592120 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaacca 43592219  T
Q  184 cactaagagctaacaa 199  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  43592220 cacaaagagataacaa 43592235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 43598547 - 43598680
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43598547 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43598644  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43598645 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43598680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 43604039 - 43604172
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43604039 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43604136  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43604137 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43604172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 43609531 - 43609664
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43609531 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43609628  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43609629 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Original strand, 15044507 - 15044630
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  15044507 aaccttcacaccaatga-aata---caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaaccaacaacaacaaaacagc 15044602  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  15044603 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 15044630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 185
Target Start/End: Original strand, 30631249 - 30631349
Alignment:
Q  84 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 183  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||    
T  30631249 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaagc-aacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaatca 30631347  T
Q  184 ca 185  Q
    ||    
T  30631348 ca 30631349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 185
Target Start/End: Original strand, 24135742 - 24135794
Alignment:
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccaca 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| ||||| ||||||    
T  24135742 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccaca 24135794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 34 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2544 - 2340
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2544 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcc 2445  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 233  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2444 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaacaa 2345  T
Q  234 acacc 238  Q
    |||||    
T  2344 acacc 2340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Original strand, 10207724 - 10207932
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207724 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 10207823  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| ||||    
T  10207824 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaac 10207923  T
Q  232 aaacaccaa 240  Q
    |||||||||    
T  10207924 aaacaccaa 10207932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2677386 - 2677174
Alignment:
Q  30 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2677386 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaa 2677287  T
Q  129 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaac 227  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||     
T  2677286 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaa 2677187  T
Q  228 gaacaaacaccaa 240  Q
    |||||||||||||    
T  2677186 gaacaaacaccaa 2677174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2673230 - 2673018
Alignment:
Q  30 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  2673230 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaa 2673131  T
Q  129 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaac 227  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||     
T  2673130 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaa 2673031  T
Q  228 gaacaaacaccaa 240  Q
    |||||||||||||    
T  2673030 gaacaaacaccaa 2673018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 8516886 - 8517088
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8516886 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggc 8516985  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagat-aaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  8516986 ttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatacaagataaaacgataaacgaaaacgaac 8517085  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  8517086 aaa 8517088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 8512007 - 8512208
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  8512007 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggct 8512106  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagat-aaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8512107 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatacaagataaaacgataaacgaaaacgaaca 8512206  T
Q  233 aa 234  Q
    ||    
T  8512207 aa 8512208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 32475276 - 32475476
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32475276 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 32475375  T
Q  134 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32475376 tccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaaca 32475474  T
Q  233 aa 234  Q
    ||    
T  32475475 aa 32475476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 32480132 - 32480334
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa-ccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32480132 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatgg 32480231  T
Q  132 cctccaagcaaa-caacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaa 230  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32480232 cctccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaa 32480330  T
Q  231 caaa 234  Q
    ||||    
T  32480331 caaa 32480334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 92 - 238
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968103
Alignment:
Q  92 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaaga 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaaga 24968056  T
Q  192 gctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaaacacc 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24968057 gctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaacaaacacc 24968103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 220
Target Start/End: Original strand, 18656224 - 18656410
Alignment:
Q  30 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 129  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  18656224 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 18656318  T
Q  130 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcatacaagataaacgataaa 220  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  18656319 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagaaaaaccacacaaagagctaacaaagcaaacaagataaacggtaaa 18656410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 62 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22173458 - 22173330
Alignment:
Q  62 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 161  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  22173458 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccct 22173361  T
Q  162 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22173360 agactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22173330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 2671836 - 2671725
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| || ||||||||||    
T  2671836 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagc-caaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaaccacac 2671738  T
Q  187 taagagctaacaa 199  Q
     ||||| ||||||    
T  2671737 aaagagataacaa 2671725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Original strand, 7167092 - 7167201
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacact 187  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||||||||     
T  7167092 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacaca 7167189  T
Q  188 aagagctaacaa 199  Q
    ||||| ||||||    
T  7167190 aagagataacaa 7167201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 28504108 - 28503995
Alignment:
Q  84 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 183  Q
    ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||    
T  28504108 caatgatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagcccttgactagtgtatagcaaaacca 28504011  T
Q  184 cactaagagctaacaa 199  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  28504010 cacaaagagataacaa 28503995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 8739314 - 8739249
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 154  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  8739314 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 8739249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9091552 - 9091487
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 154  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  9091552 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 9091487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 31 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 182261 - 182058
Alignment:
Q  31 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  182261 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatg 182162  T
Q  131 gcctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacga 229  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  182161 gcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacga 182063  T
Q  230 acaaa 234  Q
    |||||    
T  182062 acaaa 182058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 16879863 - 16880064
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16879863 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16879962  T
Q  133 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16879963 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 16880061  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  16880062 aaa 16880064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 16884719 - 16884920
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16884719 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16884818  T
Q  133 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16884819 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 16884917  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  16884918 aaa 16884920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 24261618 - 24261417
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24261618 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 24261519  T
Q  133 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24261518 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 24261420  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  24261419 aaa 24261417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 24266496 - 24266296
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24266496 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 24266397  T
Q  134 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24266396 tccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaaca 24266298  T
Q  233 aa 234  Q
    ||    
T  24266297 aa 24266296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21812532 - 21812339
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21812532 tgttgtgaatccgattcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 21812434  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaacaaaa 226  Q
     ||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||    
T  21812433 ttccaagctaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagttaacaagcataaacaagataaacggtaaaagaaaa 21812339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Original strand, 19992104 - 19992292
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatg-aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  19992104 tgttgtgaatccggttcaactaatggaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 19992202  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
     |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  19992203 ttccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 19992292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 59 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24024594 - 24024451
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24024594 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 24024497  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 204  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24024496 ctatgactagtatatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 24024451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 192
Target Start/End: Original strand, 12396730 - 12396861
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12396730 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12396827  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12396828 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12396861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 192
Target Start/End: Original strand, 12406150 - 12406281
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12406150 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12406247  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12406248 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12406281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 31109849 - 31109725
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 157  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  31109849 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 31109752  T
Q  158 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  31109751 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 31109725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 180
Target Start/End: Original strand, 4866548 - 4866667
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  4866548 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagt 4866645  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaa 180  Q
    |  || ||| ||||||||||||    
T  4866646 cctagactagtgtatagcaaaa 4866667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 88 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 20357797 - 20357672
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  20357797 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagctaacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 20357699  T
Q  187 taagagctaac-aagcatacaagataa 212  Q
     ||||| |||| ||||| |||||||||    
T  20357698 aaagagataacaaagcaaacaagataa 20357672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 154
Target Start/End: Original strand, 2057806 - 2057871
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 154  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2057806 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaacaaaa 2057871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 31 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 43988762 - 43988580
Alignment:
Q  31 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43988762 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacgccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatg 43988663  T
Q  131 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaa 213  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43988662 gcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcacaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaa 43988580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 30 - 221
Target Start/End: Original strand, 39445288 - 39445479
Alignment:
Q  30 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 129  Q
    |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||    
T  39445288 tttttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaat 39445386  T
Q  130 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  39445387 ggcttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 39445479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 25445382 - 25445195
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  25445382 tgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 25445284  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagc--atacaagataaacgataaaa 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| |||||    
T  25445283 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcgtaaacaagataaacggtaaaa 25445195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 59 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 44024140 - 44023997
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 157  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  44024140 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 44024043  T
Q  158 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 204  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44024042 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 44023997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1055304 - 1055117
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||| |     
T  1055304 tgttgtgaatccggttctacaatcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtct 1055206  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
    |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  1055205 tccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 1055117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 144
Target Start/End: Original strand, 41386566 - 41386650
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  41386566 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 41386650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 152
Target Start/End: Original strand, 41398055 - 41398147
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaa 152  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  41398055 aaccttcacaccaatga-aataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctccaagcaaacaacaacaa 41398147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 33 - 234
Target Start/End: Original strand, 19349069 - 19349270
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 131  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  19349069 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatgg 19349167  T
Q  132 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 231  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  19349168 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaac 19349267  T
Q  232 aaa 234  Q
    |||    
T  19349268 aaa 19349270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 19344212 - 19344412
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  19344212 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 19344310  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  19344311 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 19344410  T
Q  233 aa 234  Q
    ||    
T  19344411 aa 19344412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 186
Target Start/End: Original strand, 32246577 - 32246728
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  32246577 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 32246675  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  32246676 tccaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaccacac 32246728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 39812255 - 39812129
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  39812255 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 39812157  T
Q  159 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39812156 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39812129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 44312887 - 44312759
Alignment:
Q  62 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 161  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  44312887 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 44312790  T
Q  162 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  44312789 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 44312759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 9296651 - 9296540
Alignment:
Q  88 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    ||||||||||||||  | ||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |||||||||||||    
T  9296651 gatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaaccacac 9296553  T
Q  187 taagagctaacaa 199  Q
     ||||| ||||||    
T  9296552 aaagagataacaa 9296540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 199
Target Start/End: Original strand, 14291380 - 14291446
Alignment:
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  14291380 tccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaaccacacaaagagataacaa 14291446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Original strand, 18855519 - 18855706
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  18855519 tgttgtgaatccggttctacaagcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 18855617  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  18855618 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 18855706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Original strand, 3813816 - 3813986
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| |    
T  3813816 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtc 3813914  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcata 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || ||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  3813915 tccaagcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatcgcaaaaaccacacaaagagctaacaagcata 3813986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 33 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9224699 - 9224542
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  9224699 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 9224602  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9224601 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9224542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 220
Target Start/End: Original strand, 5732454 - 5732640
Alignment:
Q  30 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 129  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  5732454 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 5732548  T
Q  130 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcatacaagataaacgataaa 220  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  5732549 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagtaaaaccacacaaagagctaacaaagcaaacaagataaacggtaaa 5732640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9229460 - 9229329
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9229460 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 9229363  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9229362 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9229329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 45348109 - 45347959
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45348109 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45348012  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45348011 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45347959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 45357588 - 45357438
Alignment:
Q  34 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 133  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45357588 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45357491  T
Q  134 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 186  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45357490 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45357438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 56146974 - 56146840
Alignment:
Q  63 ttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaa 162  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  56146974 ttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagcccta 56146877  T
Q  163 gtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
    | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  56146876 gactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 56146840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 199
Target Start/End: Original strand, 51520280 - 51520413
Alignment:
Q  64 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 163  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  51520280 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 51520377  T
Q  164 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 199  Q
     ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  51520378 actagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaa 51520413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 221
Target Start/End: Original strand, 154 - 342
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 132  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||    
T  154 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggc 252  T
Q  133 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 221  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  253 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 59 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 9907 - 9764
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 157  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  9907 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctccaaccaaacaacaacaaaacagc 9809  T
Q  158 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 204  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9808 cctaag-ctagtatatagcaaaaccacac-aagagctaacaagcata 9764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 59 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 148 - 13
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  148 aaccttcacaccaatta-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctccaagtaaacaacaacaaaacagc 56  T
Q  159 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 204  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  55 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac---gagctaacaagcata 13  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 35328 - 35197
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35328 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 35231  T
Q  159 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 192  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35230 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 35197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 34216 - 34132
Alignment:
Q  59 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  34216 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 34132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0777 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0777
Description:

Target: scaffold0777; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 82
Target Start/End: Original strand, 6292 - 6341
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 82  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6292 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 6341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 122
Target Start/End: Original strand, 13140 - 13228
Alignment:
Q  33 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgag 122  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13140 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgag 13228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University