View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15320_low_1 (Length: 623)

Name: NF15320_low_1
Description: NF15320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15320_low_1
NF15320_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-607)||(33344681-33345279)
chr7 (9-603)||(33333061-33333659)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 607
Target Start/End: Original strand, 33344681 - 33345279
Alignment:
Q  9 tcatcaaacaacttcttcaaggcatctatatggaaaggttgcaaacaaacacttacaacaaaaccatcaccattagcttcatcaagaatataagccttac 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344681 tcataaaacaacttcttcaaggcatctatatggaaaggttgcaaacaaacacttacaacaaaaccatcaccattagcttcatcaagaatataagccttac 33344780  T
Q  109 caataccatcggaattaacaataccaggaaccatacaatcaggtttcccccacccaaaatcggactcattaaacggaaaattagtccaaccaacaacata 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344781 caataccatcggaattaacaataccaggaaccatacaatcaggtttcccccacccaaaatcggactcattaaacggaaaattagtccaaccaacaacata 33344880  T
Q  209 caaattcgggtcaccaccaaattgtccatttcttttagcaaaattataaaacttgtcccttaacaaattcatatcgttctgatttgctacataatcaaga 308  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33344881 caaattcggttcaccaccaaattgtccatttcttttagcaaaattataaaacttgtcccttaacaaattcatatctttctgatttgctacataatcaaga 33344980  T
Q  309 actgatcttacatactcatcattcacctttttaacagcttccctcactttcccaaccacagaacaaaaaggcttgttcacaacatcatcaaatgaacaag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33344981 actgatcttacatactcatcattcacctttttaacagcttccctcactttcccaaccacagaacaaaaaggcttgttcacaacatcatcaaatgaacaag 33345080  T
Q  409 tttgtgtcactgtaggaaaagttgcattcccaaaataattcttaggcaaaagtggattcaacctatttctacaattaaccaaagttgttaaccttgttgg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33345081 tttgtgtcactgtaggaaaagttgcattcccaaaataattcataggcaaaggtggattcaacctatttctacaattaaccaaagttgttaaccttgttgg 33345180  T
Q  509 ttggttccaatttccttcaaaacgcactttactaacacacctccataagtaaccactaataacctcaaaactagtataacctcgtaccttgttttcatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33345181 ttggttccaatttccttcaaaacgcactttactaacacacctccataagtaaccactaataacctcaaaactagtataacctcgtaccttgttttcatt 33345279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 603
Target Start/End: Original strand, 33333061 - 33333659
Alignment:
Q  9 tcatcaaacaacttcttcaaggcatctatatggaaaggttgcaaacaaacacttacaacaaaaccatcaccattagcttcatcaagaatataagccttac 108  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||||||    
T  33333061 tcataaaacaacttcttcaaagcatcaatatgaaaaggttgcaaacaaacacttataacaaaaccatcaccattaccttcatcaataacaaaagccttac 33333160  T
Q  109 caataccatcggaattaacaataccaggaaccatacaatcaggtttcccccacccaaaatcggactcattaaacggaaaattagtccaaccaacaacata 208  Q
    |||||| ||| ||||||||||  || ||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||  | ||||| ||| |||||||||||||||| |  |||  |    
T  33333161 caatactatcagaattaacaaacccgggagccaaacaatcaggtttcccccatccataataagtctcataaaaaggaaaattagtccaactataaacgca 33333260  T
Q  209 caaattcgggtcaccaccaaattgtccatttcttttagcaaaattataaaacttgtcccttaacaaattcatatcgttctgatttgctacataatcaaga 308  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  33333261 aaaattcgggtcaccaccaaattgtccatttcttctagcgaagttgtaaaacttgtcccttaaccaattcatatccttctgattttcaacataatcaaga 33333360  T
Q  309 actgatcttacatactcatcattcacctttttaacagcttccctcactttcccaaccacagaacaaaaaggcttgttcacaacatcatcaaatgaacaag 408  Q
    || ||||||||||| ||||  |||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33333361 acagatcttacatattcattgttcaccttctcaattgcttccctcactttcccaaccacataacataatggcttgttcacaacatcatcaaatgaacaat 33333460  T
Q  409 tttgtgtcac----tgtaggaaaagttgcattcccaaaataattcttaggcaaaagtggattcaacctatttctacaattaaccaaagttgttaaccttg 504  Q
    ||||||||||     |||||||| |||||||  |||||||| ||||| || | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333461 tttgtgtcaccgtacgtaggaaatgttgcatatccaaaatagttcttgggaagaggtggattcaacctgtttctacaattaaccaaagttgttaaccttg 33333560  T
Q  505 ttggttggttccaatttccttcaaaacgcactttactaacacacctccataagtaaccactaataacctcaaaactagtataacctcgtaccttgtttt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33333561 ttggttggttccaatttccttcaacacgcactttacaaacacacctccatatgtaaccactaataacctcaaaactagtattacctcgtaccttgtttt 33333659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University