View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15320_low_7 (Length: 431)

Name: NF15320_low_7
Description: NF15320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15320_low_7
NF15320_low_7
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-431)||(8593314-8593730)
chr7 (1-431)||(29871168-29871598)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-431)||(19968487-19968917)
chr8 (1-431)||(21023892-21024322)
chr8 (1-152)||(6367471-6367622)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-431)||(20782711-20783141)
chr1 (1-431)||(29472731-29473161)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-431)||(26054347-26054777)
chr6 (1-431)||(26074400-26074830)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 8593314 - 8593730
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  8593314 gaggtatgttaagggaaccttaaattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattggg----------- 8593402  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnn-caa-atattgttgcacaatcaacagc 198  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||| |||| |||||||||||||||||    
T  8593403 ----acatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttaaaaaaaaaacaagatatggttgcacaatcaacagc 8593498  T
Q  199 tgaagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgag 298  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8593499 tgaagcagagttc-ttgcagccacaacagctgttaatcaggcattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagagcaaagggaaactactgag 8593597  T
Q  299 gtaatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatg 398  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8593598 gtaatggtggacaaccatgcaaccattgccatctccaaaaatcatgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccgagatg 8593697  T
Q  399 tccaaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8593698 tccaaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 8593730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 29871168 - 29871598
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  29871168 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 29871267  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  29871268 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 29871367  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  29871368 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttacatttagagcaaaaggaaactactgaggt 29871467  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||    
T  29871468 aatggtggacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtctttcttggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtc 29871567  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29871568 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 29871598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 19968487 - 19968917
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  19968487 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactccgatagtgattgggcaggatcttta 19968586  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  19968587 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 19968686  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  19968687 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttacatttagagcaaaaggaaactactgaggt 19968786  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||    
T  19968787 aatggtggacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtctttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtc 19968886  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19968887 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 19968917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 21024322 - 21023892
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  21024322 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 21024223  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  21024222 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 21024123  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  21024122 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttacatttagagcaaaaggaaactactgaggt 21024023  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||    
T  21024022 aatggtggacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtctttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtc 21023923  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21023922 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 21023892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 6367622 - 6367471
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  6367622 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctatcgatggaaaattttcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggtacgatcttta 6367523  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatat 152  Q
    |||||||| |||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6367522 gatgacataaaaaacagtttagactactgttttagttctggaacagggatat 6367471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 20783141 - 20782711
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  20783141 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 20783042  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  20783041 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 20782942  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  20782941 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttacatttagagcaaaaggaaactactgaggt 20782842  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||    
T  20782841 aatggtggacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtctttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtc 20782742  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20782741 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 20782711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 29472731 - 29473161
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  29472731 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 29472830  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  29472831 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 29472930  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  29472931 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttacatttagagcaaaaggaaactactgaggt 29473030  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||    
T  29473031 aatggtggacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtctttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtc 29473130  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29473131 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 29473161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 26054347 - 26054777
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  26054347 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 26054446  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  26054447 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggacagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 26054546  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  26054547 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagagcaaaaggaaactactgaggt 26054646  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||     
T  26054647 aatggtgaacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtttttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtt 26054746  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26054747 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 26054777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 26074400 - 26074830
Alignment:
Q  1 gaggtatgttaagggaaccttatattttggcattaagttatgtcgatcggaaaatttcaagttacgaggttactcagatagtgattgggtcggatcttta 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  26074400 gaggtatgtcaagggaaccttaaattatggcattaagttctgtcgatcggaaaaattcaagttgcaaggttactctgatagtgattgggcaggatcttta 26074499  T
Q  101 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttatggaacagggatattctcgtggagttnnnnnnnnncaaatattgttgcacaatcaacagctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||          | | ||||||||||||||||||||||    
T  26074500 gatgacatgaaaagcacttcaggctactgttttagttctgggatagggatattctcttggagttcaaaaaaacaagaaattgttgcacaatcaacagctg 26074599  T
Q  201 aagcagagttcattgcagccacaaaagctgttaatcagccattgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagaacaaagggaaactactgaggt 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  26074600 aagcagagtttattgcagccacagcagctgttaatcaggccttgtggctaagaaaagttctaactgatttgcacttagagcaaaaggaaactactgaggt 26074699  T
Q  301 aatggtggacaaccaagcaaccattgccatctccaaaaatcacgtctttcatggtaaaacaaagcattttagcatcaaattatttttcctccaagatgtc 400  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||     
T  26074700 aatggtgaacaaccaggcagccattgccatctccaaaaatcctgtttttcatggtaaaacaaagcattttagtattaaattatttttcctcagagatgtt 26074799  T
Q  401 caaaaggatggggatgtgtgtttgaagtact 431  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26074800 caaaaggatggtgatgtgtgtttgaagtact 26074830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University