View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15322_low_2 (Length: 620)

Name: NF15322_low_2
Description: NF15322
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15322_low_2
NF15322_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-612)||(34642187-34642797)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 612
Target Start/End: Original strand, 34642187 - 34642797
Alignment:
Q  1 ttacataatgaaaaggagataaaatagatgaagtgtttgcgcttctgattcttaaagtccaataacatgttagccaagaatactcaattttgatacattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34642187 ttacataatgaaaaggagataaaatagatgaagtgtttgcgcttctgattcttaaagtccaataac--gttagccaagaatactcaatttagatacattt 34642284  T
Q  101 ttcagatgatattcatgtttggttggttgtaaatatttattgtttgctaaatgtgagtctcgtaacatttaagggaaatatgattacacagctagctatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34642285 ttcagatgatattcatgtttgggcggttgtaaatatttattgtttgctaaatgtgagtctcgtaacatttaagggaaatatgattacacagctagctatt 34642384  T
Q  201 ctacttagataagtttgtcaagaattagtttatgaatgatataagtattagaaccaatgttttaaaaaatagagcggatattatacggcgaaccaaacaa 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34642385 atacttagataagtttgtcaagaattagtttatgaatgatataagtattagaagcaatgttttaaaaaatagagcggatactatacggcgaaccaaacaa 34642484  T
Q  301 atctgttaaatcgtaatccaaatcgttcaatc-tagtttgatgtgattcatcctgacaagttctcaattcaacgggtcgaaccaactatggtatcaaatt 399  Q
    | |||||||| |||||| |||| | ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  34642485 acctgttaaaccgtaattcaaaccattcaaccctaatttgatgtgattcaccctgacaagttcacgattcaacggatcaaaccaactatgatatcaaatt 34642584  T
Q  400 ttccaatgacggtttattacttgacccattttcacattgcattctactcccatcaacaaatctcacctaaaagctaaaatgagaataaagcttggtctta 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34642585 ttccaatgacggtttattacttgacccattttcacattacattctactcccatcaacacatctcacctaaaagctaaaatgagaataaagctttgtctta 34642684  T
Q  500 aacatatatatagatagacacttgttcaagaaatcagaaatggaaggaagaccaatgttgcaattcttgagcctaaaaacaattaaaacgtttaatgata 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34642685 aacatatatatagatagacacttgttcaagaaatcaaaaatggaaggaagaccaatgttgcaattcttgagcctaaaaacaattaaaacgtttaatgata 34642784  T
Q  600 tgtggcctatgct 612  Q
    |||||||||||||    
T  34642785 tgtggcctatgct 34642797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University