View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15325_high_1 (Length: 1062)
Name: NF15325_high_1
Description: NF15325
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15325_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9648380 - 9647824
Alignment:
| Q |
1 |
aagtgtattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccatagcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaat |
100 |
Q |
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| T |
9648380 |
aagtgtattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccattgcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaat |
9648281 |
T |
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| Q |
101 |
tgaagtcccattgccccattctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatgaaaaagaagcgatccaa |
200 |
Q |
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| T |
9648280 |
tgaagtcccattgccccattctcaacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatgaaaaagaagcgatccaa |
9648181 |
T |
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| Q |
201 |
aaacccttaattgataaaaatcttgcaatagataactgtaagtcctgatttttattttctatttagtttctcaatcatgcaaaatcacgttgaaggcatg |
300 |
Q |
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| T |
9648180 |
aaacccttaattgataaaaatcttgcaatagataactgtaagtcctgatttttattttctatttagtttctcaatcatgcaaaatcacgttgaaggcatg |
9648081 |
T |
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| Q |
301 |
tcgcctgatgttggacatgtatcggtgtcgggcacatgttagtgtccgacaccatcgcggtaaagaaaaacacacgcggttacattaaattacacaattt |
400 |
Q |
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| T |
9648080 |
tcgcctgatgttggacatgtatcggtgttgggcacatgtcagtgtccgacaccatcgcggtaaaaaaaaacacacgcggttacattaaattaaacaattt |
9647981 |
T |
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| Q |
401 |
tctaaaattgtatttgtgttgacgtactagtgtcgtgttcagtgtttgtgtcggtgcaaattataacatttattgctctacatatgcaattaatgttcct |
500 |
Q |
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| T |
9647980 |
tctaaaattgtatttgtgttgacgtactagtgtcgtgttcagtgtttgtgtcggtgcaaattataacatttattgctctacatatgcaattaatgttcct |
9647881 |
T |
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| Q |
501 |
ttagttacactaatttattgttattatatatagtttctttttagttatttccttcta |
557 |
Q |
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| T |
9647880 |
ttagttacactaatttattgttattatatatagtttcgttttagttatttccctcta |
9647824 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 9654397 - 9653841
Alignment:
| Q |
1 |
aagtgtattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccatagcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaat |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9654397 |
aagtgtattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccattgcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaat |
9654298 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaagtcccattgccccattctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatgaaaaagaagcgatccaa |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9654297 |
tgaagtcccattgccccattctcaacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatgaaaaagaagcgatccaa |
9654198 |
T |
|
| Q |
201 |
aaacccttaattgataaaaatcttgcaatagataactgtaagtcctgatttttattttctatttagtttctcaatcatgcaaaatcacgttgaaggcatg |
300 |
Q |
| |
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|
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| T |
9654197 |
aaacccttaattgataaaaatcttgcaatagataactgtaagtcctgatttttattttctatttagtttctcaatcatgcaaaatcacgttgaaggcatg |
9654098 |
T |
|
| Q |
301 |
tcgcctgatgttggacatgtatcggtgtcgggcacatgttagtgtccgacaccatcgcggtaaagaaaaacacacgcggttacattaaattacacaattt |
400 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9654097 |
tcgcctgatgttggacatgtatcggtgttgggcacatgtcagtgtccgacaccatcgcggtaaaaaaaaacacacgcggttacattaaattaaacaattt |
9653998 |
T |
|
| Q |
401 |
tctaaaattgtatttgtgttgacgtactagtgtcgtgttcagtgtttgtgtcggtgcaaattataacatttattgctctacatatgcaattaatgttcct |
500 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9653997 |
tctaaaattgtatttgtgttgacgtactagtgtcgtgttcagtgtttgtgtcggtgcaaattataacatttattgctctacatatgcaattaatgttcct |
9653898 |
T |
|
| Q |
501 |
ttagttacactaatttattgttattatatatagtttctttttagttatttccttcta |
557 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
9653897 |
ttagttacactaatttattgttattatatatagtttcgttttagttatttccctcta |
9653841 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 605 - 1055
Target Start/End: Complemental strand, 9647822 - 9647371
Alignment:
| Q |
605 |
tttatggatgcagatgtacatagtggtaataggagaaaaattgttggctgtgttatagcattcatatgcttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
704 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9647822 |
tttatggatgcagatgtacataatgttaataggagaacaattgtgggctgtgttgtagcagtcatatgtttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
9647723 |
T |
|
| Q |
705 |
cttctacatttcttctcaggttagtttagagagtagcatctacattatatactttattaatgttgcataccatttaagtatttctagaagaataactaaa |
804 |
Q |
| |
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|
| T |
9647722 |
cttctacatatcttctgaggttagtttagagggtagcatttacattatatactttattaatgttgcataccatttaagtatttctagaagaataactaaa |
9647623 |
T |
|
| Q |
805 |
atcacattttatgttttgttattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtat |
904 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9647622 |
atcacattttatgttttgttattttcagttatgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtat |
9647523 |
T |
|
| Q |
905 |
agatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatggtttacattt-tttatggtaatattttatgcaaccaatgtgagttaatgtcatg |
1003 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9647522 |
agatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatggtttacatttatttatggtaatattttatgcaaccaatgtgagttaatgtcatg |
9647423 |
T |
|
| Q |
1004 |
tttctatgcaatttgttttcaggtttcacatgtccatgggtgcctttgcttc |
1055 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9647422 |
tttctatgcaatttgttttcaggtttcacatgtccatgggtgcctttgcttc |
9647371 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 605 - 1055
Target Start/End: Complemental strand, 9653839 - 9653388
Alignment:
| Q |
605 |
tttatggatgcagatgtacatagtggtaataggagaaaaattgttggctgtgttatagcattcatatgcttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
704 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9653839 |
tttatggatgcagatgtacataatgttaataggagaacaattgtgggctgtgttgtagcagtcatatgtttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
9653740 |
T |
|
| Q |
705 |
cttctacatttcttctcaggttagtttagagagtagcatctacattatatactttattaatgttgcataccatttaagtatttctagaagaataactaaa |
804 |
Q |
| |
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||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9653739 |
cttctacatatcttctgaggttagtttagagggtagcatttacattatatactttattaatgttgcataccatttaagtatttctagaagaataactaaa |
9653640 |
T |
|
| Q |
805 |
atcacattttatgttttgttattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtat |
904 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9653639 |
atcacattttatgttttgttattttcagttatgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtat |
9653540 |
T |
|
| Q |
905 |
agatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatggtttacattt-tttatggtaatattttatgcaaccaatgtgagttaatgtcatg |
1003 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9653539 |
agatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatggtttacatttatttatggtaatattttatgcaaccaatgtgagttaatgtcatg |
9653440 |
T |
|
| Q |
1004 |
tttctatgcaatttgttttcaggtttcacatgtccatgggtgcctttgcttc |
1055 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9653439 |
tttctatgcaatttgttttcaggtttcacatgtccatgggtgcctttgcttc |
9653388 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 628 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 9613296 - 9612952
Alignment:
| Q |
628 |
tggtaataggagaaaaattgttggctgtgttatagcattcatatgcttaggtgtatttgtccttacatttgcagcttcttctacatttcttctcaggtta |
727 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
9613296 |
tggtaataggaaaaaaatagttggctgtgtaatagcatccatatgtttaggtgtatttgtccttacatttgcagcttgttctgcatatcttctcaggtta |
9613197 |
T |
|
| Q |
728 |
gtttagagagtagcatctacattatatactttat--taatgttgcataccatttaagtatttctagaagaa-taactaaaatcacattttatgttttgtt |
824 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9613196 |
gtttagagggtagcatttagattatacactttataataatgttgcatgctatttaaatatttctaaaaaaaatcactaaaatcacattttatgttttgtt |
9613097 |
T |
|
| Q |
825 |
attttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtatagatcaagatgatgcaagac |
924 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
9613096 |
attttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtggcattcttcttttatctggctttgtcttcctaacatgtatagatcaagatgatgaaagac |
9612997 |
T |
|
| Q |
925 |
acaactttggaaacactggaggtatggtttacattttttatggta |
969 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9612996 |
acaactttggaagcactggaggtatgatttacattttttatggta |
9612952 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 605 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 9638770 - 9638401
Alignment:
| Q |
605 |
tttatggatgcagatgtacatagtggtaataggagaaaaattgttggctgtgttatagcattcatatgcttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
704 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9638770 |
tttatggatgcagatgtacataatggtaataggagagcaattgttggttgtgtaatagcatccatatgtttaggtgtatttgtccttacatttgcagctt |
9638671 |
T |
|
| Q |
705 |
cttctacatttcttctcaggttagtttag--agagt---agcatctacattatatactttattaatgttgcataccatttaagtatttctagaagaat-a |
798 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| || | | | |
|
|
| T |
9638670 |
cttctacatatcttcccaggttagtttaattagaggttaagcagctacattatatacttcattaatattgcatgtcatttaagtatttctaaaatattta |
9638571 |
T |
|
| Q |
799 |
actaaaatcacattttatgttttgttattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaac |
898 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
9638570 |
actaaaatcacattttatgttt-gttattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtggcattgttcttttgtctggctttgtcttcctaac |
9638472 |
T |
|
| Q |
899 |
atgtatagatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatggtttacattttttatggta |
969 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9638471 |
atgtatagatcaagatgatgaaagacacaactttggacactctggaggtatggtttacattttttatggta |
9638401 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 6 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9613851 - 9613675
Alignment:
| Q |
6 |
tattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccatagcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaattgaag |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
9613851 |
tattttgcttgtcttctacaggttagtgtaggcactcttattgcattcacaatatcagcaataactgtgttgatagtcagatatataccaccaattgaag |
9613752 |
T |
|
| Q |
106 |
tcccattgccccattctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaat |
182 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9613751 |
ttccattgccccattctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatagttggagccatttggagacaaat |
9613675 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 9628020 - 9627842
Alignment:
| Q |
6 |
tattttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccatagcagcaatatctgtgttgatagtaagatatatcccaccaattgaag |
105 |
Q |
| |
|
||||||| |||| || ||||||||||||| || |||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
9628020 |
tattttgtttgtattttacaggttagtgtaggcactcttattgcattcacagtatcagcaatatccgtgttgatagtaagatatatcccaccaattgatg |
9627921 |
T |
|
| Q |
106 |
tcccattgccccattctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatga |
184 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
9627920 |
tcccatttccccattcccgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggggacaaatga |
9627842 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 806 - 969
Target Start/End: Complemental strand, 9626560 - 9626396
Alignment:
| Q |
806 |
tcacattttatgttttgttattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtata |
905 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9626560 |
tcacattttatgtat-gttactatcagttctgttagatttgcattatgtggagttggtggcattgttcttttgtctggctttgtcttcctaacatgtata |
9626462 |
T |
|
| Q |
906 |
gatcaagatgatgcaagacacaactttggaaacactggaggtatg-gtttac-attttttatggta |
969 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
9626461 |
gatcaagataatgcaagacacagctttggacattctgaaggtatgtgtttacaattttttatggta |
9626396 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 9639336 - 9639254
Alignment:
| Q |
9 |
tttgcttgtcttctacaggttagtgttggtactcttcttgcattcaccatagcagcaatatctgtgttgatagtaagatatat |
91 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
9639336 |
tttgcttgtgttctacaggttagtgtaggcactcttcttgcattcacaatagcatcaatatctgtgttgatagtcagatatat |
9639254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 628 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 9627029 - 9626927
Alignment:
| Q |
628 |
tggtaataggagaaaaattgttggctgtgttatagcattcatatgcttaggtgtatttgtccttacatttgcagcttcttctacatttcttctcaggtta |
727 |
Q |
| |
|
|||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
9627029 |
tggtaaaaggaaaataattgttggctgtgtaatagcattcatatgcttaggtgtatttgttcttacatttgcactttcatctacaaatctattcaggtta |
9626930 |
T |
|
| Q |
728 |
gtt |
730 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
9626929 |
gtt |
9626927 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9639247 - 9639176
Alignment:
| Q |
119 |
ttctcgacaagaaccaattgattctgagtcaatggagtatggttggagccatttggagacaaatgaaaaaga |
190 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
|
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| T |
9639247 |
ttctctacaagaacctattgattcagagtcaatggagtgtggttggagccatttggtgacaaatgtaaaaga |
9639176 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 523 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 9638845 - 9638793
Alignment:
| Q |
523 |
attatatatagtttctttttagttatttccttctattatttgacataagttac |
575 |
Q |
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| T |
9638845 |
attatatgtaatttctttttaggtatttccttctattatttgacatatgttac |
9638793 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 824 - 950
Target Start/End: Original strand, 33645699 - 33645825
Alignment:
| Q |
824 |
tattttcagttctgttagatttacattatgtggagttggtagcattcttcttctgtctggcttagtcttcctaacatgtatagatcaagatgatgcaaga |
923 |
Q |
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| T |
33645699 |
tattatcagttctgttcgctttgcattgtgtggagttggaggcactcttcttgtttctgggttcgtcttcctaacctgtatggatcaagatgatgcaagg |
33645798 |
T |
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| Q |
924 |
cacaactttggaaacactggaggtatg |
950 |
Q |
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| T |
33645799 |
cacgactttggtcactctggaggtatg |
33645825 |
T |
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