View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1532_low_1_N (Length: 969)

Name: NF1532_low_1_N
Description: NF1532
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1532_low_1_N
NF1532_low_1_N
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-959)||(3922211-3923169)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (586-928)||(34958057-34958404)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 904; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 904; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 3923169 - 3922211
Alignment:
Q  1 tgagcaatatgtttgggaagtttatgagccattcacagtcattactatttgagtttttgataacaatcagttagatcctgaaagtagagccagaggtgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3923169 tgagcaatatgtttgggaagtttatgagccattcacagtcattactattggagtttttgataacaatcagttagatcctgaaagtagagccagaggtgca 3923070  T
Q  101 agagatactataatggctaagataaggattcgtctatcaacacttgaaaacggcaaagtgtatgcacattcttaccctcttataggtttacatccctctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3923069 agagatactataatggctaagataaggattcgtctatcaacacttgaaaacggcaaagtgtatgcacattcttaccctcttataggtttacatccctctg 3922970  T
Q  201 gtgtaactaagatgggtgaaatccatttggcagtgaagtttacttggacatctcagtctacatttacttttccatttgagtctatatttaataagtgtgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922969 gtgtaactaagatgggtgaaatccatttggcagtgaagtttacttggacatctcagtctacatttacttttccatttgagtctatatttaataagtgtgc 3922870  T
Q  301 attatacggcagacctttgtttcctgcagtacactacttcttaccattgtcgcctacacagtttgatactttaagaaatcaagcttttcgtattatatca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3922869 attatacggcagacctttgtttcctgcagtacactacttcttaccattgtcgcctacacagtttgatactttaagaaatcaagcttttcgcattatatca 3922770  T
Q  401 gtgagtttaagcgaggcggaaccagcacttagggaagaagttgtgtcttatatgcttgatatgagatcagatatgtggagtatgagaaaaggaatagcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922769 gtgagtttaagcgaggcggaaccggcacttagggaagaagttgtgtcttatatgcttgatatgagatcagatatgtggagtatgagaaaaggaatagcaa 3922670  T
Q  501 actataacaggatcatgagtcttattagttacnnnnnnnnnnnnnggaaatggttagaggacataaggcaatggaagaatccaattgaagcagtgctttt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922669 actataacaggatcatgagtcttattagttacttttttgctttttggaaatggttagaggacataaggcaatggaagaatccaattgaagcagtgctttt 3922570  T
Q  601 tcatattttttgcttatgtgtgcttttgtatccagagccaatgatacctttggtgagtttctatcttttcaagattggtttggataattataatttcaag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922569 tcatattttttgcttatgtgtgcttttgtatccagagccaatgatacctttggtgagtttctatcttttcaagattggtttggataattataatttcaag 3922470  T
Q  701 aagcatgagcatccttgtcacatagatgcaacattatctggtgctgatacaacaaattatgatgatttagaagaagaacttgatttctttccaactcaaa 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3922469 aagcatgagcatccttgtcacatagatgcaacattatctggtgctgatacaacaaattatgatgatttagaagaagaacttgttttctttccaactcaaa 3922370  T
Q  801 ttggaggtgaacatttgagaaggaggtatgataggttgagagtcattggtaggaatggacaaaaaagggttgatgaattggccaccattttagaaaagct 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922369 ttggaggtgaacatttgagaaggaggtatgataggttgagagtcattggtaggaatggacaaaaaagggttgatgaattggccaccattttagaaaagct 3922270  T
Q  901 acaatctctgatcagttggagggatccaagagctacatttatatttttggtgttctgtg 959  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3922269 acaatctctgatcagttggagggatccaagagctacatttatatttttggtgttctgtg 3922211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 586 - 928
Target Start/End: Original strand, 34958057 - 34958404
Alignment:
Q  586 tgaagcagtgctttttcatattttttgcttatgtgtgcttttgtatccagagccaatgatacctttggtgagtttctatcttttcaagattggtttggat 685  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958057 tgaaacagtgctttttcatattttttgcttatgtgtgcttttgtatccagagccaatgatacctttggtgagtttctatcttttcaagattggtttggat 34958156  T
Q  686 aattataatttcaagaagcatgagcatccttgtcacatagatgcaacatta-----tctggtgctgatacaacaaattatgatgatttagaagaagaact 780  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34958157 aattataatttcaaaaagcatgagcatccttgtcacatagatgcaacattatattatctggtgctgatacaacaaattctgatgatttagaagaagaact 34958256  T
Q  781 tgatttctttccaactcaaattggaggtgaacatttgagaaggaggtatgataggttgagagtcattggtaggaatggacaaaaaagggttgatgaattg 880  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||     
T  34958257 tgatttctttccaactcaaactggaggtgaagatttgagaaggaggtatgataggttgagagtcattggcaggaatgcacaaaaaagggttgatcaatta 34958356  T
Q  881 gccaccattttagaaaagctacaatctctgatcagttggagggatcca 928  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34958357 gctaccattttagaaaagctacaatttctgatcagttggagggatcca 34958404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University