View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1532_low_29 (Length: 461)

Name: NF1532_low_29
Description: NF1532
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1532_low_29
NF1532_low_29
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (44-438)||(2974346-2974740)
chr6 (72-452)||(2934966-2935349)
chr6 (46-453)||(2996703-2997110)
chr6 (44-439)||(2937799-2938194)
chr6 (44-414)||(2927499-2927869)
chr6 (80-453)||(2929684-2930059)
chr6 (44-397)||(3003174-3003523)
chr6 (69-444)||(2983230-2983605)
chr6 (44-439)||(2658311-2658724)
chr6 (44-397)||(2952272-2952624)
chr6 (69-453)||(2964873-2965280)
chr6 (349-453)||(2954726-2954829)
chr6 (74-342)||(2979257-2979524)
chr6 (394-445)||(2986421-2986472)
chr6 (70-116)||(2985693-2985739)
chr6 (240-285)||(2954676-2954721)
chr6 (406-438)||(2952657-2952689)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (44-452)||(34573-34981)
scaffold0024 (68-181)||(44533-44646)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (69-452)||(3339389-3339775)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (69-396)||(49618776-49619102)
chr3 (69-397)||(49613800-49614128)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 44 - 438
Target Start/End: Original strand, 2974346 - 2974740
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2974346 tcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttg 2974445  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||    
T  2974446 gagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaa 2974545  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2974546 tgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaattttt 2974645  T
Q  344 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 438  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974646 ctacttgttctcactataattcaaagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2974740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 72 - 452
Target Start/End: Original strand, 2934966 - 2935349
Alignment:
Q  72 tggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtt 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||   | |||||||| |||  |||||  || |||||||||||||||  ||||||    
T  2934966 tggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaacttgtt 2935065  T
Q  172 taatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataag 271  Q
    |||||||||| | |||||| ||  | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2935066 taatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataag 2935165  T
Q  272 ttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacag 371  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||    
T  2935166 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttacttcaatcag 2935265  T
Q  372 tttgttctgtcttgcaagtagt---acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattat 452  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2935266 tttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatttctattagtattat 2935349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 46 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 2997110 - 2996703
Alignment:
Q  46 atatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaa 145  Q
    ||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||| |    
T  2997110 atatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttgga 2997011  T
Q  146 gacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatg 245  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | | |||| || || ||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||||||    
T  2997010 gacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatg 2996911  T
Q  246 cttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttact 345  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  2996910 ctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtact 2996811  T
Q  346 gcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 445  Q
     |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996810 acttgttctcacttttattcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 2996711  T
Q  446 gtattatc 453  Q
    ||||||||    
T  2996710 gtattatc 2996703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 44 - 439
Target Start/End: Original strand, 2937799 - 2938194
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||| ||||||||  | |  |||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| |||  || |||||| ||||||||||||    
T  2937799 tcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttg 2937898  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||| || || ||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||    
T  2937899 gagacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaa 2937998  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 343  Q
    |||||  || || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2937999 tgctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatctta 2938098  T
Q  344 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 439  Q
    || ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2938099 ctacttattctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 2938194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 44 - 414
Target Start/End: Original strand, 2927499 - 2927869
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  |||||    
T  2927499 tcatatattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttg 2927598  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||  |  || ||  ||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||    
T  2927599 gagacggtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaa 2927698  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 343  Q
    ||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2927699 tgcttattgtaagaatccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatctta 2927798  T
Q  344 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttct 414  Q
    || |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927799 ctacttgttctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttct 2927869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 80 - 453
Target Start/End: Original strand, 2929684 - 2930059
Alignment:
Q  80 cttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtc 179  Q
    |||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||| ||||| | |||||||||||  | |||||||||||     
T  2929684 cttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtt 2929783  T
Q  180 ttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggc 279  Q
    || | ||| ||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  2929784 tttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttggcataggttgaaggc 2929883  T
Q  280 tgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttct 379  Q
    | |||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  2929884 tactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttttctcactttacttcaatcagtttgttct 2929983  T
Q  380 gtcttgcaagtagtacaagcctcctag--tgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattatc 453  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  2929984 gtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattattgttattcttattatc 2930059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 44 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 3003523 - 3003174
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||||| ||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  |||||    
T  3003523 tcatatattaccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttg 3003424  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||| ||  || ||  ||||||||||| |||||||||||  ||||| || ||||    
T  3003423 gagacagtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaa 3003324  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 343  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3003323 tgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatctta 3003224  T
Q  344 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 397  Q
    || |||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  3003223 ctccttgctctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 3003174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 444
Target Start/End: Original strand, 2983230 - 2983605
Alignment:
Q  69 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 168  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||   | |||||  |||| | ||||| |||| || | ||| ||||| ||||    
T  2983230 ttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggctatctt 2983329  T
Q  169 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 268  Q
    ||||||||||||| | |||||| || |||| | |||  |||||| |||||||   | ||| | |||  |  |  |||||| |||||  |||||| || ||    
T  2983330 gtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaat 2983429  T
Q  269 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 368  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2983430 aagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataattcaaa 2983529  T
Q  369 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatt 444  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2983530 cagtttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctagtcatttctttcattgttgagttcataattattgttatt 2983605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 44 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 2658724 - 2658311
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||||||||||||  |    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  || |||||| ||||||||||||    
T  2658724 tcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttg 2658625  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||| ||    ||| ||||| |||| |||||||| ||||||| ||  || || ||||    
T  2658624 gagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagacttaaa 2658525  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaag------------gctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccatt 331  Q
     | || ||||||||||||||||| |||||| |||            |   |||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| ||||||| ||    
T  2658524 agatttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttccttt 2658425  T
Q  332 gctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa------gcctcctagtgatttctttcattgttga 425  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      | ||||||||||||||||||||||||      
T  2658424 gctggaatcttactacttattctcactataattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctagtgatttctttcattgttcg 2658325  T
Q  426 gttcataattattg 439  Q
    ||||||||||||||    
T  2658324 gttcataattattg 2658311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 44 - 397
Target Start/End: Original strand, 2952272 - 2952624
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||| ||||||||  | |  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||  |||||    
T  2952272 tcatatattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttg 2952371  T
Q  144 aagacagt---gattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacat 240  Q
     ||| |||   ||||||||||||  |  |||||||||| || | |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||||| | ||    
T  2952372 gagaaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaat 2952471  T
Q  241 aaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatc 340  Q
    |||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2952472 aaatgcattttgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatc 2952571  T
Q  341 ttactgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 397  Q
     |||| |||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  2952572 gtactccttgctctcactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 2952624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 69 - 453
Target Start/End: Original strand, 2964873 - 2965280
Alignment:
Q  69 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||||||  |||    
T  2964873 ttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggagatagtgattctgtggctaactt 2964972  T
Q  169 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggc-- 266  Q
    |||||||||||||   ||| || || || ||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||| |  | ||||||| |||| ||||||||||||      
T  2964973 gtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgctttttgtgggaatccttggcgc 2965072  T
Q  267 ------at----------aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttg 350  Q
          ||          ||||||||| |  |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2965073 cagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaatcttactacttg 2965172  T
Q  351 ttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa---------gcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgct 441  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||         || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965173 ttctcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgct 2965268  T
Q  442 attagtattatc 453  Q
    ||||||||||||    
T  2965269 attagtattatc 2965280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 349 - 453
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954829
Alignment:
Q  349 tgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagta 448  Q
    |||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcaatgttgagttcat-attattgctattagta 2954824  T
Q  449 ttatc 453  Q
    |||||    
T  2954825 ttatc 2954829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 74 - 342
Target Start/End: Original strand, 2979257 - 2979524
Alignment:
Q  74 gattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtcttgttta 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||  |||   |||||||    
T  2979257 gattaccttataaataccggtacggatgtggatatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgttta 2979356  T
Q  174 atggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat----- 268  Q
    ||| |||| |  ||||| |         ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| || || ||| ||||||||||||         
T  2979357 atgatctttgcgaaaatgt---------taatatcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagtt 2979447  T
Q  269 -aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatac--tccttggcacactgctgcttccattgctggaatctt 342  Q
     || ||||||||| |||| |||| ||||  |||||||||  |||| |||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  2979448 gaacttgaaggcttctctcaggcatgatcgttgcaatacgatcctaggcaaattgctgcttccgttgctggaatctt 2979524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 394 - 445
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986472
Alignment:
Q  394 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatta 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2986421 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgttatta 2986472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 116
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985739
Alignment:
Q  70 tttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttc 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttc 2985739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Original strand, 2954676 - 2954721
Alignment:
Q  240 taaatgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctct 285  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2954676 taaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactct 2954721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 406 - 438
Target Start/End: Original strand, 2952657 - 2952689
Alignment:
Q  406 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952657 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2952689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 44 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 34981 - 34573
Alignment:
Q  44 tcatatattactgattatcatttaattttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttg 143  Q
    ||||||||||||||||||  | |  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||   | ||||||   |||| |||||    
T  34981 tcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttg 34882  T
Q  144 aagacagtgattctgtggctgtcttgtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaa 243  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | |||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34881 gagacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaa 34782  T
Q  244 tgcttattgtaggaatccttggcataagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatctta 343  Q
    ||| | |||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||    
T  34781 tgcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaatttta 34682  T
Q  344 ctgcttgttctcactataattcaaacagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctat 443  Q
    || |||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34681 ctacttgttctcactttgcttcaatcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctat 34582  T
Q  444 tagtattat 452  Q
    |||||||||    
T  34581 tagtattat 34573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 68 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 44646 - 44533
Alignment:
Q  68 attttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtct 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||   |    
T  44646 attttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatt 44547  T
Q  168 tgtttaatggtctt 181  Q
    ||||||||| ||||    
T  44546 tgtttaatgatctt 44533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 69 - 452
Target Start/End: Original strand, 3339389 - 3339775
Alignment:
Q  69 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 168  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||  | |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  3339389 ttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaatt 3339488  T
Q  169 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 268  Q
    ||||||||||||| | |||||| || |  ||| || | | |||||||||||| ||| |||  ||||| || |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  3339489 gtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcat 3339588  T
Q  269 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 368  Q
    | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || |||||     
T  3339589 aggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaat 3339688  T
Q  369 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagt---tcataattattgctattagtattat 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  3339689 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctagtgatttctttctttgttgagttcatcataattattgctcttagtattat 3339775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 69 - 396
Target Start/End: Original strand, 49618776 - 49619102
Alignment:
Q  69 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 168  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| |||    |||| | | |||  ||||| ||||||||||||||||||   |||    
T  49618776 ttttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaactt 49618875  T
Q  169 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 268  Q
    || |||||||||| | |||||| ||  | ||   ||| ||||||||||||||| | ||||    ||| || | | || || |||||  ||||||||||||    
T  49618876 gtataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcat 49618974  T
Q  269 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 368  Q
    ||  |||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || |||||     
T  49618975 aaactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaat 49619074  T
Q  369 cagtttgttctgtcttgcaagtagtaca 396  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  49619075 cagtttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 69 - 397
Target Start/End: Original strand, 49613800 - 49614128
Alignment:
Q  69 ttttggattaccttataaatactggtacggatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctgtctt 168  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||  || ||||||   ||||||||||  || |||||||||||||||  |||    
T  49613800 ttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggctaactt 49613899  T
Q  169 gtttaatggtcttggaaaaaatattctaaattataatatcagttctcatttctctattctatgcaaaaacataaatgcttattgtaggaatccttggcat 268  Q
    ||||||| ||||| | |||||| ||  | |||   || |||||||||| | ||||||||||||  || || | |||| || ||||    |||||||||||    
T  49613900 gtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcat 49613999  T
Q  269 aagttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatcttactgcttgttctcactataattcaaa 368  Q
    |  ||||||||  |||| || |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| || || |||||     
T  49614000 agattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttattctctctttacttcaat 49614099  T
Q  369 cagtttgttctgtcttgcaagtagtacaa 397  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||||    
T  49614100 cagtttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University