View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15334_low_1 (Length: 943)

Name: NF15334_low_1
Description: NF15334
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15334_low_1
NF15334_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-931)||(3944391-3945321)
chr4 (170-324)||(17440651-17440805)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-931)||(30048137-30049067)
chr8 (1-913)||(7160494-7161406)
chr8 (170-324)||(3061395-3061549)
chr8 (73-110)||(17604178-17604215)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-931)||(196948-197878)
chr5 (27-123)||(20331654-20331750)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (1-931)||(39950109-39951039)
chr7 (1-224)||(26219550-26219773)
chr7 (27-123)||(35941693-35941789)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-931)||(22364019-22364949)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (170-326)||(30188655-30188811)
chr1 (170-324)||(4876038-4876192)
chr1 (27-123)||(49212876-49212972)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 923; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 923; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Original strand, 3944391 - 3945321
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944391 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 3944490  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944491 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 3944590  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944591 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 3944690  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3944691 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaaaaa 3944790  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944791 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 3944890  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944891 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 3944990  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944991 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 3945090  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945091 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 3945190  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945191 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 3945290  T
Q  901 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945291 tagtaagattgaaggctttgttgatagtgat 3945321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 17440805 - 17440651
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  17440805 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 17440706  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  17440705 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 17440651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Original strand, 30048137 - 30049067
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048137 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 30048236  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048237 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 30048336  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30048337 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggct 30048436  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048437 aaaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 30048536  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048537 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 30048636  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048637 tgcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 30048736  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048737 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 30048836  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048837 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 30048936  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048937 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 30049036  T
Q  901 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049037 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 30049067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 913
Target Start/End: Original strand, 7160494 - 7161406
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160494 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 7160593  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160594 tcggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 7160693  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160694 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgccggttttattgttgcaggtcatgaagacaatgtttataggcttcataaagccttgtatgggct 7160793  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7160794 gaaacaggcgcctagagcctggtacatcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagat 7160893  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7160894 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagaataacaagtttaagaagagcatgt 7160993  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    || ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160994 tgcaggtccttgaaatgacggtgctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcaacttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 7161093  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7161094 tgctaatgatgttctgaaaaaattcaaattggagagttgtaagtctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcgaaatctgatggagatgct 7161193  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  7161194 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagactagatttgatgttctctactagtttgctttcaaggt 7161293  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7161294 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 7161393  T
Q  901 tggtaagattgaa 913  Q
    |||||||||||||    
T  7161394 tggtaagattgaa 7161406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Original strand, 3061395 - 3061549
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  3061395 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 3061494  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3061495 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 3061549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 17604215 - 17604178
Alignment:
Q  73 tggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgcta 110  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  17604215 tggaattgattatgatgagacatttgcaccggttgcta 17604178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 197878 - 196948
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197878 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 197779  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197778 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 197679  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  197678 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggct 197579  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197578 aaaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 197479  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197478 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 197379  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197378 tgcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 197279  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197278 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 197179  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197178 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 197079  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197078 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 196979  T
Q  901 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196978 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 196948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20331750 - 20331654
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  20331750 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 20331654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 39951039 - 39950109
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951039 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 39950940  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950939 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 39950840  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39950839 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggct 39950740  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950739 aaaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 39950640  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950639 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacatcgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 39950540  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950539 tgcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 39950440  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950439 tgctaatgatgtgcttaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 39950340  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950339 aaggcagatgttactcaatataggagtttgataggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 39950240  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950239 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 39950140  T
Q  901 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950139 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 39950109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26219773 - 26219550
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26219773 caagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagcaaggcttgctgtgaaaggatattctcaaatgactggaattgattatgatgatacatttgca 26219674  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  26219673 ccgattgctaggcatgaaacaattcggttgattgtagctctatcaacacaatgtggttgagagatctttcatttggatgtccaatcggcattcttaaacg 26219574  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatg 224  Q
    ||||||   |||||||||||||||    
T  26219573 gaatccataaggaggaaatttatg 26219550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Original strand, 35941693 - 35941789
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  35941693 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattatcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 35941789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 867; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 867; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 931
Target Start/End: Original strand, 22364019 - 22364949
Alignment:
Q  1 caagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22364019 caagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctagaattgattatggtgatacatttgca 22364118  T
Q  101 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364119 ccggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggacgggagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatg 22364218  T
Q  201 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22364219 gaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctgattttattgttgcagatcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggct 22364318  T
Q  301 gaaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22364319 gaaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagat 22364418  T
Q  401 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364419 tgtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgt 22364518  T
Q  501 tggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 600  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364519 tgcaggtctttgaaatgacggatctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcaacttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaata 22364618  T
Q  601 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364619 tgctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgct 22364718  T
Q  701 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22364719 aaggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttcaaggt 22364818  T
Q  801 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364819 tcatgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtga 22364918  T
Q  901 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364919 tggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 22364949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Original strand, 30188655 - 30188811
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  || || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  30188655 catttagatttcaaatcagcattcttaaatggaaatcttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtaaaagggagggaagacaagg 30188754  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggtaca 326  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  30188755 tgtataagcttcataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggtaca 30188811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Original strand, 4876038 - 4876192
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  4876038 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 4876137  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4876138 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 4876192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Original strand, 49212876 - 49212972
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  49212876 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcatatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 49212972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University