View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15342_high_3 (Length: 689)

Name: NF15342_high_3
Description: NF15342
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15342_high_3
NF15342_high_3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-674)||(32741364-32742028)
chr1 (19-674)||(32738300-32738925)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 32742028 - 32741364
Alignment:
Q  10 acatcatcatccccctaagctaaataattatataccctaaaggcagtgccaagaaatttggcaaattcgaccatctacttccttttccggacaaaacata 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32742028 acatcatcatccccctaagctaaataattatataccctaaaggcagtgccaagaaatttggcaaattcgaccatctacttctttttccggacaaaacata 32741929  T
Q  110 gactcaatcaaagaagagcaaagtagtaaactttgtcctttgattttaatcaatatttatttataactataattgatctatatccttttcaaaagttata 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32741928 gactcaatcaaagaagagcaaagtagtaaactttatcctttgattttaatcaatatttatttataactataattgatctatatccttttcaaaagttata 32741829  T
Q  210 ttcaattaggctacgtggttagaaggaagtgcgagaaagaaaattaaaaaaccatgcattcaagtcaaaaactttccatagcaggaatcatatatcatgt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32741828 ttcaattaggctacgtggttagaaggaagtgcgagaaagaaaattaaaaaaccatgcattcaagtcaaagactctccatagcaggaatcatatatcatgt 32741729  T
Q  310 gaccaattcaaaacaaatttgatgtttttgtttttcttctttcacatgtagtaatataatatgacagttaattaattaataaatgatcactagtcaacat 409  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32741728 aaccaattcaaaacaaatttgatgtttttgtttttcttctttcacatgtagtaatataatatgacagttaattaattaataaatgatcactagtcaacat 32741629  T
Q  410 taaatcgttaaataaaataacccatgagtcacacaatttannnnnnnactcaagaatattaggcaaaccaattaatataaatagcacgatccccccatga 509  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32741628 taaatcgttaaataaaataacacatgagtcacacaatttattcttttactcaagaatgttaggcaaaccaattaatataaatagcacgacccccccatga 32741529  T
Q  510 gatgcttaaatattatagtagtgcaatattcatcttgcttactaaatctccaattcattttcaaagacacacaacaccatgaaggttctcaacgttattt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32741528 gatgcttaaatattatagtagtgcaatattcatcttgcttactaaatctccaattcattttcaaagacacacaacaccatgaaggttctcaacgttattt 32741429  T
Q  610 tggccttgcttttgcttcttactatatctcatgttgaaccaaacatagctagtagggtattgaat 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32741428 tggccttgcttttgcttcttactatatctcatgttgaaccaaacatagctagtagggtattgaat 32741364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 32738925 - 32738300
Alignment:
Q  19 tccccctaagctaaataattatataccctaaaggcagtgccaagaaatttggcaaattcgaccatctacttccttttccggacaaaacatagactcaatc 118  Q
    |||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  32738925 tccccctcggctaaataattatacacactaaaggcagtaccaagaaatttagcaaattcgaccatctgcttc-ttttccagtcaaaacatagactcaatc 32738827  T
Q  119 aaagaagagcaaagtagtaaactttgtcc-tttgattttaatcaat-atttatttataactataattgatctatatccttttcaaaagttatattcaatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  32738826 aaagaagagcaaagtagtaaactttgtccttttgattttaattaataatttattta----tataattgatctatatccttttcaaaagatctattcaatt 32738731  T
Q  217 aggctacgtggttagaaggaagtgcgagaaagaaaattaaaaaaccatgcattcaagtcaaaaactttccatagcaggaatca-----tatatcatgtga 311  Q
    |||||||||| |||||||||| || || ||||| |           |||||||||||||||||||| |||||||||   | ||     ||||||||||||    
T  32738730 aggctacgtgattagaaggaaatgagaaaaagaga-----------atgcattcaagtcaaaaactctccatagcaaatagcatgaattatatcatgtga 32738642  T
Q  312 ccaattcaaaacaaatttgatgtttttgtttttcttctttcacatg---tagtaatataatatgacagttaattaattaataaatgatcactagtcaaca 408  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||   ||||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32738641 ccaattcaaaacaaatttgatctttttgttttgcttctttcaaatgtaatagtaatataagataaccgttagttaattaataaatgatcactagtcaaca 32738542  T
Q  409 ttaaatcgttaaat-aaaataacccatgagtcacacaatttannnnnnnactcaagaatattaggcaaaccaattaatataaatagcacgatccccccat 507  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||     |||||        |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32738541 ttaaatcgttaaataaaaataactcatgagt----taattt-----tttactcaagaatgttaggtacaccaattaatataaatagcacgatccccccat 32738451  T
Q  508 gagatgcttaaatattatagtagtgcaatattcatcttgcttactaaatctccaattcattttcaaagacacacaacaccatgaaggttctcaacgttat 607  Q
    |||||||| |||||||       ||         ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32738450 gagatgctcaaatatt-------tg---------tcttgcttattaaatctccaattctttttcaaagacacacaacaccatgaaggttctcaaagttat 32738367  T
Q  608 tttggccttgcttttgcttcttactatatctcatgttgaaccaaacatagctagtagggtattgaat 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32738366 tttggccttgcttttgcttcttactatatctcatgttgaaccaaacatagctagtagggtattgaat 32738300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University