View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15347_low_1 (Length: 699)

Name: NF15347_low_1
Description: NF15347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15347_low_1
NF15347_low_1
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (16-681)||(27475674-27476347)
chr4 (16-498)||(27468624-27469117)
chr4 (16-681)||(27523883-27524569)
chr4 (14-499)||(27514251-27514736)
chr4 (131-502)||(27503399-27503778)
chr4 (16-230)||(27489471-27489684)
chr4 (525-681)||(27514780-27514936)
chr4 (276-502)||(27508488-27508722)
chr4 (525-681)||(27468422-27468579)
chr4 (541-681)||(27503827-27503967)
chr4 (43-230)||(27508295-27508481)
chr4 (525-651)||(27497447-27497573)
chr4 (114-230)||(27556965-27557081)
chr4 (114-226)||(27497858-27497971)
chr4 (601-678)||(27508817-27508894)
chr4 (525-655)||(27479004-27479134)
chr4 (527-655)||(27486064-27486192)
chr4 (434-508)||(27497593-27497667)
chr4 (603-655)||(27489927-27489979)
chr4 (191-230)||(27506280-27506319)
chr4 (588-669)||(27506650-27506731)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (590-655)||(1754642-1754707)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (623-655)||(21477494-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 27476347 - 27475674
Alignment:
Q  16 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27476347 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgagcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaa-ccacagac 27476249  T
Q  116 atgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagc 215  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27476248 atgtagaatggtttatgttgatctattgttatccatgtccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagc 27476149  T
Q  216 atgtttacaaaattagtgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttatttggtagcaagtggaagctttgtatcgaaca 315  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||    
T  27476148 atgcttacaaaattattgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggaca 27476049  T
Q  316 tttgtttaag-aaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgctttctat---------ccttcaataatagtttctcttga 405  Q
     ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||         |||||||||||||||||||||||    
T  27476048 -ttgtttaggaaaggtagggtacactctaagacaacaccccatgctaccttatccctgtgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttga 27475950  T
Q  406 aatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagttacatttg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475949 aatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagttacatttg 27475850  T
Q  506 agannnnnnnnnnnnnnnnctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaa 605  Q
    |||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27475849 agattttttatttgtttttctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacaacatcaa 27475750  T
Q  606 aatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 681  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475749 aatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 27475674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 16 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 27469117 - 27468624
Alignment:
Q  16 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||| || ||||||||    
T  27469117 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgagtagaagcatcatatgatagatagacttgaaagtagaa-ccacagac 27469019  T
Q  116 atgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagc 215  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27469018 atgtagaatggtttgagttgatctattgttatccatggccttatagtcacttaccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagc 27468919  T
Q  216 atgtttacaaaatt----agtgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttatttggtagcaagtggaagctttgtatcg 311  Q
    ||||||||||||||    ||| || | |||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27468918 atgtttacaaaattatgaagt-acaccaattaaatcatgaagaaatatgaggctgcacttgagcacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattg 27468820  T
Q  312 aacatttgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgctttctat---------ccttcaataatagtttctct 402  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||         |||||||||||||||| | |    
T  27468819 gacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttttgt 27468720  T
Q  403 tgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagtt 498  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27468719 tgaaatttgattttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctcgccttcacaaacaggacaactcattggcatcatcaaatatttagtt 27468624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 681
Target Start/End: Original strand, 27523883 - 27524569
Alignment:
Q  16 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27523883 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcaaaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagac 27523982  T
Q  116 atgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagc 215  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |  || ||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27523983 atgtagaatggtttatgttgatcaattgttatccatagccatgtagacacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagc 27524082  T
Q  216 atgtttacaaaattagtgacg----ctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttatttggtagcaagtggaagctttgtatcg 311  Q
    |||||||| |||||| ||| |    | |||||||||||||| |||||||| | |  |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |    
T  27524083 atgtttacgaaatta-tgaaggaaaccaattaaatcatgaagaaatatgacgttgcacttgagcacatctcatttggtagcaattggaagctttgtattg 27524181  T
Q  312 aacatttgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgctttctatccttcaa---------taatagtttctct 402  Q
     | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||         ||||||||| |||    
T  27524182 gatatt-gtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatccctatgatctatatccttcaaccccttcaataatagtttttct 27524280  T
Q  403 tgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagtta--- 499  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | |||| |||| ||| ||||||||||||||||       
T  27524281 tgaaatttgggtttgagagaactttaaaatctatatataaacttcctctctccttcacaaacagaaaaactcattg-cattatcaaatatttagttacat 27524379  T
Q  500 --------catttgagannnnnnnnnnnnnnnnctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctag 591  Q
            |||||||||                ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || || |||||  ||||    
T  27524380 ccttcatacatttgagattttttctctgttcttctctcaaactataacaaaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacgtctag 27524479  T
Q  592 acaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 681  Q
     ||| ||  ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||    
T  27524480 tcaagcaaaatcaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatc 27524569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 14 - 499
Target Start/End: Original strand, 27514251 - 27514736
Alignment:
Q  14 agatgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacag 113  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||     
T  27514251 agatgaatggataaacttcaagtgttgtagtagatagataatgcataattcttgagcataagcatcatataattgatagacttgaaagta-aagccacaa 27514349  T
Q  114 acatgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaa 213  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||| ||||| ||| |||||| ||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  27514350 acatatagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattatagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaa 27514449  T
Q  214 gcatgtttacaaaatt----agtgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttatttggtagcaagtggaagctttgtat 309  Q
    ||||||||||||||||    ||| || | |||||||||||||| |||||||||||         | |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27514450 gcatgtttacaaaattatgaagt-acaccaattaaatcatgaagaaatatgaggc---------tgacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtat 27514539  T
Q  310 cgaacatttgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgctttctat---------ccttcaataatagtttct 400  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||         ||||||||||||||||||    
T  27514540 tggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgctctctatccatcaaacccttcaataatagtttct 27514639  T
Q  401 cttgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagtta 499  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27514640 cttgaaatttggttctgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataa--agcacaactcattggcatcatcaagtatttagtta 27514736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 131 - 502
Target Start/End: Original strand, 27503399 - 27503778
Alignment:
Q  131 tgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagcatgtttacaaaatta 230  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27503399 tgttgatctattgttatccattgccttatagtcacttatcagctggacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaatta 27503498  T
Q  231 gtgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttatttggtagcaagtggaagctttgtatcgaacatttgtttaag-aagg 329  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | ||||    
T  27503499 ttgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggaca-ttgtttaggaaagg 27503597  T
Q  330 tagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgctttctat---------ccttcaataatagtttctcttgaaatttggttttgaga 420  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||         |||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||    
T  27503598 taggggacactctaagacaacaccacatgctacattatccctatgatctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgaga 27503697  T
Q  421 gaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagttacat 502  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  27503698 taacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacagcacaattcatt-gcatcatcaaatacttaattacat 27503778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Original strand, 27489471 - 27489684
Alignment:
Q  16 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27489471 atgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtac-aaccacagac 27489569  T
Q  116 atgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagc 215  Q
    |||||||||||  | || ||||| ||  |||| ||| |||||| | ||||  |||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27489570 atgtagaatggcctatgatgatccataattatacattgccttataatcactaaccagctggacatcgacattttcataatgaagaaaacatgtctaaagc 27489669  T
Q  216 atgtttacaaaatta 230  Q
    |||||||||||||||    
T  27489670 atgtttacaaaatta 27489684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 525 - 681
Target Start/End: Original strand, 27514780 - 27514936
Alignment:
Q  525 ctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaa 624  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||    
T  27514780 ctctcaaacaataacaaaaaatgggttttcgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaagcaacatcaaaatctgtagaagtgagaaa 27514879  T
Q  625 gggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 681  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  27514880 gggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatc 27514936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 276 - 502
Target Start/End: Original strand, 27508488 - 27508722
Alignment:
Q  276 acatcttatttggtagcaagtggaagctttgtatcgaacatttgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctacgttatccctatgc 375  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27508488 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacatt-gtttaagaaggtagggtacactctaagacagcaccacatgctaccttatcactatgc 27508586  T
Q  376 tttctatcctt---------caataatagtttctcttgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacag 466  Q
    | |||||||||         |||||||||||| ||| | |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27508587 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacag 27508686  T
Q  467 cacaactgattggcatcatcaaatatttagttacat 502  Q
    ||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||    
T  27508687 cacaactcattagcatcatcaattacttagttacat 27508722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 525 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 27468579 - 27468422
Alignment:
Q  525 ctctcaaacaataacaaaaaa-tgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaa 623  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| ||    
T  27468579 ctctcaaacaataacaaaaaaatgggtttccatttcaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaagcaacatcaaaatctgtagaagtgagaa 27468480  T
Q  624 agggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 681  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  27468479 agggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatc 27468422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 541 - 681
Target Start/End: Original strand, 27503827 - 27503967
Alignment:
Q  541 aaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtg 640  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||  || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27503827 aaaaatgggtttccgtttacacactattctaaagggttcagtaacagctagacaaacaacatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgtttccgtg 27503926  T
Q  641 tatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503927 tatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatc 27503967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 230
Target Start/End: Original strand, 27508295 - 27508481
Alignment:
Q  43 gtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcgtcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagacatgtagaatggtttctgttgatcaatt 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27508295 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaa-ccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctatt 27508393  T
Q  143 gttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaagcatgtttacaaaatta 230  Q
    |||||| ||||||||| |||||| ||| ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  27508394 gttatctatggccttatagtcacttactagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttataaaatta 27508481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 525 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 27497573 - 27497447
Alignment:
Q  525 ctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaa 624  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |  ||| |||||| | ||| ||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||   |||    
T  27497573 ctctcaaacaagaactaaaaatgggtttccgtttacatgctactctaagggcatcagtaactgctagacaagcatcatcaaaatctgtagaagttccaaa 27497474  T
Q  625 gggctatgttgccgtgtatgttggaga 651  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  27497473 gggctatgttgcagtgtatgttggaga 27497447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 27557081 - 27556965
Alignment:
Q  114 acatgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctgaa 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||| | |||| ||||||||  | |||  || |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  27557081 acatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccattgcgttataatcacttaccagctggaaatcaacactatcataatgaagaaaacatgtctaaa 27556982  T
Q  214 gcatgtttacaaaatta 230  Q
    |||||||||||||||||    
T  27556981 gcatgtttacaaaatta 27556965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27497971 - 27497858
Alignment:
Q  114 acatgtagaatggtttctgttgatcaattgttatccatggccttagag-tcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatatctga 212  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| |  |||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  27497971 acatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccactgccttatatctcacttaccagctagacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtccta 27497872  T
Q  213 agcatgtttacaaa 226  Q
    ||| ||||||||||    
T  27497871 agcctgtttacaaa 27497858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 601 - 678
Target Start/End: Original strand, 27508817 - 27508894
Alignment:
Q  601 atcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgt 678  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||    
T  27508817 atcaaaatctatagaagtgagaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgt 27508894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 525 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 27479134 - 27479004
Alignment:
Q  525 ctctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaa 624  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||   ||||| | | | |||  | |||||||| ||| ||||   |||||||| ||||||   |||    
T  27479134 ctctcaaacaatcaccaaaaatgggtttccgtttaaatgttattcgacgggcatcattcacagctagccaagcagctctaaaatcagcagaagttccaaa 27479035  T
Q  625 gggctatgttgccgtgtatgttggagagaaa 655  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27479034 gggctatgttgcagtgtatgttggagagaaa 27479004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 527 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 27486192 - 27486064
Alignment:
Q  527 ctcaaacaataacaaaaaatgggtttccgtttaaactctattctaagaggatcggtaacagctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaagg 626  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||   ||||| | | | |||  | |||||||| ||| ||||   |||||||| ||||||   |||||    
T  27486192 ctcaaacaatcaccaaaaatgggtttccgtttaaatgttattcgacgggcatcattcacagctagccaagcagctctaaaatcagcagaagttccaaagg 27486093  T
Q  627 gctatgttgccgtgtatgttggagagaaa 655  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27486092 gctatgttgcagtgtatgttggagagaaa 27486064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 27497667 - 27497593
Alignment:
Q  434 tataaatacacttcctctctccttcataaacagcacaactgattggcatcatcaaatatttagttacatttgaga 508  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  27497667 tataaatacgcttcctcttgccttcacaaacaacacaattcattggcatcctcaagtatttagttacatttgaga 27497593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 603 - 655
Target Start/End: Original strand, 27489927 - 27489979
Alignment:
Q  603 caaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaa 655  Q
    ||||||||| |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27489927 caaaatcagcagaagtaagaaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaa 27489979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 230
Target Start/End: Original strand, 27506280 - 27506319
Alignment:
Q  191 ataatgaagaaaacatatctgaagcatgtttacaaaatta 230  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27506280 ataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacaaaatta 27506319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 588 - 669
Target Start/End: Original strand, 27506650 - 27506731
Alignment:
Q  588 ctagacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgt 669  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| || |||   ||||||||||||||| || ||||| |||||||||  | ||||||||||    
T  27506650 ctagccaagcagcatcaaaatcagcaggagttccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgt 27506731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 590 - 655
Target Start/End: Original strand, 1754642 - 1754707
Alignment:
Q  590 agacaaacagcatcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaa 655  Q
    |||||| || |||| |||| |||||||||   ||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1754642 agacaagcaacatcgaaattagtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaa 1754707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 623 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 21477526 - 21477494
Alignment:
Q  623 aagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaa 655  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21477526 aagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaa 21477494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University