View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15348_low_2 (Length: 576)

Name: NF15348_low_2
Description: NF15348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15348_low_2
NF15348_low_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-561)||(5346853-5347413)
chr4 (1-561)||(5377994-5378553)
chr4 (1-561)||(5424173-5424733)
chr4 (11-556)||(5400674-5401217)
chr4 (1-490)||(5353719-5354208)
chr4 (4-211)||(5362845-5363052)
chr4 (208-428)||(5411893-5412113)
chr4 (1-428)||(5501647-5502074)
chr4 (151-435)||(5468614-5468898)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-561)||(20328169-20328729)
chr5 (363-434)||(20319698-20319769)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 5346853 - 5347413
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5346853 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 5346952  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5346953 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacaaaaaaattatgtaagggaggtggttcccaatgtc 5347052  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5347053 tggcggaatgatagagctgaatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccttggaggttgttaacactaaga 5347152  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5347153 tcaacagagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccgaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 5347252  T
Q  401 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaagagctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5347253 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtcagacaggtgaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaacagctt 5347352  T
Q  501 acaagattgcaaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcatgtttg 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5347353 acaagattgcaaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcatgtttg 5347413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 5378553 - 5377994
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||   |||  ||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  5378553 ttgtttccaccaaaatttaacattcgtagactgctactcagtgcagcaag-cactttggaattgtgccaccaaagttattgtgggaaagatctagcagcc 5378455  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||       | |||||||||||||| || ||||| ||    
T  5378454 ttagactagatgcattacaaaaagaatcatggatttttccttgaaatttgttgttggaaagaaacaaaaaaatcatgtaagggaggtgtttgccaatgtc 5378355  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  5378354 tggcggaaggatagagctgaatttgttgcttgaatagtccaaataagctgcgtactttggaattaaaggaattggcccctggaggttgttagaactaaga 5378255  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 400  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378254 tcaacagtgttaaggttagaactgaagttcgaaaaactttcttccaaacctgtcaaaaaattatgggaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 5378155  T
Q  401 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaagagctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5378154 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtcagacaagtgaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaaaagctt 5378055  T
Q  501 acaagattgcaaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcatgtttg 561  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5378054 acaagattccaaatctagaactctcaactttggaaaggatgacatgttatgatcatctttg 5377994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 5424173 - 5424733
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | || | ||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  5424173 ttgtttccaccgaaattcaacactcttagattgctactcagtgcttcaaaacacttgggaattttcccgagaaagttattatgggaaagatctagcaacc 5424272  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  5424273 ttagactagttgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacataaaagtcatgtaagggaggtggttcccaatgtc 5424372  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||    
T  5424373 tggtggaatgatagagctgaagttgttgcttgaatagtccaaataagcggcgtactttggaactaaaggaattggcccttggaggttgttataacttaga 5424472  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 400  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5424473 tcaacagtgttaaggttagaactgaagttcgaaaaactttcttccaaacctgtaaaataattatgggaaagattcaagctaacaagagattcaagttgcc 5424572  T
Q  401 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaagagctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5424573 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttattgtcagccatgtgaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaacagctt 5424672  T
Q  501 acaagattgcaaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcatgtttg 561  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5424673 acaagattccaaatctagaattctcatctttggaaaggatgacatgttatgatcatatttg 5424733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 5401217 - 5400674
Alignment:
Q  11 cgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagccttaaacgaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | || |||    
T  5401217 cgaaattcaacattcttagactgctactcagtgctgcaaaacacttgagaattgtcctaacaaagttattgtgggaaaggtctagcagcctaagactaga 5401118  T
Q  111 tgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatctggcggaatg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  5401117 tgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgattgaaagaaacaagaaaattatgtaagggaggtggttcccaatgtctggtggaatg 5401018  T
Q  211 atagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaagatcaacacagt 310  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  5401017 atagagctgaatttattgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttgaaactaaagaaattggcccttggaggttgttaaaactaagatcaacagagt 5400918  T
Q  311 caaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgccaaatccactt 410  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  5400917 taaggttagaactgaagtttgaaaaactttcttcaaaacctgtcaaaaaattaagggaaatattcaaggtaatgagagattcaa--tgccaaatccactt 5400820  T
Q  411 aggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaagagcttacaagattgc 510  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||  | || | |    
T  5400819 aggtattagtccttcaatgttgttgtcagataggtgaatagataatattgtggactggtttctcaagaaactaggaaattgtaacagcttgtaggaatcc 5400720  T
Q  511 aaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcat 556  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5400719 aaacctggacctctcaactttggaaaggatgacatgttatgatcat 5400674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 5354208 - 5353719
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||||||| | | |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||       
T  5354208 ttgtttccaccaaaattcaacatcttgagactactactcagtgctgcgaaacacttgggaatcgtcccaacaaagttattgtgggaaagatctagcaagt 5354109  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
    ||| |  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||| |||||| ||||| ||    
T  5354108 ttagagtagatgcattacaaaaagattcatggatctgtccctgaaaattgttgtttgaaagaaacaacaaacgtatgtaagggatgtggtttccaatgtc 5354009  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    ||||||||||| |||| |  || | |||||||| |||||||||||  |||||||    ||||  |||||||| ||||| ||||| | ||||  ||||| |    
T  5354008 tggcggaatgaaagagtttaatctattgcttgagtagtccaaatatattgcgtaaccgggaatgaaagaaataggcccttggagttggttataactaaaa 5353909  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactt-tctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgc 399  Q
    ||| |      ||||||||||||||| || |||| |||| ||| ||| |||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  5353908 tcacctattaaaaggttagaactgaaatttgaaacacttctct-ccatacctatcaaatagttatgggaaagattcaaggtaatgagagaatcaagttgc 5353810  T
Q  400 caaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaattt 490  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || || |   ||| || |||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  5353809 caaatccaattgggtattagtccttcaatcttgttctcagatatttgaagagctaataacgtggactggtttctcaagaaactagggattt 5353719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 5363052 - 5362845
Alignment:
Q  4 tttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcctta 103  Q
    |||||||  ||||||||||| |  |||| | |||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5363052 tttccacgaaaattcaacatccgaagacggttacttagtgctgcaaaacacttgggaattgtcccaaagaaattattatgggaaagatctagcaggctta 5362953  T
Q  104 aacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatctgg 203  Q
     ||  |||||||| || ||||| |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||        |||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  5362952 gactcgatgcattgcagaaagattcatggatttttccctgaaaactgttgtttgaaagaaacaaaataagtatgtaagggagatggtttccaatgtctgg 5362853  T
Q  204 cggaatga 211  Q
     |||||||    
T  5362852 tggaatga 5362845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 208 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5412113 - 5411893
Alignment:
Q  208 atgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaagatcaacac 307  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||   || ||||||||||  |||||||| ||||| || |  ||||||| ||||||||||||      
T  5412113 atgatagagctcaacttgttgcttgagtagtccaaataaaaagcatactttggaatgaaagaaataggcccttgcaacttgttaaaactaagatcaacca 5412014  T
Q  308 agtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgccaaatcca 407  Q
    | |  ||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||    |||| | |||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5412013 aatagaggttagaactcaagttccaaatactttcttcaaagttagtcagagaattcttggaaagattcaagctaaggagagattcaagtttccaaatcca 5411914  T
Q  408 cttaggtattggtccttcaat 428  Q
     |||||||| || ||||||||    
T  5411913 gttaggtatcggcccttcaat 5411893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5502074 - 5501647
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||| || ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||  |||| || || | ||||||||||||||       
T  5502074 ttgtttccaccaagattcaacatcctgagactactactcaatgttgcaaaacacttgggaattgtcccgtcaaagttgttgtaggaaagatctagcaata 5501975  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
      | ||  || ||||| ||||| || ||||| |||| ||| | |||  | |||||||||||||||        |||| ||||||| |  || ||||||||    
T  5501974 gaagacttgaagcattgcaaaaggattcatgaatttctcccttaaaactattgtttgaaagaaacaatacacgtatgaaagggagataatttccaatatc 5501875  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    ||| || | ||| |||||  |  ||||||| || |||||||| ||| |||| ||||| || |  || ||||||||||| ||||| || |||  |||||||    
T  5501874 tggtggtaagattgagctcaacatgttgctggagtagtccaagtaacttgcatacttcgggatgaatgaaattggcccttggagtttattagaactaaga 5501775  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 400  Q
    |||||      ||| |||||||| |||||| ||| ||||||| | ||    || | | | || |  |||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  5501774 tcaacctgaaaaagattagaactcaagttccaaacactttcttcgaagttagttagagagttcttggaaagattcaatgtaaggagagattcaagttgcc 5501675  T
Q  401 aaatccacttaggtattggtccttcaat 428  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5501674 aaatccaattaggtattggtccttcaat 5501647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 435
Target Start/End: Original strand, 5468614 - 5468898
Alignment:
Q  151 ttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatctggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttg 250  Q
    |||||||||||||||       ||||| ||||||| | ||| || || ||||| || | |||||||||  | |||||||| || ||| ||||||||   |    
T  5468614 ttgtttgaaagaaacaatatatttatggaagggagatagtttccgatgtctggtggtacgatagagctcaacttgttgctggagtagcccaaataaaaag 5468713  T
Q  251 cgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaagatcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacc 350  Q
    | ||||||||||  |||||||| ||||| || |  ||||||| ||||||||||||  | | || ||||||||| |||||| || |||||||| | || |     
T  5468714 catactttggaatgaaagaaataggcccttgcaacttgttaaaactaagatcaaccaaataaatgttagaactcaagttccaattactttcttcaaagct 5468813  T
Q  351 tgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgccaaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttg 435  Q
     |||| | |||| |  ||||||||||||  ||  ||||||||| ||| ||||||||| || ||||| |  |||||||| ||||||    
T  5468814 agtcagagaattcttggaaagattcaagtaaagaagagattcatgtttccaaatccagtttggtatcgacccttcaatcttgttg 5468898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 20328729 - 20328169
Alignment:
Q  1 ttgtttccaccgaaattcaacattcttagactgctactcagtgtttcaaaacacttgggaattgttccaacaaatttattatgggaaagatctagcagcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  20328729 ttgtttccaccgaaattcaacactcttagactgctactcagtgcttcaaaacacttgggaattgtcccgacaaagttattgtgggaaagatctagcaacc 20328630  T
Q  101 ttaaacgagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacnnnnnnnttatgtaagggaggtggttcccaatatc 200  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  20328629 ttagactagatgcattacaaaaagaatcatggatttgtccttgaaatttgttgtttgaaagaaacataaaagtcatgtaagggaggtggttcccaatgtc 20328530  T
Q  201 tggcggaatgatagagctgtatttgttgcttgaatagtccaaataagttgcgtactttggaactaaagaaattggcccgtggaggttgttaacactaaga 300  Q
    |||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||    
T  20328529 tggtcgaatgatagagctgaagttgttgcttgaatagtccaaataagcggcgtactttggaactaaaggaattggcccttggaggttgttataacttaga 20328430  T
Q  301 tcaacacagtcaaggttagaactgaagttcgaaatactttctaccaaacctgtcaaaaaattatgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgcc 400  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20328429 tcaacagtgttaaggttagaactgaagttcgaaaaactttcttccaaacctgtaaaataattatgggaaagattcaagctaacaagagattcaagttgcc 20328330  T
Q  401 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtctgacaggagaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaagagctt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20328329 aaatccacttaggtattggtccttcaatgttgttgtcagccatgtgaatagataatattgtggattggtttttcaagaaactaggaatttgtaacagctt 20328230  T
Q  501 acaagattgcaaatctagaactctcaactttggaaagcatgacatgttatgatcatgtttg 561  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  20328229 acaagattccaaatctagaattctcatctttggaaaggatgacatgttatgatcatatttg 20328169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 20319769 - 20319698
Alignment:
Q  363 atgagaaagattcaagctaacgagagattcaagttgccaaatccacttaggtattggtccttcaatgttgtt 434  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| ||  |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||    
T  20319769 atgagaaagattcaagttaatgagtgaagcaagatgccaaatccaattaggtattgatcctttaatattgtt 20319698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University