View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15358_low_12 (Length: 253)

Name: NF15358_low_12
Description: NF15358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15358_low_12
NF15358_low_12
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-244)||(5346573-5346816)
chr4 (1-238)||(5423899-5424136)
chr4 (4-238)||(5378593-5378827)
chr4 (4-238)||(5363095-5363329)
chr4 (4-148)||(5401251-5401395)
chr4 (4-238)||(5354248-5354482)
chr4 (4-238)||(5412360-5412594)
chr4 (4-238)||(5392911-5393145)
chr4 (4-238)||(5502114-5502348)
chr4 (124-238)||(5468190-5468304)
chr4 (170-238)||(5356534-5356602)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-238)||(20328766-20329003)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 5346816 - 5346573
Alignment:
Q  1 tttatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaacctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5346816 tttatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcatttaggaggtcctataccaaaatcattggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaacctt 5346717  T
Q  101 ggaaagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5346716 ggaaagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatggctctatcg 5346617  T
Q  201 gatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatctctct 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5346616 gatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatatctct 5346573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5424136 - 5423899
Alignment:
Q  1 tttatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaacctt 100  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5424136 tttatgcgcactaaggtttgttgatctaaatgacaatcttttaggaggtcctataccaaaatccttgatcaattgtaaggaactacaagtcttaaacctt 5424037  T
Q  101 ggaaagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcg 200  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  5424036 ggaaagaatgcattaacaggcagatttccatgttttctaagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatca 5423937  T
Q  201 gatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5423936 gatgcccaaatagcactggttattggaagatgcttcat 5423899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5378593 - 5378827
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||    
T  5378593 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttaggaggtcctataccaaaatccttggtcaactgtaaggaactacaagttattaaccttgga 5378692  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggat 203  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  5378693 aagaatgcattaaccggcagatttccatattttttgagtaaaattccaacattgagaatcatgattttaaggtcaaataagctgcatgggtctattggat 5378792  T
Q  204 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378793 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 5378827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5363095 - 5363329
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||| | || ||||||  ||||||||| |||   ||| | |||    
T  5363095 atgtgcactgaggattttcgatctaaatgacaatcatttagacggcactataccaaaatccatagtaaattgtcgggaactacaagtcgataacatcgga 5363194  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggat 203  Q
    || |||||| |||| || | | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | || || | ||| ||||    
T  5363195 aataatgcactaactggaagaattccatgtttcttgagtaaaattccaaccttgagaatcatggttttaaggtcaaataaattccacgggtttattggat 5363294  T
Q  204 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5363295 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 5363329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 148
Target Start/End: Original strand, 5401251 - 5401395
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||    
T  5401251 atgtgcactaaggattttggatctaaatgacaatctttcagaaggtcctataccaaaatccttggtcaattgtaaggaacttcaagtctttaaccctgga 5401350  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaatt 148  Q
    | ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  5401351 atgaatgcattaacgggcagatttccatgttttctgagcaaaatt 5401395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5354248 - 5354482
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||  | |||| ||||| ||||||||||| || |||||| | ||| | |||||||||    
T  5354248 atgtgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttgga 5354347  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggat 203  Q
    |||||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||| |  |  | ||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||   ||    
T  5354348 aagaattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaat 5354447  T
Q  204 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    || | ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  5354448 gctctaatagctttggtgattggaagatgcttcat 5354482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5412360 - 5412594
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    ||||||||| || | |||| |||||||||||||| | || || |||   ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||    
T  5412360 atgtgcactgagatatttgaatctaaatgacaatttattggacggtagcataccaaaatctttggtcaattgcaataaacttcaagtcttaaaccttgga 5412459  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaatt-ccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcgga 202  Q
    || |||    |||  | || |||||||||||| || || || ||| ||||| | | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  5412460 aataattttttaagtgacagatttccatgtttcttaagcaatatttccaacct-gcgaatcatgattttaaggtcaaataagatgcatggatctattgga 5412558  T
Q  203 tgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5412559 tgcccaaatagcactggtgattgggagatgcttcat 5412594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5392911 - 5393145
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    |||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| ||  | |||   ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||| || ||| |||||||||||    
T  5392911 atgtgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctattgaacggtagcatacccaaatctttggtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttgga 5393010  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggat 203  Q
    || |||    |||  | || |||||||||||| || || || ||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  5393011 aataattttttaagtgacagatttccatgtttcttaagcaatatttccaccctgagaatcatggttttaaggtcaaataagctccatgggtctattggat 5393110  T
Q  204 gcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  5393111 gcccaactagaactggtgactggaagatgcttcat 5393145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 5502114 - 5502348
Alignment:
Q  4 atgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttgga 103  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || || |||  |||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  5502114 atgtgcactaagatatttggatctaaatgacaatctcttggatggtagtataccaaaatctttggtcaattgcaagaaactacaagtcctaaaccttggg 5502213  T
Q  104 aagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaa-aattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcgga 202  Q
    || |||||  ||   | || |||||||||||| ||||| || | ||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||| | || || ||||| ||     
T  5502214 aacaatgctttagttgacagatttccatgtttcttgagaaacatttccaccatt-aggatcatggttttgaggtctaataagctccacggttctattggg 5502312  T
Q  203 tgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||| | |||||||||    
T  5502313 tgcccacataacacgggtgattgggatatgcttcat 5502348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 124 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5468304 - 5468190
Alignment:
Q  124 atttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggatgcccaaatagcactggtgat 223  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  5468304 atttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatgtccaaatagcactggtgat 5468205  T
Q  224 tggaagatgcttcat 238  Q
    ||| |||||||||||    
T  5468204 tgggagatgcttcat 5468190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 238
Target Start/End: Original strand, 5356534 - 5356602
Alignment:
Q  170 ttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcggatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||| |||||  | ||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  5356534 ttaaggtctaataaactccatggttctattgggtgcccaaataacactggtgattgggagatgcttcat 5356602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 20328766 - 20329003
Alignment:
Q  1 tttatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttttagaaggtcctataccgaaatccttggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaacctt 100  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20328766 tttatgcgcactaaggtttgttgatctaaatgacaatcttttaggaggtcctataccaacatccttgatcaattgtaaggaactacaagtcttaaacctt 20328865  T
Q  101 ggaaagaatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataaggtgcatggctctatcg 200  Q
    | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  20328866 gaaaagaatgcattaacaggcagatttccatgttttctaagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatca 20328965  T
Q  201 gatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcat 238  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20328966 gatgcccaaatagcactggttattggaagatgcttcat 20329003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University