View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15358_low_3 (Length: 566)

Name: NF15358_low_3
Description: NF15358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15358_low_3
NF15358_low_3
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (227-538)||(29470758-29471073)
chr7 (228-538)||(3076264-3076578)
chr7 (228-538)||(3072751-3073053)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (228-538)||(8564794-8565109)
chr4 (23-227)||(15466706-15466910)
chr4 (227-291)||(23043808-23043872)
chr4 (228-291)||(23048163-23048226)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (228-527)||(15113959-15114256)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (227-530)||(15241487-15241792)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (35-146)||(20863987-20864098)
chr3 (79-215)||(25088235-25088375)
chr3 (118-209)||(20845162-20845253)
chr3 (179-215)||(20865518-20865554)
[»] scaffold1252 (1 HSPs)
scaffold1252 (23-62)||(1392-1431)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 227 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 29471073 - 29470758
Alignment:
Q  227 ttgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa---aaataacaagagaaataacacacaagatttac 323  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29471073 ttgttaaggtatcagtgcaatgcggaagcacatgatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaagtaaaataacaagagaaaaaacacacaagatttac 29470974  T
Q  324 gtggaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtga 423  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
T  29470973 atggaaaactcctcaatatgagaactaaaaaaccacgggcgatcaagagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtatagcaagtcctcttatagtaa 29470874  T
Q  424 tgaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctca-ctaaaatacactcaagtgtatgatacaaa 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  29470873 tgaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcaccaaaaatacacttaagtgtatgttacaaa 29470774  T
Q  523 gtgtgtttgtaattgg 538  Q
    ||||||||||||||||    
T  29470773 gtgtgtttgtaattgg 29470758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 228 - 538
Target Start/End: Original strand, 3076264 - 3076578
Alignment:
Q  228 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa---aaataacaagagaaataacacacaagatttacg 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3076264 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcacaggatcaatgaaattgagaattaaagagaagtaagtaaaataacaagagaaataacacacaagatttaca 3076363  T
Q  325 tggaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtgat 424  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3076364 tggaaaactcctaaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgattgagagcaaagttccactatataaaagaaaagagtacaacaagtcttcttatagtgat 3076463  T
Q  425 gaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcact-aaaatacactcaagtgtatgatacaaag 523  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  3076464 gaggacaaatgacaaaattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattcttactaaaaatacactcaagtgtatgttacaaag 3076563  T
Q  524 tgtgtttgtaattgg 538  Q
    |||||||||||||||    
T  3076564 tgtgtttgtaattgg 3076578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 228 - 538
Target Start/End: Original strand, 3072751 - 3073053
Alignment:
Q  228 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaaaaataacaagagaaataacacacaagatttacgtgg 327  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |         ||||||||||||||||||||||||    
T  3072751 tgttaaggtatcagcacaatgcggaagcacaggatctatgaaattgagaattaaagagaagtaagta---------aaataacacacaagatttacgtgg 3072841  T
Q  328 aaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtgatgag 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3072842 aaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcgagagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtgatgag 3072941  T
Q  428 gacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcact-aaaatacactcaagtgtatgatacaaagtgt 526  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3072942 gacaaaggacaaaattttctctcaatatctcctaaaatactctcgaaaatggaacaagaattctcactaaaaatacactcaagtgtatgttacaaagtgt 3073041  T
Q  527 gtttgtaattgg 538  Q
    ||||||||||||    
T  3073042 gtttgtaattgg 3073053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 228 - 538
Target Start/End: Original strand, 8564794 - 8565109
Alignment:
Q  228 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa---aaataacaagagaaat-aacacacaagatttac 323  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8564794 tgttaaggtatcaacgcaatgcggaagcacaagatcgatgctattgagaattaaagagaagtaagtaaaataacaagagaaattaacacacaagatttac 8564893  T
Q  324 gtggaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtga 423  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8564894 gttgaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccatggacggtcacgaataaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtga 8564993  T
Q  424 tgaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcac-taaaatacactcaagtgtatgatacaaa 522  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  8564994 tgaggacaaaggataatattttcactcaatatttcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcacaaaaaatacacccaagtgtatgttacaaa 8565093  T
Q  523 gtgtgtttgtaattgg 538  Q
    ||||||||||||||||    
T  8565094 gtgtgtttgtaattgg 8565109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 23 - 227
Target Start/End: Original strand, 15466706 - 15466910
Alignment:
Q  23 ccctcgtaattgatttatttatatattgattctcttcagagtccaggagccgaatagattgtaatcagcattagaaaaaatggtttgatatcttctgaag 122  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15466706 ccctcgtaattgatttctttatatattgattctcttcagagtccaggagccgaatagattgtaatcagcattagaaaaaatggtttgatatcttctgaag 15466805  T
Q  123 tatatcgagctctgctgccctcatcatatacaaacaagtgctttttggggaacaaattgcagcataagaacgaaaatcatttgattcaacatctgaaaag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15466806 tatatcgagctctgctgccctcatcatatacaaacaagtgcttcttggggaacaacttgcagcataagaacgaaaatcatttgattcaacatctgaaaag 15466905  T
Q  223 atcat 227  Q
    |||||    
T  15466906 atcat 15466910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23043872 - 23043808
Alignment:
Q  227 ttgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa 291  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23043872 ttgttaaggtattagcgcaatgcggaagcacaggatcgatgcaattgagaattaaagagaagtaa 23043808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 228 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23048226 - 23048163
Alignment:
Q  228 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23048226 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcacaagatcgatgcaattgagaattaaagagaagtaa 23048163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 228 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 15114256 - 15113959
Alignment:
Q  228 tgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa---aaataacaagagaaataacacacaagatttacg 324  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15114256 tgttaaggtatcagcgcaatgcagaaacacatgatcgatgctattgagaattaaagagaagtaagtaaaataacaagagaaataacacacaagatttacg 15114157  T
Q  325 tggaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtgat 424  Q
    ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15114156 tgga------ctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtaat 15114063  T
Q  425 gaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcactaaaa-tacactcaagtgtatgatacaaag 523  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  15114062 gaggacaaaggacaatattttctcccaatatctcctaaaatactctctcaaatggaacaagaattctcaccaaaagtacactcaagtgtatgttacaaag 15113963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 227 - 530
Target Start/End: Original strand, 15241487 - 15241792
Alignment:
Q  227 ttgttaaggtatcagcgcaatgcggaagcactggatcgatgaaattgagaattaaagagaagtaa---aaataacaagagaaataacacacaagatttac 323  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15241487 ttgttaaggtatcagcgcaatgcagaagcacaggatcgatgcaattgagaatcaaagagaagtaagtaaaataataagagaaataacacacaagatttac 15241586  T
Q  324 gtggaaaactcctcaatatgagaagtaaaaaaccacgggcgatcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaagagtacaacaagtcctcttatagtga 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| |    
T  15241587 gtggaaaactcctcaatatgagaag--aaaaaccatgggtggtcacgagcaaagttccactatgtaaaagaaaaaagtacaataaatcctcttgtagtaa 15241684  T
Q  424 tgaggacaaaggacaatattttctctcaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcac-taaaatacactcaagtgtatgatacaaa 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  15241685 tgaggacaaaggacaatattttctcttaatatctcctaaaatactctctaaaatggaacaagaattctcacaaaaaatacactcaagtgtatgttacaaa 15241784  T
Q  523 gtgtgttt 530  Q
    ||||||||    
T  15241785 gtgtgttt 15241792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 146
Target Start/End: Original strand, 20863987 - 20864098
Alignment:
Q  35 atttatttatatattgattctcttcagagtccaggagccgaatagattgtaatcagcattagaaaaaatggtttgatatcttctgaagtatatcgagctc 134  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||    
T  20863987 atttctttatatattgattatcttcagagtccaggagttgaatagattgtaatcaacatcataaaaaatggattgatatcttgtgaagtatatcatgctc 20864086  T
Q  135 tgctgccctcat 146  Q
    ||||||||||||    
T  20864087 tgctgccctcat 20864098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 79 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 25088375 - 25088235
Alignment:
Q  79 gattgtaatcagcattagaaaaaatggtttgatatcttctgaagtatatcgagctctgctgccctcatcatatacaaacaagtgctttttg----gggaa 174  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     || ||    
T  25088375 gattgtaatcagcatcagaaaaaatgaattgatatcttgtgaagtatgacatgctctgctgccctcatcctataccaacaagtgcttttttttttggaaa 25088276  T
Q  175 caaattgcagcataagaacgaaaatcatttgattcaacatc 215  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25088275 caacttgcagcataagaacgaaaaacatttgattcaacatc 25088235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 209
Target Start/End: Original strand, 20845162 - 20845253
Alignment:
Q  118 tgaagtatatcgagctctgctgccctcatcatatacaaacaagtgctttttggggaacaaattgcagcataagaacgaaaatcatttgattc 209  Q
    |||||||||||  ||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20845162 tgaagtatatcatgctctgctgtcttcttcctatacaaacaagtgctttttggggaaaaacttgcagcataagaacgaaaatcatttgattc 20845253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 215
Target Start/End: Original strand, 20865518 - 20865554
Alignment:
Q  179 ttgcagcataagaacgaaaatcatttgattcaacatc 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20865518 ttgcagcataagaacaaaaatcatttgattcaacatc 20865554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1252 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold1252
Description:

Target: scaffold1252; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 1431 - 1392
Alignment:
Q  23 ccctcgtaattgatttatttatatattgattctcttcaga 62  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1431 ccctcgtaattgatttctttatatattgattctcttcaga 1392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University