View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15363_high_6 (Length: 408)

Name: NF15363_high_6
Description: NF15363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15363_high_6
NF15363_high_6
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-211)||(2354650-2354850)
chr2 (213-391)||(13922186-13922364)
chr2 (215-391)||(11828960-11829136)
chr2 (157-211)||(2353013-2353067)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (217-391)||(2286463-2286637)
chr7 (213-391)||(496684-496862)
chr7 (213-391)||(11765708-11765886)
chr7 (216-391)||(7527184-7527359)
chr7 (219-391)||(23844642-23844814)
chr7 (213-366)||(25185878-25186031)
chr7 (213-361)||(48057649-48057797)
chr7 (213-391)||(42535135-42535312)
chr7 (213-391)||(40855071-40855250)
chr7 (213-330)||(31427241-31427360)
chr7 (293-343)||(4649280-4649330)
chr7 (348-391)||(31427171-31427214)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (217-384)||(47940831-47940998)
chr3 (216-391)||(49786397-49786572)
chr3 (213-391)||(8436816-8436994)
chr3 (213-361)||(8152978-8153128)
chr3 (213-312)||(29836769-29836867)
chr3 (218-313)||(48778971-48779066)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (213-391)||(4076864-4077042)
chr8 (212-391)||(3780279-3780458)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (217-391)||(33594439-33594613)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (213-391)||(25955880-25956058)
chr5 (212-391)||(38280193-38280372)
chr5 (213-391)||(42250117-42250295)
chr5 (213-391)||(1501288-1501467)
chr5 (213-388)||(7886356-7886530)
chr5 (348-391)||(38951526-38951569)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (213-391)||(52055068-52055246)
chr4 (213-342)||(1158224-1158353)
chr4 (232-335)||(49866670-49866773)
chr4 (358-391)||(49866785-49866818)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (213-391)||(20186761-20186939)
chr1 (213-391)||(30339637-30339815)
chr1 (213-391)||(51787273-51787450)
chr1 (218-391)||(9672892-9673062)
chr1 (213-330)||(43740388-43740505)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2354850 - 2354650
Alignment:
Q  11 cacagatctttctactgacaaggcagaaatgatttcaaggtttctcagagacccaaagtcttacttacgtctcaagatcaactgatcacaaaataacaaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2354850 cacagatctttctactgacaaggcagagatgatttcaaggtttctcagagacccaaagtcttacttacgtcccaagatcaactgatcacaaaataacaaa 2354751  T
Q  111 gaaatccagattcaagtgatggggatatttgttaattccttcttcatttattgttattaacttctgaataaaattgtatttttagtttcaattttatcaa 210  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2354750 ggaatcaagattcaagtgatggggatagatgttaattccttcttcttttatcgttattaacttttgtataaaatagtatttttagtttcaattttatcaa 2354651  T
Q  211 t 211  Q
    |    
T  2354650 t 2354650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 13922186 - 13922364
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13922186 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 13922285  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  13922286 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 13922364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 215 - 391
Target Start/End: Original strand, 11828960 - 11829136
Alignment:
Q  215 tggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcct 314  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| |      
T  11828960 tggtgagacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctc 11829059  T
Q  315 tttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  11829060 tttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaccaatcattt 11829136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2353067 - 2353013
Alignment:
Q  157 tttattgttattaacttctgaataaaattgtatttttagtttcaattttatcaat 211  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2353067 tttattgttgttaacttctgaataaaatggtatttttagtttcaattttatcaat 2353013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 217 - 391
Target Start/End: Original strand, 2286463 - 2286637
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2286463 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 2286562  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2286563 tcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 2286637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 496684 - 496862
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  496684 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 496783  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  496784 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 496862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 11765708 - 11765886
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11765708 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctcttc 11765807  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  11765808 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 11765886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 216 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7527359 - 7527184
Alignment:
Q  216 ggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctt 315  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||| ||  ||    
T  7527359 ggtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctctttttttt 7527260  T
Q  316 ttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7527259 ttcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattatgagtggtctaccaatcattt 7527184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 219 - 391
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844814
Alignment:
Q  219 gatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttttc 318  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  319 atccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaaatatgagtggtttatcaatcattt 23844814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 213 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 25186031 - 25185878
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  25186031 agtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctcttc 25185932  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaa 366  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||| ||||| |||||||||    
T  25185931 cttttcatccatctctctcctcacaaatatgtgggggtatatgaatggtatgaa 25185878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 213 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 48057797 - 48057649
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48057797 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 48057698  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggt 361  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  48057697 tctttcatccatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggt 48057649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 42535312 - 42535135
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || | || | |||||||||||||||| |||||||    
T  42535312 agtgatgatatatgtacactcataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttc 42535213  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  42535212 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgg-ggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 42535135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 40855250 - 40855071
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgac-ctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    |||| |||| |||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||   ||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  40855250 agtgatgatgcatgcatatccatatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctctttt 40855151  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  40855150 ccctttcattcatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaacaatcattt 40855071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 31427360 - 31427241
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtg--gcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctct 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| | |||||||||| || ||| ||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  31427360 agtggtgatacatgcacatccataggtgtggcatacataattaaacctccgcataaatatgtgacatgtggtttagactccacaaacactttgtctctct 31427261  T
Q  311 tccttttcatccatctctct 330  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  31427260 tccctctcatccatctctct 31427241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 4649330 - 4649280
Alignment:
Q  293 caaacactttgtttctcttccttttcatccatctctctcctctaaaatata 343  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4649330 caaacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatata 4649280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 348 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 31427214 - 31427171
Alignment:
Q  348 ggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31427214 ggtgtttgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattt 31427171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 217 - 384
Target Start/End: Original strand, 47940831 - 47940998
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47940831 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 47940930  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctacca 384  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47940931 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 47940998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 216 - 391
Target Start/End: Original strand, 49786397 - 49786572
Alignment:
Q  216 ggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  49786397 ggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctct 49786496  T
Q  316 ttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49786497 ttcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattt 49786572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8436994 - 8436816
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| || |||||  || | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8436994 agtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 8436895  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  8436894 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 8436816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 213 - 361
Target Start/End: Original strand, 8152978 - 8153128
Alignment:
Q  213 agtggtgatacat--gcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctct 310  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8152978 agtggtgatacatatgcacacctataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctct 8153077  T
Q  311 tccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggt 361  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  8153078 tctcttttatccatctctctcctctcaaatatgtggaggtgtatgggtggt 8153128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 213 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 29836867 - 29836769
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  29836867 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtaacatatgacctacaccccacaaa-actttgtctctcttc 29836769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 218 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 48779066 - 48778971
Alignment:
Q  218 tgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcc 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  48779066 tgatacatgcacacctataggtggcatactcatttaaacatccacataaatatgtgacatgtggtctagactccataaacactttatctctcttcc 48778971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4077042 - 4076864
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4077042 agtgatgatacatgcatacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctctcttc 4076943  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076942 cttttcatccatctctctcctctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 4076864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 212 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 3780458 - 3780279
Alignment:
Q  212 aagtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| | ||||||||||| ||||||    
T  3780458 aagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctctt 3780359  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||||| | | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3780358 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattt 3780279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 217 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33594613 - 33594439
Alignment:
Q  217 gtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttt 316  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  33594613 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctcttccttt 33594514  T
Q  317 tcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33594513 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 33594439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 25956058 - 25955880
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25956058 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 25955959  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25955958 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 25955880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 212 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 38280372 - 38280193
Alignment:
Q  212 aagtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctctt 311  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38280372 aagtggtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 38280273  T
Q  312 ccttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  38280272 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 38280193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 42250117 - 42250295
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42250117 agtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 42250216  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42250217 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 42250295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1501467 - 1501288
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  1501467 agtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctctcttc 1501368  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatat-ggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1501367 tctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattt 1501288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 213 - 388
Target Start/End: Original strand, 7886356 - 7886530
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||| | | ||||| |||||||    
T  7886356 agtggtgattcatgcatacttataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttc 7886455  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatca 388  Q
    | ||||||  |||||||||| || |||||| | | |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  7886456 cctttcatatatctctctcccctcaaatatgtag-ggtgtatgggtggtatgaaaatattagtggtctaccaatca 7886530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 348 - 391
Target Start/End: Original strand, 38951526 - 38951569
Alignment:
Q  348 ggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  38951526 ggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctatcaatcattt 38951569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 52055246 - 52055068
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52055246 agtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 52055147  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52055146 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 52055068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 213 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 1158353 - 1158224
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  1158353 agtgatgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttc 1158254  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatat 342  Q
    | |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1158253 cctttcattcatctctctcctctcaaatat 1158224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 232 - 335
Target Start/End: Original strand, 49866670 - 49866773
Alignment:
Q  232 ccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttccttttcatccatctctctc 331  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  49866670 ccataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctc 49866769  T
Q  332 ctct 335  Q
    ||||    
T  49866770 ctct 49866773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 358 - 391
Target Start/End: Original strand, 49866785 - 49866818
Alignment:
Q  358 tggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49866785 tggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattt 49866818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 20186939 - 20186761
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  20186939 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctcttc 20186840  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  20186839 tctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 20186761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 30339637 - 30339815
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30339637 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 30339736  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  30339737 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtataaaaatatgagtggtctaccaatcattt 30339815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 213 - 391
Target Start/End: Original strand, 51787273 - 51787450
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  51787273 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctcttc 51787372  T
Q  313 cttttcatccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
      |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  51787373 tctttcatgcatctctctcctctagaatatgtgg-ggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 51787450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 218 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 9673062 - 9672892
Alignment:
Q  218 tgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttcctttt 317  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| || |||||||||  || |||||||  |||    
T  9673062 tgatacatgtacacctataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcc-acaaacact--gtctctcttctcttt 9672966  T
Q  318 catccatctctctcctctaaaatatatggaggtgtatgagtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattt 391  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  9672965 catccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattt 9672892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 43740505 - 43740388
Alignment:
Q  213 agtggtgatacatgcacacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatatgacctagaccccacaaacactttgtttctcttc 312  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  43740505 agtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctcttc 43740406  T
Q  313 cttttcatccatctctct 330  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  43740405 cttatcatccatcactct 43740388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University