View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15363_low_12 (Length: 392)

Name: NF15363_low_12
Description: NF15363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15363_low_12
NF15363_low_12
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-376)||(4713153-4713528)
chr7 (57-376)||(4854579-4854898)
chr7 (5-360)||(4784926-4785281)
chr7 (5-360)||(4817355-4817710)
chr7 (2-360)||(4862559-4862917)
chr7 (8-360)||(4698284-4698636)
chr7 (1-62)||(4847108-4847169)
chr7 (74-160)||(4652390-4652476)
chr7 (74-143)||(4635744-4635813)
chr7 (74-160)||(4629779-4629865)
chr7 (74-160)||(4665805-4665891)
chr7 (74-143)||(4660688-4660757)
chr7 (293-372)||(4642362-4642441)
chr7 (258-372)||(4671298-4671412)
chr7 (89-143)||(4671527-4671581)
chr7 (293-369)||(4635518-4635594)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (83-143)||(18926908-18926968)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 4713153 - 4713528
Alignment:
Q  1 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713153 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattc 4713252  T
Q  101 ggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713253 ggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttaca 4713352  T
Q  201 atgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713353 atgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgttt 4713452  T
Q  301 gcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatg 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4713453 gcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatg 4713528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 57 - 376
Target Start/End: Original strand, 4854579 - 4854898
Alignment:
Q  57 acctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttgga 156  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  4854579 acctacgaaacaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattgga 4854678  T
Q  157 taaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataaca 256  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4854679 taagaaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataaca 4854778  T
Q  257 agtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagc 356  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4854779 agtgagtgtttgaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagc 4854878  T
Q  357 ttgcgttgaaattggttatg 376  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4854879 ttgcgttgaaattggttatg 4854898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 360
Target Start/End: Original strand, 4784926 - 4785281
Alignment:
Q  5 catgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggag 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||| | ||| | | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |    
T  4784926 catgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtg 4785025  T
Q  105 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||    
T  4785026 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatga 4785125  T
Q  205 aggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcat 304  Q
    |||| || || ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  4785126 aggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcat 4785225  T
Q  305 ggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgc 360  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  4785226 gatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgc 4785281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 360
Target Start/End: Original strand, 4817355 - 4817710
Alignment:
Q  5 catgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggag 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||| | ||| | |  |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |    
T  4817355 catgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtg 4817454  T
Q  105 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||    
T  4817455 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatga 4817554  T
Q  205 aggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcat 304  Q
    |||| || || ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  4817555 aggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcat 4817654  T
Q  305 ggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgc 360  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  4817655 gatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgc 4817710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 4862917 - 4862559
Alignment:
Q  2 actcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcg 101  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||| | |||||||| |||||||| | |||||| ||  | | ||||||||| || || |||||||| || ||||    
T  4862917 actcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcg 4862818  T
Q  102 gagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaa 201  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||  || ||| |||||| ||   | || | || |||  |||||||||||||    
T  4862817 gtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaa 4862718  T
Q  202 tgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttg 301  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  4862717 tgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttg 4862618  T
Q  302 catggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgc 360  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
T  4862617 catgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgc 4862559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 360
Target Start/End: Original strand, 4698284 - 4698636
Alignment:
Q  8 gtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttg 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| || | |||||| ||  | | |||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||    
T  4698284 gtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttg 4698383  T
Q  108 tgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaagg 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||   | ||   || |||| ||| |||||||||||||||    
T  4698384 tgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaagg 4698483  T
Q  208 tgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggt 307  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||| | ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  4698484 tgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgat 4698583  T
Q  308 gatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgc 360  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
T  4698584 gatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgc 4698636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 4847108 - 4847169
Alignment:
Q  1 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctac 62  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  4847108 gactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaatgttacctac 4847169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4652476 - 4652390
Alignment:
Q  74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
T  4652476 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4652390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4635813 - 4635744
Alignment:
Q  74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4635813 actcttaaatcagacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttgg 4635744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4629865 - 4629779
Alignment:
Q  74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
T  4629865 actctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4629779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4665891 - 4665805
Alignment:
Q  74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
T  4665891 actctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4665805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 74 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4660757 - 4660688
Alignment:
Q  74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  4660757 actctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattgg 4660688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 293 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4642441 - 4642362
Alignment:
Q  293 agttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggt 372  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  4642441 agttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggt 4642362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4671412 - 4671298
Alignment:
Q  258 gtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagct 357  Q
    ||||||||||| ||| ||||||  |  ||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |    
T  4671412 gtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtt 4671313  T
Q  358 tgcgttgaaattggt 372  Q
    || |||| |||||||    
T  4671312 tgtgttgcaattggt 4671298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4671581 - 4671527
Alignment:
Q  89 gtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  4671581 gtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttgg 4671527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 293 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 4635594 - 4635518
Alignment:
Q  293 agttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaatt 369  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |||||||| ||||    
T  4635594 agttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaatt 4635518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 83 - 143
Target Start/End: Original strand, 18926908 - 18926968
Alignment:
Q  83 tctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  18926908 tctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttgg 18926968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University