View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15374_low_6 (Length: 479)

Name: NF15374_low_6
Description: NF15374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15374_low_6
NF15374_low_6
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (17-385)||(26088323-26088691)
chr7 (17-385)||(26112111-26112479)
chr7 (17-468)||(26155729-26156183)
chr7 (17-468)||(19102702-19103153)
chr7 (17-468)||(26191806-26192257)
chr7 (17-466)||(26129108-26129560)
chr7 (89-468)||(26204498-26204877)
chr7 (93-468)||(26251465-26251840)
chr7 (80-468)||(26278300-26278688)
chr7 (80-468)||(26179687-26180075)
chr7 (93-468)||(26224139-26224514)
chr7 (17-468)||(26242941-26243392)
chr7 (17-437)||(26186783-26187209)
chr7 (87-461)||(26298059-26298433)
chr7 (17-465)||(26302350-26302798)
chr7 (17-334)||(26260413-26260730)
chr7 (88-334)||(26208023-26208269)
chr7 (90-312)||(26227586-26227808)
chr7 (381-466)||(26121220-26121305)
chr7 (378-464)||(26208319-26208405)
chr7 (378-444)||(26227874-26227940)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-454)||(44903798-44904231)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 26088323 - 26088691
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088323 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 26088422  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26088423 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcgattc 26088522  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26088523 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 26088622  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaaga 385  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26088623 cccagttggagcaaaagtaaacgagttctggaatagcactagtgaaaccgtagcggtgaagagggaaga 26088691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 26112111 - 26112479
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112111 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 26112210  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26112211 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcatcctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcgattc 26112310  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26112311 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 26112410  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaaga 385  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26112411 cccagttggagcaaaagtaaacgagttctggaatagcactagtgaaaccgtagcggtgaagagggaaga 26112479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Original strand, 26155729 - 26156183
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155729 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 26155828  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  26155829 aaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcaactc 26155928  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26155929 tcgaaagcttgaattctggtttgccaatgattacatggccaatgtttggtgatcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagatagcggt 26156028  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagt---gaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatg 413  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||   |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26156029 cccagttggagcaaaagaaaataagttatggactagcactagtagtgaagacgtagtggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttgatg 26156128  T
Q  414 ggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26156129 ggaagtgaccaagagagcaaagcaatgagggtgagagcaaagaaacttggtgatg 26156183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 19103153 - 19102702
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19103153 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgagagagatgagagtgaaaacagttttctacaagattttgaggcaaggatgaaagaaagc 19103054  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  19103053 aaaaagggatatatcatatggaattgggcaccgcaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggttggaactcaattc 19102954  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  19102953 tcgaaagcttgaattcgggtttgccaatgatcacatggccaatttttgctgagcagttttacaatgaaaagttgctcgtcgatgttttgaagataggggt 19102854  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatggga 416  Q
    |  ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||  | ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||    
T  19102853 cggagtaggagcaaaagtaaacaagttatggaatagccctagtgaagggatagtggtgaaaaggggagagatagtgaaggctgtggagattttgatggga 19102754  T
Q  417 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19102753 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatg 19102702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Original strand, 26191806 - 26192257
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26191806 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatatggatgagagtgaaaacagtttcctacaagattttgagggaaggatgaaagaaagc 26191905  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26191906 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagcttcagatattggatcaccctgcaacaggtggaattgtgactcactgtggttggaactcgattc 26192005  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192006 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcgtggccaatgtttgccgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 26192105  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatggga 416  Q
    || |||||||||||||| |||  |||  ||| |||| | | ||| |  ||    ||| |  ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  26192106 ccgagttggagcaaaagaaaacaagtcatgggatagtatttgtgtagaggcgatggttagaagggaagagattgcaaaggctgttgagattttgatggga 26192205  T
Q  417 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192206 agtggacaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 26192257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 17 - 466
Target Start/End: Original strand, 26129108 - 26129560
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26129108 aaattcaggtcataattttatatgggttgtaaggaaaaaggagagcgatgagagtgaaaacaatttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaaga 26129207  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||    
T  26129208 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccctgccataggaggaattgtgactcattgtggttggaactcaactc 26129307  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26129308 tcgaaagcttaaatgctggtttgccaatgattacatggccaaggtttggcgatcaattttacaatgaaaagttgctcgttgatgttttgaagataggggt 26129407  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcact---agtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatg 413  Q
      |||| |||||||||| |||  || |  ||| |||||||   ||| ||   |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26129408 ttcagtaggagcaaaagaaaacaagatgcggactagcactgaaagtaaagacgtagtggtgaaaagggaagagatagcgaaggctgtagagattttgatg 26129507  T
Q  414 ggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtga 466  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  26129508 ggaagcggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaaaaagcttggtga 26129560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 89 - 468
Target Start/End: Original strand, 26204498 - 26204877
Alignment:
Q  89 agattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggatt 188  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26204498 agattttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaatt 26204597  T
Q  189 gcgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagt 288  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||     
T  26204598 gtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgataacatggccaatatttgctgaacaattttacaatgagaagc 26204697  T
Q  289 tgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagat 388  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| | |||||| ||||||| ||  |||| |||  ||||| | |||||  ||||| |||||  ||||| |||||    
T  26204698 tgcttgttgatgttttgaagattggagtcgcggttggatcaaaagtgaaccagttttggcttagcattggtgaagaggtagtggtgagaagggaggagat 26204797  T
Q  389 agcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    || ||||||||| ||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26204798 agtgaaggctgttgagatattgatgggaaatggccaagtgagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatg 26204877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 93 - 468
Target Start/End: Original strand, 26251465 - 26251840
Alignment:
Q  93 tttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcga 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26251465 tttgaggaaaggatgaaagaaagcaacaagggctatatcatctggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtga 26251564  T
Q  193 ctcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgct 292  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26251565 ctcattgtggttggaactcaactcttgaaagcttaaatgctggtttgccaatgatcacgtggccagtgtttgctgagcaattttacaatgagaagttgct 26251664  T
Q  293 tgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcg 392  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||| ||  | |||||||  || || |||||  |||||||| || ||     
T  26251665 agttgatgttttgaagataggggtcccagtaggagcaaaagaaaataagttatggattaatattagtgaagaggaagtggtgagaagggaagaaattgca 26251764  T
Q  393 aaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    | ||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26251765 atggctgttaagattttgatgggaagttgccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggcgatg 26251840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 80 - 468
Target Start/End: Original strand, 26278300 - 26278688
Alignment:
Q  80 tttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaaca 179  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||      
T  26278300 tttcctgcaagaatttgagaaaaggatgaaagaaagcaacaagggctacatcatatgggattgggcaccacaactgctgatattggaataccctgcaatc 26278399  T
Q  180 ggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttaca 279  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||| ||| |||||||||    
T  26278400 ggagggattgtgactcattgtggttggaactcaactcttgaaagcgtaaatgctggtttgccaatgatcacgtggccagtgtttgccgaggaattttaca 26278499  T
Q  280 atgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagag 379  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| || || ||||| |  || |  |||||  ||    
T  26278500 atgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaacaagttatggactaacattagtgtagaggaaatggtgagaag 26278599  T
Q  380 ggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26278600 ggaagagatagtgaaggctgtagagattttgatgggaattagccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 26278688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 80 - 468
Target Start/End: Original strand, 26179687 - 26180075
Alignment:
Q  80 tttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaaca 179  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26179687 tttcctgcaagaatttgaggaaaggttgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcatcacaacttctgatattagatcaccctgcaaca 26179786  T
Q  180 ggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttaca 279  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||  | ||||||||||||||| | |||||  | |||||||||||||||||||    
T  26179787 ggagggattgtgactcactgtggttggaactcaattcttgaaagtgtgaactcgggtttgccaatgatcacgtggccggtgtttgctgagcaattttaca 26179886  T
Q  280 atgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagag 379  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | || |||| || || || || |  |  || |||||  ||    
T  26179887 acgagaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagtaggagcaaaagaaaacaatttatggattaacattaatgtagagaaagtggtgagaag 26179986  T
Q  380 ggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
     ||||| ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179987 agaagatatagttaaggctgtaaagattttgatgggaagtgaccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 26180075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 93 - 468
Target Start/End: Original strand, 26224139 - 26224514
Alignment:
Q  93 tttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcga 192  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26224139 tttgagaaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggccccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtga 26224238  T
Q  193 ctcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgct 292  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  26224239 ctcactgtggttggaactcaattcttgaaagcttgaattctggtttgccaatgataacatggccaatatttgctgaacaattttacaatgagaagctgct 26224338  T
Q  293 tgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcg 392  Q
    |||||||||||||||||| || ||| | |||||| ||||||| ||  |||| |||  ||||| | |||||  ||||| |||||  ||||| ||||||| |    
T  26224339 tgttgatgttttgaagattggagtcgcggttggatcaaaagtgaaccagttttggcttagcattggtgaagaggtagtggtgagaagggaggagatagtg 26224438  T
Q  393 aaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26224439 aaggctgttgagatattgatgggaagtggtcaagagggaaaagtgatgaggatgagagcaaagaagcttggtgatg 26224514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Original strand, 26242941 - 26243392
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||| |  | ||||  || | |   |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26242941 aaattcaggtcataattttatctgggttataaaaaaagatgataaagttgaggatggagaaggtttcctgcaagaatttgaggaaaggatgaaagaaagc 26243040  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  26243041 aacaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattggatcacccagcaacaagaggaattgtgactcactgtggttggaactcaattc 26243140  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||| | | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26243141 ttgaaagcttgaattctggtttgccaatgattacgtggccagtgtcttctgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttaaagataggggt 26243240  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatggga 416  Q
    |||||  ||||||||||||||  |||||||||  | || ||  | |   | |  |||||  |||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||    
T  26243241 cccagcaggagcaaaagtaaacaagttctggatgaacattacagtagatgaaatggtgagaagggaagagattacaaaggctgttgagattttgatggga 26243340  T
Q  417 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26243341 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtgatg 26243392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 437
Target Start/End: Original strand, 26186783 - 26187209
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaa-------ggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaa 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||| | || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  26186783 aaattcagatcataattttatctgggttgtaacttataaggaaaaaggaaagagatgagagtgaaaacactttcctacaagattttgag-aaagaatgaa 26186881  T
Q  110 agaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaac 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  26186882 agaaagcaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaac 26186981  T
Q  210 tcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaaga 309  Q
    || ||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26186982 tcaattctggaaagcgtgaactcgggtttgccaatgatcacatggccaatgtctgaggagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaaga 26187081  T
Q  310 taggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagatttt 409  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||  |||||| || || || ||||| |   | |  |||||  |||||||||||||  ||||||||  |||||||    
T  26187082 taggggtccaagtaggagcaaaagaaaacaagttctagattaacattagtgtagatgaaatggtgagaagggaagagatagttaaggctgtgaagatttt 26187181  T
Q  410 aatgggaagtggccaagagagcaaagaa 437  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26187182 gatgggaagtggccaagagagaaaagaa 26187209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 87 - 461
Target Start/End: Original strand, 26298059 - 26298433
Alignment:
Q  87 caagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggaggga 186  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  26298059 caagaatttgaggaaaggattaaagaaagcagcaagggctatatcatatgggactgggcaccgcaacttctgatattggaccaccctgcaacaggaggaa 26298158  T
Q  187 ttgcgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaa 286  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  26298159 ttgtgactcattgtggttggaactcaactctcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcacatggcctatttttgctgagcaattttacaatgagaa 26298258  T
Q  287 gttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagag 386  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||| |||  |  || ||||| |  |  || |||||  |||||||||    
T  26298259 gttgcttgttgatgttttaaagataggggtcccagtcggagcaaaagaaaacaagttatggcttgacattagtgtagagaaagtggtgagaagggaagag 26298358  T
Q  387 atagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaactt 461  Q
    |||| |||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298359 atagagaagactgtgaagattttgatgggaagcggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaactt 26298433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 465
Target Start/End: Original strand, 26302350 - 26302798
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagc 116  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||| | |||||||| ||  |||||  |||| |   |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  26302350 aaattcaggtcatagttttatttgggtcgtacgaaaatatgatagaaatgaggatgaagaaggtttcctgcaagtatttgaggaaaggatgaaagaaagc 26302449  T
Q  117 aaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattc 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  26302450 aaaaaaggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctaatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgttgttggaactcaattc 26302549  T
Q  217 ttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggt 316  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||    
T  26302550 tcgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcacatggcccatttttgctgagcaatttaacaacgagaagtttcttgttgatgttttgaagattggagt 26302649  T
Q  317 cccagttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatggga 416  Q
      | |||||| ||||||  || ||||| |||||||| | ||||| |  || |   ||||  ||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||||    
T  26302650 ttctgttggatcaaaagagaacgagttttggaatagaattagtgtagaggcaattgtgagaagggaagagattgcaaaggccgttgagattttgatggga 26302749  T
Q  417 agtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtg 465  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||    
T  26302750 aatggccaagagagcaaagaaatgaggaagaaagctaaaaatcttggtg 26302798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 334
Target Start/End: Original strand, 26260413 - 26260730
Alignment:
Q  17 aaattcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgaga-gtgaaa-acactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaa 114  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |  ||| ||| | || || ||| ||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  26260413 aaattcaggtcataatttcatttgggttgttaggaaaaa--agacggaggcgaagtcaaagacagttttcttcatgattttgagcaaaggatgaaagaaa 26260510  T
Q  115 gcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  26260511 gcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacagctccttatattggatcaccctgcaacaggagggattgtgactcactgtggatggaactcaat 26260610  T
Q  215 tcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggg 314  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  26260611 tcttgaaagcttgaactcgggtttgccaatgattgcatggccaatgtttgctgagcaattttacaatgagaagttgcttgttgatgttttgaagattgga 26260710  T
Q  315 gtcccagttggagcaaaagt 334  Q
    ||  |||||||| |||||||    
T  26260711 gtttcagttggatcaaaagt 26260730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 88 - 334
Target Start/End: Original strand, 26208023 - 26208269
Alignment:
Q  88 aagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggat 187  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  26208023 aagattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacagcttctcatattaggccaccctgcaacaggagggat 26208122  T
Q  188 tgcgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaag 287  Q
     | |||||| ||||||||||| || |||||||||||| | | || |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  26208123 agtgactcattgtggttggaattcaattcttgaaagccttagtgttggtttacccatgattgcatggccaatgtttgctgagcaattttacaatgagaaa 26208222  T
Q  288 ttgcttgttgatgttttgaagataggggtcccagttggagcaaaagt 334  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||||||    
T  26208223 ttgcttgttgatgttttgaagattggagtttcagttggatcaaaagt 26208269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 90 - 312
Target Start/End: Original strand, 26227586 - 26227808
Alignment:
Q  90 gattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaaagggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattg 189  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||| | |    
T  26227586 gattttaagcaaaggatgaaagaaaacaaaaagggatatatcatatggaattgggcaccacaacttctcatattaggtcaccctgcaacagcaggggtag 26227685  T
Q  190 cgactcactgtggttggaactcgattcttgaaagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagtt 289  Q
     |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| |    
T  26227686 tgactcattgtggttggaactcaattcttgaaagcttgagtgttagtttgccaattattacatggccaatgtttgcggagcagttttacaatgagaagct 26227785  T
Q  290 gcttgttgatgttttgaagatag 312  Q
     ||||||  ||||||||||||||    
T  26227786 tcttgtttttgttttgaagatag 26227808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 466
Target Start/End: Original strand, 26121220 - 26121305
Alignment:
Q  381 gaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggtga 466  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26121220 gaagagatagcgaaggccgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgatgatgagagcaaagaaacttggtga 26121305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 464
Target Start/End: Original strand, 26208319 - 26208405
Alignment:
Q  378 agggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaagaaacttggt 464  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||| || |||||||| ||| | ||| |||||||||    
T  26208319 agggaagagattgcaaaggctgttgagattttgatgggaagtgaagaagagagcatagcaatgaggaggagggtaaaaaaacttggt 26208405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 378 - 444
Target Start/End: Original strand, 26227874 - 26227940
Alignment:
Q  378 agggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtggccaagagagcaaagaaatgagga 444  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||| || ||||||||    
T  26227874 agggaagagattgcaaaggctgttgagattttgatgggaagtgaagaagagagcatagcaatgagga 26227940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 21 - 454
Target Start/End: Original strand, 44903798 - 44904231
Alignment:
Q  21 tcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaatatgagagggatgagagtgaaaacactttccttcaagattttgaggaaaggatgaaagaaagcaaaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||  ||  |   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  44903798 tcaggtcataattttatctgggttgtaaggaaaaatgatagagacgagaacgaggaaggtttcctgcaagattttgaggaaagggtgaaagaaagcaaca 44903897  T
Q  121 agggctatatcatatggaattgggcaccacaacttctgatattggatcaccctgcaacaggagggattgcgactcactgtggttggaactcgattcttga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44903898 agggctatatcatatggaattgggcaccgcagcttctcatattggatcaccctgcaacaggaggaattgtgactcactgtggttggaactcaactcttga 44903997  T
Q  221 aagcttgaatgctggtttgccaatgatcgcatggccaatatttgctgagcaattttacaatgaaaagttgcttgttgatgttttgaagataggggtccca 320  Q
    |||| | | || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44903998 aagcattagtgttggtttgccaatgatcacatggccaatgtttgctgaacaattttacaatgagaggttgcttgttgatgttttgaagataggggtccca 44904097  T
Q  321 gttggagcaaaagtaaatgagttctggaatagcactagtgaaacggtagcggtgaagagggaagagatagcgaaggctgtagagattttaatgggaagtg 420  Q
    ||||||||||||| |||  |||| |||||||||  || || |  || |  ||| |  ||||||||||| || |||||||  ||||||||  |||||| ||    
T  44904098 gttggagcaaaagaaaacaagttatggaatagctttactgtagaggcaatggttagaagggaagagattgcaaaggctgcggagattttgttgggaaatg 44904197  T
Q  421 gccaagagagcaaagaaatgaggatgagagcaaa 454  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  44904198 gtcaagacagcaaagaaatgaggacgagagcaaa 44904231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University