View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15375_low_4 (Length: 390)

Name: NF15375_low_4
Description: NF15375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15375_low_4
NF15375_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-385)||(18701787-18702145)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (28-388)||(4084289-4084655)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (24-390)||(43896175-43896541)
chr8 (24-390)||(44306629-44306995)
chr8 (45-390)||(44312408-44312753)
chr8 (23-390)||(44301521-44301890)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (25-294)||(8158816-8159085)
chr6 (316-390)||(8159128-8159202)
chr6 (234-294)||(409891-409951)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (54-269)||(35856591-35856802)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (203-259)||(10541388-10541444)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 28 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18702145 - 18701787
Alignment:
Q  28 aactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtc 127  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||    
T  18702145 aactattaatggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaagttgaattgtc 18702046  T
Q  128 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18702045 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggcttttgcaaattggcatgagaggtatttcaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaag 18701946  T
Q  228 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac-atgacgatctgattgaggatcttgatgaagct 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |   ||   || |||||  |||||||||||    
T  18701945 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgggcaagagacgaagttaataaaatcgaggaagttgatgaagct 18701846  T
Q  327 catgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttac 385  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18701845 catgctggagaaattgtttttgtttttgatgctcatcttgaatctggagatacttttac 18701787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 28 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 4084655 - 4084289
Alignment:
Q  28 aactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtc 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||     
T  4084655 aactatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcatgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaattgtt 4084556  T
Q  128 tggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084555 tggaagtattgatgcaccatttgttggaaaggctttcacatattggcataggccgtttttaaaattaacttatctaagaatctatcagggtgttatcaag 4084456  T
Q  228 aagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaagctc 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||  ||  |||| |||   ||||||||||||    
T  4084455 aagggtgattttattacaaatgttaacaccggtaagaagattaagattcctcgtttgtttaagagacatgataatacgattaaggcagttgatgaagctc 4084356  T
Q  328 atgctggagaaattgtttttgt------gtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactga 388  Q
    ||||||||||| ||||| ||||      ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  4084355 atgctggagaacttgttattgtgttaaagtttgatgctattcttaaatctggagatacttttactga 4084289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 24 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 43896541 - 43896175
Alignment:
Q  24 ttagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaat 123  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  43896541 ttagaactacttatggagggtgtaattaggtatttgccgggtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggtgagaaagttgaat 43896442  T
Q  124 tgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttat 223  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||  |  |||||   ||  |  | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43896441 tgtctggaagcattgatgcgccatttgttgcaaaggttttcacaaatgtgattaggaatgatggattagtaacttatctaagaatctatcagggtgttat 43896342  T
Q  224 caagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaa 323  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||    
T  43896341 taagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattcagattcctcgtttgtttaagagacatgatgataagattgaggaagttgatgaa 43896242  T
Q  324 gctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatg 390  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43896241 gctcatgctggagagattattattgtgttagatgctattcttaaatctggagatactttcactgatg 43896175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 24 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 44306995 - 44306629
Alignment:
Q  24 ttagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaat 123  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  || || |||||| ||||||    
T  44306995 ttagaactacttagggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatctaaataagaatggtgagaaaattgaat 44306896  T
Q  124 tgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcata---ggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgt 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   | ||   |||   | |||   || ||||||||||||||||||||||||||    
T  44306895 tgtctggaagtattgatgcgccatttgttgcaaaggctttcacaaataatcttaacaggagtgactta---ttaacttatctaagaatctatcagggtgt 44306799  T
Q  221 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgat 320  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||| || |||||    
T  44306798 tattaagaaggatgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagattcttaccttgtgtaagagacatgatgatgagattgagtatgttgat 44306699  T
Q  321 gaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatg 390  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306698 gaagctcatgctggagaaattgttatgttgttcgatgctcttcttaaatctggagatacttttactgatg 44306629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 45 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 44312753 - 44312408
Alignment:
Q  45 gtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgcac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  44312753 gtaattaggtatttgccaagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaattgtctggaagtgttgatgagc 44312654  T
Q  145 catttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaa-atttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttatta 243  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||  | ||||||  ||  ||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44312653 catttgtagcaaaggttttcacaaatatgtataggat-taggtacttattaacttatctaagaatctatcagggtgttattaagaagggtgattttatta 44312555  T
Q  244 caaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgatgaagctcatgctggagaaattgt 343  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| | | |  |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312554 caaacgttaacactggtaagaagattaagattccttgtttgggtaagagacattatggtaagattaaggaagttgatgaagctcatgctggagaaattgt 44312455  T
Q  344 ttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatg 390  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44312454 ttttgtgtttggtgctattcttagatctggagatacttttactgatg 44312408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 23 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 44301890 - 44301521
Alignment:
Q  23 attagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaa 122  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||    
T  44301890 attagaactacttatggaggatgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataagaatggtgagaaagttgaa 44301791  T
Q  123 ttgtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaattt--acttatctaagaatctatcagggtgt 220  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| | || |||   ||  |   |||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  44301790 ttgtctggaagtgttgatgcgccatttgtagcaaaggttttcacaaatttgtattggagtgatggattcttttaacttgtctaagaatctatcagggtgt 44301691  T
Q  221 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagacatgacgatctgattgaggatcttgat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |||  |||||||||||| ||| ||||||||  | |||||    
T  44301690 tatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattcagatttatagcttgtctaagagacatgatgatgtgattgagtttgttgat 44301591  T
Q  321 gaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatg 390  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |  |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301590 gaagctcatgccggagaaattgttattgtgttagctattgttcttaaatctggagatacttttactgatg 44301521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 25 - 294
Target Start/End: Original strand, 8158816 - 8159085
Alignment:
Q  25 tagaactatttaaggagggtgtaattaggtatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaatt 124  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  8158816 tagaagtatttatggagggtgtaattaggtatttgccgagtccaatcgatgttagtaattatgctcttgatcaaaataggaatggcgagaaagttgaatt 8158915  T
Q  125 gtctggaagtattgatgcaccatttgttgcaaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatc 224  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  8158916 gtctggaagtattgatgctccatttgttgcaaaggctttcgtaacttggtataggatgtatttaaaattaacttacctaagaatttatcagggtgttatt 8159015  T
Q  225 aagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  8159016 aagaagggtgattttattacaaatgttaacactggtaagaagattgagattcctcgtttgggtaagagac 8159085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 316 - 390
Target Start/End: Original strand, 8159128 - 8159202
Alignment:
Q  316 ttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttaaatctggagatacttttactgatg 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  8159128 ttgatgaagctcatgctggagaaattgtttttgtgtttgatgctcatcttgaatctggagatacttttaccgatg 8159202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 234 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 409951 - 409891
Alignment:
Q  234 gattttattacaaatgttaacactggtgagaagattctgattcctcgtttgggtaagagac 294  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||  ||||||||    
T  409951 gattttattactaatgttaacactggtaagaagattaaggttcctcgtatgtttaagagac 409891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 54 - 269
Target Start/End: Original strand, 35856591 - 35856802
Alignment:
Q  54 tatttgccaagtccaatcaatgttagtaattatgctcttgatcaaaatagaaagggcgagaaagttgaattgtctggaagtattgatgcaccatttgttg 153  Q
    |||||||| ||||||||  || | |||||||||||||||||||||  ||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||| |    
T  35856591 tatttgccgagtccaattgatttgagtaattatgctcttgatcaagctaggaatggagagaaagtagaattgtctggaagtattgatgggccgtttgtcg 35856690  T
Q  154 caaaggctttcgcaaattggcataggacctatttaaaatttacttatctaagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaa 253  Q
    ||  ||||||| | |    ||||||||    ||  ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |  || || ||||||||||| ||||||||    
T  35856691 cattggctttcacga----gcataggatgctttgtaaattaacatatctaagaatctatcagggcgttattagaaaaggggattttattactaatgttaa 35856786  T
Q  254 cactggtgagaagatt 269  Q
    ||||||||||||||||    
T  35856787 cactggtgagaagatt 35856802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 203 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 10541444 - 10541388
Alignment:
Q  203 aagaatctatcagggtgttatcaagaagggtgattttattacaaatgttaacactgg 259  Q
    |||||||||| ||||||| ||   |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10541444 aagaatctatgagggtgtcattcggaagggagattttattacaaatgataacactgg 10541388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University