View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15378_low_1 (Length: 831)

Name: NF15378_low_1
Description: NF15378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15378_low_1
NF15378_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-817)||(43089704-43090505)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 782; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 782; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 817
Target Start/End: Original strand, 43089704 - 43090505
Alignment:
Q  17 aaaattgaaatatataaacatcaaaccaagttcattaacactttctttacttctaattgaagctataataatactttaaaacataaaaagcctagaattt 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43089704 aaaatagaaatatataaacatcaaaccaagttcattaacactttctttagttctaattgaagctataataatactttaaaacataaaaagcctagaattt 43089803  T
Q  117 gaatctgactagttcaatttgagcaaaatctgtttttcttagaactgcattagtaaaatcacataattaattaaagaaaagtgaatcaaacttaccaagt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43089804 gaatctgactagttcaatttgagcaaaatctgtttttcttagaactgcattagtaaaatcacataattaattaaagaaaagtgaatcaaacttaccaagt 43089903  T
Q  217 aacccctaaatgtggtttgaatcttgacagcagcaaatttctggtgtccaccaccaaacatggtgtctctgccgtggctggttaatctaaccacagcc-a 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43089904 aacccctaaatgttgtttgaatcttgacagcagcaaatttctggtgtccaccaccaaacatggtgtctctgccgtggctggttaatctaaccacagccca 43090003  T
Q  316 cggcagcttgagcagctgccacagcagcatctgcggctgctgctgttgcagctgctaccgcaatggcgtgcttgttttgctccttctcagtttctgagta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090004 cggcagcttgagcagctgccacagcagcatctgcggctgctgctgttgcagctgctaccgcaatggcgtgcttgttttgctccttctcagtttctgagta 43090103  T
Q  416 gaaggattgaacccaagcagcttctgcaggtgaaatgttgggaggtatggtagctggattatgacacaagcctctcgaatctctctttgagaaatcttga 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090104 gaaggattgaacccaagcagcttctgcaggtgaaatgttgggaggtatggtagctggattatgacacaagcctctcgaatctctctttgagaaatcttga 43090203  T
Q  516 gaaggaggatgaggaagagaaggattccatttggtacttgaagaatttgagtttgaattatctctgtctttctttatcccaaacaaactcttgaaccacc 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090204 gaaggaggatgaggaagagaaggattccatttggtacttgaagaatttgagtttgaattatctctgtctttctttatcccaaacaaactcttgaaccacc 43090303  T
Q  616 ttatggttctacccattggttgtagtgtttgaggacttggaagaatactagtgcaagttgaagtgtgaaaattaacctacaaaaacacaaacaagtcaca 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090304 ttatggttctacccattggttgtagtgtttgaggacttggaagaatactagtgcaagttgaagtgtgaaaattaacctacaaaaacacaaacaagtcaca 43090403  T
Q  716 gtttattaagaccaaagaaaatgcctcgtgaaaaactacattacatgacaaaaacacacctctggaacatggggtgaagcatggaaagcaaaatcaaaca 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43090404 gtttattaagaccaaagaaaatgcctcgtgaaaaactacattacatgacaaaaacacacctctggaacatggggtgaagcatggaaagcaaaatcaaaca 43090503  T
Q  816 ac 817  Q
    ||    
T  43090504 ac 43090505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University