View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15380_low_1 (Length: 717)

Name: NF15380_low_1
Description: NF15380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15380_low_1
NF15380_low_1
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (10-520)||(5159986-5160497)
chr4 (13-520)||(5182234-5182739)
chr4 (13-520)||(5195628-5196139)
chr4 (17-517)||(5172905-5173400)
chr4 (107-520)||(4856686-4857097)
chr4 (20-517)||(4842125-4842620)
chr4 (13-520)||(5213794-5214296)
chr4 (513-717)||(5172648-5172852)
chr4 (513-717)||(4842673-4842877)
chr4 (515-717)||(5159728-5159934)
chr4 (513-710)||(5195381-5195578)
chr4 (513-710)||(5181983-5182184)
chr4 (91-430)||(7142256-7142598)
chr4 (513-655)||(5213602-5213744)
chr4 (233-286)||(5203271-5203324)
chr4 (402-517)||(5202773-5202885)
chr4 (16-71)||(4856621-4856676)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5160497 - 5159986
Alignment:
Q  10 cagaacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtat 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  5160497 cagaatctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagtttttttatcttaccaattgatgaaggtat 5160398  T
Q  110 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160397 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 5160298  T
Q  210 atatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 309  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160297 atatccaaataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 5160198  T
Q  310 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5160197 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5160098  T
Q  409 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgc 508  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160097 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgc 5159998  T
Q  509 atgtaatttcca 520  Q
    ||||||||||||    
T  5159997 atgtaatttcca 5159986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 13 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5182739 - 5182234
Alignment:
Q  13 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5182739 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtactcaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5182640  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   || |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5182639 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaatacttaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5182540  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 312  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || |||||||| |||||||| |    
T  5182539 tccaaataattcatgttatgattatctatcaaccaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaatatcaaattatattgatatg 5182440  T
Q  313 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  5182439 aaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgtcttttc 5182340  T
Q  412 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatg 511  Q
    |||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182339 agtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatg 5182243  T
Q  512 taatttcca 520  Q
    |||||||||    
T  5182242 taatttcca 5182234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5196139 - 5195628
Alignment:
Q  13 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||   |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5196139 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattttgagagaagtccaagagttgaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5196040  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || | |||||||||| | | | ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5196039 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaacattaggaaggaatataccgatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5195940  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 309  Q
    |||| |||  | |||| || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||  ||| ||||| | ||| ||| |||   | | |||||| |||||||    
T  5195939 tccaaatatatcatgtcatcattatgtatcaaccaattacttgggagtgagccatttatattgttgctggagaggaccaagtataccaaattatattgat 5195840  T
Q  310 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 408  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5195839 atgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5195740  T
Q  409 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgc 508  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195739 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgc 5195640  T
Q  509 atgtaatttcca 520  Q
    ||||||||||||    
T  5195639 atgtaatttcca 5195628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 17 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 5173400 - 5172905
Alignment:
Q  17 tgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173400 tgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaattattatgagagaggtcaaagtactcaagatttttcatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 5173301  T
Q  117 tcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatcca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||| |||      || ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  5173300 tcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaatacttggaaggaatatatc------ttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatcca 5173207  T
Q  217 tataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaag 316  Q
     ||| |  |||  || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||    
T  5173206 aatattgtatggcatcattatttatcaaccaacttgggagtgagccaacaatattgttgctagagaggtccatcagtatcaaattatattgataagaaag 5173107  T
Q  317 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5173106 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtt 5173007  T
Q  416 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatgtaat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||    
T  5173006 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaaaatgatccttgcatgtaat 5172907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 107 - 520
Target Start/End: Original strand, 4856686 - 4857097
Alignment:
Q  107 tatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||    
T  4856686 tatatttccttcaaagctattccatgaaatgttcaaataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgttt 4856785  T
Q  207 gatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtatt 306  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || | |||||| ||||    
T  4856786 gatatatccaaataattcatgttatgattatctatcaacgaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaataccaaattatatt 4856885  T
Q  307 gataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgt 405  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4856886 gatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgt 4856985  T
Q  406 tttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatcct 505  Q
     ||||||||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4856986 cttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaatgatcct 4857082  T
Q  506 tgcatgtaatttcca 520  Q
    |||||||||||||||    
T  4857083 tgcatgtaatttcca 4857097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 20 - 517
Target Start/End: Original strand, 4842125 - 4842620
Alignment:
Q  20 ggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttccttca 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4842125 ggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtacttaagttttttcatcttacaaattgatgaaggtatatttccttca 4842224  T
Q  120 aagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatccatat 219  Q
    ||| ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||    
T  4842225 aagttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatccaaat 4842324  T
Q  220 aattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaagaaa 319  Q
    | |  |||  |  ||||| ||||||||||||||||  ||||||||   | ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  4842325 attgtatgccaacattatttatcaaccaacttgggagtgagccaa---tattgttgctagagaggtccatcactatcaaattatattgataagaaagaaa 4842421  T
Q  320 agtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtttca 418  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4842422 agtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtttca 4842521  T
Q  419 atgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatgtaattt 517  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||    
T  4842522 atgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaaaatgatccttgcatgtaattt 4842620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 13 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5214296 - 5213794
Alignment:
Q  13 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5214296 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattatgagagaggtccaaggactcaagttttttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5214197  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||| ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  || || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  5214196 tccttcaaagttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagaaaaccacttaaactgttgattgatata 5214097  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 312  Q
    |||| ||| || ||   |  |  |||||| ||||| |||||| || | ||||| | |||||| | ||| ||||||| ||| |||||| | |||||||| |    
T  5214096 tccaaatatttcat---agaagaatgtatgaaccatcttgggaataaaccaaccaatttgttgctggataggtccatcaatatcaaactatattgatatg 5214000  T
Q  313 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  5213999 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccactttgtcttttc 5213900  T
Q  412 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatg 511  Q
    ||||||||||| | | ||| |||   |||  |||||||||||||||  | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213899 agtttcaatgtttgcaccaatgc---tttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttgcatg 5213803  T
Q  512 taatttcca 520  Q
    |||||||||    
T  5213802 taatttcca 5213794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 513 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 5172852 - 5172648
Alignment:
Q  513 aatttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgat 612  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||    
T  5172852 aatttccactgaatagattatggctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgat 5172753  T
Q  613 atctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaagt 712  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172752 atccagttctaccaaatccttcaaattgcatagtcctgtcataattaactatgtccagttatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaagt 5172653  T
Q  713 ttttc 717  Q
    |||||    
T  5172652 ttttc 5172648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 513 - 717
Target Start/End: Original strand, 4842673 - 4842877
Alignment:
Q  513 aatttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgat 612  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||    
T  4842673 aatttccaccgaacagattatggctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgat 4842772  T
Q  613 atctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaagt 712  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4842773 atccagttcttccaaatccttcaaattgcatagtcctgtcataattaactatgtccggtcatctttcaaaaaattaacattatcataaaaatcttaaagt 4842872  T
Q  713 ttttc 717  Q
    |||||    
T  4842873 ttttc 4842877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 515 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 5159934 - 5159728
Alignment:
Q  515 tttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgatat 614  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | | ||||||    
T  5159934 tttccactgaacagattattactaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatat 5159835  T
Q  615 ctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcataa----ttaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaa 710  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159834 ccagttctaccaaatccttcaaattgcatagtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaa 5159735  T
Q  711 gtttttc 717  Q
    |||||||    
T  5159734 gtttttc 5159728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 513 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 5195578 - 5195381
Alignment:
Q  513 aatttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgat 612  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| | | ||||    
T  5195578 aatttccactgaacagattattactaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgat 5195479  T
Q  613 atctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaa 710  Q
    ||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195478 atccagttctaccaaatccttaaaattgcatagtcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaa 5195381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 513 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 5182184 - 5181983
Alignment:
Q  513 aatttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgat 612  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5182184 aatttccactgaacagattattactaagttcaagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgat 5182085  T
Q  613 atctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcataa----ttaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatctta 708  Q
    ||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182084 atccaattctaccaaatccttcaaattgcatagtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctatacaaaaattgacattatcataaaaatctta 5181985  T
Q  709 aa 710  Q
    ||    
T  5181984 aa 5181983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 91 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 7142598 - 7142256
Alignment:
Q  91 taccaattgatgaaggtatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaaccc 190  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |    | |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||    
T  7142598 taccaattgattaaggtatatttccttgaaagctattcaatgaaaagttcagatagtcaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaacc 7142499  T
Q  191 acttaaattgttgtttgatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtcc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||   || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  7142498 acttaaattgttgtttgatatatccaaatgttgtatcccatcattatgtatcaaccaatttcttgggagtgagccaactatattgtttctggagaggtcc 7142399  T
Q  288 accaacatcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaa 387  Q
    |  ||   |||||| | |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  || ||||  |  | |||||    
T  7142398 aagaatgccaaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaa 7142300  T
Q  388 atttaggaaaccac-ttgttttttcagtttcaatgtgtactcca 430  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  7142299 atctaggaaaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcca 7142256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 513 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 5213744 - 5213602
Alignment:
Q  513 aatttccactgaacaaattatcgctaagatcaagaagtctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcaccaaacatgttatagttgat 612  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || | ||||||||||||| ||||    
T  5213744 aatttccactgaacaaattatagctaagttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgat 5213645  T
Q  613 atctagttcttccaaatccttcaaattgcataatcctgtcata 655  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5213644 atctagctctaccaaatccttcaatttgcatagtcctgtcata 5213602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5203324 - 5203271
Alignment:
Q  233 attatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtc 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  5203324 attatgtatcaaccaacttgggaatgagccaactattttgtttctggtaaggtc 5203271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 402 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 5202885 - 5202773
Alignment:
Q  402 ttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 501  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| | |   || |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  5202885 ttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttct---gaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaatgg 5202789  T
Q  502 tccttgcatgtaattt 517  Q
    ||||||| ||| ||||    
T  5202788 tccttgcgtgtgattt 5202773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 71
Target Start/End: Original strand, 4856621 - 4856676
Alignment:
Q  16 ctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaag 71  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4856621 ctgtggccaattgttcaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaag 4856676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University