View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15382_low_5 (Length: 397)

Name: NF15382_low_5
Description: NF15382
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15382_low_5
NF15382_low_5
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (21-378)||(1962883-1963240)
chr8 (32-377)||(2015190-2015535)
chr8 (32-362)||(2018588-2018918)
chr8 (200-377)||(2432951-2433128)
chr8 (44-362)||(2008191-2008509)
chr8 (44-362)||(2011806-2012124)
chr8 (61-362)||(1968523-1968824)
chr8 (221-330)||(2004843-2004952)
chr8 (221-325)||(1964747-1964851)
chr8 (44-184)||(2004989-2005129)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (26-335)||(5902067-5902376)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (44-105)||(18189870-18189931)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 378
Target Start/End: Original strand, 1962883 - 1963240
Alignment:
Q  21 tctgtcacctctttgtcttcatacttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggtt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962883 tctgtcacctctttgtcttcatacttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggtt 1962982  T
Q  121 gtgtcccgattcatggtcgggattttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962983 gtgtcccgattcatggtcgggattttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttt 1963082  T
Q  221 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963083 tgatggtgttcttattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagatgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 1963182  T
Q  321 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctga 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963183 cccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctga 1963240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 32 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2015535 - 2015190
Alignment:
Q  32 tttgtcttcatacttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgatt 131  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  2015535 tttgtcttcatacttctatttgctcaagttagataaggaaacatcatgcgagtacagagatcttcctgggcctattcaaataccaggtagtgttccgatt 2015436  T
Q  132 catggtcgggattttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttc 231  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2015435 catggtcgggatctttttgagctagctcaagatagatccagtcaatcttacaaatacttactccaaggtgttgaaaaattgcgtctttttgatggtattc 2015336  T
Q  232 taattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatcca 331  Q
    | |||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015335 ttattaatagtttcatagaaatcgaaaacggtcctatagaagcactgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatcca 2015236  T
Q  332 aacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctg 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2015235 aacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgaatgtctg 2015190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 32 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 2018918 - 2018588
Alignment:
Q  32 tttgtcttcatacttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgatt 131  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  2018918 tttgtcttcatacttctatttgctcaagttgaataaggaaacatcatgtcagtacaaagatcttctagagcctattcaaataccaggctgtgtaccaatt 2018819  T
Q  132 catggtcgggattttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttc 231  Q
    ||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2018818 catggtcaggatcttgttgaccaagctcaagatagatcaagtcaatcttacaaattcttacttgaacgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtattc 2018719  T
Q  232 taattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatcca 331  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||  |||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2018718 ttattaatagcttcctagaaattgaaaaaggtcctatagaagcactcacagaagacagaagtggcaaccctgatgtttatgctgttggaccaattatcca 2018619  T
Q  332 aacactaacaacatctggtgatgatgctaat 362  Q
    ||| | ||| | ||| |||||||||| ||||    
T  2018618 aacgccaaccaaatcgggtgatgatgataat 2018588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 200 - 377
Target Start/End: Original strand, 2432951 - 2433128
Alignment:
Q  200 tgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaac 299  Q
    |||| |||||| |||| || |||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  2432951 tgttaaaaaataccgttttgttgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaaggggtcctataaaagcactgacagatgaaggaagtgaaaat 2433050  T
Q  300 cttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgctaataagtttgagtgtctg 377  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2433051 cctcttgtgtatcctgttggacccatcatccagacaataacaagttctgacgatgatgctaatatgttggagtgtctg 2433128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 2008509 - 2008191
Alignment:
Q  44 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 143  Q
    |||| ||||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | | |||||||||  |||||||||||||||| ||  | |||||  |||||    
T  2008509 cttctatttgcctaagctggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatatactagagcctataaaaataccaggttgtgtaccactccatggcagggat 2008410  T
Q  144 tttcttgacc-tagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 242  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||| || |||| ||   ||  ||  |  ||||||||||||  ||||||||    
T  2008409 tt-cttgagcatagctcaagatagatcaagtcaagcttacaaacacttcctcccatttgttaaacttttaagttctgctgatggtgttcttgttaatagc 2008311  T
Q  243 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 342  Q
    ||||| ||||| || | ||||||| ||   ||||||| ||| || ||| |||| |||| ||  |||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||    
T  2008310 ttcctagaaatagagatgggtcctctaagtgcaatgaaagaggagggaggtgacaaccctccagtgtatcctgttggacctattatcgaaacagaaacaa 2008211  T
Q  343 catctggtgatgatgctaat 362  Q
     |||||||||||||||||||    
T  2008210 aatctggtgatgatgctaat 2008191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 2012124 - 2011806
Alignment:
Q  44 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 143  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||| || || || ||  | |||||  |||||    
T  2012124 cttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagagatctcccagagcctatcaaagtaccgggctgcgtaccactccatggcagggat 2012025  T
Q  144 tttcttgacc-tagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagc 242  Q
     | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||| || |||  |||| |||  ||  || ||  ||||||||||||  ||||||||    
T  2012024 ct-cttgaccatagttcaagatagatcaagtcaagcttacaaatacttccttcaacatgttaaaagtttaagttttgctgatggtgttcttgttaatagc 2011926  T
Q  243 ttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaa 342  Q
    ||| | ||||| |||| ||| |||||| | ||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||     
T  2011925 ttcttagaaatggaaatgggacctataaatgcattgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtctatcctgttggacccatcatccagacagtaacag 2011826  T
Q  343 catctggtgatgatgctaat 362  Q
      |||| |||||||||||||    
T  2011825 gttctgttgatgatgctaat 2011806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 362
Target Start/End: Original strand, 1968523 - 1968824
Alignment:
Q  61 tggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggattttcttgacc-tagctc 159  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||  ||||| | ||||| | ||||||    
T  1968523 tggatgaggaaacatcatgtgagtatagagatataccagagcctataaaaataccaggctgtgtaccaatccatggcagggatct-cttgagcgtagctc 1968621  T
Q  160 aagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaa 259  Q
    |||||||||||||||||  ||||||   ||| |||| |  | || ||   ||  || ||  |||||||||| |  ||||||||||||||||| | || |     
T  1968622 aagatagatcaagtcaagtttacaaacacttcctcccactttttaaacttttaagttttgctgatggtgtttttgttaatagcttcctggaattggagat 1968721  T
Q  260 gggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccattatccaaacactaacaacatctggtgatgatgct 359  Q
    ||| ||||||   ||||||| ||| || |||||||| |||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||  || ||||||||||||    
T  1968722 gggacctataagtgcaatgaaagaggagggaagtgacaaccctccagtgtatcctgttggaccaattatccaaacagaaacaagttcaggtgatgatgct 1968821  T
Q  360 aat 362  Q
    |||    
T  1968822 aat 1968824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 221 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 2004952 - 2004843
Alignment:
Q  221 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 320  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| || | ||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  2004952 tgatggtgttcttgttaatagcttcctagaaatggagatgggtcctataagtgcaatgaaagatgaaggaagtgaaaaccctcctgtgtatcctgttgga 2004853  T
Q  321 cccattatcc 330  Q
    ||||| ||||    
T  2004852 cccatcatcc 2004843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 221 - 325
Target Start/End: Original strand, 1964747 - 1964851
Alignment:
Q  221 tgatggtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttgga 320  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||  |||| |  ||||||| ||||||||    
T  1964747 tgatggtgttcttgttaatagcttcttagaaatggaaatgggacctataaaagcaccgacagaggaaggaagtggcaacccttctgtgtatcctgttgga 1964846  T
Q  321 cccat 325  Q
    |||||    
T  1964847 cccat 1964851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 2005129 - 2004989
Alignment:
Q  44 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtcccgattcatggtcgggat 143  Q
    |||| ||||||  ||||||||| | ||||| |||||||||||  ||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||| || || |||||  ||||     
T  2005129 cttctatttgcctaagttggatgaagaaacatcatgtgagtatggagatataccagtgcctataaaaataccaggttgtgtaccaatccatggcaggga- 2005031  T
Q  144 tttcttga-cctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaa 184  Q
    | || ||| || | |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2005030 tctcatgagcccaactcaagataggtcaagtcaagcttacaa 2004989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 335
Target Start/End: Original strand, 5902067 - 5902376
Alignment:
Q  26 cacctctttgtcttcatacttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagcctattcaaataccaggttgtgtc 125  Q
    |||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||     
T  5902067 caccactttgtctttctacttctatttgctcaaattggataaggaaacatcatgtgagtacagagatctgccagaacctattcaagcaccaggttgtgta 5902166  T
Q  126 ccgattcatggtcgggattttcttgacctagctcaagatagatcaagtcaatcttacaagttctttctccaatgtgttgaaaaattccgtctttttgatg 225  Q
    || |||| |||||||||| |  ||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| || || ||| |||| ||  | ||||||    
T  5902167 ccaattcgtggtcgggatctcgttgcccaagctcaagatagatcgagccaatcttacaaattcttactccaacgtattaaaagattctgttctgttgatg 5902266  T
Q  226 gtgttctaattaatagcttcctggaaattgaaaagggtcctatagaagcaatgacagacgaaggaagtgaaaaccttcttgtgtatgctgttggacccat 325  Q
    |  | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| |  ||||||  || ||||||||||    
T  5902267 gcatacttattaatagcttcctggaaattgaaaaaggtcctatagaagcactgacagaagaaggaagtggtaaccctgctgtgtaccctattggacccat 5902366  T
Q  326 tatccaaaca 335  Q
    ||||||||||    
T  5902367 tatccaaaca 5902376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 105
Target Start/End: Original strand, 18189870 - 18189931
Alignment:
Q  44 cttccatttgctcaagttggataaggaaacttcatgtgagtacagagatcttccagagccta 105  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  18189870 cttctatttgcctaagttggatgaggaaacaacatgtgagtacagaaatctaccagagccta 18189931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University