View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15386_low_1 (Length: 1111)

Name: NF15386_low_1
Description: NF15386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15386_low_1
NF15386_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-1106)||(44750642-44751730)
chr2 (338-611)||(44744323-44744596)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1012; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1012; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1106
Target Start/End: Original strand, 44750642 - 44751730
Alignment:
Q  17 catttaatgcaagcagaagtgaagtaggagcctaactcaacacagaaaaatataaccgttttgagataaaaatatatatagtgagccaatttataagagt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44750642 catttaatgcaagcagaagtgaagtaggagcctaactcaacaaagaaaaatataaccgttttgagagaaaaatatatatagtgagccaatttataagagt 44750741  T
Q  117 tctagctataatttgaaagttccatctatgatgcttcagtaaagaaaaactgataattgtattaacaaaaacctgctagcatttcatattttgtcaagta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44750742 tctagctataatttgaaagttccatctatgatgcttcagtaaagaaaaactgataattgtattaacaaaaacctgctagcatttcatatttagtcaagta 44750841  T
Q  217 ttaaaacaacattatagactgtacatattgactaaacaaaacattgatcatatagctgcaatattttctccaagatagcacacattgttgcttgtatcat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44750842 ttaaaacaacattatagactgtacatattgactaaacaaaacattgatcatatagctgcaatattttctccaagatagcacacattgttgcttgtatcgt 44750941  T
Q  317 acacattcatgcatctgcatctgataacatagattgccttataactctgattacatcagtgagagacacaacaccaacaagcaaaccctcttgatcaacc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44750942 acacattcatgcatctgcatctgataacatagattgccttataactctgattacatcagtgagagacacaacaccaacaagcaaaccctcttgatcaacc 44751041  T
Q  417 acccaaactcgatgaacatggtttgtgaccgccttgtcgattacctcggacaaagttgattcagcatagcatgtcacaagctcccttttaggagtaccaa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44751042 acccaaactcgatgaacatggtttgcgaccgccttgtcgattacctcggacaaagttgattcagcatagcatgtcacaagctcccttttaggagtaccaa 44751141  T
Q  517 tatcattctgtgtatctgatgttgtgtacaaaggactagttgcaatttgttcagtgaatgcaagtgcacttattcctaaccatgatttcaatgtgtttat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44751142 tatcattctgtgtatctgatgttgtgtacaaaggactagttgcaatttgttcagtgaatgcaagtgcacttattcctaaccatgatttcaatgtgtttat 44751241  T
Q  617 atagcatccccttaaatcagttgcagaaaatgttccaacaagtttcctgcatctcccctgcaaccagattattgcattatgttagtattatatacaaa-a 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  44751242 atagcatccccttaaatcagttgcagaaaatgttccaacaagtttcctgcatctcccctgcaaccagattattgcattatgttagtattatatacaaaga 44751341  T
Q  716 ttgtnnnnnnnntgaaaagcacataaggaaaagagttattgacaatgagaagacttgcattgatatgttgcttgtgatcatcatcgccaacatcagaggc 815  Q
    ||||        |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44751342 ttgtaaaaaatatgaaaag--cataaggaaaagagttaatgagaatgagaagacttgcattgatatgttgcttgtgatcatcatcgccaacatcagaggc 44751439  T
Q  816 tctaacaattggaagtgcatttaacatagcagctttcaagcacttgatggcatcgatgagttttgtgcgttcggtgatggcgtaaatcctttcggtgatt 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44751440 tctaacaattggaagtgcatttaacatagcagctttcaagcacttgatggcatcgatgagttttgtgcgttcggtgatggcgtaaatcctttcggtgatc 44751539  T
Q  916 gctcccaaatcttgaacagaatgtgaatgcagagtgctttgtagttcattgccgtgatctttcaagaaccgaagcacgtccatttgagtcagcatttggt 1015  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44751540 gctcccaaatcttgaacggaatgtgaatgcagagtgctttgtagttcattgccgtgatctttcaagaaccgaagcacgtccatttgagtcagcatttggt 44751639  T
Q  1016 agcttgaagaagattcaatgagttcaactccagctgagacgttctctatttggctgtcggtaggtatcatagcgcgatgtacccctttgct 1106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44751640 agcttgaagaagattcaatgagttcaactccagctgagacgttctctatttggctgtcggtaggtatcatagcgcgatgtacccctttgct 44751730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 338 - 611
Target Start/End: Original strand, 44744323 - 44744596
Alignment:
Q  338 tgataacatagattgccttataactctgattacatcagtgagagacacaacaccaacaagcaaaccctcttgatcaaccacccaaactcgatgaacatgg 437  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44744323 tgataacattgattgccttataactctaatgacatcagtgagagacacaacacctacaagcaaaccctcttgatcaaccacccaaactcgatgaacatgg 44744422  T
Q  438 tttgtgaccgccttgtcgattacctcggacaaagttgattcagcatagcatgtcacaagctcccttttaggagtaccaatatcattctgtgtatctgatg 537  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  44744423 tttgcgaccgccttattgattacctcggacaaagtttattcagcatggcatgtcacaagctcccttctaggagtaccaatatcattatgtgtatcagatg 44744522  T
Q  538 ttgtgtacaaaggactagttgcaatttgttcagtgaatgcaagtgcacttattcctaaccatgatttcaatgtg 611  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  44744523 ttgtgtacaaaggacttgttgcaatttgtttagtaaaagctagtgcacttgttcccaaccatgatttcaatgtg 44744596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University