View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15389_low_2 (Length: 643)

Name: NF15389_low_2
Description: NF15389
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15389_low_2
NF15389_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-314)||(17323523-17323836)
chr4 (309-625)||(17323914-17324229)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-314)||(1381609-1381922)
chr8 (309-625)||(1381215-1381531)
chr8 (1-244)||(1379365-1379608)
chr8 (1-135)||(17129729-17129863)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (385-625)||(34585579-34585819)
chr3 (1-309)||(34585112-34585420)
chr3 (402-473)||(44479077-44479148)
chr3 (5-77)||(44478512-44478584)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (385-625)||(30965465-30965705)
chr1 (1-309)||(30964998-30965306)
chr1 (8-81)||(26268811-26268884)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (11-314)||(37875895-37876198)
chr7 (8-100)||(14632792-14632884)
chr7 (8-100)||(14798507-14798599)
chr7 (8-100)||(15245499-15245591)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (50-244)||(20653958-20654152)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (402-473)||(21975030-21975101)
chr5 (5-77)||(21975594-21975666)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 17323523 - 17323836
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17323523 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggagcaaaagatg 17323622  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  17323623 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgcttttaattattactctaagtgtg 17323722  T
Q  201 atgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaatactgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17323723 atgttttgatgaacaatttgtcagaagcttttaattccacaatattgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 17323822  T
Q  301 gatgaatagaattt 314  Q
    | ||||||||||||    
T  17323823 gttgaatagaattt 17323836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 309 - 625
Target Start/End: Original strand, 17323914 - 17324229
Alignment:
Q  309 gaatttagtggaaactggagggtcatttggagaataggtgatgaatatgaagtgcataaattatatgggggatatcagtacatagttgatattgggaaaa 408  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17323914 gaattaagtgaaaactggagggtcatttggagaatagatgatgaatatgaagtt-ataaattatatgggggatatcagtacatagttgatattgggaaaa 17324012  T
Q  409 tgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatgggtaaaaggtctcagagacctgaggattatgttga 508  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17324013 tgacttgtacttgtaacttcaggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgctgcaatgggtaaaaggtctcagagacctgaggattatgttga 17324112  T
Q  509 tgactgttattctagagcaacctatgaaaaatgttatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtggccaaatgtggatgtgaaagagatg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  17324113 tgactgttattctagagcaacctatgaaagatgctatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtggccaagtgtggatgtggaagagatg 17324212  T
Q  609 ttgccacctgcttataa 625  Q
    ||||||||| |||||||    
T  17324213 ttgccaccttcttataa 17324229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 1381922 - 1381609
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1381922 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggagcaaaagatg 1381823  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  1381822 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgcttttaattattactctaagtgtg 1381723  T
Q  201 atgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaatactgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1381722 atgttttgatgaacaatttgtcagaatcttttaattccacaatattgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 1381623  T
Q  301 gatgaatagaattt 314  Q
     || ||||||||||    
T  1381622 tattaatagaattt 1381609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 309 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 1381531 - 1381215
Alignment:
Q  309 gaatttagtggaaactggagggtcatttggagaataggtgatgaatatgaagtgcataaattatatgggggatatcagtacatagttgatattgggaaaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1381531 gaatttagtggaaactggagggtcatttggagaatagataatgaatatgaagtgcataaattatatggtggatatcagtacatagttgatattgggaaaa 1381432  T
Q  409 tgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatgggtaaaaggtctcagagacctgaggattatgttga 508  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1381431 gaacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccatgtagacatgctattgctgcaatgggtaaaaggtctcagagacctgaggattatgttga 1381332  T
Q  509 tgactgttattctagagcaacctatgaaaaatgttatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtggccaaatgtggatgtgaaagagatg 608  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1381331 tgactgttatgctagagcaacctatgaaagatgctatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtggccaaatgtggatgtggaagagatg 1381232  T
Q  609 ttgccacctgcttataa 625  Q
    |||||||||||||||||    
T  1381231 ttgccacctgcttataa 1381215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 1379608 - 1379365
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1379608 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggagcaaaagatg 1379509  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  1379508 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgcttttaattattactctaagtgtg 1379409  T
Q  201 atgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaata 244  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1379408 atgttttgatgaacaatttgtcagaagcttttaattccacaata 1379365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 17129863 - 17129729
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| |||||| |||| || || ||||  |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
T  17129863 tgcaaacttcaagaaaaaatatggtggaggtgctgcaatcagggactcgatgatgggggcagctaaagcaacatactatcaggcatgggaacagaagatg 17129764  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatggga 135  Q
    |   |||| |||||| |||||   |||||||||||    
T  17129763 ctgcaacttaaggcaattgatgaaggagcatggga 17129729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 385 - 625
Target Start/End: Original strand, 34585579 - 34585819
Alignment:
Q  385 agtacatagttgatattgggaaaatgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatgggtaaaaggtc 484  Q
    ||||||||||||||||||| || |  |  |||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  34585579 agtacatagttgatattggaaagagaatatgtacttgtaacttttggcaattagtgggtattccctgtaggcatgcaattgctgcaatgggtaaaaggtc 34585678  T
Q  485 tcagagacctgaggattatgttgatgactgttattctagagcaacctatgaaaaatgttatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtgg 584  Q
    ||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  34585679 tcaaaaacccgaggattatgtggatgactgttattcaagagcaacttatgaaaaatgttatagctatagtgtaagtgccattaatggagaagacatgtgg 34585778  T
Q  585 ccaaatgtggatgtgaaagagatgttgccacctgcttataa 625  Q
    |||  ||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||    
T  34585779 ccagttgttgatgtggaagaaatgttgccaccaacttataa 34585819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 34585112 - 34585420
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||| ||||||||    
T  34585112 tgcaaattttaagaaaaaatttggaggagggtcagcaattagagacttgatgatgggggcatccaaggcaacttattaccaagcttgggaaaaaaagatg 34585211  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctg 200  Q
    ||| |  | |||||| | ||| |   ||||||||||||| | ||||     ||||| |||||||||||||||||||  ||   ||  |||||||||| ||    
T  34585212 caacagttgaaggcaatcgatgtaccagcatgggagtggcttatgcttgtgcctaccaagctttggtgtaagcatgccttctctttctattctaagtgtg 34585311  T
Q  201 atgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaatactgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 300  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||||| |    
T  34585312 atgttttaatgaacaacttctctgaagcttttaactcaacaatattgtgtgcaagagataagcctccaattaccatgtgtgagtttattaggacatattt 34585411  T
Q  301 gatgaatag 309  Q
    |||||||||    
T  34585412 gatgaatag 34585420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 402 - 473
Target Start/End: Original strand, 44479077 - 44479148
Alignment:
Q  402 gggaaaatgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatg 473  Q
    |||||||  ||||||| |||||| || ||| ||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||    
T  44479077 gggaaaagaacttgtagttgtaatttttgggagctagtaggtataccttgcagacatgctattgttgcaatg 44479148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 77
Target Start/End: Original strand, 44478512 - 44478584
Alignment:
Q  5 aactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatatt 77  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||    
T  44478512 aacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatgggagcagcaaaggcaacatatt 44478584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 385 - 625
Target Start/End: Original strand, 30965465 - 30965705
Alignment:
Q  385 agtacatagttgatattgggaaaatgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatgggtaaaaggtc 484  Q
    ||||||||||||||||||| || |  |  |||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30965465 agtacatagttgatattggaaagagaaaatgtacttgtaacttttggcaattagtgggtattccctgtaggcatgcaattgctgcaatgggtaaaaggtc 30965564  T
Q  485 tcagagacctgaggattatgttgatgactgttattctagagcaacctatgaaaaatgttatagttatggtgtaagtgcacttaatggtgaagatatgtgg 584  Q
    ||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  30965565 tcaaaaacccgaggattatgtggatgactgttattcaagagcaacttatgaaaaatgttatagctatagtgtaagtgccattaatggagaagacatgtgg 30965664  T
Q  585 ccaaatgtggatgtgaaagagatgttgccacctgcttataa 625  Q
    |||  ||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||    
T  30965665 ccagttgttgatgtggaagaaatgttgccaccaacttataa 30965705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 30964998 - 30965306
Alignment:
Q  1 tgcaaactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||| ||||||||    
T  30964998 tgcaaattttaagaaaaaatttggaggagggtcagcaattagagacttgatgatgggggcatccaaggcaacttattaccaagcttgggaaaaaaagatg 30965097  T
Q  101 caagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctg 200  Q
    ||| |  | |||||| | ||| |   ||||||||||||| | ||||     ||||| |||||||||||||||||||  ||   ||  |||||||||| ||    
T  30965098 caacagttgaaggcaatagatgtaccagcatgggagtggcttatgcttgtgcctaccaagctttggtgtaagcatgccttctctttctattctaagtgtg 30965197  T
Q  201 atgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaatactgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatct 300  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||||| |    
T  30965198 atgttttaatgaacaacatctctgaagcttttaactcaacaatattgtgtgcaagagataagcctccaattaccatgtgtgagtttattaggacatattt 30965297  T
Q  301 gatgaatag 309  Q
    |||||||||    
T  30965298 gatgaatag 30965306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 81
Target Start/End: Original strand, 26268811 - 26268884
Alignment:
Q  8 tttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattacca 81  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||    
T  26268811 tttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatgggtgctgccaaggctacatattacca 26268884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 314
Target Start/End: Original strand, 37875895 - 37876198
Alignment:
Q  11 aagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatgcaagaactaa 110  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||||    | || |    
T  37875895 aagaaaaagtttggtggagggactgcaattagggatttgatgatgggggcagctaaagcaacctattatcaggcatgggaagagaagatgatgcagctta 37875994  T
Q  111 aggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagcatcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctgatgttttgat 210  Q
    ||||| | |||   ||||||||||||||| | ||| |||||  ||||||| | |||||||||||||  ||||  || || ||||| | ||||||||| ||    
T  37875995 aggcattagatccaggagcatgggagtggcttatgaagcatgatactaagttgtggtgtaagcatgcatttacctactactctaaatgtgatgttttaat 37876094  T
Q  211 gaacaacttgtcagaagcttttaattccacaatactgtgtgcaagagataagccacccattaccatgtgtgagtggattagaacatatctgatgaataga 310  Q
    ||| ||  | |||||  |||||||||||||||| ||   ||| ||||| || |||  |||  | |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |    
T  37876095 gaataatatctcagagtcttttaattccacaatcctacttgctagagacaaaccaatcatatctatgtgtgaatggattagaacttatttgatgaatata 37876194  T
Q  311 attt 314  Q
    ||||    
T  37876195 attt 37876198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 100
Target Start/End: Original strand, 14632792 - 14632884
Alignment:
Q  8 tttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| || | ||| || ||||||||||| | |||||| || ||||||    
T  14632792 tttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatgggtgctgtcaaggctacatattaccaaggctgggagcagaagatg 14632884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 14798599 - 14798507
Alignment:
Q  8 tttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| || |||||  | ||||||||||| | |||||| || ||||||    
T  14798599 tttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatgggtgctgccaagactacatattaccaaggctgggagcagaagatg 14798507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 15245591 - 15245499
Alignment:
Q  8 tttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| || |||||  | ||||||||||| | |||||| || ||||||    
T  15245591 tttaagaagaagtttggaggaggaacattgattagagacttgatgatgggtgctgccaagactacatattaccaaggctgggagcagaagatg 15245499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 244
Target Start/End: Original strand, 20653958 - 20654152
Alignment:
Q  50 atgatgggggcagccaaagcaacatattaccaggcctgggaacaaaagatgcaagaactaaaggcacttgatttgggagcatgggagtggttgatgcagc 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||||||| | |  | |||||  |||||   ||||||||||| ||| | ||| | |    
T  20653958 atgatgggggcagccaaagcaacatactttcaggcatgggaacagaagatgctacagttgaaggctattgatgaaggagcatgggattggcttatgaaac 20654057  T
Q  150 atcctactaagctttggtgtaagcatgtttttaattattattctaagtctgatgttttgatgaacaacttgtcagaagcttttaattccacaata 244  Q
    ||  ||  |||||||| ||||||||||  |||| || |||| |||| | |||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||    
T  20654058 atgatagaaagctttgatgtaagcatgcctttagtttttatcctaaatgtgatgtattgatgaacaatttttctgaagcatttaattcaacaata 20654152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 402 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 21975101 - 21975030
Alignment:
Q  402 gggaaaatgacttgtacttgtaacttctggcagctagtaggtattccctgtaggcatgctattgttgcaatg 473  Q
    |||||||  ||||||| |||||| || ||| ||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||    
T  21975101 gggaaaagaacttgtagttgtaatttttgggagctagtaggtataccttgcagacatgctattgttgcaatg 21975030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 21975666 - 21975594
Alignment:
Q  5 aactttaagaaaaagtttggaggaggtactgctattagagacttaatgatgggggcagccaaagcaacatatt 77  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||    
T  21975666 aacttcaagaagaagtttggaggagggaccttgattagagacttgatgatgggagcagcaaaggcaacatatt 21975594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University