View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15393_high_5 (Length: 556)

Name: NF15393_high_5
Description: NF15393
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15393_high_5
NF15393_high_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (60-520)||(30972426-30972892)
chr2 (69-252)||(30980049-30980232)
chr2 (19-53)||(30972366-30972400)
chr2 (516-548)||(30714270-30714302)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (302-520)||(15257526-15257752)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (305-520)||(8912886-8913111)
chr4 (304-437)||(11488681-11488815)
chr4 (168-233)||(11488882-11488948)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (302-460)||(16217534-16217692)
chr3 (394-520)||(32202113-32202246)
chr3 (310-353)||(32202247-32202290)
chr3 (479-520)||(16217466-16217507)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (304-520)||(16300474-16300699)
chr7 (337-520)||(16253820-16254011)
chr7 (346-520)||(40504646-40504826)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 520
Target Start/End: Original strand, 30972426 - 30972892
Alignment:
Q  60 cttcagagtttaataaacgaccatagggttgagaatcactatagctatacaatgttataacttaatactatggtcttggtaagactcttgtcatatggaa 159  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30972426 cttcagaggttaataaacggtcatagcgttgagaatcactagagctatacaatgttataacttaacactatggtcttggtatgactcttgtcatatggaa 30972525  T
Q  160 atagaatatgatagcttaataccctctagcggaaaggtcgggtacctgaacctacaaattgtgcatgttaagtaccgtgatcgtgcccttaattatgatg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30972526 atagaatatgatagcttaataccctccagcggaaaggtcgggtacctgaacctacaaattgtgcgtgttatgtaccgtgatcgtgcccttaattatgatg 30972625  T
Q  260 ccatcatgtagcttaacacgatggtggaatgaacatctcctaatagaccatttggttcgccttgaagccggttatgggagatatagctctatggatcaca 359  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30972626 ccatcatgtagctcaacacgatggtggagtgaacatctcctaatagaccatttggtttgccttgaagccggttatgagagatatagctctatggatcaca 30972725  T
Q  360 tagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaaagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaacc 459  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  30972726 tagttgcgagaaactaataaacggctaaaatcctgtgagacaaagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctc--atactaaatatgatttgaacc 30972823  T
Q  460 agctagagctctgagcg--------agctatacctaagctatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    |||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30972824 agctagagctctgagcgacacatgcagctatacctaagttatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 30972892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 69 - 252
Target Start/End: Original strand, 30980049 - 30980232
Alignment:
Q  69 ttaataaacgaccatagggttgagaatcactatagctatacaatgttataacttaatactatggtcttggtaagactcttgtcatatggaaatagaatat 168  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |    
T  30980049 ttaataaacggccatagcgtttagaatcactagagctatacaatgctatagcttaacactacggtcttggtaagaatcttttcatatggaaataggatct 30980148  T
Q  169 gatagcttaataccctctagcggaaaggtcgggtacctgaacctacaaattgtgcatgttaagtaccgtgatcgtgcccttaat 252  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||  |||||| ||||||| || ||||||||||    
T  30980149 gatagcttaataccctcaagcgaaaaggtcgggcacctgatcctacaaactgtgtgtgttaaataccgtgctcatgcccttaat 30980232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 53
Target Start/End: Original strand, 30972366 - 30972400
Alignment:
Q  19 aagagtctttaatgtagagttgatgatataggaag 53  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30972366 aagagtctttaatgtagagttgatgatataggaag 30972400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 516 - 548
Target Start/End: Original strand, 30714270 - 30714302
Alignment:
Q  516 ttttagggtaaagtgcacttttcgccccctatg 548  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30714270 ttttaggctaaagtgcacttttcgccccctatg 30714302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 302 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 15257752 - 15257526
Alignment:
Q  302 atagaccatttggttcgccttgaagccggttatgggagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagaca 401  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |  | || |||||||||    
T  15257752 atagaccatttggttcgccataaagctggttatgaaagatataactctatggatcacaaagttgcaagaagctaataaacggatgtagccttgtgagaca 15257653  T
Q  402 aagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaaccagctagagctctgagcg--------agctatacctaagctat 493  Q
     |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||| ||| || ||||| |||| |||||||||||        |||||||||| |  |||    
T  15257652 tagtagccatatcaggatatagtgttgtgtatcttagagactaaagatgcttcgaaccggctatagctctgagcgacacagacagctataccttatttat 15257553  T
Q  494 agctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15257552 agctttgtaaatcggagtaatgtttta 15257526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 305 - 520
Target Start/End: Original strand, 8912886 - 8913111
Alignment:
Q  305 gaccatttggttcgccttgaagccggttatgggagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaaag 404  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||| || |||| ||| |||       
T  8912886 gaccatttggttcgccatcaagccggttatgaaaggtatagctctatggatcacagagttgcttgaaactaataaatggctgcagccctatgacacatta 8912985  T
Q  405 tagctatatcaagata--tagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaaccagctagagctctgagcga--------gctatacctaagctata 494  Q
    ||| | ||||||||||  ||  |||| |||||||| |||||||| ||  |||||||| |||| |||| |||||||         ||||||||||||||||    
T  8912986 tagttgtatcaagatatgtattgttgggtatctcagagactaaagattctttgaaccggctatagctttgagcgacacatgctactatacctaagctata 8913085  T
Q  495 gctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  8913086 gctctgtaaatcgcagtaatgtttta 8913111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 304 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 11488815 - 11488681
Alignment:
Q  304 agaccatttggttcgccttgaagccggttatgg-gagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaa 402  Q
    |||||| | |||||| | |||||||| |||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||| ||     
T  11488815 agaccaataggttcgacatgaagccgattattgagagatatacctctatgaatcacatagttgcgagaagctaataaacggttgcagctttgtgaggcat 11488716  T
Q  403 agtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctca 437  Q
    |  |||||||| | ||||||||  |||||||||||    
T  11488715 aaaagctatataaggatatagctatgtgtatctca 11488681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 168 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 11488948 - 11488882
Alignment:
Q  168 tgatagcttaataccctctagcggaaaggtcgggtacctgaacctacaaattg-tgcatgttaagta 233  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  11488948 tgatagcttaataccctcgagcggaaaggtcaggcacctgaacctagcaattgttgcatgttaagta 11488882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 302 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 16217692 - 16217534
Alignment:
Q  302 atagaccatttggttcgccttgaagccggttatgggagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagaca 401  Q
    |||||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||| | ||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  16217692 atagaccatttggttcaccataaagtcggttttgagagatacaactcgatggattagagagttgcgagaagctaataaacggttgcatccctgtgagaca 16217593  T
Q  402 aagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaacca 460  Q
     ||||| | ||||| |||||  || ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  16217592 tagtagttgtatcatgatatgtcgatgtgtatctcagagactaaagatgctttgaacca 16217534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 32202246 - 32202113
Alignment:
Q  394 gtgagacaaagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaaccagctagagctctgagc--------gagctatacc 485  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||| | || | ||||||||         ||||||| |    
T  32202246 gtgagacatagtagttatatcaggatatagcgttgggtatctcagagactaaagatgttttgaaccggttata-ctctgagctacacatgcagctatatc 32202148  T
Q  486 taagctatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  32202147 taagctacaactctgtaaatcgcagtaatgtttta 32202113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 32202290 - 32202247
Alignment:
Q  310 tttggttcgccttgaagccggttatgggagatatagctctatgg 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  32202290 tttggttcgccttaaagccggttatgagagatatagctatatgg 32202247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 479 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 16217507 - 16217466
Alignment:
Q  479 ctatacctaagctatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  16217507 ctatacctaagttatagctctgtaaaccgctgtaatgtttta 16217466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 304 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 16300699 - 16300474
Alignment:
Q  304 agaccatttggttcgccttgaagccggttatgg-gagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaa 402  Q
    |||||| |||||||||   ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |  | ||||||||||||     
T  16300699 agaccaattggttcgctaggaagcaggttattgagagatatagctctatggatcacagagttgcgagcggctaataaacgattgtagccctgtgagacat 16300600  T
Q  403 agtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaaatatgatttgaaccagctagagctctgagcg--------agctatacctaagctata 494  Q
       |||||||| | ||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||| |  |||| |||||| || |        ||||||||||||| ||||    
T  16300599 taaagctatataaggatgtagccatgtgtatctcaaagactaaagatgctttgagctggctatagctctaagagacacttgaagctatacctaagttata 16300500  T
Q  495 gctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16300499 gctatgtaaatcgcagtaatgtttta 16300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 337 - 520
Target Start/End: Original strand, 16253820 - 16254011
Alignment:
Q  337 gagatatagctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaaagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctc 436  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| | |  |  ||||||||| |  | |||||||| | ||||||||  |||||||| |    
T  16253820 gagatatagctctatggatcacagagttgcgagcgactaataaacagttgtagtcctgtgagatattgaagctatataaggatatagccctgtgtatcgc 16253919  T
Q  437 aaagactaaatatgatttgaaccagctagagctctgagcga--------gctatacctaagctatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    | ||||||||| || |||||||| |||| |||||| || ||        | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16253920 agagactaaatttgctttgaaccggctatagctctaagagacacttgaagttatacctaagttatagctatgtaaatcgcagtaatgtttta 16254011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 40504826 - 40504646
Alignment:
Q  346 ctctatggatcacatagttgcgagaagctaataaacggctacaaccctgtgagacaaagtagctatatcaagatatagcgttgtgtatctcaaagactaa 445  Q
    ||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||| || | ||||||| || || |||||||| |  ||| | |  ||||||||||| |||||||    
T  40504826 ctctatgaaccacaaagttacgagaagctaataaacggctgcagctctgtgag-catagaagctatataagaatacaaccatgtgtatctcagagactaa 40504728  T
Q  446 atatgatttgaaccagctagagctctgagcga--------gctatacctaagctatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 520  Q
    | ||| ||||| ||||||| | ||||||||||        | ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40504727 acatgctttga-ccagctataactctgagcgacacgggaagttataccttaattatagctctgtaaatcgcagtaatgtttta 40504646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University