View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15394_low_1 (Length: 943)

Name: NF15394_low_1
Description: NF15394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15394_low_1
NF15394_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2-931)||(3944392-3945321)
chr4 (170-324)||(17440651-17440805)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (2-931)||(30048138-30049067)
chr8 (2-913)||(7160495-7161406)
chr8 (170-324)||(3061395-3061549)
chr8 (73-110)||(17604178-17604215)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (2-931)||(196948-197877)
chr5 (27-123)||(20331654-20331750)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (2-931)||(39950109-39951038)
chr7 (2-224)||(26219550-26219772)
chr7 (27-123)||(35941693-35941789)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-931)||(22364020-22364949)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (170-326)||(30188655-30188811)
chr1 (170-324)||(4876038-4876192)
chr1 (27-123)||(49212876-49212972)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 918; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 918; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 3944392 - 3945321
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944392 aagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 3944491  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944492 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 3944591  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944592 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 3944691  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3944692 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaaaaat 3944791  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944792 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 3944891  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944892 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 3944991  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3944992 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 3945091  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945092 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 3945191  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945192 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 3945291  T
Q  902 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945292 agtaagattgaaggctttgttgatagtgat 3945321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 17440805 - 17440651
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  17440805 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 17440706  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  17440705 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 17440651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 902; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 902; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 30048138 - 30049067
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048138 aagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 30048237  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048238 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 30048337  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  30048338 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggcta 30048437  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048438 aaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 30048537  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048538 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 30048637  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048638 gcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 30048737  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048738 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 30048837  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048838 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 30048937  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048938 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 30049037  T
Q  902 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049038 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 30049067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 828; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 913
Target Start/End: Original strand, 7160495 - 7161406
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7160495 aagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcat 7160594  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160595 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 7160694  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160695 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgccggttttattgttgcaggtcatgaagacaatgtttataggcttcataaagccttgtatgggctg 7160794  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7160795 aaacaggcgcctagagcctggtacatcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagatt 7160894  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7160895 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagaataacaagtttaagaagagcatgtt 7160994  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    | ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7160995 gcaggtccttgaaatgacggtgctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcaacttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 7161094  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7161095 gctaatgatgttctgaaaaaattcaaattggagagttgtaagtctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcgaaatctgatggagatgcta 7161194  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  7161195 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagactagatttgatgttctctactagtttgctttcaaggtt 7161294  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7161295 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 7161394  T
Q  902 ggtaagattgaa 913  Q
    ||||||||||||    
T  7161395 ggtaagattgaa 7161406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Original strand, 3061395 - 3061549
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  3061395 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 3061494  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3061495 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 3061549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 17604215 - 17604178
Alignment:
Q  73 tggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgcta 110  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  17604215 tggaattgattatgatgagacatttgcaccggttgcta 17604178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 902; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 902; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 197877 - 196948
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197877 aagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 197778  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197777 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 197678  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  197677 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggcta 197578  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197577 aaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 197478  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197477 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 197378  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197377 gcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 197278  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197277 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 197178  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197177 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 197078  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197077 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 196978  T
Q  902 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196977 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 196948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 20331750 - 20331654
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  20331750 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 20331654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 890; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 890; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 39951038 - 39950109
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39951038 aagttaaatcctgatggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 39950939  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950938 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 39950839  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  39950838 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggtcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggcta 39950739  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950738 aaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 39950639  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950638 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacatcgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 39950539  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950538 gcaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 39950439  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950438 gctaatgatgtgcttaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 39950339  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950338 aggcagatgttactcaatataggagtttgataggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 39950239  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950238 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 39950139  T
Q  902 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39950138 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 39950109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26219772 - 26219550
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26219772 aagttaaatcctgatggttccattcacaaacacaaagcaaggcttgctgtgaaaggatattctcaaatgactggaattgattatgatgatacatttgcac 26219673  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  26219672 cgattgctaggcatgaaacaattcggttgattgtagctctatcaacacaatgtggttgagagatctttcatttggatgtccaatcggcattcttaaacgg 26219573  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatg 224  Q
    |||||   |||||||||||||||    
T  26219572 aatccataaggaggaaatttatg 26219550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Original strand, 35941693 - 35941789
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  35941693 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattatcagatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 35941789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 862; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 931
Target Start/End: Original strand, 22364020 - 22364949
Alignment:
Q  2 aagttaaatcctgaaggctccattcacaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcac 101  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22364020 aagttaaatcctgatggatccattcacaaacacaaaacaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctagaattgattatggtgatacatttgcac 22364119  T
Q  102 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggatggaagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364120 cggttgctaggcatgaaacaattcggttgattgttgctctatcagcacaatgtggacgggagatctttcatttggatgtcaaatcggcattcttaaatgg 22364219  T
Q  202 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtgtgtataggcttcataaagccttgtatgggctg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22364220 aatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctgattttattgttgcagatcatgaagacagtgtttataggcttcacaaagccttgtatgggctg 22364319  T
Q  302 aaacaggcgcctagagcctggtacagtagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagaat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22364320 aaacaggcgcctagagcctggtacagcagaattgactcacattttctgcaaaatgatttcaggaggagtcaaaatgagcctacactttatgttaaagatt 22364419  T
Q  402 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364420 gtggcaatgggaagaggattatagtttctctttatgttgatgacttgttgattaccggtaatgacattgatgagattaacaagtttaagaagagcatgtt 22364519  T
Q  502 ggaggtctttgaaatgacggacctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcagcttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 601  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364520 gcaggtctttgaaatgacggatctgggattgatgaagtattttttgggaatggaattgcatcaacttgatgatggaatatttctttcacaaaagaaatat 22364619  T
Q  602 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364620 gctaatgatgtgctgaaaaaattcaaattggagagttgtaaatctgtttcaacacctcttgctgtaaatgaaaaactctcaaaatctgatggagatgcta 22364719  T
Q  702 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttctaggtt 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22364720 aggcagatgttactcaatataggagtttgattggttgtcttctttacttgactgcaactagaccagatttgatgttctctgctagtttgctttcaaggtt 22364819  T
Q  802 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364820 catgcattcaccaagtgtaacacacttaggtgtgggcaaaagagtgttgaggtacataagaggtactactgattttggtatttggtacaacaaaggtgat 22364919  T
Q  902 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 931  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364920 ggtaagattgaaggctttgttgatagtgat 22364949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 170 - 326
Target Start/End: Original strand, 30188655 - 30188811
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  || || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  30188655 catttagatttcaaatcagcattcttaaatggaaatcttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtaaaagggagggaagacaagg 30188754  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggtaca 326  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  30188755 tgtataagcttcataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggtaca 30188811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 324
Target Start/End: Original strand, 4876038 - 4876192
Alignment:
Q  170 catttggatgtcaaatcggcattcttaaatggaatcctggaggaggaaatttatgttgaacaacctgctggttttattgttgcaggttatgaagacagtg 269  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||  ||||||||||||||| | ||   |||    |||||||  |    
T  4876038 catttagatgtcaaatcagcattcttaaatggtaaccttgatgaagaaatttatgttgctcaacctgctggttttttggtgaaagggagggaagacaagg 4876137  T
Q  270 tgtataggcttcataaagccttgtatgggctgaaacaggcgcctagagcctggta 324  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4876138 tgtataagcttaataaagctttgtatgggctgaaacaggcccctagagcttggta 4876192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 123
Target Start/End: Original strand, 49212876 - 49212972
Alignment:
Q  27 acaaacacaaagcaaggcttgttgtgaaaggatattctcaaatggctggaattgattatggtgatacatttgcaccggttgctaggcatgaaacaat 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||   |||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  49212876 acaagcacaaagcaaggcttgttgtgaagggttattctcatatatttggaattgattattctgatacttttgctccggtagcaagacatgacacaat 49212972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University