View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15394_low_5 (Length: 659)

Name: NF15394_low_5
Description: NF15394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15394_low_5
NF15394_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-640)||(35042413-35043055)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 640
Target Start/End: Original strand, 35042413 - 35043055
Alignment:
Q  5 agtgggaaacattgaaccaatcacaattcacacatgaagtttgctatgagtcaaatc-----aattgttcataactaagcaaatgtggccattcataatt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35042413 agtgggaaacattgaaccaatcacaattcacacatgaagtttgctatgagtcaagtcaatataattgttcataactaagcaaatgtggccattcataatt 35042512  T
Q  100 attgcacttgattttatattgatatatttatcctgttttaaaaactcggtatatgatcttggaaccgactaatccaaagaaccaatcatgcttcccacaa 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  35042513 attgcacttgcttttatattgatatatttatcatgttttagaaacttggtatatgatctaagaaccgactaagctaaggaaccaatcatgcttcccacaa 35042612  T
Q  200 gannnnnnnttagttgaagtcaggttaaaattttgcatcgattgatccaacgaatgaattgttagcacaaaaagaattcaaacttaaagacctaaaaaga 299  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  35042613 gagggggggttagttgaagtcaggttaaaattttacatcaattgatctaacaaatgaattgttagcacaaaaagaattcaaactt-aagatctaaaaaga 35042711  T
Q  300 agcacatttgtttgtctcaagctta---tactaccaggtcaaccccgtaagtcaatgagatacttttctctta-atttttaacaaaatgcattagaattt 395  Q
    || ||| | || |||||||||||||   |||||| ||||||| || |||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  35042712 agtacactcgtgtgtctcaagcttacactactactaggtcaa-cctgtaagtcaatgagatagttatctcttatttttttaacaaaatgcattataattt 35042810  T
Q  396 ttatgccaacaataagggaagaaagaatggagacaagaggggtcactctccatggtcactgatttcaaaggaaaccattgtccttatgcttcctcttctg 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35042811 ttatgccaacaataagggaagaaagaatggagacaagaggggtcactctccatggtcactgatttcaaaggaaaccattgtccttatgcttcctcttctg 35042910  T
Q  496 tccttttcagattccaactcaagaatctgcaaagctagctgttagtacttcaattttcagttaacagatnnnnnnnccttcactctccatagcaagcact 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  35042911 tccttttcagattccaactcaagaatctgcaaagctagctgttagtacttcaattttcagttaacagataaaaaaaccttcactctccatagcaagcact 35043010  T
Q  596 aaccaaagaaacacttaccaagatatgtctacttctactcgtggc 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35043011 aaccaaagaaacacttaccaagatatgtctacttctactcgtggc 35043055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University