View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15401_low_3 (Length: 777)

Name: NF15401_low_3
Description: NF15401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15401_low_3
NF15401_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-761)||(35744842-35745614)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 35745614 - 35744842
Alignment:
Q  1 cattgaaagacaagacatgcagaagatgttggaagtctagcattacctatctatctgagatatcctaggcactattaattgatattatataagcacttgc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745614 cattgaaagacaagacatgcagaagatgttggaagcttagcattacctatctatctgagatatcctaggcactattaattgatattatataagcacttgc 35745515  T
Q  101 agggactgaaagtgataaaaggctctagcacacctaagaagtctt------------------caaaggctcagagcaaagaaaatggagagtcaatgga 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745514 agggactgaaagtgataaaaggctctagcacacctaagaagtcttgcacacctaagaagtcttcaaaggctcagagcaaagaaaatggagagtcaatgga 35745415  T
Q  183 gttatcattcgtaggagcagaccaattgattttaatggtagagattcatacgaagatcatggcattcagagatatcatggacttagctccatgtaacagt 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745414 gttatcattcgtaggagcagaccaattgattttaatggtagagattcatatgaagatcatggcattcagagatatcatggacttagctccatgtaacagt 35745315  T
Q  283 tctgcttccttgcgcgaggtatgtgacataataagagtttaacttcgtaacattaagtgacagatttcagtttcctgatctgttgtaaaatgacaatcat 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  35745314 tctgcttccttgcgcgaggtatgtgacataataagagtttaacttcgtaacattaagtgacagatttcagtttcct---ctgttgtaaaatgacaatcat 35745218  T
Q  383 tattcttggnnnnnnnnnnnnnnnatatgtcacattgcagatagttatgagaacactgaatgatctacaaaggctatatccagagatcataacaaaaact 482  Q
    |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745217 tattcttggtttttttttttt---atatgtcacattgcagatagttatgagaacactgaatgatctacaaaggctatatccagagatcataacaaaaact 35745121  T
Q  483 caactgtcaaagattgaggacaagtctattgatcaggtaattatagtttcaacattaaataagctgcacctgaaatgaaattattctaattatgataatt 582  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745120 caagtgtcaaagattgaggacaagtctattgatcaggtaattatagtttcaacattaaataagctgcacctgaaatgaaattattctaattatgataatt 35745021  T
Q  583 actgaaatcttagcatcctgaaaatctaaatgtggacatttattttatactaggctgtggcctacttctgtgaggctttgaagtctcttggagagtcatg 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745020 actgaaatcttagcatcctgaaaatctaaatgtggacatttattttatactaggctgtggcctacttctgtgaggctttgaagtctcttggagagtcatg 35744921  T
Q  683 gatgatggacaatgattgcatggataagcttgatattgcatttccaacatgcaaggatgacaacaacatgcgtcaattg 761  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744920 gatgatggacaatgattgcatggataagcttgatattgcatttccaacatgcaaggatgacaacaacatgcgtcaattg 35744842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University