View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15408_high_39 (Length: 239)

Name: NF15408_high_39
Description: NF15408
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15408_high_39
NF15408_high_39
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (22-219)||(45532907-45533106)
chr1 (22-168)||(17761478-17761624)
chr1 (28-219)||(14159619-14159812)
chr1 (28-219)||(28142417-28142610)
chr1 (28-219)||(28139166-28139359)
chr1 (28-219)||(25663409-25663602)
chr1 (61-219)||(1941373-1941533)
chr1 (191-219)||(17761626-17761654)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (22-219)||(53189363-53189561)
chr3 (24-219)||(6765581-6765777)
chr3 (24-219)||(6731467-6731663)
chr3 (28-219)||(10558364-10558557)
chr3 (28-219)||(9237183-9237379)
chr3 (28-154)||(19193339-19193466)
chr3 (26-166)||(3165213-3165353)
chr3 (29-158)||(28717147-28717276)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (22-219)||(29445744-29445942)
chr2 (22-219)||(27498857-27499055)
chr2 (22-219)||(27196210-27196409)
chr2 (22-219)||(4697217-4697415)
chr2 (28-219)||(6277482-6277675)
chr2 (28-219)||(35076513-35076706)
chr2 (28-219)||(35079771-35079964)
chr2 (22-102)||(29434137-29434217)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (22-219)||(9421269-9421467)
chr5 (22-219)||(7289633-7289831)
chr5 (28-219)||(43104217-43104410)
chr5 (28-219)||(36700063-36700256)
chr5 (28-219)||(22035458-22035651)
chr5 (28-219)||(22038684-22038877)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (24-219)||(33578591-33578787)
chr8 (28-219)||(33382959-33383152)
chr8 (28-219)||(5951725-5951918)
chr8 (28-181)||(2848183-2848336)
chr8 (28-220)||(15928976-15929170)
chr8 (31-129)||(8856358-8856456)
chr8 (31-129)||(8857831-8857929)
chr8 (92-140)||(29353966-29354014)
chr8 (30-124)||(9069505-9069599)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (22-219)||(12194057-12194255)
chr4 (28-219)||(14616999-14617190)
chr4 (31-219)||(54899406-54899596)
chr4 (22-159)||(22755232-22755370)
chr4 (28-217)||(48962028-48962219)
chr4 (28-220)||(12705584-12705778)
chr4 (31-217)||(22884632-22884820)
chr4 (31-217)||(22936296-22936484)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (22-217)||(11756106-11756301)
chr7 (28-219)||(5190017-5190210)
chr7 (28-219)||(44673349-44673542)
chr7 (28-219)||(1634009-1634202)
chr7 (28-219)||(1637254-1637447)
chr7 (28-219)||(20436357-20436550)
chr7 (28-158)||(21659424-21659554)
chr7 (92-143)||(22721874-22721925)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (28-219)||(200187-200378)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (22-219)||(15394475-15394672)
chr6 (28-190)||(964358-964520)
chr6 (22-219)||(12489413-12489610)
chr6 (28-219)||(20110342-20110535)
chr6 (28-190)||(27315478-27315640)
chr6 (28-80)||(16567272-16567324)
[»] scaffold0146 (2 HSPs)
scaffold0146 (28-219)||(35435-35633)
scaffold0146 (28-88)||(29427-29487)
[»] scaffold1206 (1 HSPs)
scaffold1206 (28-221)||(1766-1961)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (28-219)||(156698-156890)
[»] scaffold0050 (1 HSPs)
scaffold0050 (32-144)||(41520-41632)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 45533106 - 45532907
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533106 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 45533007  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaa-ctcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533006 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaacctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 45532907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 168
Target Start/End: Original strand, 17761478 - 17761624
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761478 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattcttcttcatcattagttatttatgctttagccatgagtag 17761577  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcat 168  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  17761578 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtaatagctcat 17761624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 14159812 - 14159619
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  14159812 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaataaattcttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctcgat 14159713  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  14159712 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 14159619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28142610 - 28142417
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  28142610 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 28142511  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28142510 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 28142417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28139359 - 28139166
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  28139359 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 28139260  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  28139259 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 28139166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 25663602 - 25663409
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25663602 aaggtgggacaccatcaaaaatcatatccggttaccaagttcatgtaatgaatttttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 25663503  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||     ||||||| || |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  25663502 cctttctgattaggtcaagagatgattttgttctagctcagtataatgtaacatgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 25663409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 219
Target Start/End: Original strand, 1941373 - 1941533
Alignment:
Q  61 atcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtac 160  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  1941373 atcaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcttttgtgattaggtcaagagatgattttgttc 1941472  T
Q  161 taactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    || |||||||  ||||||| || |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  1941473 tagctcatgtttatgtaacttgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 1941533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 219
Target Start/End: Original strand, 17761626 - 17761654
Alignment:
Q  191 cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761626 cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 17761654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 53189363 - 53189561
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189363 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 53189462  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  || |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189463 ctaagtcttttgcgattaggtcaagagatgattctgtattaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 53189561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6765777 - 6765581
Alignment:
Q  24 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6765777 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagtggtttatgctttagccatgagtagct 6765678  T
Q  124 agatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6765677 aagtctgttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 6765581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 24 - 219
Target Start/End: Original strand, 6731467 - 6731663
Alignment:
Q  24 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6731467 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagtggtttatgctttagccatgagtagct 6731566  T
Q  124 agatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6731567 aagtctgttgtgattaggtcaagagatgattttgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 6731663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 10558557 - 10558364
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  10558557 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 10558458  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  10558457 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 10558364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 9237183 - 9237379
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatc--aatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctag 125  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||   ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9237183 aaggtgggggactatcaaaactcattgccggttatccgaat-tcatgtaatgaagctttcttttacattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 9237281  T
Q  126 atcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaa-ctcatgtggatgtaacctgaaactct---tcgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    |||||||||||||||||   |  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  9237282 atcctttgtgattaggtcaagagatgattatgtattaagctcatacttatgtaacctgaaactcttactgttttatgaatgccaatctagtttattca 9237379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 154
Target Start/End: Original strand, 19193339 - 19193466
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||     
T  19193339 aaggtgggagaccatcaaaacgcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttagcaatgactagctagaa 19193438  T
Q  128 cct-ttgtgattaggtcaagagatgatt 154  Q
     || ||||||||||||||||||||||||    
T  19193439 gctattgtgattaggtcaagagatgatt 19193466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 3165353 - 3165213
Alignment:
Q  26 aaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctag 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||     
T  3165353 aaaaggtgggagaccataaaaactcatagtcggttatcaaattcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttaaccatgaataggtaa 3165254  T
Q  126 atcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactc 166  Q
     || ||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||    
T  3165253 gtcttttgtgactaggtcactagatgattttgttctaactc 3165213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 28717276 - 28717147
Alignment:
Q  29 aggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatc 128  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  | ||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |     
T  28717276 aggtggaagaccgtcaaaactcatagccggttatcaaattcatgtaatgaatcctacttttgtattagttatttgtgctttatccatgagtatctaggtt 28717177  T
Q  129 ctttgtgattaggtcaagagatgattctgt 158  Q
    |||| ||||||||||   ||||||||||||    
T  28717176 ctttatgattaggtccctagatgattctgt 28717147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 29445942 - 29445744
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29445942 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattttatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 29445843  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29445842 ctaaatcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 29445744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 27498857 - 27499055
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498857 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaacttatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 27498956  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498957 ctaagtctgttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 27499055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27196409 - 27196210
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196409 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 27196310  T
Q  122 ctagatcc-tttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196309 ctaagtccttttgtgcttaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 27196210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4697415 - 4697217
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4697415 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgttttagccatgagtag 4697316  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697315 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattatgtaatagctcatgtggttgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 4697217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 6277675 - 6277482
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6277675 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttatgttttagccatgagtatctagat 6277576  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||  |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  6277575 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctataactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 6277482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 35076513 - 35076706
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  35076513 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 35076612  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  35076613 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 35076706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 35079771 - 35079964
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  35079771 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 35079870  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  35079871 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 35079964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 29434217 - 29434137
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttattt 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  29434217 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaacttataaccggttatcaatttcatgtaatgaattcttcttttttattatttattt 29434137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 8e-85; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 9421467 - 9421269
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421467 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaattcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 9421368  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421367 ctaagtcctttgcgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 9421269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 7289633 - 7289831
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7289633 gagcaaaaggtgggaaaccatcaaaactcatagcctgttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 7289732  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  7289733 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacatttatgaatgtcaatctagtttattca 7289831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 43104410 - 43104217
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43104410 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttgccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 43104311  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  43104310 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 43104217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 36700063 - 36700256
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36700063 aaggttggagaccatcaaaactcatatctgattaacaatttcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 36700162  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36700163 ccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatatttatgaatgtcattctagtttattca 36700256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 22035458 - 22035651
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  22035458 aaggtgtgagaccatcgaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 22035557  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  22035558 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 22035651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 22038684 - 22038877
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  22038684 aaggtgtgagaccatcgaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 22038783  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  22038784 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 22038877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 24 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 33578787 - 33578591
Alignment:
Q  24 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33578787 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttaccattagttatttatgctttagccatgagtagct 33578688  T
Q  124 agatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33578687 aagtcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttattaatgtcaatctagtttattca 33578591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 33382959 - 33383152
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33382959 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 33383058  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||  |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  33383059 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctataactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 33383152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 5951725 - 5951918
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5951725 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 5951824  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||  |||||||    ||||||||||| | |||||||||||||    
T  5951825 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctttaactcttaatctttatgaatgttattctagtttattca 5951918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 2848336 - 2848183
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||  |||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2848336 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatataatgaatccttcttctacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 2848237  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacct 181  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||  |||||||||    
T  2848236 cttttgtgattaggtcaagagataattttgttctagctcatgtttatgtaacct 2848183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 15929170 - 15928976
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||   ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||    
T  15929170 aaggtgagagactatcaaaactcatagccggttatcaattacatgtagtgaatccttcttttacattagttatttgtgccttatccatgagtagctaaat 15929071  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattcat 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||   | |||||||||| |||||||    |||||||||| || ||||||||||||||    
T  15929070 cctttgtgattaggtcaagatatgattttgttctagctcaatagaatgtaacctgtaactcttaaactttatgaatgccattctagtttattcat 15928976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 8856456 - 8856358
Alignment:
Q  31 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  8856456 gtgggagaccatcaaaactcatagccaatcatcaatttcatgtaatgaatccttctttgttattagttgtttatgatttagccatgagtaactaaatcc 8856358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 8857929 - 8857831
Alignment:
Q  31 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  8857929 gtgggagaccatcaaaactcatagccaatcatcaatttcatgtaatgaatccttctttgttattagttgtttatgatttagccatgagtaactaaatcc 8857831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 140
Target Start/End: Original strand, 29353966 - 29354014
Alignment:
Q  92 attagttatttatgctttagccatgagtagctagatcctttgtgattag 140  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  29353966 attagttatttgtgctttagccatgagtagttacatcctttgtgattag 29354014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 9069599 - 9069505
Alignment:
Q  30 ggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagcta 124  Q
    |||||||  ||||||||||||||||    |||||||  | ||||||| |||  ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9069599 ggtgggaagccatcaaaactcatagttaattatcaaattaatgtaataaatccttcttttgtattagttgtttatgctttagccatgagttgcta 9069505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 12194057 - 12194255
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  12194057 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtaa 12194156  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt-cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12194157 ctaaatcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgatactcttacgtttatgaatgtcaatatagtttattca 12194255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 14616999 - 14617190
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  14616999 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccgtgagtagctaaat 14617098  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct-tcgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14617099 cctttgtgattaggtcaa-agatgattatgtactagctcatacttatgtaacctgaaaatctattgtttatgaatgtcaatctagtttattca 14617190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 219
Target Start/End: Original strand, 54899406 - 54899596
Alignment:
Q  31 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcct 130  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  54899406 gtgggagaccatcaaaactcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttaaccatgattagctagatcct 54899505  T
Q  131 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  54899506 ttctgattaggtcaagagatgattctgttctagctcatgtatatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 54899596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Original strand, 22755232 - 22755370
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaata-tcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagta 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22755232 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattctcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccatgagta 22755331  T
Q  121 gctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgta 159  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22755332 gctagatctattgtgattaggtcaagagatgattttgta 22755370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 48962219 - 48962028
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  48962219 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatcagtagctagat 48962120  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttatt 217  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||    
T  48962119 cttttgtgattaggtcaatagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttatt 48962028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 28 - 220
Target Start/End: Original strand, 12705584 - 12705778
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||| | |||||||   ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  12705584 aaggtgggagaacatcaaaactcatattcggtcaccaatttcatgtaatgagtcattcttttacattagttatttgtgttttagccatgagtagctagat 12705683  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattcat 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||| || |||||||    |||||||||| || ||||||||||||||    
T  12705684 cctctgtgattaggtcaagagatgattttgttctaactcatgtttatgtaacttgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcat 12705778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22884820 - 22884632
Alignment:
Q  31 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcct 130  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  22884820 gtggaagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcct 22884721  T
Q  131 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttcgt--ttatgaatgtcaatctagtttatt 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||  || |||| || |||||||  |  |||||||||||| | |||||||||    
T  22884720 ttgtgattagatcaagagatgattatgttctagctcatgtttatataacatgtaactcttaatcgttatgaatgtcattatagtttatt 22884632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 22936484 - 22936296
Alignment:
Q  31 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcct 130  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  22936484 gtggaagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcct 22936385  T
Q  131 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttcgt--ttatgaatgtcaatctagtttatt 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||  || |||| || |||||||  |  |||||||||||| | |||||||||    
T  22936384 ttgtgattagatcaagagatgattatgttctagctcatgtttatataacatgtaactcttaatcgttatgaatgtcattatagtttatt 22936296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 11756301 - 11756106
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11756301 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattacatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccatgagtag 11756202  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct-tcgtttatgaatgtcaatctagtttatt 217  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11756201 ctaaatccgttgtgattaggtcaa-agatgattctgtactagctcatgcttatgtaacctgaaactctattgtttatgaatgtcaatctagtttatt 11756106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 5190210 - 5190017
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5190210 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagttagat 5190111  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  5190110 cttttgtgactaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 5190017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 44673542 - 44673349
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  44673542 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 44673443  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  44673442 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 44673349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 1634202 - 1634009
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1634202 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 1634103  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  1634102 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 1634009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 1637447 - 1637254
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1637447 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 1637348  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    |||||||||| || |||||||||||||    
T  1637347 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattca 1637254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 20436357 - 20436550
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||| |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  20436357 aaggtgggagaccatcaaaactcttatccagttaccaatttcatgtaatgaatctttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctaaat 20436456  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||     |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20436457 ctattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcagtacaatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 20436550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 21659554 - 21659424
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||  ||| ||   ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||    
T  21659554 aaggtgggaggccatcaaaactcatagccggttgtcaaattcatgtaatgaatatttcctttacattagttattcgtgctttagccacgagtagctaaat 21659455  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgt 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21659454 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgt 21659424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 143
Target Start/End: Original strand, 22721874 - 22721925
Alignment:
Q  92 attagttatttatgctttagccatgagtagctagatcctttgtgattaggtc 143  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  22721874 attagttatttatgttttagtcatgagtagctaaactctttgtgattaggtc 22721925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 200378 - 200187
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  200378 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccgtgagtagctaaat 200279  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct-tcgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  200278 cctttgtgattaggtcaa-agatgattatgtactagctcatacttatgtaacctgaaaatctattgtttatgaatgtcaatctagtttattca 200187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 15394672 - 15394475
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15394672 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattctcctttatcattagttatttgtgctttagccatgagtag 15394573  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct-tcgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    ||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  15394572 ctaaatcctttgtgattaggtcaa-agatgattttgtactagctcatacttatgtaacctgaaactctattgttgatgaatatcaatctagtttattca 15394475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 190
Target Start/End: Original strand, 964358 - 964520
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  964358 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 964457  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt 190  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    
T  964458 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactctt 964520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 12489610 - 12489413
Alignment:
Q  22 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 121  Q
    ||||| |||||| ||||| || ||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||  ||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12489610 gagcagaaggtgagagactataaaaactcatagctagttatcaattacatgtaatgaatttctctctagcattagttatttgtgctttagccatgagtag 12489511  T
Q  122 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct-tcgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||| | || | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12489510 ctaaacccgtcgtgattaggtcaa-agatgattctgtactatctcatgcttatgtaacctgaaactctattgtttatgaatgtcaatctagtttattca 12489413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20110535 - 20110342
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||| | || || ||||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  20110535 aaggtgggagaccatcaacagtcctatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatcagtagctagat 20110436  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20110435 cctttgtgattagctcaagagatgattttgttctatctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattca 20110342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 28 - 190
Target Start/End: Original strand, 27315478 - 27315640
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27315478 aaggtgggagaccatcaaaactcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 27315577  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt 190  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||  |||||||| | |||||||    
T  27315578 cctttgtgattaggtgaagagatgcttctgttctcactcatgtttatgtaaccagtaactctt 27315640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 16567324 - 16567272
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaat 80  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  16567324 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaat 16567272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 35435 - 35633
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagtt-----atttatgctttagccatgagtagc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||     |||| |||||||||||||||||||    
T  35435 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaattcttcttttatattagtttttatatttgtgctttagccatgagtagc 35534  T
Q  123 tagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactctt--cgtttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||| | |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  35535 tagatccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacccgtaactcttaatatttatgaatgtcattctagtttattca 35633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 88
Target Start/End: Original strand, 29427 - 29487
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattcttt 88  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  29427 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaattcttcttt 29487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1206 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1206
Description:

Target: scaffold1206; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 221
Target Start/End: Original strand, 1766 - 1961
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1766 aaggtgggagaccatcaaaactcatatctggttgccaatttcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttagccatgagtagttagat 1865  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactct--tcgtttatgaatgtcaatctagtttattcatg 221  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  ||||||| || ||||||     ||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  1866 ccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacatgtaactctaaatatttatgaatgtcattctagtttactcatg 1961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 156698 - 156890
Alignment:
Q  28 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagat 127  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| | | ||| || | |||||||||  ||  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  156698 aaggtgggagaccatcataacttatatctg-ttaccagtttcatgtaatacatccttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 156796  T
Q  128 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttcgt--ttatgaatgtcaatctagtttattca 219  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||  || |||||||  | |||||  | |||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||    
T  156797 cctttctggttaggtcaagagatgattctgttttagctcatgtttacgtaactagtaactcttaatcattatgaatgtcattctagtttattca 156890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0050 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0050
Description:

Target: scaffold0050; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 41632 - 41520
Alignment:
Q  32 tgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatatcatgtaatgaattattctttattattagttatttatgctttagccatgagtagctagatcctt 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| |  | ||| |||||||  | |||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||| |    
T  41632 tgggagaccatcaaaactcatagccagtcatccaatttatgaaatgaatcctcctttgttactagttgtttatgctttagtcatgagtaactaaatccat 41533  T
Q  132 tgtgattaggtca 144  Q
    |||||||||||||    
T  41532 tgtgattaggtca 41520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University